불복·환급

세무조사에서 귀속연도가 바뀌어 추징됐다면 다른 해에 더 낸 세금은 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무서가 수익·비용의 귀속연도를 바꿔 경정하면, 그 때문에 세금을 과다 신고한 꼴이 된 연동 연도는 고지를 받은 날부터 3개월 안에 후발적 경정청구를 할 수 있습니다. 조세심판원은 5년 경정청구 기간이나 부과제척기간이 지난 연도에도 이를 인정했습니다. 다만 회사가 스스로 귀속을 바꾸거나 직접 연동되지 않은 연도는 대상이 아닙니다.

세무조사에서 가장 흔한 지적 가운데 하나가 「이 수익은 올해가 아니라 작년 것」, 「이 비용은 올해가 아니라 몇 년 전 것」이라는 귀속연도 문제입니다. 세무서는 지적한 연도의 세금만 고지하고, 반대편 연도의 세금은 납세자가 청구하지 않으면 그대로 둡니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「국세기본법」은 이 경우를 후발적 경정청구 사유로 따로 정하고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C 주식회사는 2019. 6. 거래처와의 주식 양수 계약이 해제되면서 계약금 2억원을 돌려받지 못했습니다. 반환 소송에서 2021년에 최종 패소하자 그해 사업연도에 2억원을 손금으로 처리했습니다. 2026. 6. 세무조사에서 조사팀은 이 손실이 2019 사업연도 것이라며 2021 사업연도 손금을 부인했고, C사는 2026. 8. 20. 2021 사업연도 법인세 증액 고지를 받았습니다. 대표는 2019 사업연도는 5년이 지나 경정청구를 할 수 없다고 들었는데, 같은 손실에 세금만 두 번 내는 것인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무서가 귀속연도를 옮기면 원래 연도 세금은 어떻게 되나요?

법인의 수익과 비용은 그 금액이 확정된 날이 속하는 사업연도에 넣습니다. 세무서가 어느 비용의 확정 시점을 다르게 보아 한 연도에서 빼면, 그 비용이 들어가야 할 다른 연도는 그만큼 세금을 더 신고한 상태가 됩니다.

국세기본법은 결정이나 경정 때문에 연동된 다른 과세기간(같은 세목)이나 연동된 다른 세목(같은 과세기간)의 세액이 세법상 신고해야 할 세액을 넘게 되면 후발적 경정청구를 할 수 있다고 정합니다. 기한은 그 사유가 생긴 것을 안 날, 보통은 증액 고지를 받은 날부터 3개월입니다.

5년이 지난 해도 돌려받을 수 있나요?

조세심판원은 세무서가 2015 사업연도 손금을 부인하는 경정을 해 2014 사업연도 과세표준이 그만큼 과다해진 사건에서, 통상 경정청구 기간이 지났더라도 후발적 경정청구를 할 수 있다고 보아 거부처분을 취소했습니다(조세심판원 2022. 6. 29. 조심2022서1783).

사례와 비슷한 위약금 사건에서도 같은 판단이 있었습니다. 세무조사로 2021 사업연도에 넣은 위약금 손실이 2015 사업연도 것으로 경정되자, 부과제척기간이 지난 2015 사업연도에 대한 후발적 경정청구를 받아들였습니다. 다만 그 결정은 분식결산 등을 위해 의도적으로 귀속시기를 조작한 사정이 없다는 점을 함께 들었습니다(조세심판원 2024. 7. 17. 조심2024인0177).

그래서 처음 그 연도에 손금으로 처리한 이유, 예를 들어 소송이 끝나 회수할 수 없게 된 시점을 기준으로 삼았다는 사정을 판결문과 회계 기록으로 보여 주어야 합니다. 2022년 결정은 2014 사업연도 소득금액을 줄이고 그만큼 이월결손금을 늘려 달라는 청구를 받아들인 것이어서, 반대편 연도의 사정에 따라 세금 환급 대신 이월결손금으로 정리될 수도 있습니다.

어디까지를 연동된 연도로 볼 수 있나요?

이 사유는 세무서의 결정이나 경정이 있어야 생깁니다. 세무서의 경정 없이 회사가 스스로 여러 해의 귀속을 다시 정리하겠다는 것만으로는 후발적 사유가 되지 않고, 각 연도의 통상 경정청구 기간 안에서 고쳐야 합니다. 다만 회사의 통상 경정청구를 받아 세무서가 그 연도를 경정했다면, 그 경정과 직접 연동된 연도는 후발적 경정청구 대상이 될 수 있습니다.

또 경정으로 직접 영향을 받은 연도만 대상입니다. 조세심판원은 세무서가 통상 기간 안의 연도만 경정한 사건에서, 직접 연동된 바로 앞 사업연도의 청구는 받아들였지만, 그 효과가 연쇄적으로 이어진다며 그보다 앞선 여러 해까지 경정을 구한 청구는 후발적 사유가 생기지 않았다고 보아 각하했습니다(조세심판원 2021. 2. 17. 조심2019서2414). 손익을 의도적으로 조작한 사정이 있으면 후발적 경정청구가 받아들여지지 않을 수 있다는 점도 함께 고려합니다.

