세금

과세·면세 겸영 사업자가 함께 쓰던 건물을 팔면 부가가치세는 얼마인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

과세사업과 면세사업에 함께 쓰던 건물을 팔면 건물 값 전체가 아니라 과세 비율만큼만 부가가치세 공급가액이 됩니다. 비율은 판 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 총공급가액 중 과세공급가액의 비중입니다. 매입세액을 면적 기준으로 나눴던 건물이라면 직전 과세기간의 과세사용면적 비율을 씁니다. 토지 값은 처음부터 면세입니다.

과세사업과 면세사업에 함께 쓰던 건물을 팔면 건물 값 전체가 아니라 과세 비율만큼만 부가가치세 공급가액이 됩니다. 비율은 판 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 총공급가액 중 과세공급가액의 비중입니다. 매입세액을 면적 기준으로 나눴던 건물이라면 직전 과세기간의 과세사용면적 비율을 씁니다. 토지 값은 처음부터 면세입니다.

함께 쓰던 건물은 왜 일부만 과세되나요?

과세사업에만 쓴 부분의 가치만 부가가치세 대상이 되도록 하기 위해서입니다. 부가가치세법은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 재화를 공급하는 경우를 따로 정합니다. 그 공급가액 중 과세사업 관련 부분만 과세표준에 넣습니다. 계산 방식은 시행령이 정합니다.

원칙은 직전 과세기간 공급가액 비율입니다. 예를 들어 상가 1층은 과세 임대, 2층과 3층은 주택 임대로 쓰던 상가겸용주택을 2026. 9.에 판다고 하겠습니다. 직전 과세기간인 2026년 제1기 총 임대료가 6,000만원이고 상가 임대료가 3,000만원이면 비율은 50퍼센트입니다. 건물 값이 6억원이면 과세 공급가액은 3억원, 부가가치세는 3,000만원입니다.

여기서 기준은 판 날이 속한 과세기간이 아니라 그 직전 과세기간입니다. 휴업 등으로 직전 과세기간 공급가액이 없으면 판 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액을 씁니다. 매각 직전에 임대 구성이 바뀌었다면 어느 과세기간 비율이 적용되는지 미리 확인해야 합니다.

면적 비율로 계산하는 경우는 언제인가요?

건물을 살 때나 그 뒤에 매입세액을 사용면적 비율로 나누어 공제했거나 재계산한 건물은 면적 비율로 계산합니다. 시행령은 이 경우 직전 과세기간의 과세사용면적이 총사용면적에서 차지하는 비율을 쓰도록 정합니다. 공급가액 비율보다 실제 사용 구조를 더 잘 반영하는 방식입니다.

신축 건물처럼 취득 당시 과세·면세 공급가액이 없어 예정사용면적으로 공통매입세액을 나눈 경우가 대표적입니다. 이런 건물은 매각 때도 면적 기준을 일관되게 적용합니다. 앞의 상가겸용주택이 연면적 300제곱미터 중 상가 100제곱미터라면 면적 비율은 3분의 1입니다.

어느 방식을 써야 하는지는 취득 때와 그 뒤의 공통매입세액 안분·재계산 신고 내역으로 정해집니다. 매입세액은 면적으로 나눴는데 매각 때 공급가액 비율로 계산하면 세무서와 다툼이 생깁니다.

두 방식의 차이는 작지 않습니다. 앞의 예에서 공급가액 비율은 50퍼센트, 면적 비율은 3분의 1이었습니다. 건물 가액 6억원이면 과세 공급가액이 3억원과 2억원으로 1억원 차이 나고, 세액은 1,000만원 차이입니다. 오래된 건물이라면 세무대리인이 바뀌면서 안분 이력이 끊긴 경우가 많아 과거 신고서부터 확보해야 합니다.

전액 과세되거나 과세되지 않는 경우도 있나요?

네, 직전 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만이면 원칙적으로 대가 전액이 과세표준입니다. 다만 그 재화의 공급가액이 5천만원 이상이면 이 예외를 쓰지 않고 비율로 계산합니다. 건물은 대개 5천만원을 넘으므로 실제로는 비율 계산이 적용되는 경우가 많습니다.

그 과세기간에 새로 사업을 시작해 직전 과세기간이 없는 경우에도 전액이 과세표준입니다. 개업 직후에 건물을 파는 일은 드물지만, 신설 법인이 바로 매각하는 구조라면 유의해야 합니다.

