양도소득세

공동 지분으로 가진 다가구주택도 1억원 이하면 2주택 중과에서 빠지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 여러 사람이 지분으로 나눠 가진 다가구주택은 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보고, 그 부분의 기준시가가 1억원 이하이면 2주택 중과에서 빠집니다. 기준시가는 개별주택가격에 전체 면적 중 구획 부분 면적의 비율을 곱해 계산한다고 국세청이 회신했습니다. 2026년 5월 9일로 중과 한시 배제가 끝났으므로 양도 당시 공시가격부터 확인해야 합니다.

다가구주택 전체 공시가격이 1억원을 넘는다고 해서 바로 중과세율로 신고할 필요는 없습니다. 내가 가진 구획 부분의 면적 비율로 나눈 금액이 1억원 이하인지 먼저 계산해 보면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 2019년에 산 다세대주택 한 채와, 2021년에 다른 두 사람과 함께 1/3씩 지분으로 산 다가구주택을 가지고 있습니다. 다가구주택은 지하 1층과 지상 2층에 층마다 한 가구가 독립해 살고, 층별 면적은 62㎡로 같습니다. 2026년 이 다가구주택의 개별주택가격은 2억7천만원이고, F씨는 2026년 11월 자기 지분을 팔려고 합니다. 두 집 모두 조정대상지역에 있다고 가정할 때, 공시가격이 1억원을 넘어 2주택 중과가 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

다가구주택 지분도 1억원 이하 주택으로 중과에서 빠질 수 있나요?

네, 여러 사람이 처음부터 지분으로 나눠 가진 다가구주택은 한 가구가 독립해 살 수 있게 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 봅니다. 그 구획 부분의 기준시가가 1억원 이하이면 2주택 중과에서 빠집니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 1세대 2주택 중과 대상에서 양도 당시 기준시가가 1억원 이하인 주택을 뺍니다. 다만 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안의 주택은 1억원 이하라도 빠지지 않습니다. 다가구주택의 주택 수는 1세대1주택 특례 규정을 준용해 구획된 부분마다 하나의 주택으로 셉니다.

다가구주택 지분의 기준시가는 어떻게 계산하나요?

다가구주택 전체의 개별주택가격에 전체 주택 면적 중 내 구획 부분의 주택 면적이 차지하는 비율을 곱해 계산합니다. 사례처럼 층별 면적이 62㎡로 같은 3가구짜리 다가구주택이면 구획 부분의 기준시가는 2억7천만원 × 62㎡ / 186㎡ = 9천만원입니다.

9천만원은 1억원 이하이므로 F씨 지분은 2주택 중과에서 빠지고 기본세율로 계산합니다. 반대로 개별주택가격이 3억3천만원이면 같은 계산으로 1억1천만원이 되어 1억원을 넘습니다.

판단 시점은 양도 당시입니다. 개별주택가격은 매년 새로 공시되므로, 새 가격이 공시되기 전에 팔면 직전 가격으로 계산합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 다가구주택을 3가구가 각각 1/3 지분씩 가진 경우 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보고, 1억원 이하 여부를 판단하는 기준시가는 개별주택가격에 전체 주택 면적 중 구획 부분 면적의 비율을 곱해 계산한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석재산-287, 2018. 5. 14.). 질의자는 다세대주택 한 채와 3개 층 다가구주택 지분 62.29/186.87을 가지고 그 지분을 모두 파는 계약을 맺었습니다.

국세청은 다가구주택 전체를 하나의 주택으로 보는 것은 한 사람이 전체를 갖고 있다가 하나의 매매단위로 통째로 파는 경우를 전제한다고 보았습니다. 처음부터 여러 사람이 지분으로 나눠 가진 다가구주택은 이에 해당하지 않는다는 것입니다.

이 회신은 층별 면적이 같고 한 층에 한 가구씩 사는 사실관계를 전제로 한 사전답변이므로, 구획 면적이나 지분 비율이 다르면 계산 결과가 달라질 수 있습니다.

다가구주택 전체를 한 주택으로 보는 때는 언제인가요?

다가구주택을 구획 부분별로 나눠 팔지 않고 하나의 매매단위로 팔면 그 전체를 하나의 주택으로 볼 수 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 시행령은 중과 판단에서 이 예외를 거주자가 선택하는 경우에만 적용한다고 정하고 있습니다.

한 사람이 다가구주택 전체를 가지고 있다가 통째로 팔 때는 전체를 한 주택으로 볼지 구획마다 주택으로 볼지에 따라 주택 수와 기준시가가 모두 달라집니다. 지분 공유자 한 사람이 자기 지분만 파는 경우는 하나의 매매단위 양도가 아니므로 구획 기준으로 계산합니다.

