양도소득세

공동상속주택 소수지분을 팔 때 장기보유특별공제 거주기간은 누구 기준인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

지금은 공동상속주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 장기보유특별공제 표2의 거주기간 공제율을 계산합니다. 국세청은 2024년 5월 2일 회신에서 2024년 2월 29일 전에 양도한 소수지분은 개정 전 규정에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람의 거주기간을 적용한다고 보았고, 그 뒤 양도분부터는 거주기간이 가장 긴 공동상속인 기준으로 바뀌었습니다. 지금은 양도일이 2024년 2월 29일 전인지 뒤인지와 함께 거주한 상속인의 주민등록 전입 기간을 확인해 두십시오.

소수지분자 본인이 그 집에 2년을 살지 않았더라도 거주기간 공제를 포기할 필요는 없습니다. 함께 상속받은 어머니나 형제가 오래 거주했다면 그 거주기간으로 공제율을 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1994년 아버지가 돌아가시면서 어머니, 오빠와 함께 서울의 단독주택을 공동으로 상속받았습니다. 지분은 어머니가 가장 크고 A씨는 7분의 2입니다. 어머니와 오빠는 같은 세대로 그 집에서 30년 넘게 살았고, A씨는 결혼하면서 세대를 분리해 상속 뒤 3년이 안 되게 거주했습니다. 2025년 10월 세 사람이 집을 함께 팔았는데 양도가액이 12억원을 넘어 고가주택 부분에 양도소득세가 나왔습니다. A씨는 다른 주택이 없어 자기 지분에 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 표2를 적용받는데, 거주기간 공제율을 본인 거주기간(8%)으로 계산해야 하는지 어머니 거주기간(40%)으로 계산해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 소수지분자의 거주기간을 어떻게 해석했나요?

2024년 2월 29일 전에 양도한 공동상속주택 소수지분은 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간을 적용해 표2의 거주기간별 공제율을 계산한다고 보았습니다. 국세청은 사전-2024-법규재산-0236(2024. 5. 2.)에서, 소수지분이 소득세법 제95조 제2항 본문 후단의 1세대 1주택에 해당하는 경우 거주기간별 공제율은 2024년 2월 29일 개정 전 시행령 제159조의4에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람, 곧 상속지분이 가장 큰 상속인의 거주기간으로 계산한다고 답했습니다. 회신은 같은 취지의 기획재정부 재산세제과-960(2022. 8. 12.)을 인용했습니다. 이 회신은 2024년 2월 20일 양도한 사안을 전제로 한 해석이므로, 양도일이 그 뒤이거나 상속지분이 가장 큰 사람이 거주하지 않은 경우처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

소수지분자가 다른 주택 없이 그 지분을 양도하면 1세대 1주택 비과세 대상이 되고, 양도가액 12억원을 넘는 고가주택 부분에만 양도소득세가 붙습니다. 이때 보유기간과 거주기간이 2년 이상이면 표2의 높은 공제율을 적용합니다.

회신 이후 공동상속주택 거주기간 판정은 어떻게 바뀌었나요?

2024년 2월 29일 개정으로 공동상속주택의 거주기간은 그 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 판단합니다. 2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제159조의4 후단은 장기보유특별공제 표2의 1세대 1주택 거주기간을, 제154조 제12항은 취득 당시 조정대상지역 주택의 비과세 거주요건 2년을 각각 이 기준으로 정합니다. 개정 전에는 상속지분이 가장 큰 사람이 거주하지 않았으면 공제율이 낮아질 수 있었지만, 지금은 누구든 가장 오래 산 공동상속인의 기간을 씁니다. 부칙 제19조에 따라 개정 시행 전에 양도한 주택은 종전 규정을 따릅니다.

• 2024년 2월 29일 전 양도 - 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람(상속지분이 가장 큰 상속인, 같으면 거주자·최연장자 순)의 거주기간
• 2024년 2월 29일 이후 양도 - 그 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 거주기간
• 거주기간 증명 - 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지
• 동일세대 상속 - 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 같은 세대였다면 상속 전 함께 거주·보유한 기간도 통산

장기보유특별공제 표2는 어떻게 계산하나요?

1세대 1주택인 고가주택은 양도차익에 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 곱해 더합니다. 보유기간은 3년 이상 4년 미만 12%에서 시작해 10년 이상이면 40%이고, 거주기간은 2년 이상 3년 미만 8%(보유 3년 이상에 한정)에서 시작해 10년 이상이면 40%입니다. 두 공제율을 합한 상한은 80%입니다. 상속받은 주택의 보유기간은 피상속인이 아니라 상속인이 취득한 날, 곧 상속개시일부터 셉니다.

