법인세·소득세

동업자가 각자 낸 지역 건강보험료도 공동사업장 경비로 넣을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

공동사업 구성원이 지역가입자로서 낸 건강보험료와 장기요양보험료는 공동사업장 소득금액을 계산할 때 필요경비로 넣고 손익분배비율대로 나눕니다. 장부에서 빠졌다면 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있지만, 국민연금 보험료는 경비가 아니라 각자의 연금보험료공제 대상이고, 추계신고한 연도는 따로 빼기 어렵습니다.

동업으로 상가를 임대하거나 가게를 운영하면 소득금액은 공동사업장 단위로 먼저 계산한 뒤 손익분배비율대로 나눕니다. 그래서 구성원 각자가 개인 통장에서 낸 비용은 공동사업장 장부에 들어가지 않아 경비에서 빠지는 일이 생깁니다. 대표적인 것이 구성원 본인의 지역가입자 건강보험료입니다.

이런 상담이 많습니다

F씨와 G씨는 2021년부터 상가 건물을 반씩 소유해 공동으로 임대하고 있습니다. 직원이 없어 두 사람 모두 지역가입자이고, 임대소득이 반영된 건강보험료를 각자 해마다 600만원가량 냈습니다. 공동사업장 장부에는 관리비·수선비만 들어가 있고 건강보험료는 빠져 있었습니다. 2026. 8. 세무대리인을 바꾸면서 이 사실을 안 두 사람은 지난 몇 년 치를 돌려받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

동업자가 개인적으로 낸 건강보험료도 공동사업장 경비인가요?

사업자가 지역가입자로서 부담하는 국민건강보험료와 노인장기요양보험료는 사업소득의 필요경비입니다. 직원이 있어 사업자 본인이 직장가입자인 경우에도 사용자 본인이 부담하는 보험료는 필요경비에 넣습니다.

국세청은 공동사업 구성원이 지역가입자로서 낸 건강보험료를 공동사업장의 소득금액을 계산할 때 필요경비에 넣는다고 봅니다. 구성원 개인의 비용으로 따로 빼는 것이 아니라, 공동사업장 경비로 넣은 뒤 손익분배비율대로 나누는 방식입니다.

이렇게 하면 구성원마다 보험료가 달라도 공동사업장 경비 총액에 합쳐져 손익분배비율로 나뉩니다. 보험료를 많이 낸 사람과 적게 낸 사람 사이의 정산은 동업 계약으로 정해 두는 것이 좋습니다.

직원을 고용한 공동사업장이라면 직원 몫으로 사업장이 부담한 건강보험·고용보험료도 사용자 부담분으로 필요경비입니다. 구성원 본인이 직장가입자가 되어 낸 보험료와 함께 사업장 통장에서 빠져나갔는지, 구성원 개인 통장에서 나갔는지에 따라 장부 누락 여부가 갈리므로 납부 계좌부터 확인해야 합니다.

국민연금 보험료도 같은 방식으로 처리하나요?

아닙니다. 국민연금 보험료는 사업소득의 필요경비가 아니라 종합소득공제인 연금보험료공제 대상입니다. 구성원 각자가 자기 종합소득세 신고에서 납부한 전액을 공제받습니다. 공동사업장 경비로 넣으면 세무조사에서 경비가 부인되고 각자 공제로 옮겨야 합니다. 반대로 구성원 개인 신고에서 연금보험료공제를 빠뜨렸다면 그 부분도 5년 안에 경정청구할 수 있습니다.

지난 5년 치 건강보험료를 경정청구할 수 있나요?

공동사업장 경비에서 빠진 건강보험료는 신고한 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액보다 많은 경우에 해당하므로 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 안이어야 하고, 연도별로 따로 기한을 셉니다.

F씨와 G씨의 경우 해마다 두 사람의 보험료 1,200만원이 공동사업장 경비에 더해지고, 손익분배비율 50%에 따라 각자의 소득금액이 600만원씩 줄어듭니다. 각자 24% 세율 구간이라면 한 해 144만원씩(지방소득세 별도) 세금이 줄어듭니다.

다만 장부 없이 기준경비율이나 단순경비율로 추계신고했다면 필요경비가 경비율로 정해지므로, 건강보험료를 따로 더 빼 달라는 경정청구는 받아들여지기 어렵습니다. 장부를 써서 신고한 연도인지부터 확인해야 합니다.