2026년 5월 이후 2주택 중과는 어떻게 되었나요?

2026. 5. 9.까지 양도한 보유 2년 이상 주택에 적용되던 다주택자 중과 한시 배제는 끝났습니다. 시행령은 그 뒤에도 토지거래허가를 2026. 5. 9.까지 신청했거나 그날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 주택 일부에 대해 정해진 기간 안의 양도만 예외로 두었습니다.

그래서 2026년 11월처럼 그 뒤에 파는 조정대상지역 주택은 1억원 이하 같은 다른 중과 제외 사유가 없으면 기본세율에 20%p를 더한 세율이 적용됩니다. 다가구주택 지분의 구획 기준시가 계산이 세율을 가르는 이유입니다.

다가구 지분 1억원 이하 중과 제외 대응 순서

• 소재지 확인 - 두 집이 양도 당시 조정대상지역에 있는지 확인합니다. 조정대상지역이 아니면 2주택 중과는 문제 되지 않습니다.
• 구획 면적 확인 - 건축물대장과 등기부로 층별 면적과 내 지분, 가구 구획을 확인합니다.
• 기준시가 계산 - 양도 당시 개별주택가격에 구획 면적 비율을 곱해 1억원 이하인지 봅니다. 새 가격 공시일 전후를 확인합니다.
• 정비구역 확인 - 토지이용계획확인서로 정비구역이나 소규모주택정비 사업시행구역인지 봅니다. 해당하면 1억원 이하라도 중과됩니다.
• 신고와 불복 - 기본세율로 신고했는데 중과로 고지되면 90일 안에 심판청구를, 중과로 더 냈다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 층별 면적이 다르거나 지분 비율과 구획이 맞지 않는 다가구주택은 건축물대장과 공유 약정서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 경정청구와 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지분 비율과 층 면적이 다르면 어떻게 계산하나요?
  국세청 회신은 개별주택가격에 전체 주택 면적 중 구획된 부분의 주택 면적이 차지하는 비율을 곱하라고 했습니다. 회신 사안은 층별 면적과 지분 비율이 같아 결과가 같았습니다. 둘이 다르면 계산 기준을 두고 다툼이 생길 수 있으므로 건축물대장과 공유 약정서를 함께 봐야 합니다.
• 1억원 이하 주택은 주택 수에서도 빠지나요?
  아니요, 1억원 이하 규정은 그 주택을 팔 때 중과세율을 적용하지 않는다는 것이고 주택 수에서 빼 주는 규정은 아닙니다. 그래서 1억원 이하 지분을 가진 채 다른 집을 팔면 그 집은 2주택 중과 대상이 될 수 있습니다. 주택 수에서 빠지는 것은 지방 3억원 이하 주택 등입니다.
• 재개발 구역 안 다가구 지분도 빠지나요?
  아니요, 정비구역으로 지정·고시된 지역이나 소규모주택정비 사업시행구역 안에 있는 주택은 기준시가가 1억원 이하라도 중과 제외에서 빠집니다. 주거환경개선사업 구역의 주택을 그 사업시행자에게 파는 경우만 다시 예외로 둡니다. 토지이용계획확인서로 먼저 확인해야 합니다.
• 공시가격이 바뀌기 전에 팔면 어느 가격을 쓰나요?
  새로운 기준시가가 고시되기 전에 양도하면 직전의 기준시가에 따릅니다. 개별주택가격은 매년 새로 공시되므로 잔금일이 새 가격 공시 전인지 후인지에 따라 1억원 판단이 달라질 수 있습니다. 양도일은 원칙적으로 잔금 청산일입니다.
• 한 사람이 다가구 전체를 가졌다면 어떻게 보나요?
  구획 부분별로 나눠 팔지 않고 하나의 매매단위로 팔면 전체를 하나의 주택으로 볼 수 있습니다. 다만 중과 판단에서는 거주자가 이 방식을 선택한 경우에만 적용합니다. 선택하지 않으면 구획 부분마다 하나의 주택으로 세게 됩니다.
• 중과가 되면 세율은 얼마나 높아지나요?
  조정대상지역의 1세대 2주택 중과 대상 주택은 기본세율에 20%p를 더한 세율을 적용합니다. 보유기간이 2년 미만이면 중과세율로 계산한 세액과 단기 보유 세율로 계산한 세액 중 큰 쪽을 냅니다. 2026. 5. 9.로 한시 배제가 끝나 지금 양도분에는 다시 적용됩니다.
• 중과로 고지되면 언제까지 다투나요?
  세무서가 다가구 전체 공시가격으로 1억원 초과라고 보아 중과세율로 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 이미 중과로 신고·납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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