세금

비용 처리한 개발 인건비, 세무서가 개발비라며 손금 부인하면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 다툴 수 있지만 지출이 속한 사업연도에 따라 논리가 다릅니다. 2020년 이전 개시 사업연도는 계상하지 않은 개발비에 즉시상각의제를 쓸 수 없다고 본 대법원 판결이 근거입니다. 2021년 이후 개시 사업연도는 기업회계기준상 개발비 요건이 쟁점입니다. 세무서 의견에 맞춰 지난 결산을 고쳐 둘 필요는 없습니다.

네, 다툴 수 있지만 지출이 속한 사업연도에 따라 논리가 다릅니다. 2020년 이전 개시 사업연도는 계상하지 않은 개발비에 즉시상각의제를 쓸 수 없다고 본 대법원 판결이 근거입니다. 2021년 이후 개시 사업연도는 기업회계기준상 개발비 요건이 쟁점입니다. 세무서 의견에 맞춰 지난 결산을 고쳐 둘 필요는 없습니다.

대법원은 개발비로 계상하지 않은 지출을 어떻게 봤나요?

법인이 개발비로 계상하지 않았다면 감가상각자산으로 볼 수 없다는 것이 대법원 판단입니다. 대법원 2022. 7. 28. 선고 2019두58346 판결은 농업협동조합중앙회 사건입니다. 중앙회는 한국채택국제회계기준 도입용 시스템을 만들며 개발팀을 꾸렸습니다. 2008, 2010, 2011 사업연도에 그 팀 근로자 인건비를 손금에 넣었습니다. 세무서는 이 인건비가 감가상각자산인 개발비라고 보았습니다. 그리고 감가상각 한도초과액을 손금불산입했습니다.

당시 시행령은 개발비를 「당해 법인이 개발비로 계상한 것」으로 정의했습니다. 대법원은 판결요지에서 이렇게 밝혔습니다. 「당해 법인이 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 대하여 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다.」

원심은 기업회계기준상 개발비 요건을 갖춘 것이 명백하지 않다는 이유로 처분을 위법하다고 보았습니다. 대법원은 원심 이유에 미흡한 부분이 있지만 결론은 정당하다며 세무서 상고를 기각했습니다.

2021년 이후 사업연도도 같은 논리로 다툴 수 있나요?

2021년 1월 1일 이후 시작한 사업연도에는 이 판결 논리를 그대로 옮기기 어렵습니다. 2021. 2. 17. 개정 시행령은 개발비를 「기업회계기준에 따른 개발비 요건을 갖춘 것」으로 바꾸었습니다. 이 개정은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용됩니다. 그 전까지는 「개발비로 계상한 것」이라는 문언이었습니다. 그래서 2020년 이전 개시 사업연도에는 같은 논리를 주장할 수 있다고 볼 수 있습니다. 다만 12월 결산법인의 2020 사업연도까지는 통상의 부과제척기간 5년이 이미 지났습니다. 이 논리는 진행 중인 불복이나 제척기간이 긴 사안에서 주로 쓰입니다.

지금은 법인세법 제23조 제4항이 감가상각자산 취득 지출을 손비로 계상하면 감가상각비로 계상한 것으로 봅니다. 그래서 요건을 갖춘 지출이면 계상하지 않았어도 이 조항이 적용될 여지가 있습니다. 다만 현행 문언에서 이 점을 판단한 대법원 판결은 아직 확인되지 않습니다.

현행 규정에서는 기업회계기준상 개발비 요건을 갖췄는지가 주된 쟁점이라고 볼 수 있습니다. 과세요건은 원칙적으로 세무서가 증명하므로, 프로젝트 단계별 자료로 요건 미충족을 보여 주는 것이 출발점입니다. 증명책임 기준은 「조세소송에서 과세요건과 필요경비는 누가 증명하나요? 대법원 판례로 본 기준」에서 설명했습니다.

같은 조사에서 함께 부인된 다른 비용은 어떻게 다투나요?

