불복·환급

경정청구 거부 소송 중에 세무서가 거부 이유를 바꾸면 어떻게 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

세무서는 사실심 변론종결 때까지 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 새 거부 이유를 낼 수 있습니다(2006두13497·2024두33914). 다만 가산세를 더하면 환급할 세액이 없다는 이유로는 거부할 수 없고, 바뀐 이유의 증명책임은 원칙적으로 세무서에 있습니다(2022두34425). 납세자도 경정청구서에 없던 감액 사유를 소송에서 보탤 수 있습니다(2002두9261).

세무서가 소송에서 처음 보는 이유를 들고 나오면 절차 위반처럼 느껴집니다. 그러나 경정청구 거부처분 취소소송에서 법원이 보는 것은 거부 통지서의 문구가 아니라 신고한 세액이 정당한 세액보다 많은지입니다. 그래서 다툼의 초점은 새 이유를 막는 데보다 그 이유가 같은 세액 안의 것인지, 세무서가 그 사실을 증명했는지에 있습니다.

이런 상담이 많습니다

D법인은 2022년 제2기 부가가치세를 신고하면서 해외 고객에게 제공한 설계 용역에 10% 세율을 적용해 매출세액 4,000만원을 냈습니다. 영세율 대상이었다는 것을 알고 2025. 4. 경정청구를 했으나 세무서는 2025. 6. 거부했고, 조세심판원도 2026. 6. 기각했습니다. D법인이 2026. 8. 소를 내자 세무서는 2026. 9. 준비서면에서 같은 과세기간에 신고하지 않은 매출세액 1,500만원과 잘못 공제받은 매입세액 1,200만원이 있고, 가산세까지 더하면 돌려줄 세금이 없다고 주장했습니다. D법인은 세무서가 소송에서 거부 이유를 바꿔도 되는지, 어디까지 받아들여지는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소송 중에 새 거부 이유를 내세워도 되나요?

됩니다. 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결의 원고는 물수건제조기를 1대 21만원 정도에 사서 투자자들에게 220만원에 파는 형식으로 자금을 모았고, 이 신용카드매출액을 부가가치세 과세표준에서 빼 달라고 경정청구를 했습니다. 원심은 실물 거래 없이 투자금만 오간 것이라고 보았습니다. 세무서는 소송에서 그 매출세액 88,800,916원을 빼더라도 신고 누락 매출세액 29,315,000원과 부당하게 공제받은 매입세액 34,262,730원을 더해야 한다고 주장했습니다.

대법원은 거부처분 취소소송의 심판 대상이 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부이고 개개의 거부 사유는 공격방어방법에 불과하므로, 세무서는 당초 사유 외의 사유도 소송에서 새로 주장할 수 있다고 했습니다. 그 주장의 당부와 정당세액을 가리지 않고 거부처분 전부를 취소한 원심은 파기되었습니다. 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두33914 판결도 과세처분 취소소송의 법리를 인용하며, 과세관청은 사실심 변론종결 때까지 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 사유를 교환·변경할 수 있다고 다시 밝혔습니다.

세무서가 내세울 수 없는 이유도 있나요?

있습니다. 같은 2006두13497 판결은 정당한 본세액이 신고·납부한 본세액에 못 미친다면, 가산세를 더한 금액이 신고 본세액을 넘더라도 그 사유만으로 경정청구를 거부할 수 없다고 했습니다. 가산세 부과처분은 본세와 별개의 처분이기 때문입니다. 위 사례에서 세무서가 든 가산세는 거부 사유가 되지 못합니다.

소송물이 그 세목·그 과세기간의 신고세액이므로 다른 과세기간이나 다른 세목의 사정을 끌어오는 것은 처분의 동일성을 벗어난다고 볼 수 있습니다. 또 새 사유가 받아들여져도 청구가 기각될 뿐 판결로 세액이 늘지는 않는다고 볼 수 있습니다. 반대로 다른 산정 근거를 들었다고 곧 위법해지는 것은 아닙니다. 대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두60745 판결에서는 조세심판원 재조사 뒤 보충적 평가방법을 적용하면 오히려 신고보다 불리해지자 과세관청이 불이익변경금지 원칙에 따라 거부를 유지했고, 대법원은 재조사 결정의 취지 안이라며 이를 위법하다고 본 원심을 파기했습니다.

바뀐 거부 이유는 누가 증명하나요?

세무서입니다. 대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 「처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다」고 했습니다. 인도네시아 석유개발사업 참여지분 일부를 외국법인에 넘겼다며 법인세 감액을 청구한 사건으로, 대법원은 이 법리에 따른 원심 판단은 정당하다고 하면서도 준거법인 인도네시아법을 심리하지 않았다는 등의 이유로 원심을 파기했습니다.

부과처분 무효확인 사건인 대법원 2023. 6. 29. 선고 2020두46073 판결도 교환·변경된 처분사유의 적법성과 전제 사실은 과세관청이 증명한다고 했습니다. 따라서 세무서가 새로 든 매출 누락이나 부당 공제도 세무서가 증명해야 한다고 볼 수 있습니다. 다만 세무서가 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명을 하면 반대 사정은 자료를 가진 납세자가 밝혀야 합니다. 증명책임 전체는 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 다룹니다.

