양도소득세

어린이집을 살 때 낸 시설권리금, 상가로 바꿔 팔 때 필요경비로 뺄 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 어린이집을 사면서 토지·건물값과 별도로 지급한 시설권리금은 그 어린이집을 근린생활시설로 용도변경해 팔 때 양도차익에서 빼는 필요경비가 되지 않습니다. 국세청은 기획재정부 해석을 인용해 양도일 현재 사업용 고정자산과 함께 넘기지 않는 영업권은 양도소득의 어느 항목에도 들어가지 않아 그 가액을 필요경비로 인정할 수 없다고 회신했습니다. 지금은 매매계약서에서 토지·건물값과 권리금이 어떻게 나뉘어 있는지부터 확인해야 합니다.

권리금 영수증이 있다고 해서 그 금액을 건물 취득가액에 얹어 신고할 필요는 없습니다. 권리금은 토지·건물이 아니라 영업권의 대가로 지급한 돈이므로, 용도를 바꿔 건물만 팔 때는 빼 주지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2016년 운영 중이던 어린이집을 토지 8억원, 건물 7억원, 시설권리금 2억원 합계 17억원에 샀습니다. 2024년 7월 건물을 팔기로 계약하면서 잔금 전에 어린이집을 근린생활시설로 용도변경해 넘기기로 특약을 두었고, 2025년 3월 용도변경을 마친 상태로 잔금을 받았습니다. A씨는 양도소득세를 계산하면서 처음 낸 시설권리금 2억원도 취득가액에 넣어 빼고 싶다고 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어린이집 시설권리금은 왜 필요경비가 안 되나요?

시설권리금은 토지나 건물이 아니라 영업권을 사면서 낸 돈이기 때문입니다. 양도소득세의 필요경비는 양도한 자산 자체의 취득에 든 실지거래가액과 자본적지출액, 양도비로 한정됩니다. 양도차익은 토지·건물·영업권 같은 자산별로 따로 계산하므로, 영업권 취득에 쓴 돈을 토지나 건물의 취득가액에 보탤 수 없습니다. 어린이집을 근린생활시설로 바꿔 건물만 팔면 영업권은 함께 넘어가지 않으므로, 그 영업권의 취득가액을 빼 줄 양도차익 자체가 없습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」 제97조와 시행령 제163조도 같은 구조입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 어린이집과 함께 시설권리금을 취득한 뒤 어린이집을 근린생활시설로 용도변경해 판 경우, 당초 지급한 시설권리금 가액은 소득세법 제97조의 필요경비에 해당하지 않는다고 회신했습니다(사전-2023-법규재산-0131, 2024. 6. 20.). 회신은 기획재정부 조세정책과-1148(2024. 6. 18.) 해석을 인용했고, 기획재정부는 필요경비 미해당(제1안)이 타당하다고 보았습니다. 질의자는 2013년 어린이집을 토지 7억원, 건물 6억 2천만원, 시설권리금 1억 8천만원 합계 15억원에 샀고, 2022년 7월 매매계약을 맺으면서 잔금 전에 근린생활시설로 용도변경하기로 특약을 둔 뒤 2023년 3월 용도변경된 상태로 팔았습니다.

판단 이유는 이렇습니다. 양도차익은 자산별로 계산하고, 양도소득의 범위는 소득세법 제94조 제1항 각 호별로 나뉩니다. 영업권은 사업에 쓰는 토지·건물과 함께 넘길 때만 기타자산으로 양도소득이 되는데, 양도일 현재 어린이집이라는 사업용 고정자산과 함께 넘기지 않는 별도 영업권은 제94조 제1항 어느 호에도 들어가지 않습니다. 그런 영업권의 가액을 토지·건물 양도차익의 필요경비로 인정할 수는 없다는 것입니다. 이 회신은 시설권리금이 소득세법상 영업권에 해당한다는 전제와 잔금 전에 용도변경을 마쳤다는 사실관계를 바탕으로 하므로, 어린이집 영업을 그대로 넘기면서 토지·건물과 영업권을 함께 판 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

어린이집을 그대로 넘기면 권리금을 뺄 수 있나요?

어린이집 영업을 유지한 채 토지·건물과 함께 영업권을 넘기면 그 영업권 양도는 기타자산의 양도로 양도소득세 대상이 되고, 영업권 양도가액에서 영업권 취득에 든 실지거래가액을 필요경비로 뺍니다. 매매계약서에 영업권 가액을 따로 적지 않았더라도 사회통념상 자산에 포함돼 함께 넘어간 것으로 인정되는 영업권은 기타자산에 들어갑니다. 토지·건물과 영업권의 가액 구분이 불분명하면 기준시가 등을 고려해 안분계산합니다.

