감면·공제

동업에서 나와 다른 곳에 같은 의원을 열면 고용 세액공제에서 창업인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 공동사업에서 탈퇴하면서 지분을 남은 동업자에게 넘기고 다른 장소에서 같은 업종의 의원을 새로 열면 고용 세액공제에서는 창업으로 보지 않습니다. 직전 과세연도 상시근로자 수는 0명이 아니라 사업을 승계시킨 경우의 계산 규정으로 셉니다. 지금은 넘겨준 직원 명단과 월별 인원부터 정리하십시오.

새 장소에서 문을 열었다는 사실만으로 사업자등록을 새로 냈으니 창업이라고 단정할 필요는 없습니다. 세액공제에서 창업인지는 사업자등록 번호가 아니라 종전 사업이 어떻게 정리되었는지로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년부터 동료 의사와 함께 의원을 공동으로 운영했습니다. 2025년 3월 공동사업에서 탈퇴하면서 지분을 동료에게 넘겼고, 기존 직원들은 모두 그 의원에 남았습니다. A씨는 같은 해 5월 다른 동네에 같은 진료과목의 의원을 혼자 열고 직원 6명을 새로 뽑았습니다. 2025년 귀속 종합소득세를 신고하면서 새 의원은 창업이니 직전 과세연도 상시근로자를 0명으로 놓고 고용 세액공제를 계산해도 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

동업에서 탈퇴해 새로 연 의원은 창업으로 보나요?

창업으로 보지 않습니다. 공동사업에서 탈퇴하면서 지분을 남은 동업자에게 넘기는 것은 함께 하던 사업을 승계시키는 것이고, 그 뒤 다른 장소에서 같은 업종을 다시 시작하는 것은 새로운 사업을 처음 여는 것으로 보기 어렵기 때문입니다.

조세특례제한법은 합병·현물출자·사업 양수로 종전 사업을 승계하는 경우, 개인사업을 법인으로 전환하는 경우, 폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 여는 경우, 사업을 확장하거나 업종을 추가하는 경우를 창업으로 보지 않는다고 정합니다. 동업 탈퇴 후 같은 업종 개업은 이 가운데 사업 승계와 같은 종류의 사업 재개가 겹친 모습입니다.

직전 과세연도 상시근로자 수는 어떻게 세나요?

직전 과세연도 인원을 처음부터 0명으로 보지 않고, 사업을 승계시킨 경우의 계산 규정에 따라 셉니다. 승계시킨 쪽의 직전 과세연도 상시근로자 수는 종전 직전 과세연도 인원에서 넘겨준 인원을 뺀 수로 하고, 해당 과세연도 인원은 과세연도 개시일에 넘겨준 것으로 보아 계산합니다.

창업으로 보면 직전 과세연도 인원은 0명이 되어 새로 뽑은 직원 전부가 증가 인원이 됩니다. 승계 규정을 적용하면 결과가 0명에 가까워질 수는 있지만, 계산 근거가 다르기 때문에 세무서가 공제액을 다시 계산할 때 기준 인원이 달라집니다. 직원 일부가 A씨를 따라 옮겨 왔거나 동업 기간 중 인원 변동이 컸다면 차이가 더 커집니다.

남은 동업자 쪽은 반대로 셉니다. 승계한 쪽의 직전 과세연도 인원은 원래 인원에 승계한 인원을 더한 수입니다. 같은 사업장을 두고 두 사람이 서로 다른 기준을 쓰면 한쪽 신고가 문제 될 수 있으므로, 탈퇴 정산 때 넘겨주는 직원 명단을 서로 맞춰 두는 것이 안전합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2018-법령해석소득-0457(2018. 12. 19.)에서, 공동사업장 구성원이 탈퇴하면서 기존 사업을 다른 구성원에게 승계시키고 새로운 장소에서 같은 업종의 사업을 연 경우 창업에 해당하지 않는다고 회신했습니다. 직전 과세연도 청년 정규직 근로자 수와 상시근로자 수는 창업 규정이 아닌 승계 규정(시행령 제23조 제13항 제3호)에 따라 계산한다고 보았습니다.

이유는 두 가지였습니다. 탈퇴하면서 지분을 넘기는 것은 공동으로 하던 사업을 승계시키는 것이고, 기존 사업장과 다른 곳에서 같은 업종을 시작하는 것은 창업이 아니라는 것입니다. 이 회신은 당시 청년고용증대세액공제와 중소기업 사회보험료 세액공제에 관한 것이었고, 질의한 사실관계를 전제로 하므로 업종이 다르거나 지분 정산 방식이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

지금 통합고용세액공제에도 같은 기준이 적용되나요?

