불복·환급

경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

경정청구 거부처분 취소소송에서도 거부처분이 적법하다는 증명책임은 원칙적으로 세무서에 있습니다. 대법원 2022두34425 판결은 다만 세무서가 일응의 증명을 하면 반대 사정은 자료를 내기 쉬운 납세자가 증명해야 한다고 했고, 감액 근거가 된 해외 지분 양도의 효력을 다시 따지라며 원심을 파기했습니다.

경정청구는 납세자가 먼저 감액을 구하는 절차라서 소송에서도 납세자가 모두 증명해야 한다고 생각하기 쉽습니다. 대법원은 2026. 5. 29. 이 문제를 정면으로 판시했습니다. 원칙은 세무서의 증명이고, 세무서가 일응의 증명을 하면 그 반대 사정은 납세자의 몫입니다.

이런 상담이 많습니다

D법인은 2021. 4. 해외 합작사업 지분 30% 가운데 10%를 외국 투자자에게 넘기기로 약정하고, 그 지분에서 나온 수익을 투자자와 정산해 왔습니다. 그런데 법인세는 지분 30% 전체 수익을 기준으로 신고했고, 2025. 9. 2021~2023 사업연도 법인세 감액경정을 청구했습니다. 세무서는 2개월이 넘도록 답이 없었고, 조세심판원은 2026. 8. 지분 이전이 확정되지 않았다며 청구를 기각했습니다. D법인은 소송에서 지분이 넘어갔다는 사실을 회사가 전부 증명해야 하는지, 세무서는 무엇을 증명해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2022두34425 사건은 어떤 사안이었나요?

원고는 인도네시아 해상 광구 석유개발사업에 참여해 온 회사입니다. 2011. 5. 5. 새 생산물 분배계약을 맺고 공동시행협정상 참여지분 20%를 가진 상태에서, 2012. 10. 17. 세이셸공화국 법인과 지분 10%의 경제적 이익과 위험을 넘기는 영국법 준거 계약을 맺었습니다. 이 계약은 지분이 실제로 양도되려면 추가 합의와 인도네시아 정부의 서면 승인 등 선행조건을 거치도록 했습니다. 원고는 2013. 4. 19. 인도네시아 법인에 지분 10%를 팔아 미화 6,500만 달러를 받았고, 지분 10%를 전제로 2013~2015 사업연도 법인세를 신고했습니다.

원고는 2018. 5. 18. 세이셸 법인 몫 5%를 대신 보유하다 함께 판 것이어서 실제 지분은 5%였다며 감액경정을 청구했지만 2개월 안에 아무 통지를 받지 못했습니다. 원심은 지분 이전을 인정해 원고 승소로 판단했습니다.

대법원은 증명책임을 어떻게 판시했나요?

세무서가 원칙적으로 증명한다고 했습니다. 판결은 감액경정청구를 받은 과세관청에 신고 세액이 객관적으로 정당한 세액을 넘는지 조사·확인할 의무가 있고, 거부처분 취소소송의 심판 대상도 통상의 과세처분 취소소송처럼 신고한 과세표준과 세액의 객관적인 존부라고 보았습니다. 그래서 「처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다」고 했습니다.

다만 과세관청이 경정거부처분의 적법성에 대하여 「합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명」을 하면, 그와 상반되는 예외적인 특별한 사정에 관한 증명의 필요는 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자에게 돌아간다고 덧붙였습니다. 피고 세무서장은 증명책임 법리오해를 상고이유로 들었지만, 대법원은 과세관청에 증명책임이 있음을 전제로 한 원심 판단이 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있어도 정당하다며 받아들이지 않았습니다.

증명책임은 세무서에 있는데 왜 원심이 파기됐나요?

결론을 가른 것은 상고이유가 아니라 대법원이 직권으로 판단한 준거법과 계약 내용이었습니다. 대법원은 외국법은 법원이 직권으로 조사해야 하고, 참여지분 일부 양도는 계약상 지위의 일부 이전, 즉 계약인수의 성격을 가지므로 그 가능성과 효력은 원래 계약의 준거법인 인도네시아법에 따라야 한다고 보았습니다. 원심은 영국법 계약과 정산 사정만 고려했을 뿐, 인도네시아법을 심리하거나 직권으로 조사했다고 볼 자료가 기록상 없었습니다. 게다가 계약은 지분에 상응하는 수익권을 설정해 내부 정산 관계를 만든 것이고, 지분 양도에 필요한 선행조건이 성취되었다고 볼 사정도 없었습니다. 대법원은 나머지 상고이유 판단을 생략하고 원심을 파기환송했습니다.

증명책임이 세무서에 있다는 원칙만으로 감액 주장이 받아들여지지는 않습니다. 감액 근거로 내세운 거래가 법적으로 효력을 갖는지는 법원이 법령과 계약에 따라 따집니다.

종전 판례의 「그 사실을 증명하여」와 충돌하나요?

