부가가치세

인허가 조건으로 지은 도로를 지자체에 기부채납하면 부가세가 면제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 사업 승인을 받는 조건으로 도로를 지어 지방자치단체에 기부채납하더라도 그에 상응하는 대가를 받지 않으면 부가가치세가 면제됩니다. 국세청은 인허가는 간접적으로 기대되는 효과일 뿐 기부채납의 대가가 아니라고 회신했습니다. 협약서에 무상사용권이나 감면 같은 반대급부가 있는지부터 확인하십시오.

인허가를 받으려고 도로를 지어 준 것이니 대가를 받은 거래라고 보아 세금계산서를 발급할 필요는 없습니다. 인허가와 기부채납 사이의 막연한 관련만으로는 대가 관계가 생기지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

G에너지 법인은 2025년 기존 발전소 옆에 발전설비를 늘리려고 실시계획 승인을 신청했습니다. 승인 과정에서 관할 군이 사업부지에 들어가 없어지는 군도를 대신할 도로를 새로 내 달라고 요구했고, 법인은 이를 조건으로 승인을 받았습니다. 법인은 대체도로를 지어 군에 기부채납하되 사용권 같은 권리는 받지 않기로 했고, 공사비 약 30억원은 발전설비 취득 부대비용으로 처리할 예정입니다. 법인은 기부채납에 부가가치세가 붙는지, 공사비 매입세액은 공제되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지방자치단체에 무상으로 넘기는 재화는 왜 면세되나요?

국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 등에 무상으로 공급하는 재화나 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 대가 없이 공공에 넘기는 공급에 세금을 매길 이유가 없다는 취지입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 이를 면세 대상으로 명시합니다. 사업자가 도로나 공원 같은 공공시설을 지어 지방자치단체에 소유권을 넘기는 기부채납이 대표적인 예입니다.

인허가 조건으로 하는 기부채납도 무상 공급인가요?

네, 인허가나 사업 승인을 받는 조건으로 기부채납하더라도 그에 상응하는 대가를 받지 않으면 무상 공급으로 보아 면세됩니다. 인허가를 받는 것은 간접적으로 기대되는 효과일 뿐 지방자치단체가 기부채납의 대가로 용역을 공급하거나 돈을 주는 것은 아니기 때문입니다.

• 면세 - 인허가 조건으로 도로를 짓고 소유권만 넘기며 아무 권리를 받지 않는 경우
• 과세 - 기부채납하고 그 시설이나 다른 재산의 무상사용·수익권을 얻는 경우
• 과세 - 기부채납과 맞바꿔 사용료 감면이나 보상금을 받는 경우

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 전기공급업자가 전원개발사업 실시계획을 승인받는 조건으로 관할 지방자치단체 등의 의견을 들어 그 지방자치단체에 도로를 기부채납하고 이에 상응하는 대가를 받지 않으면 부가가치세가 면제된다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석부가-0362, 2015. 11. 12.).

검토 의견은 인허가와 기부채납 시설 사이에 포괄적인 대가 관계가 있다고 볼 여지도 있지만, 이는 간접적으로 기대되는 주관적 효과에 불과하다고 보았습니다. 기부채납 뒤 어떤 권리도 받지 않는 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 협약서에 사용권이나 감면 조항이 있으면 결론이 달라집니다.

도로 공사비 매입세액은 공제받을 수 있나요?

기부채납 자체는 면세이지만, 도로를 짓는 공사가 과세사업인 발전사업을 하려고 지출한 것이면 그 공사 관련 매입세액은 공제받을 수 있습니다. 매입세액 공제는 그 지출이 과세사업과 관련됐는지로 판단하기 때문입니다.

대법원도 매입세액 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있고, 지출한 비용이 면세 재화를 위한 것이냐로 정하지 않는다고 보았습니다.

다만 면세사업등에 관련된 매입세액이나 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액은 공제하지 않습니다. 공사비에 사업자 자신의 토지를 조성하는 비용이 섞여 있다면 그 부분은 따로 나눠 봅니다.

무상사용권을 받으면 왜 과세되나요?

기부채납의 대가로 그 시설이나 다른 재산을 무상으로 쓰고 수익할 권리를 받으면, 시설과 권리를 맞바꾸는 교환으로 보아 과세 공급이 됩니다. 이때 공급가액은 기부채납의 근거 법률에 따라 기부채납된 가액입니다.

이 경우 사업자는 지방자치단체에 세금계산서를 발급하고 매출세액을 신고해야 합니다. 같은 도로라도 협약서에 사용권 조항이 들어가는지에 따라 면세와 과세가 갈리므로, 협약 문구를 확정하기 전에 판단해 두는 것이 좋습니다.

인허가 조건 기부채납 부가세 대응 순서

• 조건 확인 - 실시계획 승인서와 관계 기관 의견서에서 기부채납 조건과 반대급부 유무를 확인합니다.
• 협약서 점검 - 기부채납 협약서에 무상사용권, 사용료 감면, 보상 조항이 있는지 봅니다.
• 증빙 결정 - 대가가 없으면 면세 공급으로 계산서를 발급하고, 대가가 있으면 세금계산서를 발급합니다.
• 매입세액 정리 - 도로 공사 매입세액을 과세사업 관련분과 토지 관련분으로 나눠 신고합니다.
• 불복 검토 - 공제가 부인되면 세무조사 결과 통지 30일 이내 과세전적부심사, 납부고지 뒤 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기부채납 시설을 다시 위탁받아 관리하거나 운영권을 받는 구조라면 협약서 조항별로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 기부채납과 매입세액 공제를 둘러싼 부가가치세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기부채납하고 받은 세금계산서 매입세액도 공제되나요?
  기부채납용 도로 공사가 과세사업을 위한 것이면 공사 관련 매입세액은 공제받을 수 있습니다. 매입세액 공제는 그 지출이 과세사업과 관련됐는지로 판단하고, 면세사업등이나 토지 관련분은 제외됩니다.
• 기부채납하고 20년 무상사용권을 받으면요?
  기부채납의 대가로 시설의 무상사용·수익권을 받으면 시설과 권리를 맞바꾸는 교환으로 보아 과세됩니다. 공급가액은 근거 법률에 따라 기부채납된 가액이고, 사업자는 세금계산서를 발급해야 합니다.
• 국가 공기업에 기부채납해도 면세인가요?
  면세 대상은 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합과 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 경우입니다. 공기업이 여기에 해당하는지는 근거 법령과 시행령 범위를 따로 확인해야 합니다.
• 면세 기부채납인데 세금계산서를 발급했다면요?
  면세 거래에 세금계산서를 발급했다면 처음 내용대로 붉은색 글씨나 음의 표시를 해 수정세금계산서를 발급해 정리합니다. 받은 지방자치단체 쪽 처리도 함께 맞춥니다. 매출 신고도 면세로 고칩니다.
• 도로 공사비에 내 땅 조성 비용이 섞였다면요?
  대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액은 공제하지 않습니다. 공사비 가운데 사업자 자신의 토지를 조성하는 비용이 있으면 그 부분을 나눠 불공제로 처리하는 것이 안전합니다. 공사 내역서를 공종별로 받아 두면 구분이 쉽습니다.
• 세무조사에서 매입세액 공제를 부인하면요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤라면 90일 이내 심판청구를 하고, 공사가 과세사업을 위한 것이라는 자료를 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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