같은 계산 기준이 그대로 쓰입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」은 통합고용세액공제의 상시근로자 수를 계산할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인에게 제23조 제13항을 준용하도록 정하고 있습니다.

다만 공제 구조는 과세연도에 따라 다릅니다. 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지는 직전 과세연도보다 늘어난 인원에 공제하고 2년간 사후관리를 받는 종전 규정이 적용됩니다. 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 직전 3개 과세연도 가운데 1개 이상보다 늘어난 경우 그 해에 공제하는 방식으로 바뀌었습니다.

동업 탈퇴 후 고용 세액공제 대응 순서

• 탈퇴 정산 서류 정리 - 지분 양도 계약서, 공동사업자 탈퇴에 따른 사업자등록 정정 내역, 넘겨준 직원 명단을 모읍니다. 승계시킨 인원을 확정하는 자료가 됩니다.
• 월별 인원 재계산 - 종전 공동사업장과 새 의원의 매월 말 상시근로자를 표로 만들고 대표자 가족, 1년 미만 계약자를 뺍니다. 직전 과세연도 인원을 승계 규정대로 다시 계산합니다.
• 공제 서류 작성 - 통합고용세액공제 공제세액계산서와 통합고용세액공제 상시근로자 명세서를 같은 기준으로 작성해 종합소득세 신고 때 냅니다.
• 경정청구 검토 - 이미 0명 기준으로 신고했거나 공제를 빠뜨렸다면 법정신고기한 후 5년 안에 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 바로잡습니다.
• 불복 대비 - 공제가 부인되어 납부고지서를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 동업 계약서의 정산 조항과 직원 이동 경위에 따라 계산 결과가 달라지므로 계약서와 4대 보험 자료를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 고용 세액공제 경정청구와 공제 부인 처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 동업 탈퇴 후 새 사업자등록이면 창업 아닌가요?
  아니요. 세액공제에서 창업인지는 사업자등록번호가 아니라 종전 사업을 어떻게 정리했는지로 판단합니다. 지분을 넘기고 같은 업종을 다른 곳에서 다시 시작하면 종전 사업의 승계와 같은 종류 사업의 재개로 보아 창업에서 빠집니다.
• 남은 동업자의 직전연도 인원은 어떻게 되나요?
  남은 동업자는 사업을 승계한 쪽이라 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 인원을 더한 수를 기준으로 합니다. 해당 과세연도 인원은 과세연도 개시일에 승계한 것으로 보아 계산하므로 연도 중간에 넘겨받았더라도 1월부터 있던 것처럼 셉니다.
• 다른 업종으로 새로 개업하면 결론이 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 창업 제외 사유는 같은 종류의 사업을 다시 하거나 종전 사업을 승계하는 경우 등이므로, 업종이 실제로 다르고 종전 사업의 자산·인력을 넘겨받지 않았다면 창업으로 볼 여지가 있습니다. 업종 판단은 한국표준산업분류를 기준으로 합니다.
• 직원이 저를 따라 새 의원으로 왔다면요?
  따라온 직원은 남은 동업자에게 승계시킨 인원이 아니므로 계산이 달라집니다. 종전 사업장에서 퇴사한 날과 새 의원 입사일, 4대 보험 자격 취득일을 맞춰 두어야 어느 쪽 인원인지 설명할 수 있습니다. 월별 명세로 따로 정리해 두십시오.
• 이미 0명 기준으로 공제받았는데 어떻게 하나요?
  과다 공제가 되었다면 세무서가 경정하기 전에 수정신고를 검토하는 편이 가산세 부담이 적습니다. 반대로 승계 규정으로 계산해 공제액이 더 커진다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다.
• 2026년부터 공제 방식이 바뀌었나요?
  네. 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 직전 3개 과세연도 가운데 1개 이상보다 상시근로자가 늘어난 경우 그 해에 공제하는 방식으로 바뀌었습니다. 2025년까지 늘어난 분은 종전 규정에 따라 공제와 사후관리를 받습니다.
• 공제가 부인되면 언제까지 다툴 수 있나요?
  공제 부인에 따른 납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거칠 수도 있지만 선택 절차입니다. 기한이 지나면 다투기 어려우므로 고지서 수령일을 기록해 두십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

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