법인세·소득세

병의원·학원이 2월 10일까지 매입 계산서합계표를 안 냈다면 가산세는 얼마인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

면세사업자는 다음 해 2월 10일 사업장 현황신고 때 종이로 주고받은 계산서와 매입 세금계산서의 합계표를 내야 합니다. 내지 않으면 공급가액의 0.5%, 1개월 안에 내면 0.3%가 가산세이며 소규모사업자와 전자계산서 전송분은 빠집니다. 냈는데 기록이 없다면 제출 증거로 다툴 수 있습니다.

병의원, 학원, 농축산물 도소매처럼 부가가치세가 면제되는 사업자는 부가가치세 신고를 하지 않는 대신 사업장 현황신고를 합니다. 이때 수입금액만 신고하고 합계표를 빠뜨리는 일이 적지 않습니다. 전자계산서로 주고받은 분은 따로 낼 필요가 없지만, 종이로 받은 계산서와 세금계산서는 합계표를 내지 않으면 가산세가 붙습니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 한방병원을 운영하며 2025년 의약품을 사면서 종이 계산서 1억 8,000만원을 받았고, 의료기기를 사면서 종이 세금계산서 6,000만원을 받았습니다. 2026. 2. 6. 사업장 현황신고는 했지만 두 합계표는 내지 않았습니다. 2026. 9. 세무서에서 계산서합계표 미제출 가산세를 알리는 안내를 받은 F씨는, 매입한 쪽인데도 가산세를 내야 하는지, 금액은 얼마인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

면세사업자는 어떤 합계표를 언제까지 내야 하나요?

사업자는 발급하거나 발급받은 계산서의 매출·매입처별 합계표를 사업장 현황신고 기한인 다음 해 2월 10일까지 내야 합니다. 면세사업자가 재화나 용역을 사면서 세금계산서를 받았다면 매입처별 세금계산서합계표도 같은 기한까지 내야 합니다. 파는 쪽뿐 아니라 사는 쪽에도 의무가 있습니다.

전자계산서를 발급하거나 발급받고 그 발급명세가 국세청에 전송된 분은 계산서합계표를 내지 않아도 됩니다. 그래서 실제로 문제가 되는 것은 종이 계산서, 종이 세금계산서로 주고받은 거래입니다. 부가가치세 신고 때 세금계산서합계표를 낸 분은 계산서합계표를 낸 것으로 봅니다. 결국 거래처가 전자계산서를 발급했는지, 종이로 주었는지가 의무를 가르므로 거래처별 발급 방식을 먼저 확인해야 합니다. 의약품 도매상이나 교재 공급업체 가운데 종이 계산서를 쓰는 곳이 남아 있다면 그 거래가 합계표 대상입니다.

합계표를 안 내면 가산세는 얼마인가요?

계산서합계표를 기한까지 내지 않으면 그 공급가액의 0.5%가 가산세입니다. 제출기한이 지난 후 1개월 안에 내면 0.3%로 줄어듭니다. 매입처별 세금계산서합계표도 같은 비율입니다. F씨는 2026. 3. 10.이 지나 1개월 안 감경을 받을 수 없으므로 2억 4,000만원의 0.5%인 120만원입니다.

합계표를 냈더라도 거래처 등록번호나 공급가액을 빠뜨리거나 사실과 다르게 적으면 그 공급가액의 0.5%가 붙습니다. 다만 착오로 잘못 적었고 받은 계산서로 거래 사실이 확인되는 분은 빠집니다.

이 가산세는 종합소득세를 낼 것이 없어도 붙습니다. 의무위반 종류별로 중소기업은 5천만원, 그 밖의 기업은 1억원이 한도이고, 고의로 위반했다면 한도가 없습니다.

병의원은 수입금액을 적게 신고해도 가산세가 붙나요?

의료업, 수의업, 약국은 사업장 현황신고 자체에도 별도의 가산세가 있습니다. 사업장 현황신고를 하지 않거나 수입금액을 실제보다 적게 신고하면 신고하지 않았거나 모자라게 신고한 수입금액의 0.5%가 붙습니다. 학원 등 다른 면세사업자에게는 이 가산세가 없습니다.

