불복·환급

과세전적부심사는 세무서와 국세청 중 어디에 내고, 결정은 언제 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

과세전적부심사는 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지한 세무서장·지방국세청장에게 청구하는 것이 원칙입니다. 다투는 금액이 5억원 이상이거나 국세청장의 새로운 해석이 필요하면 국세청장에게 청구할 수 있고, 어느 곳이든 30일 안에 결정해야 하며 결정 전에는 고지를 미뤄야 합니다.

과세전적부심사는 세금이 고지되기 전에 통지 내용이 적법한지 다시 심사받는 절차입니다. 원칙적으로 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구하지만, 다투는 금액이 5억원 이상이거나 국세청장의 해석이 새로 필요한 사안은 국세청장에게 청구할 수 있습니다. 어디에 내든 국세심사위원회 심사를 거쳐 30일 안에 결정하는 구조는 같습니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2025. 3. 상가 건물을 팔고 양도소득세를 신고했습니다. 2026. 9. 25. 지방국세청 세무조사 결과통지서를 받았는데, 감면 요건을 갖추지 못했다며 양도소득세와 가산세 6억 3,000만원을 추가로 고지할 예정이라는 내용이었습니다. I씨는 감면 요건 해석이 국세청 예규와 다르다고 생각합니다. I씨는 조사한 지방국세청에 과세전적부심사를 내야 하는지 국세청에 바로 낼 수 있는지, 결정이 나기 전에 고지서부터 나오지는 않는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세전적부심사는 어디에 청구하나요?

원칙은 통지를 한 관서입니다. 세무서가 결과통지를 했으면 세무서장에게, 지방국세청이 했으면 지방국세청장에게 청구합니다.

다음 중 하나에 해당하면 국세청장에게 청구할 수 있습니다.

• 법령에 관한 국세청장의 유권해석을 바꿔야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우
• 국세청장의 훈령·예규·고시 등에 관해 새로운 해석이 필요한 경우
• 국세청장의 업무감사 결과에 따라 세무서장·지방국세청장이 한 과세예고통지
• 위 세 가지가 아닌 사항으로 과세전적부심사 청구금액이 5억원 이상인 경우
• 감사원 시정요구에 따른 과세로서 시정요구 전에 지적사항 소명안내를 받지 못한 경우

I씨처럼 6억 3,000만원 전부를 다투고 쟁점도 예규와 다른 해석을 구하는 것이라면 국세청장 청구 사유가 두 가지 겹칩니다. 반대로 다투는 금액이 5억원 미만이고 쟁점이 사실관계라면 통지한 관서에 청구하게 됩니다.

5억원 기준은 통지 세액으로 따지나요?

법령은 「과세전적부심사 청구금액」을 기준으로 정합니다. 청구서에는 청구 세액을 적게 되어 있으므로, 통지 세액 중 일부만 다툰다면 다투는 금액으로 5억원 이상인지 따지는 것으로 볼 수 있습니다. 경계에 있는 사안이라면 청구 전에 관할을 확인해 두는 편이 안전합니다.

국세청장에게 청구할 수 있는 경우에도 의무는 아니므로 통지한 관서에 청구할 수도 있습니다. 관할이 아닌 곳에 냈더라도 받은 관서가 소관 관서로 지체 없이 보내고 청구인에게 알려야 하므로, 잘못 냈다는 이유만으로 청구가 사라지지는 않습니다. 국세청장에게 낼 때는 국세청용 청구서를 씁니다.

결정은 언제, 어떤 내용으로 나오나요?

청구를 받은 세무서장·지방국세청장·국세청장은 각각 국세심사위원회 심사를 거쳐 결정하고, 청구받은 날부터 30일 이내에 결과를 통지해야 합니다. 결정은 다음 중 하나입니다.

• 이유 없음: 채택하지 아니한다는 결정
• 이유 있음: 채택 또는 일부 채택 결정(범위를 정하려고 추가 확인이 필요하면 재조사 결정)
• 30일이 지난 청구, 보정기간 안에 보정하지 않은 청구 등: 심사하지 아니한다는 결정

재조사 결정이 나면 통지한 관서가 다시 확인해 당초 통지 내용을 고쳐 통지합니다. 30일 청구기간을 넘기면 내용을 보지 않고 심사하지 아니한다는 결정이 나므로, 결과통지서를 받은 날짜부터 정확히 세어야 합니다.

심사 과정에서 청구인은 청구와 관계된 서류를 열람하고 의견을 진술할 수 있습니다. 변호사, 세무사, 세무대리업무 등록 공인회계사를 대리인으로 선임할 수 있고, 대리인의 권한은 서면으로 증명해야 합니다.

결정 전에 세금을 고지해도 되나요?

