주식·명의신탁

대주주였던 주식을 다 팔고 새로 산 주식, 팔면 양도세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 전년도 말 현재 대주주였다면 올해 기존 주식을 모두 판 뒤 새로 사서 판 주식도 대주주가 양도한 주식으로 과세합니다. 상장주식 대주주는 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일 현재 보유 현황으로 정하기 때문입니다(소득세법 시행령 제157조). 지금은 새로 산 주식의 보유기간이 1년 미만인지부터 확인해 보십시오.

올해 새로 산 주식이 몇 주 안 되더라도 그해 대주주 여부는 달라지지 않습니다. 그해 대주주 여부는 전년도 말 보유 현황으로 이미 정해져 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 코스닥 상장회사 K사(중소기업 아님) 주식을 2025년 말 현재 지분율 2.5%만큼 가진 대주주였습니다. 2026년 2월 보유 주식을 전부 팔아 양도소득세를 신고했고, 4월에 주가가 내려가자 K사 주식을 소량 다시 사들였습니다. 6월에 그 주식을 팔아 과세표준 1억원의 이익이 났는데, 새로 산 주식은 지분율이 0.3%에 불과하니 소액주주 장내 매도라고 보고 신고하지 않았습니다. 이후 세무서에서 신고 안내를 받았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

올해 전량 팔고 새로 산 주식도 대주주 양도분인가요?

네, 전년도 말 현재 대주주였다면 그해에는 기존 주식을 모두 판 뒤 새로 산 주식을 팔아도 대주주가 양도한 주식으로 과세합니다. 새로 산 주식의 지분율이나 시가총액이 기준에 못 미쳐도 결론은 같습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 상장주식 중 대주주가 양도하는 주식을 과세 대상으로 정하고, 「소득세법 시행령」 제157조는 대주주를 주식을 판 해의 직전 사업연도 종료일 현재 소유 현황으로 판정합니다. 판정 기준일이 1년에 한 번으로 고정되어 있으므로, 연중에 보유 수량이 줄어도 그해 대주주 지위는 바뀌지 않습니다.

반대로 전년도 말에는 기준에 못 미쳤던 사람이 올해 주식을 사서 기준을 넘기면 그 취득일 이후부터 대주주로 봅니다. 연중 판정은 이렇게 대주주가 새로 되는 방향으로만 작동합니다.

새로 산 주식에는 어떤 세율이 붙나요?

중소기업 외 법인의 주식을 대주주가 1년 미만 보유하고 팔면 과세표준의 30% 세율을 적용합니다. 사례의 B씨는 4월에 사서 6월에 팔았으므로 과세표준 1억원에 30%를 적용한 3천만원이 본세입니다.

보유기간은 해당 주식의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다. 2월에 판 기존 주식의 보유기간을 이어 붙이지 않습니다. 같은 회사 주식을 여러 번 사고판 경우 어느 주식을 먼저 판 것인지 분명하지 않으면 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봅니다.

1년 이상 보유한 주식이거나 중소기업 주식이라면 과세표준 3억원까지 20%, 3억원 초과분은 25%를 적용합니다. 같은 해 대주주 양도분은 모두 합산해 누진세율을 계산하므로 2월 양도분과 6월 양도분의 세율 구간도 함께 확인합니다.

다음 해에도 계속 대주주로 보나요?

아니요, 다음 해의 대주주 여부는 올해 말 현재 보유 현황으로 다시 판정합니다. 올해 말 남은 주식의 지분율이 코스닥시장 기준 2%와 시가총액 50억원에 모두 못 미치면 다음 해 장내 매도분은 과세 대상에서 빠집니다.

다만 최대주주 그룹이라면 배우자·친족 등의 지분까지 더해 판단합니다. 본인 지분만 정리하고 가족 지분이 그대로 남아 있으면 다음 해에도 대주주일 수 있습니다.

이미 신고하지 않고 지나갔다면 어떻게 하나요?

