세금

지주회사가 자회사에 빌려주고 받은 이자 때문에 매입세액이 부인되면요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

자회사 대여이자를 면세공급가액에 넣어 공통매입세액을 줄였다면 다툴 여지가 있습니다. 대법원은 금융지주회사가 자회사에 개별적으로 자금을 빌려준 행위를 비과세사업으로 보았습니다. 그 이자를 기준으로 공급가액 비율 안분을 할 수는 없다고 했습니다. 2018. 2. 13. 이후 공급분은 바뀐 시행령 문언을 따로 따져야 합니다.

자회사 대여이자를 면세공급가액에 넣어 공통매입세액을 줄였다면 다툴 여지가 있습니다. 대법원은 금융지주회사가 자회사에 개별적으로 자금을 빌려준 행위를 비과세사업으로 보았습니다. 그 이자를 기준으로 공급가액 비율 안분을 할 수는 없다고 했습니다. 2018. 2. 13. 이후 공급분은 바뀐 시행령 문언을 따로 따져야 합니다.

지주회사가 자회사에서 받은 대여이자는 면세인가요, 비과세인가요?

은행업자 등의 개입 없이 자회사에 개별적으로 빌려주고 받은 순수한 이자라면 비과세로 볼 수 있습니다. 대법원은 은행업과 대부업을 인가나 등록을 거쳐 불특정 다수인에게 자금을 융통하는 업으로 보았습니다. 이런 금융·보험 용역은 부가가치세 부과대상이고, 이자에 섞인 대가를 가려내기 어려워 면제할 뿐이라고 했습니다.

대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결의 원고는 금융지주회사였습니다. 금융지주회사법 제15조는 자회사 경영관리업무와 그 부수업무 외의 영리 업무를 금지합니다. 자회사 자금지원은 그 부수업무입니다. 원고의 자금지원 지침은 조달금리, 조달부대비용, 대손충당금 적립비율, 업무원가만 더해 이자율을 정했습니다. 별도 수수료는 없었습니다. 대법원은 이 자금지원을 비과세사업으로 보았습니다. 그리고 원고의 상고를 받아들여, 대여이자 전부를 면세 금융용역의 공급가액으로 본 원심을 파기환송했습니다. 일반지주회사라면 대여 조건이 이와 같은 개별적 자금지원인지 따로 따져야 합니다.

비과세 대여이자가 있으면 공통매입세액은 어떻게 나누나요?

대여이자를 공급가액으로 넣어 비율을 내는 방식은 쓸 수 없고, 다른 합리적인 방법으로 나눠야 합니다. 매입세액은 실지귀속에 따라 계산하고, 오로지 비과세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다. 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세 겸영 안분 규정을 유추 적용하는 것이 원칙입니다.

2015두60662 원고는 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 대여이자 전부를 면세공급가액으로 보아 신고했습니다. 그 뒤 낸 경정청구는 거부됐습니다. 대법원은 대여이자 전부를 곧바로 비과세 용역의 대가로 볼 수 없다고 했습니다. 그래서 공급가액 비율 규정은 유추 적용할 수 없다고 했습니다. 구 시행령 제61조 제4항 각 호 등 합리적인 방법을 찾아야 한다는 것입니다. 대법원은 안분 방법을 다시 심리하라고 사건을 돌려보냈고, 공제할 금액을 정하지는 않았습니다.

이 법리는 국고보조금 사건에서도 나왔습니다. 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결은 세무서장들의 상고를 받아들여 원심을 파기했습니다. 원심은 사업 전체를 단일 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제해야 한다고 했습니다. 대여이자를 빼더라도 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니라는 뜻입니다.

2018년 시행령이 바뀐 뒤에도 같은 주장을 할 수 있나요?

주장할 여지는 있지만, 현행 문언에 관한 대법원 판단은 아직 확인되지 않습니다. 2015두60662는 2013. 2. 15. 개정 전 구 시행령 사안입니다. 2018. 2. 13. 개정 전 시행령 제81조 제1항은 면세공급가액에 「비과세공급가액을 포함한다」고 정하고 있었습니다.