개인사업자이거나 수익이 앞당겨진 경우도 같나요?

개인사업자의 종합소득세도 수입과 비용이 확정된 날이 속하는 과세기간에 넣으므로 같은 구조입니다. 세무조사에서 2025년에 신고한 매출 1억원을 2024년 수입으로 옮겨 2024년 귀속 종합소득세를 고지했다면, 2025년 귀속분은 그만큼 과다 신고한 상태가 됩니다.

이 경우 2025년 귀속분은 아직 통상 경정청구 기간 안이어서 5년 기한도 남아 있습니다. 그래도 더 짧은 3개월을 기준으로 청구해 두는 것이 안전합니다. 종합소득세는 누진세율이어서 한 해의 소득이 늘고 다른 해가 줄면 두 해 세액의 합계가 처음과 달라질 수 있으므로, 양쪽 연도를 함께 다시 계산해 보아야 실제로 돌려받을 금액이 나옵니다.

증액 고지에 대한 불복과 경정청구는 함께 해야 하나요?

두 절차는 목적이 다릅니다. 귀속연도 판단 자체가 틀렸다고 보면 2021 사업연도 증액 고지에 대해 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 합니다. 귀속연도 판단이 맞다면 2019 사업연도에 대해 3개월 안에 후발적 경정청구를 합니다.

판단이 어느 쪽으로 날지 모를 때는 두 절차를 함께 진행해 두는 편이 안전합니다. 사례라면 심판청구는 2026. 11. 18.까지, 경정청구는 2026. 11. 20.까지입니다. 세무서도 경정청구를 받으면 청구일부터 2개월 동안은 연동된 다른 과세기간의 세액을 조정할 수 있으므로, 청구 전에 다른 연도에 미칠 영향도 계산해 둡니다.

귀속연도 경정청구 대응 순서

• 결과 통지서 확인 - 세무조사 결과 통지서에서 귀속연도를 옮긴 항목과 금액을 찾습니다.
• 반대편 연도 특정 - 옮겨진 금액이 들어가야 할 연도와 세목을 정합니다.
• 기한 계산 - 고지를 받은 날부터 불복 90일, 경정청구 3개월을 각각 적습니다.
• 세액 다시 계산 - 반대편 연도의 과세표준과 이월결손금을 다시 계산합니다.
• 경정청구서 제출 - 결과 통지서와 고지서를 붙여 3개월 안에 냅니다.
• 불복 병행 - 귀속연도 판단 자체를 다툴 실익이 있으면 심판청구를 함께 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 귀속연도를 바꾼 것이 세무서의 경정인지 회사의 선택인지, 그 연도가 직접 연동되는지에 따라 청구할 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 결과에 대한 불복과 연동 연도의 후발적 경정청구를 함께 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서가 비용을 다른 해 것이라며 부인하면 그 해 세금은 자동으로 줄어드나요?
  자동으로 줄지 않습니다. 세무서는 지적한 연도의 세금만 고지하므로, 그 비용이 들어가야 할 연도에 대해서는 납세자가 경정청구를 해야 합니다. 고지를 받은 날부터 3개월 안에 후발적 경정청구를 합니다.
• 그 연도가 5년이 지났으면 청구할 수 없나요?
  세무서의 경정 때문에 연동 연도의 세액이 과다해진 경우는 후발적 경정청구 사유이므로 5년이 지났어도 3개월 안이면 청구할 수 있습니다. 조세심판원은 부과제척기간이 지난 연도에 대한 청구도 받아들인 사례가 있습니다.
• 회사가 회계처리를 바꿔 지난 여러 해를 고치려면요?
  세무서의 결정이나 경정 없이 회사가 스스로 귀속을 바꾸겠다는 것만으로는 후발적 사유가 아니므로 각 연도의 법정신고기한 후 5년 안에서 통상 경정청구를 합니다. 그 청구로 세무서가 경정하면 직접 연동된 바로 앞 연도는 후발적 경정청구 대상이 될 수 있지만, 그보다 앞선 여러 해까지 이어지지는 않습니다.
• 같은 해 다른 세금이 연동돼 늘어난 경우도 되나요?
  규정은 같은 과세기간의 연동된 다른 세목도 대상으로 정하고 있습니다. 경정 때문에 같은 과세기간의 다른 세목 세액이 세법상 신고해야 할 금액을 넘게 되었다면 같은 3개월 기한으로 청구합니다.
• 심판청구와 경정청구 중 하나만 해도 되나요?
  귀속연도 판단을 다툴지에 따라 다릅니다. 판단이 틀렸다면 증액 고지에 대해 90일 안에 심판청구를, 판단이 맞다면 연동 연도에 3개월 안에 경정청구를 합니다. 결과를 예측하기 어려우면 함께 진행합니다.
• 경정청구를 하면 세무서가 다른 해를 늘릴 수도 있나요?
  세무서는 경정청구를 받으면 청구일부터 2개월 동안 연동된 다른 과세기간의 세액도 조정할 수 있습니다. 그래서 청구 전에 다른 연도에 미칠 영향을 함께 계산해 두고, 세액이 늘어날 연도가 없는지 확인하는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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