부가가치세

개발 협약에 따라 초과이익을 현금이나 토지로 넘겨주면 세금계산서를 발급하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 두 사업자가 각자의 구역에서 따로 사업하면서 미리 정한 비율대로 초과이익을 현금으로 넘겨주는 것은 공급의 대가가 아니어서 세금계산서를 발급하지 않습니다. 토지로 넘겨주면 재화의 공급이지만 토지는 면세이고, 법인은 토지 공급에 계산서 발급 의무도 없습니다. 지금은 협약서의 정산 조항과 각자의 업무 분담을 먼저 확인하십시오.

사업 상대방에게 큰돈을 보낸다고 해서 반드시 세금계산서를 주고받아야 하는 것은 아닙니다. 미리 정한 비율에 맞춰 이익을 나누는 돈은 재화나 용역의 대가가 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A법인과 B법인은 2023년 한 택지지구를 나누어 각자 자기 구역의 토지를 사서 조성하고 분양하되, 사업비는 50%씩 부담하고 이익은 준공 뒤 한꺼번에 정산하기로 협약했습니다. 2026년 공사가 끝나고 계산해 보니 A법인 구역의 이익이 훨씬 커서, A법인이 B법인에게 초과이익을 넘겨줘야 했습니다. A법인은 정산금을 현금으로 줄 때와 남은 토지 일부로 줄 때 각각 세금계산서나 계산서를 발급해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

협약에 따라 초과이익을 현금으로 넘겨주면 부가가치세가 붙나요?

아니요, 두 사업자가 각자의 책임과 계산으로 사업을 하면서 미리 정한 분담비율을 넘는 이익을 상대방에게 현금으로 넘겨주는 것은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 부가가치세가 과세되지 않습니다. 이 돈은 사전 약정에 따른 이익의 배분이고, 금전 자체도 대금 지급 수단이기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업자가 하는 재화 또는 용역의 공급에 과세하고, 공급가액은 공급받는 자로부터 받는 대가로 정합니다. 정산금을 받는 쪽이 그 대가로 넘겨준 재화나 해 준 일이 없다면 과세할 공급 자체가 없습니다.

다만 정산금이 실제로는 상대방이 해 준 설계·인허가·분양 대행 같은 일의 보수라면 용역의 대가가 되어 과세될 수 있습니다. 협약서 문구보다 실제로 누가 무슨 일을 했는지가 기준이므로, 업무 분담 내역을 함께 정리해 두어야 합니다.

초과이익을 토지로 넘겨주면 어떻게 되나요?

초과이익을 현금 대신 토지로 넘겨주면 사전 협약에 따라 토지라는 재화를 공급하는 것이므로 과세대상 거래이지만, 토지의 공급은 부가가치세 면세 대상이어서 실제로 낼 부가가치세는 없습니다. 이 경우에도 부가가치세 문제는 생기지 않습니다.

토지 위에 건물이나 구축물이 함께 넘어가면 사정이 다릅니다. 건물분은 국민주택 등 따로 면세되는 경우가 아니면 과세되므로, 정산 대상이 순수한 토지인지 건물이 딸린 토지인지 먼저 나누어 보아야 합니다.

계산서는 따로 봅니다. 법인이 면세 재화를 공급하면 원칙적으로 계산서를 발급하지만, 토지와 건축물을 공급하는 경우는 발급 의무에서 빠집니다.

국세청은 사업자 간 이익 정산을 어떻게 해석했나요?

국세청은 법규부가2014-272(2014. 9. 5.)에서, 두 사업자가 주택지구 조성·분양 사업 협약을 맺고 각자의 책임과 계산으로 사업을 수행한 결과 분담비율을 넘는 이익을 얻은 사업자가 초과이익금을 상대방에게 지급하는 것은 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 아니라고 회신했습니다. 초과이익금을 토지로 지급하면 그 토지의 공급은 면세된다고 덧붙였습니다.

