부가가치세

회사 연수원에서 자사 직원과 외부 직원을 함께 교육하면 매입세액은 어떻게 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

자사 직원 교육에 쓴 연수원 비용의 매입세액은 과세사업 관련으로 공제되고, 면세인 외부 위탁교육과 함께 쓴 공통 비용은 공급가액 비율로 나누어 일부만 공제하지 않습니다. 자사 직원 교육은 용역의 자가공급으로 과세되지 않지만 면세사업도 아니기 때문입니다. 연수 과정을 자사용과 외부 위탁용으로 나눈 명단부터 만드십시오.

직원 교육은 매출이 생기지 않는다는 이유로 연수원 비용 매입세액을 포기할 필요는 없습니다. 자사 직원 교육은 과세사업을 위한 지출이어서 공제됩니다.

이런 상담이 많습니다

에너지 기업 A사는 2025년 주무관청 인가를 받아 연수원을 세우고 자사 직원 교육과 계열사 직원 위탁교육을 함께 운영하기 시작했습니다. 계열사에서는 위탁교육료를 받았고, 연수원 운영비와 강사료·시설관리비에 붙은 매입세액은 한 해 약 5억원이었습니다. A사는 이 매입세액을 모두 공제할 수 있는지, 일부를 빼야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자사 직원 교육용 연수원 비용도 매입세액 공제되나요?

네, 과세사업을 하는 회사가 자사 직원을 교육하려고 연수원을 운영하면서 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 자기 사업을 위해 사용한 용역의 부가가치세액을 공제 대상으로 정하고 있습니다.

자사 직원 교육은 회사가 자기 사업을 위해 자기 용역을 쓰는 것으로, 용역의 자가공급에 해당합니다. 법은 자가공급 과세 범위를 대통령령에 맡겼지만 현행 시행령에 그 범위가 없어 과세되지 않고, 면세사업도 아니므로 관련 매입세액은 공제됩니다.

외부 직원 위탁교육을 함께 하면 무엇이 달라지나요?

외부 직원 위탁교육이 주무관청 인가를 받은 교육시설에서 하는 면세 교육용역이라면, 회사는 과세사업과 면세사업을 함께 하는 겸영사업자가 됩니다. 이때 외부 교육에만 쓴 비용의 매입세액은 공제되지 않고, 두 교육에 함께 쓴 비용은 나누어 계산합니다.

• 자사 직원 과정 전용 비용 - 실지귀속에 따라 전액 공제
• 외부 위탁 과정 전용 비용 - 면세사업 관련으로 불공제
• 두 과정 공통 비용 - 공통매입세액으로 안분해 일부만 불공제

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 전기가스업을 하는 회사가 주무관청 승인을 받아 인재개발원을 세우고 자사 직원과 수탁받은 외부 직원을 함께 교육하는 경우, 자사 직원 교육 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통 매입세액은 안분계산해야 한다고 회신했습니다(법규부가2012-463, 2013. 1. 17.).

회신은 자사 직원 교육을 용역의 자가공급으로 보고 과세사업 관련 매입세액으로 판단했습니다. 회신 당시 근거 조문은 구 시행령 제61조였고, 현행 시행령에서는 제81조가 같은 안분 방법을 정하고 있습니다. 외부 교육이 인가 없는 시설에서 이루어져 과세되는 용역이라면 안분 자체가 필요 없을 수 있으므로 사실관계에 따라 결론이 달라집니다.

공통매입세액은 어떻게 나누어 계산하나요?

공통매입세액 중 면세사업 관련분은 그 과세기간 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율만큼으로 계산합니다. 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액 전액을 공제할 수 있지만, 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다.

단순 예시로 한 과세기간 총공급가액 1,000억원 가운데 위탁교육료 같은 면세공급가액이 20억원이면 비율은 2퍼센트입니다. 공통매입세액이 5억원이면 5백만원 이상이므로 소액 예외가 적용되지 않고, 5억원의 2퍼센트인 1천만원을 공제하지 않습니다.

예정신고 때는 예정신고기간 비율로 안분하고 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산합니다.

연수원 매입세액을 잘못 처리했다면 어떻게 하나요?

외부 교육 관련분까지 전액 공제했다면 경정 통지를 받기 전에 수정신고로 고치는 것이 가산세 부담을 줄이는 방법입니다. 반대로 연수원 매입세액 전체를 불공제로 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 자사 직원 교육분을 되찾을 수 있습니다.

세무조사에서 자사 직원 교육분까지 면세사업 관련으로 보아 공제가 부인되면, 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

연수원 매입세액 대응 순서

• 과정 분류 - 연수 과정을 자사 직원용과 외부 위탁용으로 나눈 명단을 만듭니다.
• 비용 귀속 표시 - 강사료·교재비처럼 과정별로 나뉘는 비용은 실지귀속을 표시합니다.
• 공통분 안분 - 시설관리비 같은 공통 비용은 공제받지 못할 매입세액 명세서에 안분 내역을 적습니다.
• 확정신고 정산 - 예정신고 비율과 과세기간 전체 비율의 차이를 확정신고 때 맞춥니다.
• 과거분 정정 - 전액 불공제로 처리한 기간이 있으면 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 외부 교육이 면세 교육용역인지와 비용별 귀속은 인가 서류와 과정별 지출 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정청구와 매입세액 불공제 처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자사 직원 교육에도 부가세를 내야 하나요?
  아니요, 자사 직원 교육은 용역의 자가공급인데 현행 시행령에 그 과세 범위가 정해져 있지 않아 과세되지 않습니다. 매출세액은 생기지 않지만 관련 매입세액은 공제할 수 있습니다. 위탁교육료처럼 대가를 받는 외부 교육과는 구분해 기록합니다.
• 외부 위탁교육은 왜 면세인가요?
  주무관청의 허가·인가를 받거나 등록·신고한 교육시설에서 수강생에게 지식과 기술을 가르치는 용역은 면세 교육용역입니다. 연수원이 이런 인가를 받았다면 외부 직원 위탁교육료는 면세 공급가액이 됩니다.
• 인가 없는 연수원의 외부 교육은요?
  인가·등록 없는 시설에서 하는 외부 교육은 면세 교육용역 요건을 갖추지 못해 과세되는 용역이 될 수 있습니다. 이 경우 위탁교육료에 부가가치세를 붙여 세금계산서를 발급하고 관련 매입세액은 공제합니다.
• 면세 비율이 5% 미만이면 다 공제되나요?
  면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액 전액을 공제할 수 있지만, 그 과세기간 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다. 연수원 규모가 크면 비율이 낮아도 안분해야 할 수 있습니다.
• 공통매입세액 안분 비율은 무엇으로 정하나요?
  원칙적으로 그 과세기간 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분합니다. 예정신고 때는 예정신고기간 비율로 계산하고 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산합니다. 회사 전체 공급가액을 기준으로 하므로 연수원 매출만 보지 않습니다.
• 연수원 건물 신축 매입세액도 안분하나요?
  연수원 건물을 지어 자사 교육과 면세 위탁교육에 함께 쓰면 신축 공사비 매입세액도 공통매입세액이 됩니다. 공급가액이 아직 없는 과세기간에는 예정사용면적 비율 등으로 먼저 안분하고 나중에 정산합니다.
• 전부 불공제로 신고했으면 돌려받을 수 있나요?
  자사 직원 교육 관련분과 공통분 중 과세 비율만큼은 공제 대상이므로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있습니다. 과정별 명단과 비용 귀속 자료를 함께 내야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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