세금

매출 전에 면적 비율로 나눈 공통매입세액은 언제 다시 정산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

매출 전에 예정사용면적 비율로 나눈 공통매입세액은 실제 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 정산합니다. 그 사이 매출이 생겨도 면적이 확정될 때까지는 면적 비율을 씁니다. 정산은 확정 면적 기준 과세 비율로 다시 계산해 이미 공제한 세액을 빼는 방식입니다.

매출 전에 예정사용면적 비율로 나눈 공통매입세액은 실제 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 정산합니다. 그 사이 매출이 생겨도 면적이 확정될 때까지는 면적 비율을 씁니다. 정산은 확정 면적 기준 과세 비율로 다시 계산해 이미 공제한 세액을 빼는 방식입니다.

왜 매출 전에는 면적 비율로 나누나요?

공통매입세액은 원칙적으로 그 과세기간의 면세공급가액 비율로 나눕니다. 그런데 건물을 짓는 동안에는 과세·면세 공급가액이 모두 없거나 한쪽만 있는 경우가 많아 이 비율을 구할 수 없습니다. 이때 시행령은 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율을 차례로 쓰도록 정합니다.

다만 건물이나 구축물을 새로 짓거나 사서 과세·면세 예정 면적을 구분할 수 있다면 예정사용면적 비율을 가장 먼저 씁니다. 예를 들어 1층 상가는 임대(과세), 2층부터는 주택 분양(면세)으로 쓸 건물이라면 설계도면상 면적으로 나눕니다.

대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결은 이 구조를 확인했습니다. 서울특별시농수산식품공사가 시장 건물을 짓는 동안 생긴 공통매입세액이 문제 된 사안입니다. 원심은 이를 기존 사업장의 공급가액 비율로 나누는 것이 맞다고 보았습니다. 대법원은 공급가액 비율 안분에 조건을 붙였습니다. 공통매입세액이 생긴 사업 부분과 공급가액이 생긴 사업 부분이 서로 관련 있을 때만 쓸 수 있다는 것입니다. 관련성은 재화를 공급받은 경위와 목적, 사업 운영 형태, 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성을 종합해 판단합니다. 서로 분리·독립되어 있다면 매입가액이나 예정면적 등으로 나눠야 한다며 원심을 파기했습니다.

매출이 생기면 바로 공급가액 비율로 바꾸나요?

아니요, 예정사용면적 비율로 안분한 건물이나 구축물은 사용면적이 확정되기 전까지는 면적 비율을 계속 씁니다. 그 사이 과세·면세 공급가액이 모두 생겨 원래 계산식을 쓸 수 있게 되더라도 마찬가지입니다. 다만 토지는 이 규정의 대상에서 빠집니다.

예정신고 때는 예정신고기간의 면세 사용면적 비율로 안분하고 확정신고 때 정산합니다. 분양이나 입주가 일부만 진행된 과세기간에는 아직 사용면적이 확정되지 않았다고 볼 수 있습니다. 그래서 확정 시점을 언제로 볼지가 실무상 가장 다툼이 많은 지점입니다. 준공, 사용승인, 실제 입주 현황 자료를 함께 남겨 두어야 합니다. 미분양으로 비어 있는 면적이 있다면 그 면적을 어느 용도로 볼지도 함께 정리해야 합니다.

매입가액 비율이나 예정공급가액 비율로 안분한 경우는 다릅니다. 이때는 과세·면세 공급가액이 확정되는 과세기간에 공급가액 비율로 정산합니다.

정산은 어떻게 계산하나요?

면적 기준으로 안분한 경우의 정산 세액은 총공통매입세액에 「1 - 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 비율」을 곱하고, 이미 공제한 세액을 뺀 금액입니다. 결과가 플러스면 추가 공제, 마이너스면 그만큼 납부세액에 더합니다.

예를 들어 신축 기간 공통매입세액 합계가 5억원이라고 해 보겠습니다. 예정면적 기준 면세 비율 60%로 안분해 2억원을 이미 공제했습니다. 실제 사용면적이 확정된 과세기간의 면세 비율이 50%라면, 공제할 세액은 5억원 × 50%인 2억 5,000만원입니다. 이미 공제한 2억원과의 차이 5,000만원을 그 과세기간 확정신고 때 추가로 공제받습니다.

반대로 확정 면세 비율이 70%로 높아졌다면 공제할 세액은 1억 5,000만원입니다. 이미 공제한 2억원과의 차이 5,000만원을 더 내야 합니다.

