불복·환급

후발적 경정청구가 거부됐다면 소송에서 무엇을 다투고 누가 증명하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

경정청구 거부처분 취소소송의 심판 대상은 과세표준과 세액의 객관적 존부라서 세무서도 새 거부 이유를 낼 수 있고, 적법성 증명책임은 원칙적으로 세무서에 있습니다(2022두34425). 다만 기간이 지난 청구의 거절은 거부처분이 아니고(2017두38812), 이미 진 주장은 기판력에 막힙니다(2017두58991).

경정청구 거부처분 취소소송은 세무서가 적은 거부 이유만 놓고 다투는 소송이 아닙니다. 대법원은 그 심판 대상을 과세표준과 세액이 객관적으로 정당한지로 봅니다. 다만 청구 자체가 기간을 넘겼거나, 같은 주장으로 이미 진 판결이 있으면 본안에 들어가기 전에 막힙니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2021. 3. 토지를 팔고 양도가액 20억원으로 양도소득세를 신고했습니다. 매수인과 대금 분쟁이 생겨 2025. 11. 양도가액을 17억원으로 보는 민사판결이 확정되었고, C씨는 2026. 1. 후발적 경정청구를 했습니다. 세무서는 2026. 3. 판결이 형식적이라며 거부했고, 조세심판원도 2026. 9. 기각 결정을 통지했습니다. C씨는 소송에서 세무서가 다른 거부 이유를 새로 내세울 수 있는지, 누가 무엇을 증명해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

기간을 넘긴 경정청구가 거절되면 소송은 어떻게 되나요?

본안 판단 없이 각하됩니다. 대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결의 원고는 2014. 8. 26. 배임수재 추징금을 내고 1년 가까이 지난 2015. 8. 19. 후발적 경정청구를 했고(당시 청구기간은 2개월), 세무서는 부적법하다며 각하하는 회신을 했습니다. 대법원은 경정청구기간이 지난 청구에 대해서는 과세관청이 결정하거나 거부할 의무가 없으므로, 경정을 거절했더라도 항고소송 대상인 거부처분이 아니라며 소를 적법하다고 본 원심을 파기했습니다.

현행 청구기간은 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월이므로 청구일과 사유를 안 날을 증명할 자료부터 갖춥니다.

2개월이 지나도 답이 없으면 그대로 기다려야 하나요?

기다릴 필요가 없습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 하고, 그 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있습니다. 결정이 곤란하면 진행 상황과 불복할 수 있다는 사실을 알려야 합니다.

대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결의 원고는 인도네시아 석유개발사업 참여지분 일부를 외국법인에 넘겼다며 2018. 5. 18. 2013~2015 사업연도 법인세 감액경정을 청구했으나 2개월 안에 아무 통지를 받지 못했습니다. 대법원은 이 무응답 상태를 거부처분으로 보고 본안을 판단했고, 지분 양도를 인정한 원심을 파기했습니다.

소송에서는 누가 무엇을 증명하나요?

거부처분이 적법하다는 점은 원칙적으로 세무서가 증명합니다. 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분 취소소송도 통상의 과세처분 취소소송처럼 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부가 심판 대상이므로 「처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다」고 했습니다. 다만 세무서가 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명을 하면, 그와 상반되는 예외적 사정은 자료를 내기 쉬운 납세자가 증명해야 합니다.

이 판결은 통상의 감액경정청구 사안입니다. 후발적 경정청구에 대해서는 대법원이 2009두22379, 2014두5514, 2017두41740 등에서 납세자가 후발적 사유가 생긴 「사실을 증명하여」 감액을 청구하게 한 제도라고 설명해 왔으므로, 판결 확정이나 추징 집행 같은 사유의 발생은 납세자가 보여야 한다고 볼 수 있습니다. 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결에서는 공사대금 초과 지급을 인정한 민사판결이 56억원 세금계산서의 실제 용역 제공까지 확정하지 않았다는 이유로 납세자가 졌고, 입증책임에 관한 법리오해 주장도 받아들여지지 않았습니다. 사유가 인정된 뒤 정당세액을 가리는 단계에서는 2022두34425의 원칙이 적용된다고 볼 수 있습니다.

세무서가 소송에서 거부 이유를 바꿀 수 있나요?

바꿀 수 있습니다. 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결은 감액경정청구 거부처분 취소소송의 심판 대상이 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부이고, 개개의 거부 사유는 공격방어방법에 불과하므로 과세관청은 당초 내세운 사유 외의 사유도 소송에서 새로 주장할 수 있다고 했습니다. 사안은 투자금만 오간 가장 거래 여부가 문제된 부가가치세 사건이었고, 같은 판결은 당사자가 사실심 변론종결 때까지 정당한 세액에 관한 주장과 자료를 낼 수 있고, 정당한 세액이 산출되면 신고 세액에서 정당한 세액을 뺀 부분만 취소해야 한다며 전부 취소한 원심을 파기했습니다. 납세자도 청구서에 쓰지 않은 감액 사유를 소송에서 보탤 수 있다는 뜻으로 볼 수 있습니다.

이미 진 부과처분 소송의 주장을 경정청구로 다시 할 수 있나요?

같은 주장이라면 할 수 없습니다. 대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두58991 판결의 원고들은 대여금 이자에 대한 종합소득세 부과처분 취소소송 중 기망을 이유로 대여계약을 취소한다고 주장했다가 패소가 확정되었습니다. 그 뒤 다시 계약을 취소하고 경정청구를 했으나, 대법원은 두 소송의 소송물이 모두 같은 과세기간 이자소득의 과세표준과 세액의 객관적 존부로 같고 계약 취소는 이미 낸 공격방어방법이라며 기판력에 저촉된다고 보았습니다.