원칙적으로 안 됩니다. 청구를 받은 관서는 결정이 있을 때까지 청구한 부분의 과세표준과 세액 결정을 미뤄야 합니다. 다만 납부기한 전 징수 사유, 고발·통고처분, 부과제척기간 만료까지 3개월 이하 같은 배제 사유가 있거나 납세자가 조기결정을 신청한 경우는 예외입니다.

과세전적부심사 대신 통지 내용의 전부나 일부를 빨리 확정받고 싶다면 조기결정을 신청할 수 있습니다. 이때 세무서는 신청 내용대로 즉시 결정해야 하므로 결정 유보가 적용되지 않고, 신청한 부분은 고지 후 불복으로 다투게 됩니다. 두 절차의 차이는 「세무조사 결과통지를 받고 조기결정을 신청하면 무엇이 달라지나요?」에서 설명했습니다.

대법원은 이런 예외가 없는데도 세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정이 있기 전에 과세처분을 하면 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 절차상 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 판단했습니다. 결정 통지가 30일을 넘겨 늦어지더라도 결정 전에 고지서가 나왔다면 이 판결을 근거로 다툴 수 있습니다. 다만 무효 주장과 별도로 세액 자체에 대한 주장도 함께 준비해야 하므로, 고지서를 받은 날부터 90일 불복기간은 그대로 지키는 것이 안전합니다.

과세전적부심사 청구 대응 순서

• 통지 받은 날 기록 - 결과통지서나 과세예고통지서를 받은 날을 적고 30일째 날을 계산합니다.
• 청구처 결정 - 다투는 금액이 5억원 이상인지, 국세청 해석이 새로 필요한지 보고 통지 관서와 국세청장 중 청구처를 정합니다.
• 쟁점 정리 - 통지서의 과세 이유를 항목별로 나누어 사실관계 다툼과 법령 해석 다툼을 구분합니다.
• 청구서와 증거 제출 - 청구 세액, 청구 내용과 이유를 적고 증거서류를 붙입니다.
• 결정 전 고지 확인 - 결정 전에 납부고지서가 오면 받은 날을 기록하고 처분의 효력을 다툴 준비를 합니다.
• 불채택이면 90일 안에 불복 - 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다투는 금액과 쟁점이 사실관계인지 법령 해석인지에 따라 청구처와 준비할 자료가 달라집니다. 법무법인 윤성은 과세전적부심사 청구서와 의견서 작성, 국세심사위원회 의견진술, 고지 후 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세전적부심사는 조사한 지방국세청에 내야 하나요?
  원칙적으로 결과통지나 과세예고통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 냅니다. 다만 국세청장 해석이 새로 필요하거나 청구금액이 5억원 이상인 경우 등은 국세청장에게 청구할 수 있습니다.
• 5억원 이상이면 반드시 국세청에 내야 하나요?
  아닙니다. 법은 국세청장에게 「청구할 수 있다」고 정하고 있어 통지한 관서에 청구할 수도 있습니다. 쟁점이 사실관계인지 법령 해석인지에 따라 어느 쪽이 적합한지 판단해 정하면 됩니다.
• 청구서를 다른 관서에 잘못 냈으면 어떻게 되나요?
  청구서를 받은 관서가 소관 세무서장·지방국세청장·국세청장에게 지체 없이 보내고 그 사실을 청구인에게 알려야 합니다. 다만 결과통지를 받은 날부터 30일이라는 청구 기간은 그대로 지켜야 합니다.
• 결정은 며칠 만에 나오나요?
  청구를 받은 관서는 국세심사위원회 심사를 거쳐 청구받은 날부터 30일 이내에 결과를 통지해야 합니다. 결정은 채택, 일부 채택, 재조사, 불채택, 심사하지 아니한다는 결정 가운데 하나입니다.
• 결정 전에 고지서가 나왔는데 어떻게 하나요?
  배제 사유나 조기결정 신청이 없다면 결정 전 과세는 원칙적으로 허용되지 않고, 대법원은 이를 무효로 봅니다. 고지서를 받은 날을 기록하고 90일 안에 심사청구나 심판청구로 절차 위반과 실체 쟁점을 함께 다툽니다.
• 과세전적부심사에서 지면 다시 다툴 수 있나요?
  불채택 결정 뒤 납부고지서가 나오면 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구로 다시 다툴 수 있습니다. 과세전적부심사에서 낸 주장과 증거를 보강해 이어 가는 것이 일반적입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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• 세무조사 결과통지를 받고 조기결정을 신청하면 무엇이 달라지나요?
• 과세예고통지 없이 바로 납부고지서가 왔다면, 위법한 고지인가요?
• 심판청구에서 재조사 결정이 났는데, 세무서는 어디까지 다시 조사할 수 있나요?
• 과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?
• 과세예고통지와 같은 날 세금 고지서가 나왔는데 무효인가요?
• 과세전적부심사 결정이 늦어지는 동안에도 국세징수권 소멸시효는 흐르나요?

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