병의원은 비급여 현금 수입이 빠지기 쉽고, 신용카드·현금영수증 결제 자료처럼 세무서가 이미 가진 자료와 신고 수입금액이 다르면 차이가 쉽게 드러납니다. 합계표 가산세 안내를 받았다면 수입금액 신고에도 빈 곳이 없는지 함께 점검해 두는 편이 안전합니다. 이 가산세도 종합소득세를 낼 것이 없어도 붙습니다.

가산세가 붙지 않거나 줄어드는 경우는 언제인가요?

소규모사업자는 이 가산세를 내지 않습니다. 해당 연도에 새로 개업한 사업자, 간편장부대상자로서 직전 연도 사업 수입금액이 4,800만원에 못 미치는 사업자, 연말정산되는 사업소득만 있는 사업자가 여기에 해당합니다.

기한 안에 냈는데 세무서 전산에 남지 않은 경우도 있습니다. 조세심판원은 세무대리인이 사업장 현황신고 기간에 세무서로 등기우편을 보낸 영수증이 있고 세무서가 다른 사람의 서류였다는 점을 증명하지 못하자 미제출 가산세를 취소했습니다. 우편 접수증이나 전자 제출 화면을 보관해 두어야 하는 이유입니다.

공급하는 쪽이 계산서를 아예 발급하지 않았거나 가짜 계산서를 주고받은 경우는 공급가액의 2%로 무겁고, 부정행위로 볼 때에는 부과제척기간이 10년으로 늘어납니다. 합계표 누락과는 따로 다뤄야 합니다.

계산서합계표 가산세 대응 순서

• 전자·종이 분리 - 홈택스에서 전자계산서로 조회되는 분과 종이로 받은 분을 나눕니다.
• 소규모사업자 확인 - 개업 연도인지, 직전 연도 수입금액이 4,800만원 미만인 간편장부대상자인지 봅니다.
• 제출 증거 확보 - 기한 안에 냈다면 우편 접수증, 전자 제출 내역을 찾습니다.
• 미제출분 바로 제출 - 늦었더라도 지금 합계표를 내고 거래 사실을 정리합니다.
• 소명서 제출 - 가산세 대상 금액이 실제보다 크게 잡혔는지 계산 근거를 냅니다.
• 불복 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 전자 발급 여부와 소규모사업자 해당 여부, 제출 사실을 증명할 자료에 따라 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 면세사업자의 가산세 소명, 세무조사 대응과 가산세 부과처분에 대한 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세사업자도 매입 계산서합계표를 내야 하나요?
  받은 계산서의 매입처별 합계표와 받은 세금계산서의 매입처별 세금계산서합계표를 다음 해 2월 10일 사업장 현황신고 기한까지 내야 합니다. 전자계산서로 받아 국세청에 전송된 분은 내지 않아도 됩니다.
• 합계표를 안 내면 가산세는 얼마인가요?
  기한까지 내지 않은 계산서·세금계산서 공급가액의 0.5%입니다. 기한이 지난 후 1개월 안에 내면 0.3%로 줄어듭니다. 종합소득세를 낼 것이 없는 해에도 이 가산세는 따로 붙습니다.
• 작은 사업자도 가산세를 내나요?
  개업한 해의 사업자, 간편장부대상자로서 직전 연도 사업 수입금액이 4,800만원 미만인 사업자, 연말정산되는 사업소득만 있는 사업자는 소규모사업자로 이 가산세 대상에서 빠집니다. 직전 연도 수입금액부터 확인하십시오.
• 거래처 번호를 잘못 적었으면요?
  합계표의 거래처 등록번호나 공급가액을 사실과 다르게 적으면 그 공급가액의 0.5%가 붙습니다. 다만 착오로 잘못 적었고 받은 계산서로 거래 사실이 확인되는 분은 가산세에서 빠집니다.
• 분명히 냈는데 기록이 없다고 하면요?
  조세심판원은 신고 기간에 세무서로 보낸 등기우편 영수증이 있고 세무서가 반대 사실을 증명하지 못한 사건에서 미제출 가산세를 취소했습니다. 우편 접수증이나 전자 제출 내역을 찾아 소명하십시오.
• 가산세에 한도가 있나요?
  계산서 관련 가산세는 의무위반 종류별로 중소기업 5천만원, 그 밖의 기업 1억원이 한도입니다. 다만 해당 의무를 고의로 위반한 경우에는 한도가 적용되지 않으므로 금액이 그대로 붙을 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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