매입가액이나 예정공급가액으로 나눈 경우는 어떻게 정산하나요?

예정면적을 구분할 수 없어 매입가액 비율이나 예정공급가액 비율로 안분한 경우가 있습니다. 이때는 과세·면세 공급가액이 확정되는 과세기간에 정산합니다. 계산 방식은 면적 기준과 같은 구조입니다. 총공통매입세액에 「1 - 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 비율」을 곱하고 이미 공제한 세액을 뺍니다.

예를 들어 설비를 들이며 매입가액 비율로 면세 30%를 적용해 왔다고 해 보겠습니다. 공급가액이 확정된 과세기간의 면세 비율이 20%라면 그 차이만큼 추가로 공제받습니다. 반대로 면세 비율이 높아졌다면 차이만큼 더 냅니다.

어느 기준을 썼든 정산은 확정되는 과세기간의 확정신고 때 한 번 합니다. 예정신고 때는 그 예정신고기간의 비율로 안분해 두고 확정신고 때 정산합니다. 정산 대상 과세기간과 기준을 신고서 부속 자료에 분명히 남겨 두어야 나중에 과세관청과 계산을 맞추기 쉽습니다.

공통매입세액 정산 대응 순서

• 안분 기준 확인 - 신축 기간 어떤 기준(매입가액, 예정공급가액, 예정면적)으로 나눴는지 정리합니다.
• 공통매입세액 누계 - 신축 기간 전체 공통매입세액과 이미 공제한 세액을 합산합니다.
• 확정 시점 판단 - 사용면적이나 공급가액이 확정되는 과세기간을 자료로 정합니다.
• 정산 계산 - 확정 비율로 공제할 세액을 다시 계산해 이미 공제한 세액과의 차이를 구합니다.
• 확정신고 반영 - 그 과세기간 확정신고 때 정산 세액을 가산하거나 공제합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업 부분 사이의 관련성과 사용면적 확정 시점에 따라 정산 세액과 그 시기가 달라집니다. 법무법인 윤성은 신축 겸영 건물의 공통매입세액 안분·정산 검토와 경정청구, 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 토지 매입과 관련된 공통매입세액도 면적으로 정산하나요?
  아니요, 면적 기준 정산의 계속 적용 규정은 토지를 제외한 건물·구축물에 대한 것입니다. 토지 관련 매입세액은 처음부터 불공제 대상인지 따로 확인해야 합니다.
• 정산을 빠뜨리고 몇 년이 지났다면 어떻게 하나요?
  공제가 늘어나는 정산이라면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 납부할 정산이라면 수정신고로 가산세를 줄이는 것이 낫습니다.
• 설계 변경으로 예정면적이 바뀌면 이전 신고도 고치나요?
  아니요, 시행령은 확정 시점에 한꺼번에 정산하는 구조여서 이전 과세기간을 고치지 않는다고 볼 수 있습니다. 다만 변경 이후 과세기간에는 바뀐 예정면적을 쓰는 것이 합리적입니다.
• 기존 사업장의 매출 비율로 안분하라는 요구는 따라야 하나요?
  신축 사업과 기존 사업이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액 비율로 안분할 것이 아니라는 것이 대법원 판단입니다. 관련성 여부를 자료로 다툴 수 있습니다.
• 정산 후에도 면세 비율이 바뀌면 또 계산하나요?
  네, 정산 뒤 감가상각자산의 면세 비율이 기준 비율과 5퍼센트 이상 달라지면 납부세액을 다시 계산합니다. 확정신고 때 하는 것으로 정산과는 다른 절차입니다.
• 예정사용면적은 어떤 자료로 정하나요?
  건축허가 도면, 분양·임대 계획서처럼 과세·면세 용도별 면적을 보여 주는 자료로 정합니다. 객관적 자료가 없으면 과세관청과 다툼이 생기기 쉽습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 공사 중인 겸영 사업장 공통매입세액, 공급가액과 면적 중 무엇으로 나누나요?
• 과세사업자가 면세사업자로 잘못 정정신고했다면 매입세액 공제를 못 받나요?
• 풍력발전단지 진입도로 공사비도 토지 관련 매입세액으로 불공제되나요?
• 인허가 직접 조건이 아닌 지자체 요청 기부채납 시설도 매입세액 공제되나요?
• 가축분뇨 처리업자가 퇴비까지 팔면 자원화시설 매입세액은 공제되나요?
• 사용승인 뒤에도 공사가 계속되면 건설용역 공급시기는 언제인가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기