부가가치세

가축분뇨 처리업자가 퇴비까지 팔면 자원화시설 매입세액은 공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

일부만 공제됩니다. 허가받은 가축분뇨 처리용역은 면세이고 처리 과정에서 만든 퇴비 판매는 과세이므로, 두 사업에 함께 쓰는 자원화시설 매입세액은 공급가액 비율로 안분해 비료 판매 비율만큼 공제합니다. 처리 수수료와 비료 판매 매출을 따로 집계하는 장부부터 만드십시오.

처리업이 면세라고 해서 자원화시설 매입세액을 전부 포기할 필요는 없습니다. 그 시설로 비료를 만들어 판다면 비료 판매 비율만큼은 공제받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

가축분뇨 수집·운반·처리업 허가를 받은 C사는 2025년 농장에서 거둔 분뇨를 발효시켜 퇴비를 만드는 자원화시설을 지었고, 비료생산업 등록도 마쳤습니다. 시설 공사비에 붙은 매입세액은 약 2억원이었습니다. C사는 농장주에게 처리 수수료를 받고, 만든 퇴비는 비료로 팔고 있는데 시설 매입세액을 어떻게 신고해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

가축분뇨 처리업은 부가세가 면제되나요?

네, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가를 받은 가축분뇨 수집·운반업자나 처리업자가 공급하는 용역은 의료보건 용역으로 보아 부가가치세가 면제됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」이 이 용역을 면세 범위에 넣고 있습니다.

허가가 요건입니다. 허가 없이 분뇨를 처리해 주고 받는 수수료는 면세 범위에 들지 않을 수 있으므로 허가증의 업종과 유효기간을 먼저 확인해야 합니다.

퇴비를 만들어 팔면 자원화시설 매입세액은 어떻게 되나요?

처리 과정의 부산물로 퇴비를 만들어 비료로 팔면 그 판매는 과세사업이 되어, 사업자는 면세인 처리용역과 과세인 비료 판매를 함께 하는 겸영사업자가 됩니다. 이때 두 사업에 함께 쓰는 자원화시설의 매입세액은 공통매입세액으로 안분해 비료 판매 비율만큼 공제합니다.

면세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다. 그러나 자원화시설은 분뇨 처리와 비료 생산에 동시에 쓰이므로 전액 불공제도, 전액 공제도 아닌 안분 대상이 됩니다.

• 처리용역 전용 장비 - 수거 차량처럼 처리용역에만 쓰면 불공제
• 비료 생산 전용 설비 - 포장기처럼 비료 판매에만 쓰면 공제
• 발효·자원화 설비 - 두 사업에 함께 쓰면 공급가액 비율로 안분

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 가축분뇨 수집·운반 및 처리업을 하면서 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨로 비료를 생산하면 과세사업과 면세사업을 겸영하는 것이고, 자원화시설을 설치하며 부담한 매입세액은 안분계산해야 한다고 회신했습니다(부가가치세과-781, 2012. 7. 13.).

회신 당시 근거 조문은 구 시행령 제29조 제9호와 제61조였고, 현행 시행령에서는 제35조 제10호와 제81조가 같은 내용을 정하고 있습니다. 이 회신은 비료생산업 등록을 하고 비료를 판매한 사실관계를 전제로 하므로, 퇴비를 팔지 않고 전량 무상으로 나눠 준다면 결론이 달라질 수 있습니다.

시설을 다 짓기 전에는 어떤 비율로 나누나요?

시설을 지어 아직 처리용역이나 비료 판매 매출이 없는 과세기간에는 공급가액 비율을 쓸 수 없으므로, 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순서로 먼저 안분합니다. 건물이나 구축물이고 과세·면세 예정면적을 나눌 수 있으면 예정사용면적 비율을 먼저 씁니다.

이렇게 임시로 안분한 매입세액은 실제 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 정산합니다. 단순 예시로 공통매입세액 2억원에 확정된 처리 수수료가 6억원, 비료 판매가 4억원이면 면세 비율 60퍼센트로 1억 2천만원은 불공제, 8천만원은 공제가 됩니다.

자원화시설 매입세액을 잘못 신고했다면 어떻게 하나요?

자원화시설 매입세액을 전액 불공제로 신고했다면 비료 판매 비율만큼은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 반대로 전액 공제했다면 경정 통지 전에 수정신고로 면세 비율만큼 줄이는 것이 가산세 부담을 줄이는 방법입니다.

세무조사에서 안분 비율이 다르게 계산되어 고지를 받았다면, 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

가축분뇨 자원화시설 매입세액 대응 순서

• 허가·등록 확인 - 가축분뇨처리업 허가증과 비료생산업 등록증을 준비합니다.
• 매출 구분 장부 - 처리 수수료와 비료 판매 매출을 과세기간별로 따로 집계합니다.
• 설비 구분 - 처리 전용, 비료 전용, 공통 설비로 공사비 세금계산서를 나눕니다.
• 안분·정산 신고 - 공제받지 못할 매입세액 명세서에 안분 내역을 적고 확정 시 정산합니다.
• 과거분 정정 - 잘못 신고한 기간은 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서나 수정신고서로 고칩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 설비별 귀속과 예정 비율의 적정성은 공사 내역과 사업계획서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정청구와 공통매입세액 안분 관련 처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 허가 없이 분뇨를 치워 주면 면세인가요?
  면세 범위는 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 수집·운반업이나 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역입니다. 허가 없이 받은 수수료는 면세 요건을 갖추지 못해 과세될 수 있으므로 허가 범위를 확인해야 합니다.
• 퇴비를 농민에게 무상으로 주면요?
  퇴비를 팔지 않고 무상으로 나눠 주면 과세사업 매출이 생기지 않아 자원화시설 매입세액을 안분해 공제받을 근거가 약해집니다. 비료 판매 실적이 있어야 과세사업과의 관련성을 보여 줄 수 있습니다.
• 공통매입세액 안분 비율은 무엇인가요?
  원칙적으로 그 과세기간 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율만큼을 불공제합니다. 처리 수수료가 면세공급가액, 비료 판매가 과세공급가액이 되어 이 두 금액의 비율로 계산합니다.
• 시설 준공 전에는 어떻게 신고하나요?
  공급가액이 없는 과세기간에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순서로 먼저 안분합니다. 건물·구축물로 예정면적을 나눌 수 있으면 예정사용면적 비율을 우선 적용합니다.
• 임시로 나눈 비율은 언제 정산하나요?
  실제 과세·면세 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 총공통매입세액에 확정 비율을 적용해 다시 계산하고, 이미 공제한 세액과의 차이를 더하거나 뺍니다. 예정신고 때는 예정신고기간 비율로 계산합니다.
• 전액 불공제로 신고했으면 돌려받나요?
  비료 판매 비율만큼은 공제 대상이므로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있습니다. 매출 구분 장부와 설비별 공사 내역을 함께 내야 안분 계산을 인정받을 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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