지금 면세공급가액은 면세사업등에 대한 공급가액과 국고보조금·공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액입니다. 보조금은 해당 면세사업등과 관련해 받았지만 과세표준에 들어가지 않는 것이어야 합니다. 개정 시행령은 2018. 2. 13. 이후 공급받는 분부터 적용됩니다. 대여이자는 보조금이 아니고, 대법원은 그 전부를 비과세 용역의 대가로 볼 수 없다고 했습니다. 이를 근거로 대여이자를 면세공급가액에 넣을 수 없다고 주장할 수 있습니다. 세무서는 대여이자가 「이와 유사한 금액」이라고 맞설 수 있습니다. 이자율 구성과 자금지원의 근거를 처음부터 자료로 갖춰 두어야 하는 이유입니다.

공통매입세액이라는 점은 누가 증명하나요?

경정청구 거부처분 취소소송에서는 거부처분이 적법하다는 점을 원칙적으로 세무서가 증명해야 합니다. 대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결이 밝힌 기준입니다. 다만 세무서가 적법성을 합리적으로 수긍할 정도로 일응 증명하면 사정이 달라집니다. 그와 반대되는 예외적 사정은 자료를 내기 쉬운 납세자가 증명해야 합니다.

부가가치세법 제40조는 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 공통매입세액으로 정합니다. 세무서는 용역비나 임차료가 오로지 자회사 경영관리에 쓰였다고 주장할 수 있습니다. 그렇게 인정되면 그 매입세액은 공제되지 않습니다. 이에 맞서려면 계약서와 업무분장표로 귀속을 나눌 수 없다는 점을 보여야 합니다. 브랜드 사용료처럼 과세 매출과 이어지는 업무가 있다면 그 연결을 구체적으로 정리해 두십시오. 경정청구 소송의 증명 구조는 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 설명했습니다.

지주회사 매입세액 불공제 대응 순서

• 수익 구조 정리 - 브랜드 사용료 같은 과세 매출, 배당금, 대여이자를 과세기간별로 나눠 정리합니다.
• 대여 조건 확인 - 자금지원 지침과 금전소비대차계약서에서 이자율 산정 요소와 별도 수수료가 있는지 확인합니다.
• 공통매입 분류 - 용역비, 임차료, 자문비 계약서를 보고 실지귀속을 구분할 수 있는 것과 없는 것을 나눕니다.
• 경정청구 - 대여이자를 면세공급가액에서 빼고 합리적인 안분 방법을 함께 적어, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다. 안분 기준을 바꾸는 공사 관련 쟁점은 「공사 중인 겸영 사업장 공통매입세액, 공급가액과 면적 중 무엇으로 나누나요?」에서 다뤘습니다.
• 불복 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대여 조건과 이자율 구성, 공통매입 내역의 실지귀속에 따라 공제받을 매입세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 지주회사 부가가치세 경정청구와 거부처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 은행이나 대부업체가 받는 이자도 비과세인가요?
  아니요, 면세입니다. 인가나 등록을 거쳐 불특정 다수인에게 자금을 융통하는 은행업·대부업의 이자는 부가가치세 부과대상인 금융·보험 용역의 대가입니다. 다만 대가를 가려내기 어려워 부가가치세를 면제합니다.
• 오로지 자회사 경영관리에만 쓴 비용의 매입세액도 공제되나요?
  공제되지 않습니다. 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되면 매출세액에서 공제할 수 없습니다. 안분 대상은 과세사업과 비과세사업 중 어디에 귀속되는지 구분할 수 없는 공통매입세액에 한정됩니다.
• 면세공급가액이 아주 적으면 공통매입세액을 전부 공제받나요?
  요건을 갖추면 전부 공제됩니다. 그 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액을 공제합니다. 다만 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외를 적용하지 않습니다.
• 경정청구를 하면 결과는 언제 알 수 있나요?
  세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다. 2개월 안에 통지가 없으면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 기다리지 않고 심판청구를 할 수 있습니다.
• 세무조사로 부가가치세가 늘었다면 경정청구 기간은 얼마인가요?
  늘어난 세액은 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 통지를 받았다면 받은 날부터 셉니다. 이 경우도 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안으로 한정됩니다.
• 심판청구를 거치지 않고 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 낼 수 없습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 합니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내야 하고 이 기간은 불변기간입니다.
• 국고보조금을 받는 사업자에게도 같은 기준이 적용되나요?
  2018. 2. 13. 개정 뒤에는 시행령이 직접 정합니다. 면세사업등과 관련해 받았지만 과세표준에 들어가지 않는 국고보조금과 공공보조금을 면세공급가액에 더하도록 했습니다. 그 이전 사안은 합리적 방법으로 안분하라는 판례가 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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