부가가치세

인허가 직접 조건이 아닌 지자체 요청 기부채납 시설도 매입세액 공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 지자체 의견에 따라 지은 시설을 대가 없이 기부채납했고 그 기부채납이 사실상 사업 승인의 조건이었다면 공사비 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 기부채납 자체는 무상 공급이라 부가가치세가 면제되지만, 공사비는 과세사업을 위한 지출로 봅니다. 승인서·지자체 의견서에 시설 건립 요구가 적혀 있는지부터 확인하십시오.

시설을 무상으로 넘겨 부가가치세가 면제된다고 해서 그 공사비 매입세액까지 자동으로 공제되지 않는 것은 아닙니다. 기부채납이 내 과세사업을 위해 사실상 필요한 조건이었다면 공제받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

화력발전소를 운영하는 A사는 2024년 발전설비 증설을 위해 실시계획 변경승인을 신청했습니다. 협의 과정에서 관할 시가 주민 지원 차원의 복합문화센터 건립을 요청했고, 승인서 본문에는 이 내용이 없었지만 시의 의견서에는 건립 계획이 적혀 있었습니다. A사는 공사비 약 150억원을 들여 센터를 지어 2025년 시에 기부채납했고, 사용권이나 다른 대가는 받지 않았습니다. A사는 공사비에 붙은 매입세액 약 15억원을 공제받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지자체에 무상으로 지어 준 문화센터는 부가세가 면제되나요?

네, 사업자가 지은 시설을 지방자치단체에 넘기면서 사용수익권이나 공사비 보전 같은 대가를 받지 않았다면 그 기부채납은 부가가치세가 면제됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 국가·지방자치단체에 무상으로 공급하는 재화와 용역을 면세 대상으로 정하고 있습니다.

판단 기준은 대가가 있었는지입니다. 기부채납 조건을 받아들여 인허가를 받았다는 사실만으로는 기부채납의 대가를 받았다고 보지 않습니다. 인허가는 사업자가 기대하는 간접적 효과일 뿐 시설과 맞바꾼 반대급부로 보기 어렵기 때문입니다.

인허가 직접 조건이 아니어도 매입세액을 공제받을 수 있나요?

네, 기부채납이 승인권자의 명시적 조건이 아니더라도 지자체 의견 수렴 절차를 거쳐 사실상 사업 승인의 조건이 되었다면 공사비 매입세액은 내 과세사업과 관련된 것으로 보아 공제할 수 있습니다. 시설을 넘긴 거래가 면세라는 점과 그 시설을 짓기 위한 지출이 과세사업과 관련 있다는 점은 따로 판단합니다.

면세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않는 것이 원칙입니다. 그러나 기부채납이 발전사업 같은 과세사업을 하기 위해 거쳐야 하는 조건이었다면, 그 공사비는 면세사업을 위한 지출이 아니라 과세사업을 수행하려고 쓴 비용이 됩니다.

• 조건성 - 승인서 부관, 협약서, 지자체 의견서에 시설 건립이 사업 진행의 전제로 적혀 있는지
• 무상성 - 사용수익권, 공사비 보전, 부담금 감면 같은 대가가 없는지
• 사업 관련성 - 그 시설 없이 증설 승인이 어려웠다는 경위가 기록으로 남아 있는지

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 발전소 증설 승인 과정에서 「발전소 주변지역 지원에 관한 법률」에 따른 지자체 의견에 따라 복합문화센터를 지어 대가 없이 기부채납하면 면세이고, 그 기부채납이 사실상 사업 승인조건이라면 건설 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있다고 회신했습니다(법규부가2013-244, 2013. 7. 25.).

회신은 기부채납 조건을 받아들여 승인을 받은 사실만으로 대가를 받은 것으로 볼 수 없다고 보았습니다. 이 회신은 무상사용권이나 증설비용 보전 같은 대가가 전혀 없는 사실관계를 전제로 하므로, 협약에 반대급부가 들어 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

무상사용권 같은 대가를 받으면 어떻게 달라지나요?

