법인세·소득세

두 회사 대표를 겸직하다 물러났는데 한 회사가 퇴직금을 다 내면 손금인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 두 회사 대표이사를 겸직한 사람에게 한 회사가 퇴직금 전액을 내면 다른 회사 몫을 대신 부담한 부분은 손금에 넣을 수 없습니다. 특수관계 회사 사이의 대신 부담은 부당행위계산 부인 대상이고, 공동경비 배분 기준을 넘는 금액은 손금불산입되기 때문입니다. 지금은 겸직 기간과 두 회사의 매출액·총자산가액 비율부터 계산해 보십시오.

정관에 한 회사에서만 보수를 준다고 적었다고 해서 그 회사가 전액을 손금으로 인정받는 것은 아닙니다. 두 회사의 일을 함께 했다면 퇴직금도 두 회사가 나눠 부담할 몫이 있다고 봅니다.

이런 상담이 많습니다

대표 B씨는 가족이 대주주인 A법인과 C법인의 대표이사를 2012년부터 함께 맡아 왔습니다. 두 회사 정관에는 겸직 임원은 어느 한 회사에서만 보수를 받는다는 조항이 있었고, 급여는 대부분 A법인이 지급했습니다. 2025년 B씨가 두 회사에서 모두 물러나자 A법인이 정관에 따라 13년 근속분 퇴직금 약 9억원을 전액 지급하고 손금으로 넣었습니다. 2026년 세무조사에서 조사팀은 C법인 몫은 A법인 손금이 아니라고 통지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

겸직 대표의 퇴직금을 한 회사가 다 내면 손금이 안 되나요?

두 회사의 업무를 겸직한 대표이사에게 한 회사가 퇴직금 전액을 지급해 다른 회사가 부담할 몫까지 떠안았다면, 합리적인 배분 기준에 따라 계산한 자기 몫을 넘는 금액은 손금에 넣을 수 없습니다. 두 회사가 특수관계에 있으면 다른 회사 몫을 대신 낸 부분은 부당행위계산 부인 대상이 되기 때문입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 같은 구조입니다.

• 특수관계 - 대표이사와 그 친족이 두 회사의 대주주라면 경영지배관계로 특수관계가 성립할 수 있습니다.
• 대신 부담 - 겸직 기간의 근로 대가는 두 회사 모두에 귀속되므로 한 회사만 내면 다른 회사 몫을 대신 낸 셈입니다.
• 정관 조항 - 한쪽에서만 보수를 준다는 정관 조항은 회사 사이의 편의일 뿐 세법상 배분 기준을 대신하지 못합니다.

두 회사의 몫은 어떤 기준으로 나누나요?

특수관계에 있는 회사들이 공동으로 부담할 비용은 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액이나 총자산가액 총액 중 법인이 선택한 기준에서 각 회사가 차지하는 비율로 나눕니다. 선택하지 않으면 직전 사업연도 매출액 총액을 선택한 것으로 보고, 한 번 고른 기준은 5개 사업연도 동안 계속 적용합니다.

• 매출액 기준 - 기업회계기준에 따른 매출액 비율로 나눕니다.
• 총자산가액 기준 - 기업회계기준에 따른 총자산가액 비율로 나눕니다.
• 분담액 초과분 - 자기 몫을 넘는 금액은 손금에 산입하지 않습니다.

배분 뒤 A법인 몫의 퇴직금에도 임원 퇴직급여 한도가 따로 적용됩니다. 정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정이 없으면 퇴직 전 1년 총급여액의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액이 한도입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 두 법인의 업무를 겸직하는 대표이사에게 한 법인이 퇴직금 전액을 지급해 다른 법인이 지급할 퇴직금을 대신 부담하면 부당행위계산 부인 규정이 적용되므로, 매출액 기준으로 나누는 등 합리적인 배부기준에 따라 계산한 금액을 넘는 퇴직금은 손금에 넣을 수 없다고 답했습니다(법규법인2011-0259, 2011. 6. 29.).

