세금

공장을 헐고 땅만 팔면 비사업용 토지 추가 법인세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

철거한 날부터 2년 안에 팔면 그 기간은 사업용으로 보므로 대개 내지 않습니다. 2년이 지나도 바로 비사업용이 되지는 않고, 보유기간 중 놀린 기간이 기간기준을 넘어야 합니다. 지급이자를 부인하는 업무무관 부동산 판정은 철거일부터 5년이라는 별도 기준을 따릅니다.

철거한 날부터 2년 안에 팔면 그 기간은 사업용으로 보므로 대개 내지 않습니다. 2년이 지나도 바로 비사업용이 되지는 않고, 보유기간 중 놀린 기간이 기간기준을 넘어야 합니다. 지급이자를 부인하는 업무무관 부동산 판정은 철거일부터 5년이라는 별도 기준을 따릅니다.

공장을 철거하면 언제부터 비사업용 토지 문제가 생기나요?

철거한 날부터 2년이 지난 뒤 놀린 기간부터 문제가 됩니다. 공장이 돌아가는 동안 부속토지는 대개 재산세 분리과세나 별도합산 대상이어서 비사업용 토지가 아닙니다. 건물을 헐면 나대지가 되어 재산세 종합합산과세대상으로 바뀌기 쉽습니다.

법인세법은 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지를 그날부터 2년 동안 사업용으로 봅니다. 공장을 다른 곳으로 옮기면서 땅을 비운 경우에도 같은 2년 규정이 있습니다. 2년 이상 사업에 쓴 토지를 휴업·폐업·이전으로 쓰지 않게 되면 그날부터 2년입니다.

철거일은 멸실신고서, 철거 공사 완료 서류, 건축물대장 말소 기록으로 증명합니다. 철거 공사가 여러 달 걸렸다면 어느 날을 철거일로 볼지 다툼이 생길 수 있어 완료일 자료를 분명히 남겨야 합니다. 공장 이전일은 새 공장의 가동 시작일과 옛 공장의 생산 중단 기록으로 보여 줍니다. 두 날짜가 다르면 어느 규정을 쓸지 먼저 정해야 합니다.

철거 뒤 2년이 지나서 팔면 바로 추가 법인세가 나오나요?

아니요, 2년이 지났다는 것만으로 비사업용 토지가 되지는 않습니다. 비사업용 토지인지는 보유기간 전체에서 사업에 쓰지 않은 기간이 기간기준을 넘었는지로 판정합니다. 소유기간이 5년 이상이면 세 가지 요건을 모두 넘어야 합니다.

세 요건은 양도일 직전 5년 중 2년 초과, 직전 3년 중 1년 초과, 소유기간의 40% 초과입니다. 예를 들어 모두 20년 보유한 공장 땅을 철거 후 4년 6개월 만에 팔았다고 하겠습니다. 비사업용 기간은 2년 6개월이어서 앞의 두 요건은 넘지만, 소유기간의 40%인 8년에는 못 미칩니다. 이 경우 비사업용 토지가 아닙니다.

반대로 공장을 산 지 몇 년 되지 않았거나 철거 후 오래 놀렸다면 결론이 달라집니다. 비사업용 토지로 판정되면 양도소득의 10%를 법인세에 더해 냅니다. 결손 법인도 이 추가 법인세는 냅니다. 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 따로 계산하기 때문입니다.

철거한 땅의 지급이자도 부인되나요?

철거일부터 5년이 지나기 전에는 업무무관 부동산으로 보지 않으므로 부인되지 않습니다. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지는 부득이한 사유가 있는 부동산으로 정해져 있습니다. 공장 이전에 따라 업무에 쓰지 않게 된 부동산도 이전일부터 5년이 같은 기준입니다.

5년이 지나도록 새 건물을 짓거나 다른 업무에 쓰지 않으면 업무무관 부동산이 됩니다. 그때부터 유지비와 관련 지급이자가 손금에서 빠집니다. 착공하면 그날부터 업무에 사용한 것으로 보므로 개발 계획이 있다면 착공 시점이 중요합니다.

건물을 헐 때 남은 장부가액의 처리는 별개 문제입니다. 공장을 계속 쓰던 건물을 헐면 장부가액을 철거한 해의 손금으로 넣을 수 있습니다. 이 부분은 「새 건물을 지으려고 헌 건물을 철거하면 장부가액을 비용으로 빼나요?」에서 설명했습니다.

공장을 다른 곳으로 옮긴 경우는 어떻게 보나요?

2년 이상 사업에 쓴 땅이라면 공장을 옮긴 날부터 2년 동안 비사업용 토지로 보지 않습니다. 휴업이나 폐업으로 땅을 쓰지 않게 된 경우도 같습니다. 건물을 헐지 않고 비워 둔 채 이전했어도 이 규정을 쓸 수 있습니다.