공동사업장 소득금액이 바뀌는 청구이므로 구성원 한 사람만 낼 것이 아니라 모든 구성원이 같은 계산으로 함께 내는 것이 좋습니다. 이미 동업을 끝내고 탈퇴한 구성원도 공동사업을 하던 연도의 소득세에 대해서는 5년 안이면 청구할 수 있으므로, 연락이 닿는 대로 같은 계산표를 공유해 두는 것이 좋습니다. 청구서에는 연도별 보험료 납부확인서와 공동사업장 소득금액 재계산표, 구성원별 분배 내역을 붙입니다.

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

개인 비용을 공동사업장 경비로 넣으면 문제가 되나요?

공동사업장 경비는 그 공동사업의 수입을 얻는 데 들어간 비용이어야 합니다. 구성원 개인의 생활비나 다른 사업의 비용을 넣었다가 세무조사에서 부인되면 공동사업장 소득금액이 늘어나 손익분배비율대로 구성원에게 나뉘고, 구성원마다 늘어난 세액에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세를 냅니다. 사업장 단위로 매기는 일부 가산세도 손익분배비율로 나눕니다.

차입금 이자도 같습니다. 동업 자금을 마련하려고 구성원이 개인적으로 받은 대출의 이자가 공동사업장 경비인지는 대출의 용도와 실제 사용처로 따지며, 이 쟁점은 「공동사업 필요경비 대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35585 판결 - 출자금을 마련하려고 받은 대출의 이자도 공동사업장 비용인가요? 필요경비 판단 기준과 경정청구 기한까지」에서 자세히 설명했습니다.

공동사업자 건강보험료 경정청구 대응 순서

• 납부 내역 확보 - 구성원별 건강보험료·장기요양보험료 납부확인서를 연도별로 받습니다.
• 장부 누락 확인 - 공동사업장 신고서의 필요경비에 보험료가 들어갔는지 대조합니다.
• 연도별 세액 재계산 - 손익분배비율로 나눈 소득금액 감소분과 세율 구간을 따져 환급액을 계산합니다.
• 구성원 공동 청구 - 같은 계산서로 모든 구성원의 경정청구서를 함께 냅니다.
• 거부 시 불복 - 받아들여지지 않으면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 구성원의 건강보험 가입 형태와 손익분배비율, 각자의 세율 구간에 따라 돌려받을 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 공동사업자 종합소득세 경정청구, 공동사업장 경비 부인에 대한 세무조사 소명과 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공동사업자 건강보험료는 누구 경비로 넣나요?
  국세청은 공동사업 구성원이 지역가입자로서 낸 건강보험료를 공동사업장 소득금액을 계산할 때 필요경비에 넣는다고 봅니다. 그 뒤 공동사업장 소득금액을 손익분배비율대로 나누므로 구성원 모두의 소득금액이 줄어듭니다.
• 장기요양보험료도 경비가 되나요?
  지역가입자나 직장가입자인 사용자 본인이 부담하는 노인장기요양보험료도 건강보험료와 함께 사업소득의 필요경비에 넣습니다. 건강보험료 고지서에 함께 나오므로 납부확인서로 금액을 확인하면 됩니다.
• 국민연금도 공동사업장 경비로 넣을 수 있나요?
  국민연금 보험료는 필요경비가 아니라 종합소득공제인 연금보험료공제 대상입니다. 구성원 각자가 자기 종합소득세 신고에서 낸 전액을 공제받고, 공동사업장 경비로 넣었다면 세무조사에서 부인될 수 있습니다.
• 몇 년 치까지 돌려받을 수 있나요?
  종합소득세 법정신고기한이 지난 후 5년 안이면 경정청구할 수 있습니다. 2021년분은 2027. 5. 31.까지이고, 성실신고확인대상 사업자는 신고기한이 6. 30.이므로 그만큼 늦어집니다.
• 구성원 중 한 사람만 경정청구해도 되나요?
  각자 자기 소득세에 대해 청구할 수 있지만 공동사업장 소득금액 계산이 바뀌는 청구입니다. 같은 계산으로 모든 구성원이 함께 내야 세무서 판단이 엇갈리지 않고 처리도 빠릅니다.
• 경정청구 결과가 오지 않으면 어떻게 하나요?
  세무서는 청구일부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 그때까지 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 받기 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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