불복·환급

경정청구를 거부한 세무서가 오히려 세금을 올렸다면, 소송은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

경정청구 거부 뒤 증액경정이 나오면 다툴 대상은 증액경정처분이 됩니다. 처음 감액 주장도 그 소송에서 함께 할 수 있지만(2010두11733 전원합의체), 두 소송을 모두 내면 거부처분 소송은 이익이 없고(2004두8972), 기간이 지난 당초 세액은 늘어난 범위에서만 다툽니다(2011두4855).

세무서가 경정청구를 거부한 뒤 세무조사로 같은 과세기간의 세액을 늘리는 일은 드물지 않습니다. 이때는 소송 대상이 무엇인지, 처음 감액 주장을 어디서 이어갈지, 이미 확정되어 다툴 수 없는 부분이 있는지를 차례로 따져야 합니다. 부과처분 소송 중 증액경정이 나온 경우는 「조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?」에서 다뤘고, 이 글은 경정청구가 거부된 뒤의 증액경정을 다룹니다.

이런 상담이 많습니다

D씨가 대표인 E회사는 2021 사업연도 법인세를 2022. 3. 신고했다가 빠뜨린 연구개발 인건비를 이유로 2025. 4. 감액경정청구를 했습니다. 세무서는 2025. 6. 거부했고, 조세심판원 기각 결정을 받은 회사는 2026. 3. 거부처분 취소소송을 냈습니다. 그런데 2026. 8. 세무조사 결과 접대비 한도초과를 이유로 같은 사업연도 법인세를 2억원 늘리는 증액경정 통지가 왔습니다. D씨는 진행 중인 소송이 어떻게 되는지, 처음 감액 주장은 어디서 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

진행 중인 경정거부 소송은 그대로 두면 되나요?

증액경정에도 소송을 내면 경정거부 소송은 각하될 수 있습니다. 대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결의 원고 법인은 1996 사업연도 법인세를 신고하며 텔레비전방송수신료 3,785억여 원을 수입금액에 넣었다가, 1998. 3. 31. 이를 빼고 158억여 원을 환급해 달라는 경정청구를 했고, 거부되자 소송을 냈습니다. 소송 중인 2001. 9. 1. 세무서는 고유목적사업준비금 한도초과액을 손금불산입하는 등으로 같은 사업연도 법인세를 162억여 원 늘렸고, 원고는 증액경정 취소소송을 따로 내 감액청구분과 증액분을 합한 세액의 취소를 구했습니다.

대법원은 거부처분 소송이 제기된 뒤의 증액경정에 거부처분이 흡수되어 소멸하지는 않지만, 전체 세액을 다투는 증액경정 소송이 있는 이상 심리 중복과 판단 저촉을 피하기 위해 거부처분 취소의 소는 이익이 없다며 각하를 유지했습니다. 감액 주장은 증액경정 소송으로 옮겨 가는 셈입니다.

처음 감액 주장은 증액경정 소송에서도 할 수 있나요?

할 수 있습니다. 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결의 세무서는 한 사람이 발행한 세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고한 남대문상가 상인들에게 수정신고를 권유하고, 응하지 않은 원고들에게 각각 11개와 6개 과세기간의 부가가치세를 경정했습니다. 원고들은 소송에서 신고한 매출 중 가공매출이 있다고 주장했지만, 원심은 스스로 신고한 매출의 과다는 감액경정청구로만 다툴 수 있다며 배척했습니다.

대법원은 증액경정처분이 당초 신고분을 포함해 전체로서 하나의 세액을 다시 정하는 처분이고, 과다신고 사유와 증액 사유는 모두 그 세액이 정당한 세액을 넘는지를 가리는 개개의 위법사유일 뿐이라며, 증액경정 취소소송에서 당초 신고의 과다신고 사유도 함께 주장할 수 있다고 했습니다. 과다신고는 감액경정청구 등의 절차를 밟아야 한다고 본 대법원 2005. 11. 10. 선고 2004두9197 판결을 변경하고 원심을 파기했습니다.