업무무관 부동산 판정에서는 휴업·폐업·이전일부터 5년입니다. 철거 규정과 이전 규정이 함께 해당하면 각각의 기산일을 따져 납세자에게 유리한 쪽을 주장할 수 있습니다. 다만 두 기간을 이어 붙여 늘릴 수 있는지는 분명하지 않아 날짜별로 따로 계산해 두어야 합니다.

산업단지 안의 공장 용지를 관리기관에 넘기는 경우나 공익사업으로 수용되는 경우는 별도 예외가 있습니다. 수용은 사업인정고시일부터 5년 전에 취득한 토지면 비사업용으로 보지 않습니다. 이전 사유가 수용이라면 「공익사업으로 수용되는 땅은 비사업용 토지 중과를 피할 수 있나요?」를 함께 보십시오.

공장 철거 토지 대응 순서

• 날짜 확정 - 철거일과 공장 이전일을 서류로 확정하고 어느 규정을 적용할지 정합니다.
• 기한 표 작성 - 철거일부터 2년(비사업용 토지)과 5년(업무무관 부동산) 만료일을 적어 둡니다.
• 기간기준 계산 - 소유기간 전체를 놓고 사업용·비사업용 기간을 일수로 계산해 봅니다.
• 매각·착공 결정 - 2년 안 매각, 기간기준 범위 안 매각, 착공 중 무엇이 유리한지 비교합니다.
• 신고 반영 - 비사업용으로 판정되면 양도 사업연도에 토지등 양도소득 법인세를 함께 신고합니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 공장을 얼마나 오래 보유했는지, 철거와 이전 중 어느 날을 기준으로 삼는지에 따라 판정이 달라집니다. 철거 뒤 땅을 어떻게 썼는지도 결론을 가릅니다. 법무법인 윤성은 공장 이전·매각에 따른 법인세 검토와 세무조사 대응, 조세심판 업무를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 가동을 멈춘 공장 건물을 헐지 않고 두면 비사업용 판정이 달라지나요?
  건물이 남아 있으면 부속토지가 계속 별도합산이나 분리과세 대상인지 따져야 합니다. 가동을 멈춘 공장이라도 건축물이 있으면 나대지와 판정이 다를 수 있어 재산세 과세 구분을 먼저 확인해야 합니다.
• 철거 후 임시 주차장으로 빌려주면 사업용인가요?
  업무무관 판정에서 나대지 임대는 원칙적으로 업무에 쓰지 않는 것으로 봅니다. 다만 공장 부속토지처럼 업무에 쓰던 땅의 임대는 이 규정에서 빠진다고 볼 여지가 있습니다. 비사업용 토지 판정은 주차장 요건을 따로 봅니다.
• 화재로 공장이 무너진 경우도 같나요?
  네, 건축물이 멸실되거나 무너진 토지도 그날부터 2년 동안 비사업용 토지로 보지 않습니다. 업무무관 부동산 판정에서는 5년입니다. 화재 발생일과 멸실 확인 서류를 보관해 두어야 합니다.
• 공장 부지 일부만 철거한 경우는요?
  철거된 건물의 부속토지 부분에만 이 규정을 적용합니다. 남은 건물의 부속토지는 기존대로 판정하므로 면적을 나누어 계산해야 합니다. 건축물대장과 측량도로 면적 근거를 남겨 두십시오.
• 결손이 나서 낼 법인세가 없어도 추가 법인세를 내나요?
  네, 토지등 양도소득에 대한 법인세는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 별도로 계산합니다. 그해 결손이 있어도 비사업용 토지의 양도소득에는 추가 법인세가 나옵니다.
• 산업단지 관리기관에 공장 용지를 넘기면 어떻게 되나요?
  산업단지 입주기업이 관리기관에 산업용지를 양도하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는 사유로 정해져 있습니다. 다만 같은 항의 취득 시기 제한이 함께 적용되는지 확인이 필요합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 새 건물을 지으려고 헌 건물을 철거하면 장부가액을 비용으로 빼나요?
• 재산세가 종합합산으로 나오는 땅은 팔 때 비사업용 토지가 되나요?
• 산 지 1년 2개월 된 나대지를 팔면 단기세율과 비사업용 토지 세율 중 무엇을 내나요?
• 업무무관 부동산으로 세금을 더 내게 되면 결손금 소급공제를 더 받을 수 있나요?
• 임차 공장을 옮기며 시설물을 철거하면 장부가액을 비용으로 넣나요?
• 우리 법인이 해외 부동산을 팔아도 비사업용 토지 추가 법인세를 내나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기