법인세·소득세

공익법인이 증여세 낸 출연 토지를 팔면 취득가액은 어느 시점 시가인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

2011년 3월 31일 전에 출연받아 3년 안에 공익목적에 쓰지 못해 증여세가 부과된 토지라면, 처분 때 법인세 취득가액은 증여세가 부과된 시점의 시가입니다. 같은 가치 상승분에 증여세와 법인세가 겹치지 않도록 한 국세청 해석이며, 이후 출연분은 출연자 관계에 따라 현행 시행령 기준이 달라집니다. 지금은 출연일과 출연자 관계, 증여세 결정 내역의 평가액부터 확인하십시오.

증여세가 이미 나온 땅이라고 해서 처분 때 법인세를 내지 않아도 되는 것은 아닙니다. 다만 증여세가 과세된 가치 상승분까지 다시 법인세를 매기지는 않도록 취득가액을 맞추는 것이 국세청 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

한 장학재단은 2010년에 설립자 가족으로부터 토지를 출연받았는데, 출연 당시에는 공익법인 출연재산이라 증여세가 나오지 않았습니다. 그런데 3년 안에 장학사업에 쓰지 못해 3년이 지난 날을 증여시기로 보아 그때의 시가로 증여세가 부과되었습니다. 재단은 2025년 이 토지를 팔면서 법인세를 계산하려는데, 출연받은 2010년 시가와 증여세가 매겨진 시점 시가 중 무엇을 취득가액으로 해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

출연재산을 3년 안에 쓰지 못하면 어떤 일이 생기나요?

공익법인이 출연받은 재산을 3년 안에 직접 공익목적사업에 쓰지 않으면, 그 사유가 생긴 날에 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세가 부과됩니다. 출연 당시에는 증여세 과세가액에 넣지 않았던 재산이라도 사후 요건을 지키지 못하면 이렇게 과세됩니다.

이때 증여세는 출연일이 아니라 사유 발생일, 즉 3년이 지난 시점의 가액으로 계산됩니다. 출연 후 3년 동안 땅값이 올랐다면 그 오른 값까지 증여세에 반영됩니다. 장기간이 걸리는 부득이한 사유를 보고하고 사유가 없어진 날부터 1년 안에 쓰면 예외가 인정됩니다.

증여세가 나온 출연 토지를 팔면 법인세도 내나요?

네, 비영리법인이 고유목적사업에 직접 쓰지 않던 토지를 팔면 그 처분 수입은 수익사업 소득이 되어 법인세 과세 대상입니다. 법인세법은 유형자산 처분 수입을 비영리법인의 과세소득에 넣고, 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분 수입만 제외합니다.

토지 양도라면 일반 법인세 신고 대신 양도소득세 계산 방식에 따른 신고 특례를 고를 수도 있습니다. 이 특례를 고르면 양도가액과 필요경비를 소득세법 규정을 준용해 계산하고, 증여세 과세가액에 산입되지 않은 출연재산은 출연자의 취득가액을 이어받는 별도 규정이 있으므로 어느 방식이 맞는지 먼저 비교해야 합니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2011. 3. 31. 전에 출연받은 부동산을 처분하는 경우 취득가액은 취득 당시의 시가이고, 3년 안에 쓰지 않아 3년이 지나는 날을 증여시기로 증여세가 부과되었다면 그 취득 당시 시가는 증여세가 부과된 시점의 시가라고 회신했습니다(사전-2018-법령해석법인-0116, 2018. 5. 30.).

이유는 이중과세 방지입니다. 증여세는 3년 경과 시점 시가로 이미 매겨졌는데 법인세 취득가액을 출연 시점 시가로 잡으면, 3년 동안 오른 부분에 증여세와 법인세가 겹쳐 붙습니다. 상속세 및 증여세법도 같은 재산에 법인세가 부과되면 증여세를 부과하지 않도록 정해 두 세금이 겹치지 않게 하고 있습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로 출연 시기나 출연자가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

2011. 3. 31. 이후 출연받은 재산은 기준이 다른가요?