단순 예시 계산으로, 상속 뒤 30년을 보유하고 어머니가 10년 이상 거주한 공동상속주택의 소수지분 양도차익(고가주택 부분)이 1억원이면 보유 40%와 거주 40%를 합한 80%인 8,000만원이 공제됩니다. 본인 거주 2년 기준으로 계산하면 보유 40%와 거주 8%를 합한 48%인 4,800만원만 공제되어 차이가 3,200만원입니다.

공동상속주택 장기보유특별공제 대응 순서

• 양도일 확인 - 잔금일 또는 등기접수일 중 빠른 날이 2024년 2월 29일 전인지 뒤인지 확정합니다. 적용 규정이 갈리는 기준일입니다.
• 거주기간 자료 수집 - 공동상속인 전원의 주민등록 초본으로 그 주택의 전입일과 전출일을 뽑아 가장 긴 사람을 찾습니다.
• 1세대 1주택 요건 점검 - 소수지분자 본인 세대에 다른 주택이 없는지, 보유 2년과 취득 당시 조정대상지역이면 거주 2년을 갖췄는지 봅니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 공제율을 반영해 신고합니다.
• 경정청구·심판청구 - 본인 거주기간으로 낮게 신고했다면 5년 안에 경정청구를, 세무서가 낮은 공제율로 고지했다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상속지분이 가장 큰 사람이 두 명 이상이거나 상속 전후로 세대가 합쳐지고 갈라진 사안은 가족관계증명서와 주민등록 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 상속주택 양도소득세의 비과세·공제 부인에 따른 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 상속지분이 가장 큰 사람이 그 집에 안 살았으면요?
  2024년 2월 29일 이후 양도분은 지분 크기와 관계없이 그 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간을 씁니다. 그 전에 양도했다면 개정 전 규정에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람의 거주기간을 적용하므로, 그 사람이 거주하지 않았다면 거주기간 공제율을 받기 어려울 수 있습니다.
• 소수지분자도 1세대 1주택 비과세가 되나요?
  소수지분자 본인 세대에 다른 주택이 없고 그 지분을 양도하면 1세대 1주택 비과세 대상이 됩니다. 보유기간 2년, 취득 당시 조정대상지역이면 거주기간 2년을 갖춰야 하고, 거주기간은 거주한 공동상속인 중 가장 긴 사람의 기간으로 판단합니다. 양도가액 12억원을 넘는 고가주택 부분은 과세됩니다.
• 상속주택의 보유기간은 언제부터 세나요?
  장기보유특별공제의 보유기간은 상속인이 취득한 날인 상속개시일부터 양도일까지입니다. 피상속인이 취득한 날부터 세는 것은 세율 적용 때의 보유기간이고, 공제율 계산에는 쓰지 않습니다. 다만 상속 당시 피상속인과 같은 세대였다면 비과세 요건의 보유·거주기간은 상속 전 기간을 통산합니다.
• 거주기간은 무엇으로 증명하나요?
  거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 계산합니다. 공동상속인 각자의 주민등록 초본에 그 주택 주소의 전입과 전출 이력이 나오므로, 과거 주소 이력을 포함해 발급받아 가장 긴 사람을 확인합니다.
• 다른 주택을 팔 때 공동상속주택 소수지분은 주택 수에 들어가나요?
  들어가지 않습니다. 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도할 때 그 공동상속주택은 소수지분자의 주택으로 보지 않습니다. 다만 상속지분이 가장 큰 상속인은 공동상속주택을 소유한 것으로 보고, 지분이 같으면 그 주택에 거주하는 사람, 최연장자 순으로 정합니다.
• 본인 거주기간으로 낮게 신고했는데 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 하면 거주기간이 가장 긴 공동상속인 기준으로 공제율을 다시 계산한 세액과의 차액을 환급받을 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정하거나 거부 통지를 해야 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.
• 표2 공제율은 얼마까지 받을 수 있나요?
  보유기간별 공제율은 10년 이상이면 40%, 거주기간별 공제율도 10년 이상이면 40%로 합계 80%까지입니다. 거주기간 2년 이상 3년 미만은 8%이고 보유기간 3년 이상이어야 거주 공제를 받습니다. 두 공제율을 각각 양도차익에 곱해 더합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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