반대로 아직 다투지 않은 사유라면 통상 경정청구로 다툴 수 있었다는 사정만으로 후발적 경정청구가 막히지 않습니다(대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결). 사유가 고지 전에 이미 생겼다면 고지에 대한 취소소송에서 바로 주장할 수 있습니다(2014두5514).

세무서가 세액을 늘리는 경정을 하면 경정청구 소송은 어떻게 되나요?

증액경정처분 취소소송 하나로 모아 다툽니다. 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결은 가공매출이 문제된 부가가치세 증액경정 사건에서, 증액경정처분은 당초 신고분을 포함해 전체 세액을 다시 정하는 처분이므로 그 취소소송에서 세무서의 증액 사유뿐 아니라 당초 신고의 과다신고 사유도 함께 주장할 수 있다며 종전 판례를 변경했습니다.

다만 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결은 불복기간이나 경정청구기간이 지나 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고세액은 취소를 구할 수 없고 증액된 세액 범위에서만 취소할 수 있다고 했습니다. 거부처분 취소소송 중 증액경정처분이 나와 그 처분에도 소송을 냈다면 거부처분 취소의 소는 특별한 사정이 없으면 이익이 없습니다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결). 세무서가 늘린 세액에 대한 통상 경정청구는 처분을 안 날부터 3개월 안에 해야 합니다.

경정청구 거부처분 취소소송 대응 순서

• 기간 점검 - 사유를 안 날, 청구일, 거부 통지일, 심판 결정 통지일을 날짜순으로 맞춥니다.
• 선행 판결·증액경정 확인 - 같은 과세기간을 다툰 확정판결이나 뒤이은 증액경정처분이 있는지, 그때 낸 주장이 무엇인지 봅니다.
• 사유 증명 자료 정리 - 판결문, 해제 통지, 추징 집행 내역 등 후발적 사유를 보여 줄 원본을 모읍니다.
• 정당세액 계산 - 소송에서 일부 취소가 가능하도록 정당한 세액을 직접 계산해 둡니다.
• 새 거부 사유 대비 - 세무서가 소송에서 추가할 만한 사유를 미리 예상해 반박 자료를 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 청구가 기간 안에 이루어졌는지와 같은 과세기간에 대한 선행 판결이 있는지에 따라 소송의 결론이 달라집니다. 어떤 사유가 후발적 경정청구 사유인지는 「후발적 경정청구, 대법원은 어떤 사유를 인정하고 어떤 사유는 배척했나요?」에서 정리했습니다. 법무법인 윤성은 경정청구 거부처분에 대한 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 후발적 경정청구가 거부되면 언제까지 소송을 내야 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구나 심사청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 제소기간 90일은 불변기간이라 사정이 있어도 늘어나지 않으니 통지일을 기록해 둡니다.
• 세무서가 2개월 넘게 답이 없으면 어떻게 하나요?
  청구를 받은 날부터 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 없이도 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있습니다. 대법원 2022두34425 판결도 2개월 동안 통지가 없던 상태를 거부처분으로 보고 본안을 판단했습니다.
• 기한을 넘겨 경정청구를 했는데 거부 회신을 받았다면 소송할 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원 2017두38812 판결은 기간이 지난 청구에는 결정이나 거부를 할 의무가 없으므로 그 거절은 항고소송 대상인 거부처분이 아니라고 했습니다. 소는 각하될 수 있습니다.
• 거부처분 취소소송에서는 납세자가 다 증명해야 하나요?
  아닙니다. 대법원 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분의 적법성 증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있다고 했습니다. 다만 세무서가 일응의 증명을 하면 반대 사정은 납세자가 증명해야 하고, 후발적 사유가 생긴 사실 자체는 납세자가 보여야 한다고 볼 수 있습니다.
• 세무서가 소송에서 처음과 다른 거부 이유를 대도 되나요?
  됩니다. 대법원 2006두13497 판결은 심판 대상이 과세표준과 세액의 객관적 존부이고 거부 사유는 공격방어방법이므로 새 사유를 주장할 수 있다고 했습니다. 정당세액이 나오면 그 차액만 취소합니다.
• 부과처분 취소소송에서 진 주장을 경정청구로 다시 낼 수 있나요?
  같은 과세기간의 같은 주장이라면 어렵습니다. 대법원 2017두58991 판결은 선행 소송에서 낸 계약 취소 주장을 다시 들어 거부처분 취소를 구하는 것은 기판력에 저촉된다고 보았습니다.
• 통상 경정청구로 다툴 수 있었다면 후발적 경정청구는 안 되나요?
  그것만으로 막히지 않습니다. 대법원 2017두41740 판결은 판결로 거래 내용이 다르게 확정되었다면, 통상의 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 후발적 경정청구가 배제되지 않는다고 했습니다.
• 경정청구 소송 중에 세무서가 오히려 세금을 더 매기면 어떻게 하나요?
  증액경정처분 취소소송에서 증액 사유와 당초 신고의 과다신고 사유를 함께 다툽니다(2010두11733 전원합의체). 이 경우 기존 거부처분 취소소송은 이익이 없게 될 수 있고(2004두8972), 기간이 지난 당초 세액은 증액분 범위에서만 취소됩니다(2011두4855).

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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