국세청은 정관에 따라 퇴직금을 지급했더라도 회사 사정에 따라 특수관계에 있는 한 회사가 전액을 부담해 조세 부담을 부당히 줄였다면 부당행위로 본다는 점을 이유로 들었습니다. 이 해석은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 겸직 기간이나 실제 근무 비중이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다. 당시 시행령은 매출액 기준만 두었으나 현행 시행령은 총자산가액 기준도 선택할 수 있게 바뀌었습니다.

부당행위로 부인되면 C법인은 손금으로 넣을 수 있나요?

A법인에서 손금불산입된 C법인 몫은 C법인이 실제로 부담하지 않았으므로 C법인의 손금으로 바로 넣을 수 없습니다. 두 회사 사이에 퇴직금 분담금을 정산하는 계약을 맺고 C법인이 실제로 지급해야 C법인의 비용으로 볼 근거가 생깁니다.

겸직 대표 퇴직금 대응 순서

• 겸직 기간 정리 - 대표이사가 각 회사에서 등기된 기간과 실제 업무 내용을 시간순으로 정리합니다.
• 배분 기준 계산 - 매출액 또는 총자산가액 기준으로 두 회사 분담 비율을 계산하고, 그 기준을 선택한 근거를 남깁니다.
• 한도 검토 - 배분된 퇴직금이 정관·퇴직급여지급규정 또는 법정 한도 안에 있는지 확인합니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사청구서를 내 배분 비율과 실제 근무 비중을 다툽니다.
• 심판청구 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대표가 한 회사에서만 실질적으로 일했다는 자료가 있으면 배분 자체를 다툴 여지가 있으므로 근무 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임원 퇴직금 손금 부인과 부당행위계산 부인 사건의 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 정관에 한 회사에서만 보수를 준다고 정하면요?
  정관 조항이 있어도 두 회사의 업무를 겸직했다면 세법상으로는 두 회사가 나눠 부담할 몫이 있다고 봅니다. 특수관계 회사 사이에서 한 회사가 전액을 부담하면 자기 몫을 넘는 부분은 부당행위계산 부인으로 손금불산입될 수 있습니다.
• 매출액 말고 다른 기준으로 나눌 수 있나요?
  네, 현행 시행령은 직전 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액 총액 중 법인이 선택한 기준으로 나누도록 정하고 있습니다. 선택하지 않으면 직전 사업연도 매출액 기준이 적용되고, 고른 기준은 5개 사업연도 동안 유지해야 합니다.
• 실제로 한 회사 일만 했다면 어떻게 되나요?
  다른 회사의 대표이사로 등기돼 있었더라도 실제 업무를 한 회사에서만 했다는 자료가 있으면 배분 자체를 다툴 여지가 있습니다. 이사회 참석, 결재 내역, 업무 보고 같은 기록으로 근무 비중을 보여 주어야 합니다.
• 배분된 몫에도 임원 퇴직금 한도가 있나요?
  네, 자기 몫으로 배분된 퇴직금도 정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정의 금액, 그런 규정이 없으면 퇴직 전 1년 총급여액의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액을 넘으면 손금에 넣지 못합니다.
• 손금불산입된 부분은 대표에게 다시 과세되나요?
  부당행위로 손금불산입된 금액은 그 귀속자에 따라 소득처분되므로 다른 회사에 이익을 준 것으로 보면 기타사외유출 등으로 처리될 수 있습니다. 처분 내용에 따라 추가 원천징수 문제가 생길 수 있어 결과통지서의 소득처분란을 확인해야 합니다.
• 조사 결과통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 단계에서 배분 기준과 근무 비중을 다투지 못하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툽니다.
• 다른 회사가 분담금을 정산하면 해결되나요?
  다른 회사가 자기 몫의 퇴직금 분담금을 실제로 지급하면 그 회사의 비용으로 볼 근거가 생기고 대신 부담한 상태도 해소됩니다. 정산 계약과 지급 시점이 손금 귀속에 영향을 주므로 신고 전에 정리하는 편이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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