세금

가업상속공제를 받은 주식을 나중에 팔면 양도세가 더 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 가업상속공제를 받은 주식은 양도소득세가 일반 상속 주식보다 많이 나오는 것이 보통입니다. 취득가액 일부를 상속개시일 평가액이 아니라 돌아가신 분의 당초 취득가액으로 계산하기 때문입니다. 공제를 받았다고 상속세를 나중에 다시 내는 구조는 아니므로 사후관리 5년이 지났다면 상속세 추징은 걱정하지 않아도 됩니다.

네, 가업상속공제를 받은 주식은 양도소득세가 일반 상속 주식보다 많이 나오는 것이 보통입니다. 취득가액 일부를 상속개시일 평가액이 아니라 돌아가신 분의 당초 취득가액으로 계산하기 때문입니다. 공제를 받았다고 상속세를 나중에 다시 내는 구조는 아니므로 사후관리 5년이 지났다면 상속세 추징은 걱정하지 않아도 됩니다.

가업상속공제 받은 주식의 취득가액은 어떻게 정하나요?

취득가액은 두 금액을 더해 정합니다. 첫째는 피상속인의 취득가액에 가업상속공제적용률을 곱한 금액입니다. 둘째는 상속개시일 현재 주식 평가액에 1에서 그 적용률을 뺀 비율을 곱한 금액입니다.

일반 상속 주식은 상속개시일 평가액 전체가 취득가액이 됩니다. 가업상속공제를 받은 주식은 공제 비율만큼 피상속인의 낮은 취득가액을 이어받습니다. 상속세를 덜 낸 부분에 대해서는 양도할 때 그동안 오른 가치를 과세하겠다는 구조입니다.

예를 들어 피상속인이 5억 원에 취득한 주식이 상속개시일에 100억 원으로 평가되고 적용률이 80%라고 해 봅니다. 취득가액은 5억 원의 80%인 4억 원과 100억 원의 20%인 20억 원을 더한 24억 원입니다. 이 주식을 120억 원에 팔면 양도차익은 96억 원입니다. 공제를 받지 않았다면 양도차익은 20억 원이었을 것입니다.

필요경비 가운데 취득가액 외의 항목은 일반 원칙에 따라 계산합니다. 양도차익이 커지면 세율 구간도 함께 올라가므로 매각 규모가 큰 경우 차이가 커집니다.

공제가 한도까지만 적용됐다고 일부 주식만 이 특례 대상이 되는 것은 아닙니다. 조세심판원은 상속주식 일부를 물납한 사안에서 물납 주식 전부에 이 특례를 적용한 처분을 유지했습니다. 상속인이 주식 수로 나눠 공제받은 것이 아니라 주식 전체에 사업 관련 비율을 적용해 공제받았다는 이유였습니다. 다만 그 사건에서 가산세는 빼도록 했습니다.

2026년에 바뀐 가업상속공제적용률은 무엇인가요?

2026. 2. 27. 개정 시행령은 법인 가업의 적용률을 회사 자산 구성으로 계산하게 바꿨습니다. 법인 총자산가액 가운데 사업무관자산을 뺀 자산가액이 차지하는 비율이 적용률입니다. 총자산은 상속개시일 현재 상속세 및 증여세법에 따라 평가한 가액입니다.

개정 전에는 법인과 개인을 가리지 않고 실제 공제받은 금액을 가업상속 재산가액으로 나눈 비율을 썼습니다. 개인 가업은 지금도 이 방식입니다. 개정 부칙은 법인 가업의 새 방식을 2026. 2. 27. 이후 양도하는 경우부터 적용하도록 정했습니다.

두 방식은 공제 한도에 걸린 경우에 차이가 납니다. 가업상속 재산가액이 800억 원인데 한도 600억 원만 공제받았다면 개정 전 적용률은 75%입니다. 개정 뒤에는 회사 자산 중 사업용 자산 비율이 그대로 적용률이 됩니다. 사업용 자산 비율이 90%라면 적용률도 90%로 볼 수 있어 취득가액이 더 낮아질 수 있습니다.

개정 시행령은 적용 대상 자산도 분명히 했습니다. 법인 가업은 가업상속 재산가액 계산 대상인 주식등, 개인 가업은 사업용 자산이 대상입니다.

사후관리 기간 안에 팔아 상속세까지 추징되면 이중 부담인가요?

이중 부담을 줄이는 조정 장치가 있습니다. 사후관리 위반으로 상속세를 다시 부과할 때 이 특례 때문에 늘어난 양도소득세 상당액을 상속세 산출세액에서 빼 줍니다. 뺀 금액이 음수가 되면 영으로 봅니다.

