법인세·소득세

공무원이 질병휴직 중 받는 봉급도 소득세 비과세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 공무원보수규정에 따라 질병휴직 중 받는 봉급은 소득세 비과세 대상이 아닙니다. 소득세법 제12조 제3호 사목은 공무원연금법·공무원 재해보상법 등에 따라 받는 급여만 비과세로 열거하고, 소속 기관이 주는 봉급은 근로의 대가로 과세됩니다. 지금은 휴직 중 받은 돈의 지급 근거 법령부터 급여명세서로 확인하십시오.

공무상 질병으로 휴직했다는 사실만으로 따로 비과세 신청서를 낼 필요는 없습니다. 비과세 대상이 되는 급여는 지급 근거 법령에 따라 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 지방 행정기관 공무원으로 2025년 3월 업무 중 다친 허리 치료를 위해 공무상 질병휴직에 들어가 1년간 봉급 전액을 받았습니다. 같은 기간 공무원연금공단에서 공무원 재해보상법에 따른 요양급여도 따로 받았습니다. 2026년 초 연말정산에서 휴직 중 봉급이 모두 과세되자, B씨는 질병 휴직 급여는 비과세가 아니냐고 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

질병휴직 중 받는 공무원 봉급은 비과세인가요?

아닙니다. 공무원보수규정에 따라 휴직 기간 중 지급되는 봉급은 근로의 대가로 소속 기관이 주는 보수여서 비과세소득이 아닙니다. 공무상 질병으로 휴직해 봉급 전액을 받는 경우도 마찬가지입니다.

소득세법의 비과세 규정은 근로소득 중 비과세 대상을 하나씩 열거하는 방식입니다. 열거되지 않은 근로소득은 과세됩니다. 조세법규는 비과세요건이라도 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 넓히거나 유추해석할 수 없다는 것이 대법원의 일관된 입장입니다.

소득세법이 비과세로 정한 질병 관련 급여는 무엇인가요?

2026. 9. 29. 기준 현행 「소득세법」은 「공무원연금법」, 「공무원 재해보상법」, 「군인연금법」, 「군인 재해보상법」, 「사립학교교직원 연금법」, 「별정우체국법」에 따라 받는 공무상요양비·요양급여·장해일시금 등과 「신체·정신상의 장해·질병으로 인한 휴직기간에 받는 급여」를 비과세로 정합니다. 이 마지막 문구는 앞에 적힌 연금·재해보상 법률에 따라 받는 급여를 가리키는 것으로 읽습니다.

연금·재해보상 급여를 비과세로 두는 이유는 그것이 보수와 별도로 생활 안정을 위해 지급되는 사회보장 성격의 돈이고, 사용자가 아닌 다른 기관이 지급하기 때문입니다. 반면 공무원보수규정의 봉급은 사용자인 국가가 주는 근로의 대가입니다. 그래서 같은 공무상 질병이라도 공무원연금공단 등이 「공무원 재해보상법」에 따라 지급하는 요양급여는 비과세, 소속 기관이 주는 봉급은 과세로 갈립니다.

민간 근로자도 구조가 같습니다. 「산업재해보상보험법」에 따른 휴업급여나 「근로기준법」에 따른 휴업보상금은 비과세이지만, 회사가 취업규칙에 따라 병가 중 주는 급여는 원칙적으로 과세됩니다.

휴직 중 봉급은 얼마나 나오나요?

질병휴직 중 봉급은 휴직 기간이 1년 이하이면 봉급의 70퍼센트, 1년 초과 2년 이하이면 50퍼센트가 지급됩니다. 공무상 질병 또는 부상으로 휴직한 경우에는 그 기간 중 봉급 전액이 지급됩니다.

지급 비율과 관계없이 이 돈은 모두 근로소득으로 원천징수 대상입니다. 휴직 중 소득이 줄었다고 해서 비과세로 바뀌지 않고, 연말정산에서 다른 근로소득과 합산됩니다.

비과세로 잘못 처리했거나 과세됐다면 어떻게 하나요?

비과세로 처리되어 원천징수가 누락됐다면 소속 기관이 뒤늦게 추가 징수하거나 수정 지급명세서를 낼 수 있습니다. 반대로 비과세 대상인 재해보상 급여까지 과세됐다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다.