• 영업권과 함께 양도 - 영업권 양도차익은 영업권 양도가액에서 영업권 취득가액을 빼서 계산합니다.
• 용도변경 후 건물만 양도 - 영업권은 넘어가지 않으므로 권리금을 필요경비로 뺄 수 없습니다.
• 가액 구분 - 토지·건물·영업권 가액은 계약서에 따로 적고, 구분이 불분명하면 안분계산합니다.

그러면 무엇을 필요경비로 뺄 수 있나요?

토지와 건물 취득에 든 실지거래가액, 취득세·등록면허세 등 취득 부대비용, 용도변경이나 시설 개량에 든 자본적지출액, 중개수수료 같은 양도비를 뺄 수 있습니다. 용도변경 공사비처럼 건물의 가치를 높이거나 용도를 바꾸는 데 든 비용은 자본적지출액으로 인정될 수 있으므로 세금계산서·이체내역을 갖춰 두어야 합니다. 어린이집 운영 중 사업소득 계산에서 필요경비로 이미 뺀 금액은 양도소득 필요경비에서 제외됩니다.

어린이집 권리금 필요경비 대응 순서

• 계약서 가액 구분 확인 - 취득 당시 매매계약서에서 토지·건물·시설권리금이 각각 얼마로 적혀 있는지 확인합니다. 권리금 부분은 건물 취득가액에서 분리합니다.
• 양도 형태 정리 - 용도변경 후 건물만 팔았는지, 어린이집 영업과 함께 넘겼는지를 매매계약서와 특약으로 정리합니다.
• 공제 가능 경비 수집 - 취득세 납부서, 용도변경 공사 세금계산서, 중개수수료 영수증을 모아 자본적지출액과 양도비를 계산합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 토지·건물 양도차익을 자산별로 계산해 신고합니다.
• 불복 검토 - 권리금을 넣어 신고했다가 과세 고지를 받았다면 90일 안에 심판청구 실익을, 반대로 영업권을 함께 넘겼는데 공제를 못 받았다면 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 권리금이 실제로는 비품·시설물 대가였는지, 용도변경 시점이 잔금 전인지 후인지에 따라 결론이 달라지므로 매매계약서와 특약, 용도변경 허가서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 필요경비 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 권리금이 비품이나 시설물 대가였다면요?
  권리금이라는 이름이라도 실제로 건물에 부속된 시설물이나 구축물의 대가였다면 건물 취득가액에 포함될 여지가 있습니다. 건물의 양도소득에는 건물에 부속된 시설물과 구축물이 들어가기 때문입니다. 계약서와 견적서, 시설물 목록으로 권리금의 실질이 영업권인지 시설물인지를 가려야 하며, 영업권 대가로 보이면 필요경비가 되지 않습니다.
• 어린이집 영업을 그대로 넘기면 권리금은 어떻게 과세되나요?
  사업에 쓰는 토지·건물과 함께 영업권을 넘기면 기타자산의 양도로 양도소득세가 붙고, 영업권 양도가액에서 영업권 취득에 든 실지거래가액을 필요경비로 뺍니다. 계약서에 영업권 가액을 따로 적지 않았더라도 함께 넘어간 것으로 인정되는 영업권은 포함됩니다. 토지·건물과 영업권의 가액 구분이 불분명하면 기준시가 등을 고려해 안분합니다.
• 용도변경 공사비는 뺄 수 있나요?
  건물의 용도를 바꾸거나 가치를 높이기 위해 지출한 비용은 자본적지출액으로 필요경비에 들어갈 수 있습니다. 세금계산서나 계좌이체 내역 같은 증빙으로 지출 사실이 확인되어야 하며, 단순 수리비처럼 현상 유지를 위한 비용은 제외됩니다. 공사 계약서와 대금 지급 내역을 함께 보관해야 합니다.
• 중개수수료 같은 양도비는요?
  자산을 양도하기 위해 직접 지출한 비용은 양도비로 필요경비에 들어갑니다. 양도소득세 신고서 작성비용과 계약서 작성비용, 중개수수료 등이 여기에 해당하며, 지출 사실을 증빙으로 확인할 수 있어야 합니다. 권리금처럼 취득 당시 영업권 대가로 낸 돈은 양도비가 아닙니다.
• 권리금을 넣어 신고했다가 고지서를 받으면요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 권리금의 실질이 시설물 대가였거나 영업권을 함께 넘긴 사실이 있다면 계약서와 특약으로 소명합니다. 반대로 공제받을 수 있는 경비를 빠뜨렸다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.
• 취득가액을 증명할 계약서가 없으면요?
  실지거래가액을 확인할 수 없을 때는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 차례로 적용합니다. 이 경우에도 영업권 대가는 토지·건물 취득가액에 포함되지 않습니다. 취득 당시 계약서를 잃어버렸다면 등기부등본, 취득세 납부 내역, 계좌이체 내역으로 실지거래가액을 먼저 복원해 보아야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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