충돌하지 않는다고 볼 수 있습니다. 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결과 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결은 후발적 경정청구 제도의 취지를 「납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록」 하려는 데 있다고 했고, 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결도 몰수·추징이 이루어진 경우에 같은 표현을 썼습니다. 이는 제도 취지를 밝힌 문구이고, 2022두34425는 통상의 감액경정청구 사안입니다. 후발적 경정청구라면 판결 확정이나 해제 같은 사유가 생긴 사실은 납세자가 보여야 하고, 사유가 인정된 뒤 정당한 세액을 가리는 단계에는 2022두34425의 원칙이 적용된다고 볼 수 있습니다. 후발적 경정청구에 이 원칙이 그대로 적용되는지 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 사유별로 무엇을 내야 하는지는 「후발적 경정청구, 납세자가 직접 증명할 「사유 발생」은 어디까지인가요?」에서 이어 설명합니다.

부과처분 취소소송의 증명책임과 무엇이 같나요?

분배 구조가 같습니다. 대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결은 부과처분 취소소송에서 과세요건사실의 입증책임은 과세권자에게 있지만, 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 납세자가 그 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 처분을 위법하다고 단정할 수 없다고 했습니다. 2022두34425가 쓴 「일응의 증명」과 「증명의 필요」도 같은 분배를 경정청구 소송에 옮긴 것으로 볼 수 있습니다. 다른 점은 출발점입니다. 경정청구에서는 납세자가 먼저 신고가 과다하다는 이유를 내세우므로, 그 이유를 뒷받침할 자료는 대개 납세자에게 있습니다. 일응의 증명에 어떻게 반박하는지는 「세무서가 「일응의 증명」을 했다면 경정청구 소송에서 무엇을 반박하나요?」에서, 부과처분 소송의 증명 장면은 「조세소송에서 과세요건과 필요경비는 누가 증명하나요? 대법원 판례로 본 기준」에서 다룹니다.

경정청구 거부처분 소송 증명 대응 순서

• 심판 대상 정리 - 신고한 과세표준과 세액이 정당한 세액을 넘는다는 주장을 연도별 금액으로 정리합니다.
• 세무서 증명 확인 - 세무서가 거부 이유를 뒷받침할 자료를 냈는지, 그것이 일응의 증명에 이르는지 따집니다.
• 감액 근거의 효력 점검 - 감액 근거인 계약이나 양도가 준거법과 계약상 선행조건에 비추어 효력이 생겼는지 먼저 확인합니다.
• 반대 사정 자료 제출 - 계약서, 승인 문서, 정산 내역처럼 납세자 쪽에 있는 자료를 사실심 변론종결 전까지 냅니다.
• 정당세액 계산 - 일부 취소가 가능하도록 정당한 세액을 직접 계산해 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 거부 이유를 어느 정도 증명했는지와 감액 근거가 된 거래가 법적으로 효력을 갖는지에 따라 소송의 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 경정청구 거부처분에 대한 심판청구와 행정소송에서 증명 구조를 정리하고 정당세액을 산정하는 업무를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구 거부처분 취소소송에서는 누가 증명하나요?
  원칙적으로 세무서입니다. 대법원 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분 취소소송도 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부가 심판 대상이므로 거부처분의 적법성에 대한 증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있다고 했습니다.
• 세무서가 일응의 증명을 하면 어떻게 되나요?
  그와 상반되는 예외적인 특별한 사정은 납세자가 증명해야 합니다. 2022두34425 판결은 증명의 곤란과 공평의 관념에 비추어 그 증명의 필요가 구체적인 자료를 내기 쉬운 납세의무자에게 돌아간다고 했습니다.
• 2022두34425 판결에서 납세자가 이긴 건가요?
  아닙니다. 증명책임에 관한 세무서의 상고이유는 배척되었지만, 대법원은 지분 양도의 효력을 인도네시아법과 계약상 선행조건에 따라 다시 심리하라며 원고 승소 원심을 파기환송했습니다. 납세자 승소로 끝난 판결이 아닙니다.
• 후발적 경정청구에도 같은 기준이 적용되나요?
  직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 대법원은 후발적 경정청구를 납세자가 그 사실을 증명해 감액을 청구하는 제도라고 설명해 왔으므로, 사유 발생은 납세자가 보이고 정당세액 단계에는 같은 원칙이 적용된다고 볼 수 있습니다.
• 세무서가 2개월 넘게 답하지 않아도 소송까지 갈 수 있나요?
  청구를 받은 날부터 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 심판청구 등을 할 수 있습니다. 2022두34425 사건도 2개월 동안 통지가 없던 상태를 거부처분으로 보고 본안을 판단했습니다.
• 해외 계약이 얽힌 감액 주장은 어느 나라 법으로 판단하나요?
  거래의 성격에 따라 정해집니다. 2022두34425 판결은 참여지분 일부 양도를 계약인수로 보고, 관련 당사자 모두가 계약인수의 준거법을 선택하지 않았다면 인수되는 계약의 준거법, 즉 인도네시아법으로 효력을 판단해야 한다고 했습니다.
• 소송에서 정당세액을 따로 계산해야 하나요?
  계산해 두는 편이 좋습니다. 대법원 2006두13497 판결은 당사자가 사실심 변론종결 때까지 자료를 낼 수 있고, 정당세액이 산출되면 신고 세액에서 정당세액을 뺀 부분만 취소해야 한다고 했습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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