법인세·소득세

검찰이 넘긴 메모만 보고 세무서가 법인세를 매겼는데 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

네, 세무서가 수사기관이 통보한 메모나 장부를 진위 확인이나 실지조사 없이 그대로 믿고 과세했다면 근거과세 원칙에 어긋나 취소를 구할 수 있습니다. 국세기본법 제16조는 장부와 증거자료에 따라 조사·결정하도록 정하고, 대법원도 이런 처분을 위법하다고 보았습니다. 지금은 과세 근거가 된 자료의 목록과 사본부터 확보해 두십시오.

검찰에서 넘어온 자료라고 해서 그 내용이 그대로 세금 계산의 근거가 되는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

영화관을 운영하는 A사는 2025년 탈세 제보로 검찰 수사를 받았고, 검찰은 직원이 적어 둔 입장 수입 메모와 잡기장을 세무서에 통보했습니다. 메모에는 관객 수나 요금 없이 총액만 적혀 있었고 실제 입장료와도 맞지 않는 부분이 많았습니다. 2026년 세무서는 A사 장부와 대조하거나 현장을 조사하지 않고 메모 금액을 그대로 매출 누락으로 보아 법인세를 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

수사기관 자료만으로 세금을 매길 수 있나요?

진위 확인 없이 그대로 쓰는 것은 위법합니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 납세의무자가 장부를 갖추어 기록하고 있으면 그 장부와 관계 증거자료에 의하여 과세표준을 조사·결정하도록 정합니다.

대법원 1987. 12. 8. 선고 85누680 판결은 세무공무원이 수사기관에서 통보해 온 메모지와 잡기장 등 수사서류에 대해 진부 확인이나 실지조사를 하지 않고 이를 진실한 것이라 믿고 부과처분을 했다면 근거과세 원칙에 위배되어 위법하다고 했습니다. 그 사건의 메모도 작성 근거인 원본 장부가 없고 산출 근거가 불확실했습니다.

장부와 다른 자료로 과세하는 것은 모두 위법인가요?

아닙니다. 장부의 기록이 사실과 다르거나 누락된 것이 있으면 그 부분에 한해 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있습니다. 세무서가 다른 자료로 매출 누락을 확인하는 것 자체는 허용됩니다.

대법원 1996. 12. 10. 선고 96누11105 판결도 다른 자료에 의해 신고 내용에 오류나 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능하면 그 자료로 경정할 수 있다고 했습니다. 결국 다툼은 그 자료가 믿을 만한지, 세무서가 실지조사로 확인했는지에 모입니다. 작성자 확인서나 대조 조사가 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

세무서가 무엇을 근거로 했는지 확인할 수 있나요?

확인할 수 있습니다. 정부가 장부와 다른 사실로 결정했을 때는 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 하고, 납세의무자나 대리인이 요구하면 그 결정서를 열람·복사하게 해야 합니다. 요구는 말로 해도 됩니다.

결정서에 메모 금액을 그대로 옮긴 계산만 있고 실지조사 내용이 없다면, 그 자체가 근거과세 위반을 보여 주는 자료가 됩니다. 불복 전에 결정서부터 받아 보는 것이 순서입니다.

근거과세 위반 법인세 대응 순서

• 결정서 열람·복사 - 세무서에 결정서 열람과 복사를 요구합니다. 과세 근거와 조사 방법이 여기 적혀 있습니다.
• 근거 자료 확보 - 세무서가 쓴 메모·잡기장 사본을 확보합니다. 작성자, 작성 경위, 산출 방식의 모순을 찾습니다.
• 장부와 대조 - 회사 장부·입장권 발매 기록·카드 매출과 메모 금액을 대조합니다. 차이가 설명되면 누락 주장이 깨집니다.
• 작성자 진술 확보 - 메모를 쓴 직원의 업무 범위와 작성 이유를 확인합니다. 회계 업무와 무관한 사람이면 신빙성이 떨어집니다.
• 불복 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 내고 실지조사 부재를 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 형사 절차에서 매출 누락을 이미 자백했거나 유죄 판결이 확정됐다면 그 사실인정이 세금 다툼에도 영향을 주므로 수사기록과 판결문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사와 조세포탈 수사가 함께 진행되는 사건에서 법인세 불복과 형사 방어를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 근거과세 원칙이 무엇인가요?
  장부를 갖춘 납세자는 그 장부와 증거자료로 과세표준을 조사·결정해야 한다는 원칙입니다. 국세기본법 제16조 제1항이 정하고, 장부가 사실과 다르거나 누락이 있을 때만 같은 조 제2항에 따라 그 부분을 정부가 조사한 사실로 결정할 수 있습니다. 확인되지 않은 자료로 추측해 과세하는 것을 막는 원칙입니다.
• 검찰 자료로 과세하면 모두 위법인가요?
  그렇지는 않습니다. 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누11105 판결은 다른 자료로 오류나 탈루가 인정되고 실지조사가 가능하면 그 자료로도 경정할 수 있다고 했습니다. 대법원 1987. 12. 8. 선고 85누680 판결처럼 진위 확인과 실지조사 없이 그대로 믿고 과세한 경우가 위법입니다.
• 결정서를 볼 수 있나요?
  볼 수 있습니다. 국세기본법 제16조 제3항은 장부와 다른 사실로 결정하면 조사한 사실과 결정 근거를 결정서에 적도록 하고, 제4항은 납세의무자나 대리인이 요구하면 결정서를 열람·복사하게 하거나 원본과 같음을 확인하도록 정합니다. 제5항에 따라 요구는 말로 할 수 있습니다.
• 메모를 쓴 직원이 회계 담당이 아니면요?
  신빙성을 다투는 중요한 사정입니다. 대법원 1987. 12. 8. 선고 85누680 판결 사안에서도 회계 사무를 모르는 직원이 단편적으로 적은 메모이고 산출 근거가 불확실하다는 점이 위법 판단의 바탕이 됐습니다. 작성자의 업무 범위와 작성 경위를 확인서나 진술로 남겨 두어야 합니다.
• 형사 재판과 세금 다툼은 어떻게 연결되나요?
  같은 매출 누락 사실을 두고 두 절차가 따로 진행되지만 결론이 서로 영향을 줍니다. 형사 재판에서 포탈 세액이 줄면 과세 근거도 흔들리고, 반대로 유죄가 확정되면 세금 다툼이 어려워집니다. 국세기본법 제16조의 근거과세 주장은 형사 절차의 포탈 세액 다툼과 같은 자료로 준비해야 합니다.
• 불복은 언제까지 해야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안입니다. 국세기본법 제68조 제1항은 심판청구를 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 하도록 정합니다. 결정서 열람이나 자료 확보가 늦어지더라도 기한 안에 청구서를 먼저 내고 이유를 보충하는 방식을 씁니다.

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