경정청구 전에 급여 항목을 봉급과 재해보상 급여로 나눈 지급 내역을 받아 두어야 합니다. 두 항목이 한 통장에 섞여 들어오면 어느 돈이 비과세인지 입증하기 어렵습니다.

질병휴직 봉급 과세 대응 순서

• 지급 근거 확인 - 휴직 기간 중 받은 돈마다 공무원보수규정 봉급인지, 공무원 재해보상법 급여인지 확인합니다. 근거 법령이 비과세 여부를 정합니다.
• 급여명세서 확보 - 소속 기관과 공무원연금공단에서 기간별 지급 내역을 받습니다. 항목별 금액이 나뉘어 있어야 신고가 맞습니다.
• 공무상 요양 승인 확인 - 공무상 요양 승인 결정서를 보관합니다. 요양급여 비과세의 전제가 됩니다.
• 연말정산 자료 대조 - 원천징수영수증에 봉급과 재해보상 급여가 섞여 있지 않은지 대조합니다. 섞여 있으면 수정 지급명세서를 요청합니다.
• 경정청구 검토 - 비과세 급여에 세금이 붙었다면 5년 안에 경정청구를 합니다. 거부되면 불복 절차로 넘어갑니다.

여기까지는 일반 기준이고, 휴직 사유가 공무상 요양 승인 전후로 바뀌었거나 수당·성과급이 함께 지급된 경우에 해당하면 급여명세서와 승인 결정서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 근로소득 과세와 경정청구 거부처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공무상 질병휴직 중 받은 봉급 전액도 과세되나요?
  과세됩니다. 공무원보수규정 제28조 제1항 단서는 공무상 질병으로 휴직하면 봉급 전액을 지급한다고 정하지만, 이 봉급은 근로의 대가인 보수여서 소득세법 제12조 제3호 사목의 비과세 급여에 해당하지 않습니다. 휴직 중이라도 근로소득으로 원천징수됩니다.
• 공무원 재해보상법에 따른 요양급여는 비과세인가요?
  비과세입니다. 소득세법 제12조 제3호 사목은 공무원 재해보상법 등에 따라 받는 공무상요양비·요양급여·장해일시금·재해부조금 등을 비과세로 정합니다. 공무원연금공단이 지급하는 이 급여들은 소속 기관이 주는 봉급과 구분해서 신고해야 합니다.
• 일반 질병휴직이면 봉급이 얼마나 나오나요?
  공무원보수규정 제28조 제1항에 따라 휴직 기간이 1년 이하이면 봉급의 70퍼센트, 1년 초과 2년 이하이면 50퍼센트가 지급됩니다. 공무상 질병 또는 부상으로 인한 휴직이면 전액이 지급됩니다. 어느 경우든 지급된 봉급은 근로소득입니다.
• 비과세 규정을 넓게 해석해 달라고 주장할 수 있나요?
  받아들여지기 어렵습니다. 대법원 2008두11372 판결은 과세요건이든 비과세요건이든 조세법규는 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석할 수 없다고 보았습니다. 소득세법이 열거하지 않은 급여를 비과세로 보기는 어렵습니다.
• 민간 회사 직원의 병가 급여도 같은가요?
  구조가 같습니다. 산업재해보상보험법에 따른 휴업급여, 근로기준법에 따른 휴업보상금은 소득세법 제12조 제3호 다목·라목에 따라 비과세이지만, 회사가 취업규칙에 따라 병가 중 주는 급여는 근로소득으로 과세되는 것이 원칙입니다.
• 비과세 급여에 세금이 붙었으면 돌려받을 수 있나요?
  경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구합니다. 근로소득만 있어 연말정산으로 끝낸 경우에도 청구할 수 있으며, 급여별 지급 근거를 보여 주는 명세서가 필요합니다.

비슷한 상황

• 세금 고지서를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
• 이미 신고한 세금을 돌려받으려면 어떻게 하나요?
• 심판청구에서 졌는데 소송으로 가면 되나요?

이 페이지는 일반적인 절차 안내입니다. 개별 사안의 판단은 상담에서 합니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성