이미 기간이 지난 당초 세액도 다시 다툴 수 있나요?

그 부분은 취소를 구할 수 없고 늘어난 세액 범위에서만 다툽니다. 현행 국세기본법 제22조의3 제1항은 세액을 늘리는 경정이 당초 확정된 세액에 관한 권리·의무관계에 영향을 미치지 않는다고 정합니다. 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결은 이 조항(당시 제22조의2)의 취지를 불복기간이나 경정청구기간이 지나 더 다툴 수 없게 된 세액의 불복 제한으로 보았습니다.

그 사건에서 세무서는 2006. 12. 5. 원고 회사의 2002, 2004 사업연도 법인세 등을 늘렸습니다. 2002 사업연도분은 당시 경정청구기간(법정신고기한부터 2년)이 지난 뒤의 증액이어서 당초 신고세액은 다툴 수 없었고, 2004 사업연도분은 기간 안의 증액이어서 당초 신고세액까지 취소를 구할 수 있다며 이 부분 원심을 파기했습니다. 증액분이 나중에 전부 감액되어도 당초 신고세액은 증액경정처분의 일부로 남는다고도 했습니다.

법원은 늘어난 세액만 보나요, 전체 세액을 다시 계산하나요?

전체 세액이 정당한지를 봅니다. 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결은 증액경정처분이 있으면 당초 신고는 그 처분에 흡수되어 독립한 존재가치를 잃으므로, 납세자는 증액경정 취소소송에서 당초 신고의 위법사유도 주장할 수 있다고 했습니다. 그 사건의 원고는 당초 신고세액에 감액경정청구를 하지 않았지만, 세무서가 가공경비를 부인해 세액을 늘린 처분의 소송에서 신고 때 빠뜨린 인건비 2억 247만여 원을 추가로 공제받아 정당세액을 넘는 부분이 취소되었습니다.

위 사례라면 거부처분 소송에서 주장하던 연구개발 인건비와 세무조사로 늘어난 접대비 부분을 한 소송에서 함께 계산하게 됩니다. 증액경정이 당초 신고분의 경정청구기간 안에 있었으므로, 정당세액이 당초 신고세액보다 낮게 나오면 그 차이까지 취소를 구할 수 있다고 볼 수 있습니다.

증액경정 뒤 경정청구로도 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 2010두11733 판결은 납세자가 증액경정에 대해 경정청구를 할 수 있고, 경정청구와 별도로 증액경정 취소소송을 낼 수도 있다고 했습니다. 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 결정이나 경정이 있으면 그 뒤의 세액을 대상으로 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 청구하게 하고, 단서는 늘어난 세액에 대해 처분이 있음을 안 날(통지를 받았다면 받은 날)부터 3개월 안에 청구하도록 정합니다. 이 기간은 2024. 12. 31. 개정(2025. 1. 1. 시행)으로 90일에서 3개월로 늘었고, 시행 당시 안 날부터 3개월이 지나지 않은 경우에도 적용됩니다.

기간 계산은 「세무서가 세금을 올려 고지했다면 경정청구는 언제까지 되나요? 5년과 3개월 기한 계산」에서 자세히 설명했습니다. 경정청구를 다시 하더라도 증액경정에 대한 심판청구 기간은 따로 흐른다고 볼 수 있으므로, 한쪽만 믿고 기다리지 않는 편이 안전합니다.