출연자가 특수관계인이 아닌 기부금이라면 기준이 다릅니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 공익법인이 특수관계인 외의 자로부터 기부받은 금전 외 자산의 취득가액을 기부한 사람의 기부 당시 장부가액으로 정하고, 증여세 과세가액에서 빠졌던 출연재산에 나중에 증여세 전액이 부과되면 기부 당시의 시가로 정합니다.

이 단서는 문언상 증여세 부과 시점이 아니라 기부 당시의 시가를 말합니다. 회신 사안처럼 출연자가 특수관계인이면 이 호가 아니라 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득 당시 시가 규정이 적용되므로, 회신의 이중과세 방지 논리가 여전히 쓰일 여지가 있습니다. 출연 시기와 출연자 관계를 먼저 정리하지 않으면 취득가액을 잘못 잡기 쉽습니다.

공익법인 출연 토지 처분 대응 순서

• 출연 경위 정리 - 출연일, 출연자, 출연자와 공익법인의 특수관계 여부를 정관과 이사 명단으로 확인합니다. 2011. 3. 31. 전후인지도 함께 표시합니다.
• 증여세 결정 내역 확보 - 3년 경과로 부과된 증여세의 증여시기와 평가액이 적힌 결정 내역을 받아 둡니다. 이 평가액이 취득가액 주장의 근거가 됩니다.
• 신고 방식 선택 - 법인세 과세표준 및 세액신고서에 수익사업 처분익으로 넣을지, 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고 특례를 쓸지 세액을 비교합니다.
• 과다 신고분 정정 - 출연 시점 시가로 신고해 세금을 더 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다. 경정청구서에 증여세 결정 내역을 붙입니다.
• 과세 예고와 고지 대응 - 세무서가 낮은 취득가액으로 경정하겠다고 통지하면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 출연재산을 일부만 공익목적에 썼거나 수익용으로 운용한 기간이 섞여 있으면 결정 내역과 장부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 출연재산과 관련한 증여세·법인세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공익법인이 출연받은 재산은 증여세가 없나요?
  원칙적으로 공익법인등이 출연받은 재산은 증여세 과세가액에 넣지 않습니다. 다만 3년 안에 공익목적사업에 쓰지 않거나 다른 용도로 쓰면 그 사유가 생긴 날 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세가 부과됩니다. 내국법인 주식은 보유 한도를 넘는 부분이 따로 과세됩니다.
• 증여세를 냈는데 법인세도 또 내는 것은 이중과세 아닌가요?
  과세 대상 기간이 다릅니다. 증여세는 3년 경과 시점까지의 가치에 대한 것이고, 법인세는 그 뒤 처분할 때까지 오른 부분에 대한 것입니다. 국세청도 같은 부분이 겹치지 않도록 취득가액을 증여세 부과 시점 시가로 보았습니다.
• 고유목적사업에 쓰던 땅을 팔아도 법인세가 나오나요?
  고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분 수입으로서 시행령이 정한 요건을 갖춘 것은 수익사업 소득에서 빠집니다. 3년 안에 쓰지 않아 증여세가 나온 토지는 대개 이 예외에 해당하지 않으므로 사용 기간을 먼저 확인해야 합니다.
• 양도소득세 방식으로 신고할 수도 있나요?
  수익사업을 하지 않는 비영리내국법인은 토지 양도소득에 대해 소득세법 계산 방식을 준용한 신고 특례를 고를 수 있습니다. 이 경우 예정신고를 해야 하고, 증여세 과세가액에 산입되지 않은 출연재산은 출연자의 취득가액을 이어받는 규정이 있어 세액을 비교해 봐야 합니다.
• 출연 시점 시가로 이미 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  증여세 부과 시점 시가가 더 높았다면 취득가액이 늘어나 법인세가 줄어들 수 있습니다. 법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구를 할 수 있고, 증여세 결정 내역과 회신 해석을 근거로 붙이면 됩니다. 거부되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 출연자가 이사장 가족이면 특수관계인인가요?
  출연자와 그 친족이 공익법인의 이사 등으로 경영에 사실상 영향력을 행사하면 법인세법상 특수관계인에 해당할 수 있습니다. 특수관계 여부에 따라 취득가액 조문이 달라지므로 정관, 이사회 구성, 출연자 지분을 함께 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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