주식·명의신탁

대주주가 산 지 1년 안 된 상장주식을 팔면 세율이 30%인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 중소기업이 아닌 상장회사의 대주주가 1년 미만 보유한 주식을 팔면 양도소득과세표준 전체에 30% 세율이 적용됩니다. 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목은 1년 이상 보유한 대주주 주식에만 20%와 25%의 2단계 세율을 둡니다. 신고 전에 판 주식의 취득일이 언제인지 거래내역으로 먼저 확인하십시오.

대주주 세율이 늘 20%인 것은 아닙니다. 중소기업이 아닌 회사 주식이라면 1년 넘게 보유했는지에 따라 20%와 30% 중 어느 세율인지 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 중소기업이 아닌 상장회사의 대주주입니다. 2025년 11월 추가로 사들인 주식을 2026년 5월 주가가 오르자 팔고, 대주주 세율 20%를 적용해 과세표준 1억원, 세액 2,000만원으로 예정신고했습니다. 그 뒤 세무서에서 보유기간이 1년이 안 되므로 30% 세율이 맞다는 안내를 받았습니다. 추가로 낼 세금과 가산세, 지금 할 수 있는 일을 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대주주가 1년 안에 팔면 세율이 왜 30%인가요?

중소기업이 아닌 법인의 대주주가 1년 미만 보유한 주식을 팔면 양도소득과세표준 전체에 30% 단일세율이 적용됩니다. 보유기간이 1년 이상이면 과세표준 3억원 이하는 20%, 3억원을 넘는 부분은 25%로 낮아집니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 가목은 대주주 주식을 1년 미만 보유한 중소기업 외 법인 주식과 그 밖의 주식으로 나눕니다. 단기 보유 주식에는 누진 구간 없이 30%를 곧바로 곱합니다.

중소기업 주식은 대주주가 1년 안에 팔아도 30%가 아니라 20%와 25%의 2단계 세율이 적용됩니다. 그래서 세율을 정할 때는 대주주 여부, 회사가 중소기업인지, 보유기간 순서로 확인합니다.

보유기간 1년은 어떻게 계산하나요?

보유기간은 해당 주식의 취득일부터 양도일까지로 계산하고, 상속받은 주식은 피상속인이 취득한 날을, 합병·분할로 받은 신주는 원래 주식을 취득한 날을 취득일로 봅니다. 같은 종목을 여러 번 나눠 샀다면 어느 주식을 판 것인지가 중요해집니다.

• 상속받은 주식 - 피상속인이 그 주식을 취득한 날부터 셉니다
• 합병·분할 신주 - 피합병법인이나 분할법인 주식을 취득한 날부터 셉니다(물적분할은 제외)
• 배우자·직계존비속에게 증여받은 주식 - 2025. 1. 1. 이후 증여받아 1년 안에 팔면 증여자가 취득한 날부터 셉니다
• 여러 번 나눠 산 주식 - 취득시기가 분명하지 않으면 먼저 산 주식을 먼저 판 것으로 봅니다

같은 종목을 1년 전과 최근에 나눠 산 경우 증권사 거래내역으로 실제 매도한 주식의 취득일을 구분해 두면 1년 이상 보유분에는 20% 세율을 적용할 수 있습니다. 같은 해에 1년 미만 보유분과 1년 이상 보유분을 함께 팔았다면 세율별로 과세표준을 나눠 계산합니다.

상장주식 대주주 기준은 무엇인가요?

상장주식은 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식 비율이 유가증권시장 1%, 코스닥시장 2%, 코넥스시장 4% 이상이거나 시가총액이 50억원 이상이면 대주주입니다. 최대주주 그룹이면 가족 등 특수관계인의 지분을 합산합니다.

직전 사업연도 말에는 기준에 못 미쳤어도 그 뒤 주식을 더 사서 지분율 기준을 넘으면 그 취득일 이후 양도분은 대주주 주식이 됩니다. 대주주가 아니면 증권시장에서 판 상장주식은 원칙적으로 양도소득세 과세대상이 아닙니다.

세율을 잘못 적용하면 얼마를 더 내나요?

