양도소득세

다주택자가 집을 팔아 1주택만 남으면 보유·거주 2년을 다시 채워야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 지금은 다른 집을 다 팔고 1주택만 남았더라도 보유기간은 그 집을 처음 취득한 날부터, 거주기간은 처음 전입한 날부터 세며 다시 채울 필요가 없습니다. 기획재정부는 2021년 1월 14일 회신에서 최종 1주택이 된 날부터 보유기간과 거주기간을 모두 새로 센다고 답했지만, 그 근거였던 재기산 규정이 2022년 5월 31일 삭제되어 현행 「소득세법 시행령」은 취득일부터의 보유기간과 전입일부터의 거주기간만 봅니다. 지금은 남은 집의 등기접수일과 주민등록 전입·전출일을 확인해 2년이 채워졌는지 세어 두십시오.

최종 1주택이 된 뒤 2년을 더 보유하거나 다시 들어가 살 필요는 없습니다. 2022년 5월 10일 이후 양도분부터 취득일과 전입일 기준으로만 판단하므로, 예전에 이 집에서 2년을 채웠다면 그 기간이 그대로 인정됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2018년 4월 조정대상지역 아파트를 사서 바로 입주해 2020년 4월까지 2년 넘게 살다가 직장 문제로 전셋집으로 이사했습니다. 2019년 5월에는 다른 아파트를 한 채 더 샀고, 이 집을 2025년 3월에 팔아 지금은 2018년에 산 아파트 한 채만 남았습니다. A씨는 2021년에 들은 대로 마지막 집이 된 2025년 3월부터 다시 2년을 보유하고 2년을 더 살아야 비과세가 되는지 물었습니다. 현행 규정으로는 2018년 4월 취득일부터 보유 2년, 2018년부터 2020년까지 거주 2년이 이미 채워져 있어 지금 팔아도 1세대 1주택 비과세 대상입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청과 기획재정부는 최종 1주택의 거주기간을 어떻게 해석했나요?

회신 당시에는 보유기간과 거주기간을 모두 최종 1주택이 된 날부터 새로 센다는 것이 결론이었습니다. 국세청은 기준-2020-법령해석재산-0157(2021. 1. 25.) 과세기준자문에서 기획재정부 재산세제과-35(2021. 1. 14.)를 참고하라고 답했는데, 그 회신에 실린 기획재정부 해석은 2주택 이상을 가진 1세대가 다른 주택을 모두 팔고 취득 당시 조정대상지역에 있던 1주택만 남은 사안에서 보유기간만 새로 세는지 거주기간도 새로 세는지를 묻는 질의에 「보유 및 거주기간 모두 새로 기산한다」는 제1안이 맞다고 답했습니다. 당시 시행령 제154조 제5항 단서가 2주택 이상 보유 세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 정하고 있었고, 거주기간은 그 보유기간 중의 거주기간이므로 같이 다시 센다고 본 것입니다. 이 회신은 2018년 4월 취득한 주택에 2년 거주한 뒤 2020년 5월 이사를 나가고 2021년 5월 다른 주택을 양도한 사실관계를 전제로 했으므로, 그 전제에서는 이미 채운 거주 2년이 인정되지 않았습니다.

이 결론은 현행법에서 더 이상 유지되지 않습니다. 재기산 규정 자체가 없어졌기 때문에 회신이 전제한 조문이 사라졌고, 지금 같은 질문을 하면 답은 「다시 세지 않는다」입니다.

회신 이후 보유기간 계산은 어떻게 바뀌었나요?

2022년 5월 31일 개정으로 제154조 제5항 단서의 최종 1주택 재기산 규정이 삭제됐습니다. 2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제154조 제5항은 보유기간 계산을 소득세법 제95조 제4항에 따르도록 하고, 그 조문은 보유기간을 자산의 취득일부터 양도일까지로 정합니다. 거주기간은 제154조 제6항에 따라 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지입니다. 다주택이었던 기간이 중간에 끼어 있어도 보유기간과 거주기간은 끊기지 않습니다.

개정 시행령 부칙은 이 개정을 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하고, 그 전에 양도한 주택의 보유기간은 종전 규정에 따르도록 했습니다.

남은 집이 취득 당시 조정대상지역에 있었다면 보유 2년에 더해 보유기간 중 거주 2년이 있어야 하고, 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 보유 2년만 있으면 됩니다. 거주 2년은 보유기간 중 어느 때라도 채웠으면 되므로, 예전에 2년을 살고 지금은 세를 주고 있어도 요건을 갖춘 것입니다. 조정대상지역 지정은 국토교통부 고시로 바뀌므로 취득일 기준으로 지정 여부를 확인합니다.

