부가가치세

비인가 대안학교가 조례에 따라 신고하면 수업료 부가세가 면제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 비인가 대안학교가 학교 밖 청소년 지원 조례에 따라 지방자치단체에 신고했더라도 교육 내용에 대한 실질적인 지도·감독을 받지 않으면 수업료는 면세 교육용역이 아닙니다. 국세청은 부가가치세법 시행령 제36조 제1항 제1호의 주무관청 신고를 교육 내용을 지도·감독받는 신고로 보았습니다. 지금은 학교가 조례 신고에 그쳤는지, 대안교육기관법에 따라 교육감에게 등록했는지부터 확인해 보십시오.

조례에 따라 지방자치단체에 신고했다는 사실만으로 지금까지 낸 부가가치세를 돌려받을 수 있다고 기대하실 필요는 없습니다. 면세 여부는 신고의 형식보다 그 신고로 교육 내용에 대한 실질적인 지도·감독을 받는지로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

G학교는 비영리법인이 운영하는 비인가 대안학교로, 학교 밖 청소년 30여 명에게 연 약 600만원의 수업료를 받고 수업료에 대한 부가가치세를 신고·납부해 왔습니다. 2024년 시가 학교 밖 청소년 지원 조례를 바꿔 대안교육기관 신고제를 도입하자 G학교는 신고서와 첨부서류를 내고 현장실사를 거쳐 신고필증을 받았습니다. 운영자는 신고 이후 수업료가 면세되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비인가 대안학교가 조례로 신고하면 수업료가 면세되나요?

아니요, 「초ㆍ중등교육법」에 따른 인가를 받지 않은 대안학교가 지방자치단체의 학교 밖 청소년 지원 조례에 따라 신고했더라도, 그 조례로 시설·설비, 교습과정, 정원 등 교육 내용에 대한 실질적인 지도·감독을 받지 않는다면 면세 교육용역에 해당하지 않습니다. 면세 요건인 「주무관청에 신고된 시설」은 교육 내용을 지도·감독받는 신고를 뜻하기 때문입니다.

면세 교육용역은 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록·신고된 학교, 학원, 강습소 또는 그 밖의 비영리단체 등에서 학생 등에게 지식, 기술 등을 가르치는 것입니다. 설립인가를 받은 대안학교는 그 자체로 면세 교육기관이고 교육부의 지도·감독도 받습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 서면-2019-법령해석부가-1399(2019. 6. 24.)에서 설립인가를 받지 않은 대안학교가 개정 조례에 따라 지방자치단체에 설립을 신고하고 교육용역을 공급하더라도, 그 조례에 따라 구체적인 교육내용에 대해 지방자치단체의 실질적인 지도·감독을 받지 않으면 면세되는 교육용역에 해당하지 않는다고 회신했습니다. 지도·감독을 받는지는 조례 내용과 관련 사실을 종합해 판단할 사항이라고 덧붙였습니다.

국세청은 조례의 목적이 학교 밖 청소년 지원이고, 신고 요건은 지원을 받기 위한 최소 규모 기준이며, 신고수리 취소 사유도 지원을 끊기 위한 장치에 불과하다고 보았습니다. 수업일수, 교육과정, 교과도서 같은 운영 전반에 대한 규제 규정이 없다는 점도 이유로 들었습니다. 회신은 질의한 조례 내용을 전제로 한 것이어서 조례가 교육 내용에 대한 지도·감독 권한을 두고 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

법원은 미인가 대안학교를 어떻게 판단했나요?

법원도 설립인가를 신청하지 않고 운영한 미인가 대안학교는 주무관청에 허가, 인가, 등록, 신고 중 어느 하나를 갖춘 비영리단체로 볼 수 없어 교육용역이 면세되지 않는다고 판단했습니다. 이 사건에서는 입학금, 수업료, 기숙사비, 급식비 등에 대한 부가가치세 부과처분이 유지되었습니다.