경정거부 뒤 증액경정 대응 순서

• 처분 경과 정리 - 신고, 경정청구, 거부, 증액경정의 날짜와 세액을 한 표로 만들어 지금 다툴 대상을 확정합니다.
• 기간 안 증액인지 확인 - 증액경정이 당초 신고분의 경정청구기간 안에 있었는지 보아 취소를 구할 수 있는 범위를 정합니다.
• 증액경정 불복 - 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 하고, 진행 중인 소송과의 관계를 재판부 절차에 맞춰 정리합니다.
• 주장 통합 - 거부처분 소송에서 낸 감액 주장과 증액 사유에 대한 반박을 증액경정 소송에 모읍니다.
• 정당세액 계산 - 누락 비용과 부인 항목을 모두 반영한 정당세액을 직접 계산해 제출합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 증액경정이 당초 신고분의 경정청구기간 안에 이루어졌는지와 증액경정에도 불복했는지에 따라 다툴 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 경정청구 거부와 증액경정이 겹친 사건의 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구 거부 소송 중에 증액경정이 나오면 기존 소송은 어떻게 되나요?
  증액경정에도 소송을 냈다면 거부처분 취소의 소는 이익이 없어 각하될 수 있습니다. 대법원 2004두8972 판결은 거부처분이 증액경정에 흡수되지는 않지만 심리 중복과 판단 저촉을 피하기 위해 이렇게 보았습니다.
• 증액경정 소송에서 처음 신고가 과다했다는 주장도 할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 대법원 2010두11733 전원합의체 판결은 증액경정 취소소송에서 세무서의 증액 사유뿐 아니라 당초 신고의 과다신고 사유도 함께 주장할 수 있다며 종전 판례를 변경했습니다.
• 감액경정청구를 하지 않았어도 증액경정 소송에서 빠뜨린 비용을 주장할 수 있나요?
  주장할 수 있습니다. 대법원 2006두17390 판결의 원고는 감액경정청구 없이도 증액된 처분의 소송에서 신고 때 빠뜨린 인건비 2억 247만여 원을 추가 공제받아 정당세액 초과분을 취소받았습니다.
• 경정청구기간이 지난 뒤 증액경정을 받았다면 당초 세액도 다툴 수 있나요?
  당초 세액은 취소를 구할 수 없고 늘어난 세액 범위에서만 다툽니다. 대법원 2011두4855 판결은 기간이 지난 2002 사업연도분은 증액분 범위로 제한하고, 기간 안에 증액된 2004 사업연도분은 당초 세액까지 다툴 수 있다고 했습니다.
• 늘어난 세금에 대해 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  늘어난 세액은 처분이 있음을 안 날, 통지를 받았다면 받은 날부터 3개월 안에 청구할 수 있고, 법정신고기한이 지난 후 5년 안으로 한정됩니다. 경정 후 세액 전체는 5년 안이면 본문에 따라 청구할 수 있습니다.
• 증액경정이 나중에 전부 취소되면 당초 신고세액은 어떻게 되나요?
  대법원 2011두4855 판결은 증액분이 감액경정으로 취소되어도 당초 신고세액은 증액경정처분에 흡수되어 그 일부를 이루고 있으므로, 증액경정처분 전체가 없어진 것으로 볼 수 없다고 했습니다.
• 경정청구를 다시 하면 증액경정 불복기간도 멈추나요?
  멈춘다고 보기 어렵습니다. 2010두11733 판결은 경정청구와 증액경정 취소소송을 별개의 불복수단으로 보았고, 심판청구는 처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 해야 합니다. 두 기간을 따로 관리하는 편이 안전합니다.

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• 세무서가 세금을 올린 증액경정에도 감액경정청구를 할 수 있나요?
• 세무서 증액경정에 기한 안에 불복하지 못했는데 경정청구로 다시 다툴 수 있나요?
• 손익귀속시기 경정으로 후발적 경정청구를 했는데 세무서가 다른 항목을 증액할 수 있나요?
• 심판청구 결정 뒤 증액경정을 받았는데 다시 심판청구를 해야 하나요?
• 조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?
• 후발적 경정청구가 거부됐다면 소송에서 무엇을 다투고 누가 증명하나요?
• 경정청구 거부 소송 중에 세무서가 거부 이유를 바꾸면 어떻게 다투나요?

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