납세자도 경정청구서에 없던 주장을 보탤 수 있나요?

보탤 수 있습니다. 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결의 원고들은 상속세 경정청구 때 공제할 채무 8억 5,200만원이 빠졌다는 주장만 했고, 원심은 소송에서 새로 낸 상속재산가액 산정의 위법은 판단 대상이 아니라고 했습니다. 대법원은 경정청구 때 주장하지 않은 사항도 거부처분 취소소송에서 새로 주장할 수 있다며 원심을 파기했습니다. 채무 부분은 증거가 부족하다는 판단이 그대로 유지되었습니다.

세무서의 새 이유와 납세자의 새 주장이 같은 정당세액 계산에 함께 들어가는 셈입니다. 정당한 세액이 산출되면 신고세액에서 정당세액을 뺀 부분만 취소되므로, 새 사유를 반영한 정당세액을 직접 계산해 내는 편이 유리합니다. 처분사유 변경 일반은 「조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?」, 후발적 경정청구 거부 소송은 「후발적 경정청구가 거부됐다면 소송에서 무엇을 다투고 누가 증명하나요?」에서 정리했습니다.

거부 이유 변경 대응 순서

• 새 이유 분류 - 준비서면의 새 사유가 같은 세목·같은 과세기간의 것인지, 가산세처럼 별개 처분인지 먼저 가립니다.
• 증명 요구 - 새 사유의 전제 사실을 세무서가 어떤 자료로 증명하는지 특정해 달라고 요구합니다.
• 반박 자료 제출 - 매출 누락이나 부당 공제 주장에는 거래 명세, 대금 흐름, 세금계산서 원본으로 답합니다.
• 정당세액 계산 - 새 사유를 받아들일 때와 배척할 때를 나눠 정당세액 계산표를 냅니다.
• 우리 쪽 사유 보충 - 경정청구 때 빠뜨린 감액 사유가 있으면 사실심 변론종결 전에 함께 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 든 새 이유가 같은 과세기간의 세액 안에 있는지와 그 전제 사실이 증명되었는지에 따라 취소 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 경정청구 거부처분 취소소송에서 처분사유 변경 대응과 정당세액 산정 주장을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구를 거부할 때 쓴 이유와 다른 이유를 세무서가 소송에서 대도 되나요?
  됩니다. 대법원 2006두13497 판결은 거부처분 취소소송의 심판 대상이 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부이고 거부 사유는 공격방어방법이므로, 세무서가 당초 사유 외의 사유를 새로 주장할 수 있다고 했습니다. 사실심 변론종결 때까지 낼 수 있습니다.
• 가산세까지 더하면 돌려줄 세금이 없다는 주장은 맞나요?
  그 이유만으로는 거부할 수 없습니다. 2006두13497 판결은 정당한 본세액이 신고 본세액보다 적다면, 가산세를 더한 금액이 신고 본세액을 넘어도 경정청구를 거부할 수 없다고 했습니다. 가산세 부과처분은 본세와 별개의 처분입니다.
• 세무서가 새로 든 이유는 제가 반박 증거를 내야 하나요?
  먼저 세무서가 증명해야 합니다. 대법원 2022두34425 판결은 처분사유 등 거부처분의 적법성 증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있다고 했습니다. 세무서가 일응의 증명을 하면 그때부터 반대 사정은 납세자가 밝혀야 합니다.
• 경정청구서에 쓰지 않은 감액 사유를 소송에서 추가할 수 있나요?
  추가할 수 있습니다. 대법원 2002두9261 판결은 상속세 경정청구 때 채무 누락만 주장했더라도 소송에서 상속재산가액 산정의 위법을 새로 주장할 수 있다며 원심을 파기했습니다. 다만 사실심 변론종결 전에 내야 합니다.
• 새 이유가 받아들여지면 오히려 세금을 더 내게 되나요?
  거부처분 취소소송은 신고세액이 정당세액보다 많은지를 다투므로, 새 이유가 받아들여져도 청구가 기각되거나 취소 범위가 줄어드는 것에 그친다고 볼 수 있습니다. 세액을 늘리려면 세무서가 별도의 증액경정을 해야 합니다.
• 법원은 얼마만큼 취소하나요?
  정당한 세액이 계산되면 감액을 구한 세액 가운데 신고세액에서 정당세액을 뺀 부분만 취소합니다. 2006두13497 판결은 정당세액을 가리지 않고 전부 취소한 원심을 파기했습니다. 새 사유를 반영한 계산표를 직접 내는 것이 좋습니다.
• 심판청구 재조사 뒤에 세무서가 다른 평가방법으로 거부를 유지했다면요?
  재조사 결정의 취지 안이라면 유지가 위법하지 않을 수 있습니다. 대법원 2022두60745 판결은 재조사 결과 보충적 평가방법을 적용하면 신고보다 불리해 거부를 유지한 처분청의 조치를 위법하다고 본 원심을 파기했습니다.

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