시설을 넘기는 대신 일정 기간 무상으로 사용하거나 수익을 얻을 권리를 받으면 그 기부채납은 대가 있는 공급이 되어 부가가치세가 과세됩니다. 이 경우 공사비 매입세액은 과세사업 관련 매입세액으로 공제되고, 매출 쪽에서는 기부채납된 가액을 공급가액으로 신고합니다.

무상사용권 외에도 공사비 일부를 돌려받거나 다른 부담금을 감면받는 약정이 있으면 대가로 다투어질 수 있습니다. 협약서의 반대급부 조항을 먼저 확인해야 면세와 과세 중 어느 쪽으로 신고할지 정할 수 있습니다.

공제받지 못한 매입세액은 어떻게 되찾나요?

기부채납 시설 공사비 매입세액을 면세사업 관련이라고 보아 공제하지 않고 신고했다면, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 공제를 구할 수 있습니다. 단순 예시로 공사비 150억원에 매입세액 15억원이면 공제 여부에 따라 납부세액이 15억원 차이 납니다.

반대로 세무조사에서 공제한 매입세액이 부인되어 고지를 받았다면, 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

기부채납 시설 매입세액 대응 순서

• 조건 서류 확보 - 승인서 부관, 지자체 의견서, 협의록에서 시설 건립 요구가 나온 부분을 모읍니다.
• 대가 여부 점검 - 기부채납 협약서에 사용수익권, 공사비 보전, 감면 약정이 있는지 확인합니다.
• 공사비 구분 - 문화센터 공사분 세금계산서를 발전설비 공사분과 나누어 정리합니다.
• 신고 방식 결정 - 일반과세자 부가가치세 신고서에서 면세 공급 여부와 매입세액 공제 범위를 맞춥니다.
• 과거 신고 정정 - 불공제로 신고한 기간이 있으면 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지자체 요구가 사실상 승인조건이었는지는 승인 경위와 협약서 문구를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정청구와 매입세액 불공제 처분에 대한 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기부채납하면 세금계산서를 발급해야 하나요?
  대가 없는 기부채납으로 면세되는 공급이라면 부가가치세가 과세되는 공급이 아니므로 세금계산서를 발급하지 않습니다. 무상사용권 같은 대가를 받아 과세되는 경우에는 기부채납된 가액을 공급가액으로 세금계산서를 발급합니다.
• 인허가를 받은 것 자체가 대가 아닌가요?
  아니요, 기부채납 조건을 받아들여 인허가를 받았다는 사실만으로는 기부채납의 대가를 받은 것으로 보지 않습니다. 인허가는 사업자가 기대하는 간접적 효과일 뿐 시설과 맞바꾼 반대급부가 아니라는 것이 국세청 해석입니다.
• 지자체 요청을 자발적으로 수용했으면요?
  승인과 무관하게 사업자가 자발적으로 지어 기증한 것이라면 과세사업과의 관련성이 약해 매입세액 공제가 부인될 수 있습니다. 지자체 요청이 승인 절차의 의견 수렴 과정에서 나왔는지, 그 요청 없이 승인이 어려웠는지를 기록으로 보여 주어야 합니다.
• 면세사업 관련 매입세액은 원래 공제 안 되죠?
  원칙적으로 면세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다. 다만 기부채납이 과세사업을 하기 위한 조건이었다면 그 공사비는 과세사업을 위한 지출로 보므로 이 불공제 규정이 적용되지 않습니다.
• 무상사용권을 받으면 공급가액은 얼마인가요?
  무상사용권을 받는 대가로 기부채납하면 과세되는 공급이 되고, 공급가액은 기부채납의 근거 법률에 따라 기부채납된 가액입니다. 그 가액에 부가가치세가 포함되어 있으면 부가가치세는 빼고 계산합니다.
• 불공제로 신고한 매입세액을 언제까지 고치나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 공사가 여러 과세기간에 걸쳤다면 기간별 신고기한을 따로 계산해 가장 오래된 기간부터 기한을 확인해야 합니다. 청구서에는 승인 경위 서류를 함께 냅니다.
• 세무조사에서 공제가 부인되면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있고, 이의신청은 선택 절차입니다. 고지 전 세무조사 결과 통지를 받았다면 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사로 먼저 다툴 수도 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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