빼 주는 금액은 특례를 적용해 계산한 양도소득세액에서 일반 원칙으로 계산한 양도소득세액을 뺀 차액입니다. 상속세를 다시 내게 된 만큼 취득가액 특례로 더 낸 양도소득세를 돌려 맞춰 주는 셈입니다.

다만 이 조정은 추징 상속세 계산에서 하는 것이므로 매각 시점의 현금 흐름 부담은 그대로입니다. 5년 안의 매각은 상속세 추징과 이자상당액, 양도소득세를 함께 계산해 보아야 합니다.

개인사업 가업의 공장 토지를 팔 때도 같은 방식인가요?

네, 개인 가업도 같은 취득가액 특례를 적용합니다. 대상은 가업에 직접 쓰던 토지, 건축물, 기계장치 같은 사업용 자산입니다. 적용률은 가업상속공제금액을 가업상속 재산가액으로 나눈 비율입니다.

여러 자산을 함께 상속받았다면 공제금액을 상속개시 당시 자산별 평가액 기준으로 나눠 계산합니다. 공장 토지만 먼저 판다면 그 토지에 배분된 공제금액으로 적용률을 계산합니다. 비사업용 토지는 처음부터 가업상속 재산가액에서 빠지므로 이 특례 대상이 아닙니다.

개인 가업을 상속받은 뒤 법인으로 전환했다면 계산이 복잡해집니다. 법인전환 때 사업용 자산을 법인에 넘기는 거래 자체가 양도인지, 이월과세 같은 다른 특례가 겹치는지를 함께 보아야 합니다. 전환 전에 두 특례의 순서를 정리해 두는 것이 좋습니다.

가업상속 주식 매각 전 대응 순서

• 취득 자료 확보 - 피상속인의 주식 취득 시기와 취득가액을 증명할 자료를 찾습니다.
• 적용률 산정 - 양도일이 2026. 2. 27. 이후인지 확인하고 해당 방식으로 적용률을 계산합니다.
• 취득가액 재계산 - 두 금액을 더한 취득가액으로 양도차익과 세액을 계산합니다.
• 사후관리 대조 - 상속개시일부터 5년 안의 매각이면 추징 상속세와 양도세 조정액을 함께 계산합니다.
• 매각 구조 결정 - 매각 시기와 분할 매각 여부를 세액 비교 결과로 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 피상속인의 취득가액 자료와 회사의 사업무관자산 비율에 따라 양도소득세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 가업승계 주식의 매각 구조 검토와 양도소득세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 상속받은 주식을 자녀에게 증여하면 이 특례는 어떻게 되나요?
  이 특례는 가업상속공제가 적용된 자산을 양도할 때 적용하는 규정입니다. 증여는 양도가 아니지만 사후관리 기간 안이면 가업상속공제 지분 감소로 추징될 수 있습니다.
• 피상속인의 취득가액을 확인할 자료가 없으면 어떻게 하나요?
  피상속인의 실지 취득가액을 확인할 수 없으면 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 차례로 적용합니다. 설립 등기, 주금 납입 기록, 증자 의사록 등 남은 자료를 최대한 찾아 두는 것이 유리합니다.
• 가업상속공제를 받지 않고 납부유예를 택하면 취득가액은 어떻게 되나요?
  이 특례는 가업상속공제가 적용된 자산에만 적용합니다. 납부유예만 받았다면 상속개시일 평가액을 취득가액으로 보는 일반 원칙에 따르는 것으로 볼 수 있습니다.
• 2026. 2. 27. 전에 계약하고 그 뒤에 잔금을 받으면 어느 기준인가요?
  부칙은 개정 시행령 시행 이후 자산을 양도하는 경우부터 적용한다고 정합니다. 양도 시기는 소득세법상 양도 시기 기준으로 판단하므로 잔금 청산일 등을 따로 확인해야 합니다.
• 회사가 사업무관자산을 많이 가지고 있으면 유리한가요?
  법인 가업의 적용률은 사업무관자산을 뺀 자산 비율이므로 사업무관자산이 많을수록 적용률이 낮아집니다. 다만 사업무관자산이 많으면 처음부터 공제액도 줄어듭니다.
• 양도소득세 신고가 잘못돼 경정을 받으면 어떻게 다투나요?
  처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 적용률 산정 방식과 피상속인 취득가액의 입증이 주된 쟁점이므로 계산 근거를 먼저 정리해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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