• 보유기간 - 취득일(잔금일과 등기접수일 중 빠른 날)부터 양도일까지. 다주택 기간 포함.
• 거주기간 - 주민등록 전입일부터 전출일까지. 여러 번 나눠 살았으면 합산.
• 조정대상지역 취득 - 보유 2년과 보유기간 중 거주 2년. 2017년 8월 3일 이후 취득분에 적용.
• 멸실·재건축 - 멸실된 주택과 재건축한 주택의 기간을 통산.
• 동일세대 상속 - 상속 전 같은 세대로 거주·보유한 기간을 통산.

재기산 기준으로 이미 세금을 냈다면 돌려받을 수 있나요?

2022년 5월 10일 이후 양도한 주택을 재기산 규정에 따라 과세로 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 개정 전 규정이 적용되는 2022년 5월 9일 이전 양도분은 당시 규정대로 재기산이 적용되므로 되돌릴 수 없고, 어느 날 양도했는지는 잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날로 정합니다. 경정청구를 받은 세무서장은 2개월 안에 결정·경정하거나 거부 사유를 통지해야 하고, 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

최종 1주택 비과세 대응 순서

• 양도 시점 확인 - 남은 집의 양도 예정일이 2022년 5월 10일 이후인지 봅니다. 이후라면 재기산 없이 취득일·전입일 기준입니다.
• 취득 당시 지역 확인 - 남은 집 취득일에 조정대상지역이었는지 고시로 확인합니다. 거주 2년 요건이 붙는지가 갈립니다.
• 기간 계산 - 등기사항증명서로 보유기간을, 주민등록표 초본으로 거주기간을 셉니다. 전입·전출이 여러 번이면 합산합니다.
• 고가주택 계산 - 양도가액 12억원 초과분은 과세되므로 장기보유특별공제 표2(보유·거주 각 최대 40%)로 세액을 미리 계산합니다.
• 신고와 불복 - 양도월 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하고, 이미 재기산으로 낸 세금은 5년 안에 경정청구를, 비과세 부인 고지는 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 남은 집이 상속·증여로 받은 집이거나 중간에 세대 분리·합가가 있었거나 오피스텔처럼 용도가 바뀐 적이 있으면 등기와 주민등록, 건축물대장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 최종 1주택 재기산은 언제 없어졌나요?
  2022년 5월 31일 소득세법 시행령 개정으로 제154조 제5항 단서가 삭제됐습니다. 그 뒤로는 보유기간을 소득세법 제95조 제4항에 따라 취득일부터 양도일까지로 세고, 거주기간은 전입일부터 전출일까지로 셉니다. 2021년 기획재정부 회신은 삭제된 단서를 전제로 한 것이라 지금은 적용되지 않습니다.
• 예전에 2년 살고 지금 세를 줬는데 거주 요건이 되나요?
  됩니다. 취득 당시 조정대상지역 주택은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이면 되고, 양도일 현재 살고 있을 필요는 없습니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 세므로 과거에 채운 2년이 그대로 인정됩니다. 여러 번 나눠 살았으면 합산합니다.
• 다주택이었던 기간은 보유기간에서 빠지나요?
  아닙니다. 현행 규정은 보유기간을 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 정하고 다주택 기간을 빼는 규정이 없습니다. 2022년 5월 31일 개정 전에는 다른 집을 모두 판 날부터 다시 셌지만 지금은 처음 취득일부터 이어서 셉니다.
• 재기산 때문에 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?
  양도일이 2022년 5월 10일 이후라면 가능성이 있습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 하면 세무서장은 2개월 안에 결정하거나 거부 사유를 통지해야 합니다. 2022년 5월 9일 이전 양도분은 당시 재기산 규정이 적용되므로 되돌리기 어렵습니다.
• 남은 집이 비조정지역이면 거주 요건이 있나요?
  없습니다. 거주 2년 요건은 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에만 붙고, 그 밖의 주택은 보유 2년만 갖추면 됩니다. 취득일 당시 지정 여부는 국토교통부 고시로 확인하며, 나중에 지정되거나 해제됐더라도 취득 당시를 기준으로 봅니다.
• 집을 헐고 다시 지었으면 보유기간이 끊기나요?
  끊기지 않습니다. 보유 중 소실·무너짐·노후로 멸실되어 재건축한 주택은 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산합니다. 상속받은 주택으로 상속인과 피상속인이 같은 세대였다면 상속 전 같은 세대로 거주·보유한 기간도 통산합니다.
• 12억원 넘는 집은 비과세가 안 되나요?
  양도가액 12억원까지는 비과세되고 초과분만 과세됩니다. 초과분에는 보유기간별 최대 40%와 거주기간별 최대 40%를 합한 장기보유특별공제 표2가 적용되므로, 보유와 거주가 길수록 세금이 줄어듭니다. 예정신고는 양도월 말일부터 2개월 안입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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