같은 판결에서 리스료 부분도 납세자 주장이 받아들여졌습니다. 중앙회는 공과금수납기 1,864대를 금융리스로 들여 지역조합에 설치하고 리스료를 냈습니다. 세무서는 주위적으로 접대비, 예비적으로 특수관계 조합을 위한 부당행위계산이라고 보았습니다. 원심은 지방자치단체 금고로 지정되려고 수납기를 설치한 것이어서 경제적 합리성이 없다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 대법원은 이 판단을 수긍했고 접대비 부분 상고도 사실인정을 다투는 것이라며 받아들이지 않았습니다.

부당행위계산 부인은 경제적 합리성을 무시한 경우에만 적용됩니다. 대법원 2018. 3. 15. 선고 2017두63887 판결은 이를 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 판단한다고 했습니다.

반면 납세자가 진 부분도 있습니다. 회원조합에 배분한 재공제이익수수료는 잉여금 처분이라는 원심 판단이 유지되었습니다. 대출이자 감면액도 회수가능성이 지극히 낮았다는 증거가 부족하다며 접대비로 본 원심 판단이 유지되었습니다. 사업상 이유를 보여 줄 자료가 결론을 갈랐습니다. 일부 처분사유만 위법한 경우의 취소 범위는 「세무조사 처분사유 일부만 위법이면 세금 전부가 취소되나요?」에서 다루었습니다.

개발비 손금 부인 대응 순서

• 사업연도 확인 - 손금 부인된 지출이 2020년 이전 개시 사업연도인지 2021년 이후인지 먼저 나눕니다. 다툴 논리가 달라집니다.
• 결산 자료 고정 - 해당 연도 재무제표와 계정별 원장에서 그 지출을 비용으로 처리한 기록을 확보합니다. 조사 중에 결산을 고쳐 계상하지 않습니다.
• 요건 대조 - 2021년 이후 사업연도라면 프로젝트 계획서, 단계별 보고서, 중단·변경 기록으로 기업회계기준상 개발비 요건을 갖추지 못한 사정을 정리합니다.
• 함께 부인된 비용 정리 - 접대비나 부당행위로 부인된 비용은 거래의 사업상 이유를 보여 줄 내부 결재 문서와 계약서를 모읍니다.
• 불복 제기 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지출이 속한 사업연도와 결산 처리, 개발 프로젝트의 진행 기록에 따라 다툴 논리가 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인세 손금 부인에 대한 조세심판청구와 행정소송 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 개발비로 계상해 두었다면 손금은 어떻게 처리되나요?
  개발비로 계상했다면 감가상각자산이 되어 상각범위액 안에서만 손금에 들어갑니다. 결산 때 손비로 계상한 감가상각비 가운데 상각범위액을 넘는 금액은 그 사업연도의 손금에 산입되지 않습니다.
• 상각범위액을 넘어 손금불산입된 금액은 사라지나요?
  사라지지 않습니다. 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않은 금액은 그 후의 사업연도에 시행령이 정한 방법에 따라 손금에 산입됩니다. 다툼은 세액의 귀속 시기 문제로 남는 경우가 많습니다.
• 심판청구를 거치지 않고 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 낼 수 없습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 합니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내야 하고 이 기간은 불변기간입니다.
• 심판청구를 하면 법인세 납부가 멈추나요?
  멈추지 않는 것이 원칙입니다. 심판청구는 처분의 집행에 효력을 미치지 않습니다. 다만 중대한 손해를 막을 필요가 긴급하다고 인정되면 재결청이 집행정지를 결정할 수 있습니다.
• 세무서가 늘린 세액도 경정청구로 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 결정이나 경정으로 늘어난 세액은 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에 경정청구할 수 있습니다. 다만 법정신고기한이 지난 후 5년 안으로 한정됩니다.
• 채무자 이자를 감면해 준 금액은 언제 손금으로 인정되나요?
  채권 회수를 위해 이자를 포기할 수밖에 없었다는 사정을 증명해야 합니다. 2019두58346 사건에서는 회수가능성이 지극히 낮았다는 증거가 부족하다며 접대비로 본 원심 판단을 대법원이 수긍했습니다.

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