양도소득세

고가주택 부수토지를 대토로 보상받으면 과세이연 비율은 어떻게 계산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

고가주택 부수토지 일부를 대토로 보상받았다면 고가주택 양도차익 계산을 먼저 하고, 과세이연 산식의 분자와 분모는 모두 주택 부수토지에 대한 금액으로 봅니다. 국세청은 대토보상상당액과 총보상액을 부수토지 기준으로 맞추라고 회신했습니다. 지금은 2026년 12월 31일 이전 양도인지와 대토로 받은 땅이 어느 땅인지부터 확인해야 합니다.

집이 12억원을 넘는다고 해서 주택 건물과 옆 밭의 보상금까지 모두 분모에 넣어 비율을 낮춰 잡을 필요는 없습니다. 대토로 받은 부수토지를 기준으로 분자와 분모를 맞추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2010년부터 살던 단독주택과 그 땅, 옆에 붙은 밭이 2025년 공공주택사업 지구에 들어가 수용됐습니다. 보상금은 모두 25억원이었고, 그중 주택 부수토지 보상금 일부 10억원은 사업지구 안에 조성될 땅으로 받는 대토보상을 신청했습니다. 집은 1세대 1주택이지만 보상금이 12억원을 넘었습니다. C씨는 과세이연 비율을 계산할 때 분모의 총보상액에 주택 건물과 밭 보상금까지 넣어야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대토보상 과세이연은 어떤 경우에 받을 수 있나요?

공익사업으로 2년 넘게 가진 토지등을 사업시행자에게 넘기고 보상금 대신 그 사업으로 조성한 땅을 받으면, 대토로 받은 부분의 양도소득세를 과세이연받거나 100분의 40을 감면받을 수 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」은 사업인정고시일(그 전에 팔았다면 양도일)부터 거꾸로 2년 이전에 취득한 토지등일 것을 요구합니다.

과세이연을 고르면 지금은 대토 부분의 양도차익에 세금을 매기지 않습니다. 대신 나중에 대토를 팔 때 대토 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 그때 세금을 냅니다.

국세청은 고가주택 부수토지 대토보상을 어떻게 계산하라고 했나요?

국세청은 1세대 1주택인 고가주택과 그 부수토지가 수용되고 부수토지 일부를 대토로 받은 경우, 고가주택 양도차익 계산을 먼저 한 뒤 대토보상 과세특례를 적용한다고 회신했습니다(법규재산2014-459, 2014. 11. 7.). 이때 산식의 분자인 대토보상상당액은 주택 부수토지에 대한 대토보상상당액이고, 분모인 총보상액은 주택 부수토지에 대한 총보상액이라고 했습니다.

질의자는 보금자리주택사업으로 밭, 대지, 주택을 함께 수용당해 총보상금 15억여원 중 대지 보상금 7억원을 대토로 받은 사람이었습니다. 질의자는 분모를 총보상액에서 당시 고가주택 기준 9억원을 뺀 금액으로 해도 되는지 물었고, 국세청은 분자와 분모를 모두 부수토지 기준으로 맞추라고 답했습니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 보상 내역을 전제로 한 것이어서, 주택 건물이나 다른 토지도 대토로 받았다면 계산이 달라질 수 있습니다.

과세이연금액은 어떤 순서로 계산하나요?

과세이연금액은 고가주택 계산을 마친 부수토지의 양도소득금액에 부수토지 대토보상상당액이 부수토지 총보상액에서 차지하는 비율을 곱해 구합니다. 순서는 다음과 같습니다.

• 고가주택 계산 - 주택과 부수토지 전체 양도차익에 (양도가액 - 12억원) / 양도가액을 곱해 과세 양도차익을 구합니다. 장기보유특별공제액도 같은 비율을 곱합니다.
• 부수토지 몫 - 위 결과 중 대토로 받은 부수토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 뺀 금액을 정합니다.
• 비율 적용 - 그 금액에 부수토지 대토보상상당액 / 부수토지 총보상액을 곱한 것이 과세이연금액입니다.

회신 당시 고가주택 기준은 9억원이었고 지금은 12억원입니다. 고가주택 비율 계산은 시행령이 정한 산식을 그대로 따릅니다.

과세이연을 받은 뒤 세금을 다시 내는 경우는?