국세청은 두 사업자가 사업 시행구역별로 각자 책임지고 사업했으므로 공동사업으로 보기 어렵다고 보았고, 정산 금전은 이익의 배분이라고 판단했습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로, 한쪽이 상대방 구역의 일을 대신 해 준 사정이 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

정산 거래는 어떻게 기록해 두어야 하나요?

정산금이 이익 배분이라는 점은 협약서와 정산 계산 내역으로 보여 줘야 합니다. 구역별 매출과 사업비, 이익 계산표, 분담비율 적용 과정을 문서로 남겨 두면 세무조사에서 정산금의 성격을 설명할 수 있습니다.

이 회신은 부가가치세에 관한 것이고, 정산금이 각 법인의 소득 계산에서 어떻게 처리되는지는 별도로 따져야 합니다. 정산금을 받는 쪽은 익금, 주는 쪽은 손금 해당 여부가 문제 되므로 법인세 신고 때 정산 근거를 함께 보관합니다.

사업자 간 이익 정산 부가가치세 대응 순서

• 협약서 확인 - 구역 분담, 비용 부담 비율, 이익 정산 시점과 방법을 확인합니다. 공동사업인지 각자 사업인지가 여기서 드러납니다.
• 업무 분담 정리 - 상대방 구역의 설계·인허가·분양 대행을 대신 한 일이 있는지 정리합니다. 있다면 그 부분은 용역의 대가로 과세될 수 있습니다.
• 정산 계산서류 작성 - 구역별 매출·사업비·이익과 분담비율 적용 내역을 문서로 만듭니다. 정산금이 이익 배분이라는 증거가 됩니다.
• 현물 정산 구분 - 토지로 정산하면 토지와 건물분을 나누고, 건물분이 있으면 세금계산서 발급을 검토합니다.
• 과세 통지 대응 - 정산금을 용역 대가로 보아 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 뒤 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 협약이 사실상 공동사업이거나 한쪽이 상대방의 일을 대신 처리한 경우에는 협약서와 실제 업무 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 개발사업 관련 부가가치세·법인세 부과처분의 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이익 정산금에 세금계산서를 발급하면 안 되나요?
  미리 정한 비율에 따른 이익 배분은 재화나 용역의 공급이 아니므로 세금계산서 발급 대상이 아닙니다. 공급 없이 세금계산서를 주고받으면 사실과 다른 세금계산서 문제가 생길 수 있으므로, 정산금의 성격을 먼저 확인한 뒤 처리합니다.
• 두 회사가 공동사업을 한 것으로 보면 달라지나요?
  하나의 사업을 공동으로 경영하는 공동사업이라면 거래 구조와 신고 방식이 달라집니다. 국세청은 각자 자기 구역을 책임지고 사업한 경우를 공동사업으로 보지 않았으므로, 구역 분담과 손익 귀속이 각자에게 있는지 협약서로 확인합니다.
• 정산금이 사실상 대행 수수료라면요?
  상대방이 설계·인허가·분양 대행 같은 일을 해 주고 그 보수를 정산금 명목으로 받았다면 용역의 대가로 과세될 수 있습니다. 부가가치세법은 어떤 명목이든 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 공급가액에 넣기 때문입니다.
• 토지로 정산하면 계산서는 발급하나요?
  법인이 면세 재화를 공급하면 원칙적으로 계산서를 발급하지만, 토지와 건축물을 공급하는 경우는 계산서 발급 규정을 적용하지 않습니다. 토지로 정산하는 경우에는 이전등기 서류와 정산 계산표로 거래를 증명합니다.
• 토지에 건물이 딸려 있으면 어떻게 되나요?
  토지의 공급은 면세지만 건물의 공급은 국민주택 등 따로 면세되는 경우가 아니면 과세되므로, 건물이 딸린 토지로 정산하면 건물분에는 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 정산 대상 자산을 토지와 건물로 나누어 가액을 정하고 건물분 세금계산서 발급을 검토합니다.
• 정산금을 용역 대가로 보아 과세하면 어떻게 다투나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있습니다. 협약서의 구역 분담 조항과 정산 계산표가 이익 배분이라는 점을 보여 주는 주요 자료입니다.

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