대안교육기관법에 따라 등록하면 달라지나요?

2026. 10. 11. 기준 현행 「대안교육기관에 관한 법률」은 대안교육기관을 설립·운영하려는 자가 시설·설비와 학칙, 교육과정 운영계획서 등을 갖춰 교육감에게 등록하도록 정합니다. 조례상 지원 신고와 달리 법률에 따른 교육감 등록이므로 면세 요건 판단이 달라질 여지가 있습니다.

다만 등록한 기관이 비영리단체인지, 등록한 교육과정 범위 안의 교육인지 등에 따라 결론이 갈릴 수 있습니다. 이 회신은 대안교육기관법 시행 전의 조례 신고를 다룬 것이므로, 교육감 등록을 마친 기관은 현재 기준으로 면세 여부를 따로 확인해야 합니다.

대안학교 수업료 부가가치세 대응 순서

• 법적 지위 확인 - 「초ㆍ중등교육법」상 인가, 대안교육기관법상 교육감 등록, 조례상 신고 중 무엇을 갖췄는지 확인합니다.
• 지도·감독 자료 확보 - 교육청이나 지방자치단체가 교육과정, 정원, 시설을 점검한 기록을 모읍니다.
• 수입 구분 - 수업료, 입학금, 기숙사비, 급식비를 나눠 각 항목의 과세·면세를 따로 따집니다.
• 등록 후 정리 - 교육감 등록을 마쳤다면 등록일 이후 수입의 면세 여부를 확인하고, 면세로 판단되면 사업자등록 업종을 정정합니다.
• 경정청구·불복 - 면세 대상인데 과세로 낸 기간은 5년 안에 경정청구를, 부과처분을 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 학교가 교육감 등록을 진행 중이거나 지방자치단체 위탁사업을 함께 하면 등록 서류와 조례 내용을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 교육용역 면세 여부를 둘러싼 부가가치세·법인세 부과처분 취소 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 인가받은 대안학교 수업료는 면세인가요?
  네. 「초ㆍ중등교육법」에 따라 교육감의 설립인가를 받은 대안학교는 주무관청의 인가를 받은 학교로서 면세 교육기관에 해당합니다. 학생에게 받는 수업료 등 교육용역 대가는 부가가치세가 면제됩니다.
• 기숙사비와 급식비도 같이 판단하나요?
  면세 교육용역에 통상 부수되는 재화·용역은 면세에 포함되지만, 주된 교육용역이 과세되면 부수 항목도 과세될 수 있습니다. 실제 사건에서도 입학금, 수업료, 기숙사비, 급식비에 대한 과세가 함께 다퉈졌으므로 항목별로 나눠 검토하십시오.
• 대안교육기관으로 등록하려면 무엇이 필요한가요?
  대안교육에 필요한 교사와 교지 등 시설·설비와 함께 목적, 명칭, 위치, 교육목표, 학칙, 경비와 유지방법, 교육과정 운영계획서, 교직원 배치계획서를 갖춰 교육감에게 등록해야 합니다. 교육감은 1개월 안에 등록 여부를 정합니다.
• 학원으로 등록한 대안교육 시설은 어떻게 되나요?
  학원법에 따라 학원으로 등록한 시설은 대안교육기관으로 등록할 수 없습니다. 이 경우에는 학원 등록 범위 안의 교습인지에 따라 면세 여부를 판단하므로 등록 교습과정을 먼저 확인해야 합니다.
• 과세로 낸 수업료 부가세를 돌려받을 수 있나요?
  면세 요건을 갖춘 기간인데 과세로 신고·납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 조례 신고만 한 기간은 면세 요건을 갖추지 못한 것으로 볼 가능성이 커서 실익을 먼저 따져야 합니다.
• 부과처분을 받으면 언제까지 다퉈야 하나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 법적 지위를 보여 주는 등록증, 지도·감독 기록, 수입 항목별 내역을 함께 내야 하고, 이의신청은 거쳐도 되고 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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