세무서가 결정해 통지하기 전이라면 기한 후 신고로 바로잡는 것이 우선입니다. 무신고가산세는 납부세액의 20%이고, 신고기한이 지난 뒤 1개월 이내면 50%, 3개월 이내면 30%, 6개월 이내면 20%를 감면받습니다.

2월 양도분을 예정신고했더라도 같은 해에 누진세율 대상 주식을 두 번 이상 예정신고하고 합산해 신고하지 않았다면 다음 해 5월 확정신고를 따로 해야 합니다. 이미 결정·고지를 받았다면 대주주 판정 근거가 된 전년도 말 보유 수량과 세율 계산을 확인한 뒤 불복 여부를 판단합니다.

대주주 전량 매도 후 재매수 대응 순서

• 전년도 말 보유 확인 - 잔고증명서로 직전 사업연도 종료일 현재 지분율과 시가총액을 확인합니다. 이 결과가 그해 전체 양도분에 적용됩니다.
• 종목별 보유기간 정리 - 재매수 주식의 취득일과 양도일을 정리해 1년 미만 30% 세율 대상인지 가립니다.
• 연간 합산 계산 - 같은 해 대주주 양도분을 모두 합쳐 3억원 초과분 25% 구간에 걸리는지 계산합니다.
• 신고 - 누락분은 주식등 양도소득금액 계산명세서를 붙여 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 기한 후 신고합니다. 이미 낸 신고가 적으면 과세표준수정신고서를 냅니다.
• 불복 검토 - 고지된 세액의 세율이나 보유기간 계산에 다툴 부분이 있으면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병·분할로 받은 신주나 주식 대여가 섞여 있으면 취득일과 보유 현황 판단이 달라지므로 계좌 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 상장주식 대주주 양도소득세의 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 올해 1월에 대주주 기준을 넘게 샀다면요?
  전년도 말에는 기준에 못 미쳤더라도 올해 주식을 사서 지분율 기준을 넘기면 그 취득일 이후의 주주를 대주주로 봅니다. 기준을 넘긴 날 이후 양도분부터 과세 대상이므로 취득일별 보유 현황을 정리해 둡니다.
• 재매수 주식의 보유기간은 언제부터 세나요?
  보유기간은 그 주식의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다. 이전에 팔아 버린 같은 회사 주식의 보유기간을 이어 붙이지 않으므로 몇 달 만에 판 재매수 주식은 1년 미만 보유 주식으로 봅니다.
• 중소기업 주식이면 30%가 아닌가요?
  대주주의 1년 미만 보유 30% 세율은 중소기업 외 법인의 주식에만 적용합니다. 중소기업 주식이라면 대주주라도 과세표준 3억원까지 20%, 3억원 초과분 25% 세율을 적용합니다.
• 예정신고를 두 번 했으면 끝난 건가요?
  같은 해 누진세율 대상 주식을 두 번 이상 예정신고하고 앞선 신고분과 합산해 신고하지 않았다면 다음 해 5월 확정신고를 해야 합니다. 합산하면 3억원 초과분에 25%가 적용될 수 있기 때문입니다.
• 같은 종목을 여러 번 사고팔았으면요?
  어느 주식을 판 것인지 분명하지 않으면 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봅니다. 이 순서에 따라 취득가액과 보유기간이 정해지므로 종목별 매수·매도 내역을 날짜순으로 정리해 계산합니다.
• 가족 지분도 대주주 판정에 들어가나요?
  본인과 특수관계인 지분 합계가 그 회사 주주 가운데 가장 많은 최대주주 그룹이면 배우자와 친족 등의 지분을 더해 판단합니다. 최대주주 그룹이 아니면 본인 지분만으로 판단하므로 주주명부로 순위를 먼저 확인합니다.
• 지금 기한 후 신고하면 가산세가 줄어드나요?
  세무서가 결정해 통지하기 전에 기한 후 신고를 하면 무신고가산세를 감면받습니다. 신고기한이 지난 뒤 1개월 이내면 50%, 3개월 이내면 30%, 6개월 이내면 20%를 감면하므로 늦어질수록 감면 폭이 줄어듭니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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