대토 소유권 이전등기를 마친 뒤 3년 안에 그 대토를 팔면, 과세이연금액에 해당하는 세액에 이자상당액을 더해 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부해야 합니다. 대토를 산 뒤 3년 안에 다시 협의매수되거나 수용된 경우는 예외입니다.

전매금지를 어겨 대토보상이 현금보상으로 바뀐 경우도 같습니다. 그 밖의 사유로 현금보상으로 바뀌거나, 등기원인이 대토보상으로 적히지 않거나, 등기 뒤 3년 안에 대토를 증여하거나 상속한 경우에도 시행령이 정한 세액을 따로 신고·납부해야 합니다.

대토보상 과세이연 대응 순서

• 취득 시점 확인 - 수용된 땅과 주택을 사업인정고시일부터 2년 이전에 취득했는지 등기부로 확인합니다. 2년이 안 되면 대토보상 특례가 적용되지 않습니다.
• 보상 내역 구분 - 보상금을 주택 건물, 주택 부수토지, 다른 토지로 나누고, 대토로 받은 부분이 어느 땅에 대한 것인지 정리합니다.
• 고가주택 계산 먼저 - 주택과 부수토지 양도가액이 12억원을 넘으면 고가주택 계산을 먼저 하고 그 결과로 과세이연금액을 구합니다.
• 신청서 제출 - 양도한 해의 과세표준 신고와 함께 과세이연신청서에 대토보상 신청서와 대토보상 계약서 사본을 붙여 냅니다. 감면과 과세이연 중 무엇이 유리한지 미리 비교합니다.
• 사후 관리 - 대토 등기 뒤 3년 안에는 팔거나 증여하지 않도록 일정을 관리합니다. 과세이연이 부인되면 경정청구나 심판청구로 다툴 수 있는지 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대토 신청 대상 토지와 보상 내역에 따라 결론이 달라지므로 보상계약서와 대토보상 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 수용 보상 관련 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 대토보상 과세특례는 언제까지 적용되나요?
  현행 조세특례제한법은 해당 토지등을 2026. 12. 31. 이전에 공익사업 시행자에게 양도한 경우에 적용한다고 정하고 있습니다. 그 뒤 양도분에 적용될지는 법 개정 여부에 따라 달라지므로, 보상 협의 일정이 연말 전후라면 양도일을 먼저 확인해야 합니다.
• 감면과 과세이연 중 하나만 고를 수 있나요?
  대토로 보상받은 부분에 대해 양도소득세의 100분의 40을 감면받거나 과세이연을 받는 것 중에서 신청하는 방식입니다. 감면은 지금 세금을 줄이고, 과세이연은 대토를 팔 때까지 세금을 미룹니다. 대토를 오래 보유할 계획인지에 따라 유리한 쪽이 달라집니다.
• 최근에 산 땅도 대토보상 과세특례를 받나요?
  사업인정고시일부터 거꾸로 2년 이전에 취득한 토지등이어야 합니다. 사업인정고시일 전에 양도했다면 양도일을 기준으로 2년을 셉니다. 고시일 직전에 산 땅은 대토로 받더라도 이 특례가 적용되지 않으므로 취득일을 등기부로 먼저 확인해야 합니다.
• 과세이연신청서는 언제 내야 하나요?
  해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 과세이연신청서를 내야 합니다. 대토보상 신청서와 대토보상 계약서 사본을 붙여 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 신고를 늦추면 신청 시기를 두고 다툼이 생길 수 있습니다.
• 대토를 팔 때 취득가액은 어떻게 되나요?
  과세이연을 받았다면 대토를 팔 때 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 봅니다. 미뤄 둔 양도차익이 그때 함께 과세되는 구조입니다. 장기보유특별공제의 보유기간은 대토를 취득한 때부터 양도할 때까지로 셉니다.
• 대토를 증여하면 과세이연이 끝나나요?
  대토 소유권 이전등기를 마친 뒤 3년 안에 대토를 증여하거나 상속하면 시행령이 정한 세액을 납부해야 합니다. 증여는 사유가 생긴 달의 말일부터 3개월, 상속은 6개월 안에 신고·납부합니다. 3년이 지난 뒤라면 이 규정은 적용되지 않습니다.
• 과세이연이 부인되면 어떻게 다투나요?
  세무서가 과세이연금액을 줄여 세금을 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 신고 때 과세이연금액을 적게 잡아 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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