반대로 사업 전체를 그대로 넘기는 사업양도라면 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 없습니다. 임대 중인 건물과 임대차계약, 보증금 반환채무를 매수인이 모두 승계하는 경우입니다. 다만 주택 임대 부분과 상가 임대 부분을 함께 넘겨야 하는지 등 포괄 승계 요건을 따로 검토해야 합니다.

토지와 건물은 어떻게 나누나요?

토지 공급은 면세이므로 먼저 매매대금을 토지와 건물로 나누고, 건물 몫에 과세 비율을 적용합니다. 계약서에 적은 건물 가액이 원칙입니다. 다만 구분이 불분명하거나 기준시가 등으로 안분한 금액과 30퍼센트 이상 차이 나면 안분계산합니다. 건물 가액을 낮게 적어 세금을 줄이려 하면 다시 계산될 수 있습니다.

계산 순서는 두 단계입니다. 먼저 매매대금 중 건물 가액을 정합니다. 그다음 건물 가액에 직전 과세기간 과세 비율을 곱해 과세 공급가액을 구합니다. 계약서에는 부가가치세 별도 여부를 함께 적어야 합니다. 적지 않으면 받은 금액의 110분의 100이 공급가액이 되어 매도인이 세금을 떠안을 수 있습니다.

매수인이 과세사업자라면 세금계산서를 받아 매입세액을 공제받습니다. 매수인이 주택 부분에 직접 살 개인이라면 공제받지 못하므로 부가가치세 부담을 누가 질지 협상 대상이 됩니다.

겸영 건물 매각 부가가치세 대응 순서

• 안분 이력 확인 - 취득 때 공통매입세액을 공급가액과 면적 중 무엇으로 나눴는지 봅니다.
• 직전 기간 비율 계산 - 판 날의 직전 과세기간 과세 비율을 계산합니다.
• 예외 점검 - 면세 5퍼센트 미만과 5천만원 기준, 신규 개업 여부를 확인합니다.
• 토지·건물 구분 - 계약서에 건물 가액과 부가가치세 별도 여부를 적습니다.
• 사업양도 검토 - 임대사업 전체 승계로 과세를 피할 수 있는지 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공통매입세액 안분 방식과 직전 과세기간의 매출 구성에 따라 매각 부가가치세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 상가겸용주택 등 겸영 건물 매각의 부가가치세와 양도 구조 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직전 과세기간에 주택 임대료만 있었다면요?
  직전 과세기간 과세공급가액이 없다면 비율이 0이 되어 과세 공급가액이 생기지 않습니다. 다만 면적 기준 안분 대상 건물이라면 면적 비율로 따로 계산해야 합니다.
• 건물 일부만 팔아도 같은 방식인가요?
  공통으로 사용된 재화를 공급하는 경우라면 일부 매각에도 같은 비율 계산을 적용합니다. 판 부분이 과세사업에만 쓰인 구획이라면 그 부분은 전액 과세로 봅니다.
• 겸영 건물을 증여하면 부가가치세가 나오나요?
  고객이나 불특정 다수에 대한 증여가 아니라 가족 증여라면 사업상 증여 규정보다 사업양도나 폐업 잔존재화 해당 여부를 따집니다. 임대사업을 함께 넘기면 사업양도가 될 수 있습니다.
• 매수인이 부가가치세를 못 내겠다고 하면요?
  계약서에 부가가치세 별도 조항이 없다면 받은 금액에 세금이 포함된 것으로 보아 매도인이 부담하게 됩니다. 계약 전에 부담 주체를 정해 두어야 합니다.
• 폐업 후에 건물을 팔면 비율은 언제 기준인가요?
  폐업 때 남은 건물은 폐업 시점에 공급 의제가 문제 될 수 있어 매각 시점과 따로 판단합니다. 폐업 전 매각인지 폐업 후 보유분인지 먼저 정리해야 합니다.
• 비율 계산을 잘못해 적게 신고했다면요?
  과소신고 가산세와 납부지연 가산세가 붙습니다. 경정을 미리 알기 전에 기한 후 1개월 안에 수정신고하면 과소신고 가산세의 90퍼센트가 감면됩니다. 3개월 안이면 75퍼센트입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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