과세표준 1억원이면 20%로 낸 세액은 2,000만원, 30%로 다시 계산한 세액은 3,000만원이어서 1,000만원을 더 내야 합니다. 여기에 과소신고가산세 100만원과 날수에 따른 납부지연가산세가 붙습니다.

과소신고가산세는 부정행위가 없으면 덜 낸 세액의 10%입니다. 세무서가 경정할 것을 미리 알기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세의 90%부터 10%까지 감면받고, 납부지연가산세는 내는 날까지 계속 늘어나므로 빨리 납부하는 편이 낫습니다.

대주주 단기 보유 주식 세율 대응 순서

• 보유기간 확인 - 증권사 거래내역서로 판 주식의 취득일과 양도일을 맞춰 1년 미만 보유분과 1년 이상 보유분을 나눕니다.
• 회사 구분 - 직전 사업연도 말 기준으로 회사가 중소기업인지 확인합니다. 중소기업이면 30% 세율은 적용되지 않습니다.
• 신고 - 주식등 양도소득금액 계산명세서에 세율 구분별로 과세표준을 적어 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 예정신고합니다.
• 수정신고 - 이미 20%로 신고했다면 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서로 차액을 납부해 가산세 감면을 받습니다.
• 다툼 - 취득일 판단이 다르다면 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상속·증여·합병으로 받은 주식이 섞여 있으면 취득 경위별 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 세율·대주주 판단을 둘러싼 과세전적부심사·심판청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중소기업 주식도 1년 미만이면 30%인가요?
  아니요, 30% 세율은 중소기업 외의 법인 주식을 대주주가 1년 미만 보유하고 판 경우에만 적용됩니다. 중소기업 주식은 대주주가 1년 안에 팔아도 과세표준 3억원까지 20%, 넘는 부분 25%입니다. 중소기업 여부는 직전 사업연도 말 기준으로 봅니다.
• 상속받은 주식은 언제부터 보유한 건가요?
  상속받은 주식은 피상속인이 그 주식을 취득한 날부터 보유기간을 셉니다. 아버지가 10년 전에 산 주식을 상속받아 몇 달 만에 팔았더라도 1년 미만 보유로 보지 않으므로, 상속 경위와 피상속인의 취득일 자료를 함께 준비합니다.
• 부모에게 증여받은 주식을 바로 팔면요?
  2025. 1. 1. 이후 배우자나 직계존비속에게 증여받은 주식을 1년 안에 팔면 증여자가 취득한 날부터 보유기간을 세고, 취득가액도 증여자의 취득가액으로 계산합니다. 증여받은 날을 기준으로 단기 보유라고 단정하지 말고 증여자의 취득 내역부터 확인합니다.
• 같은 종목을 여러 번 샀다면 어느 것을 판 건가요?
  판 주식의 취득시기가 분명하지 않으면 먼저 산 주식을 먼저 판 것으로 봅니다. 증권사 거래내역으로 매도분의 취득일이 구분되면 그에 따르므로, 1년 이상 보유분이 섞여 있다면 거래내역서를 정리해 세율별로 과세표준을 나눕니다.
• 대주주 기준 50억원은 어느 시점 주가인가요?
  상장주식 시가총액은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 최종시세가액으로 계산합니다. 그날 시세가 없으면 직전 거래일 최종시세가액을 씁니다. 올해 주가가 내려도 직전 연도 말 기준으로 이미 대주주였다면 대주주 세율이 적용됩니다.
• 예정신고를 안 했으면 어떻게 하나요?
  예정신고 기한이 지났어도 세무서가 결정해 통지하기 전까지는 기한 후 신고를 할 수 있습니다. 무신고가산세는 부정행위가 없으면 20%이고, 기한이 지난 뒤 1개월 안에 기한 후 신고하면 그 가산세의 50%를 감면받습니다.
• 30% 세율 고지를 다툴 수 있나요?
  세무서가 취득일이나 중소기업 여부를 잘못 보아 30%를 적용했다면 다툴 수 있습니다. 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있고, 거래내역과 상속·합병 서류가 중심 증거입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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