법인세·소득세

해고했던 직원이 판결로 복직해 정년퇴직하면 퇴직금은 언제 손금인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

해고 때 지급한 퇴직금은 그 지급의무가 확정된 사업연도의 손금이고, 해고무효 판결로 복직했다가 정년퇴직하면서 더 준 차액은 추가 지급의무가 확정된 사업연도의 손금입니다. 국세청은 판결로 복직해도 이미 손금 처리한 퇴직금에는 영향이 없다고 보았습니다. 해고일, 판결 확정일, 정년퇴직일을 한 표로 정리해 두십시오.

해고무효 판결이 나왔다고 해서 이미 손금으로 처리한 예전 퇴직금을 되돌려 이전 연도 법인세를 고칠 필요는 없습니다. 복직 뒤 정년퇴직하면서 더 준 차액만 그 연도에 따로 손금으로 넣으면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

택시운수업을 하는 F사는 2023년 입사 서류에 중요한 경력을 숨겼다는 이유로 기사 한 명을 징계해고하고 퇴직금 약 2,400만원을 지급했습니다. 기사는 해고무효확인소송을 냈고 2024년 해고가 무효라는 판결이 확정돼 복직했습니다. 그 기사가 2025년 정년으로 퇴직하자 F사는 처음 입사일부터 다시 계산한 퇴직금에서 이미 준 금액을 뺀 차액 약 900만원을 지급했고, 두 퇴직금을 어느 사업연도 비용으로 잡아야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

해고 때 준 퇴직금은 어느 사업연도의 손금인가요?

해고로 근로관계가 실제로 끝나 회사가 퇴직금을 지급할 의무가 확정됐다면, 그 퇴직금은 지급의무가 확정된 사업연도의 손금입니다. 나중에 해고가 무효로 판결나더라도 그 사업연도에 이미 손금으로 처리한 퇴직금에는 영향이 없습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도를 귀속 사업연도로 정합니다. 시행령은 퇴직급여를 임직원이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것만 손금으로 인정하는데, 해고로 실제 근무가 끝나고 퇴직금이 지급됐다면 현실적인 퇴직에 해당합니다.

국세청은 복직 후 추가 퇴직금을 어떻게 해석했나요?

국세청은 근로자 해고 때 지급한 퇴직금은 지급의무가 확정된 사업연도에 손금산입하고, 그 근로자가 법원 판결로 복직하더라도 이미 손금 처리한 퇴직금에는 영향이 없으며, 복직 뒤 정년퇴직 때 추가로 지급하는 퇴직금은 그 지급의무가 확정된 사업연도의 손금이라고 회신했습니다(사전-2019-법령해석법인-0031, 2019. 3. 19.).

질의한 택시회사는 정년퇴직 연도에 퇴직금 총액을 한꺼번에 손금으로 넣는 방법과 각각 지급한 연도에 나눠 넣는 방법을 함께 물었고, 국세청은 각각 지급의무가 확정된 연도에 넣는 쪽을 택했습니다. 해고로 고용관계가 실제로 소멸했고 그때 퇴직금 지급의무가 확정됐다는 점을 근거로 들었습니다. 회신은 질의 사실관계를 전제로 하므로, 해고 뒤 퇴직금을 지급하지 않고 다투기만 한 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

해고기간 임금과 추가 퇴직금은 언제 비용이 되나요?

복직한 근로자에게 판결에 따라 지급하는 해고기간 임금과 정년퇴직 때 더 주는 퇴직금 차액은 모두 그 지급의무가 확정된 사업연도의 손금입니다. 해고했던 사업연도로 거슬러 올라가 손금을 고치는 방식이 아닙니다.

• 해고 때 퇴직금 - 해고로 퇴직금 지급의무가 확정된 사업연도
• 해고기간 임금 - 판결이나 화해로 지급의무가 확정된 사업연도
• 복직 후 정년퇴직 차액 - 정년퇴직으로 추가 지급의무가 확정된 사업연도

추가 퇴직금은 최초 입사일부터 다시 계산한 퇴직금에서 이미 지급한 금액을 빼는 방식으로 정하는 경우가 많습니다. 계산 방식은 단체협약·취업규칙과 판결 내용에 따라 달라지므로, 노사 간에 차액 산정 근거를 문서로 남겨 두는 편이 안전합니다. 차액을 계산할 때 해고기간을 계속근로기간에 넣는지도 판결과 합의 내용으로 확인합니다.

해고 퇴직금 손금 귀속 대응 순서

• 지급 사실 정리 - 해고일, 퇴직금 지급일과 금액, 판결 확정일, 복직일, 정년퇴직일을 한 표로 만듭니다. 연도별 손금의 기준이 됩니다.
• 원천징수 확인 - 퇴직금을 줄 때마다 퇴직소득 원천징수영수증과 지급명세서를 냈는지 확인합니다. 추가 퇴직금도 지급한 때 따로 원천징수합니다.
• 귀속 연도 대조 - 법인세 신고서에서 첫 퇴직금은 해고 연도에, 차액과 해고기간 임금은 지급의무가 확정된 연도에 들어갔는지 대조합니다.
• 경정청구 - 정년퇴직 연도에 총액을 넣었다가 일부가 부인됐거나 손금을 빠뜨렸다면 그 연도 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 불복 - 세무서가 귀속 연도를 달리 보아 과세하면 과세예고통지 30일 안에 과세전적부심사, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 해고 뒤 퇴직금을 반환받았는지와 복직 합의 내용에 따라 지급의무 확정 시점이 달라질 수 있어 합의서와 판결문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 해고 분쟁과 법인세 경정청구·불복을 함께 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해고무효 판결이 나면 예전 퇴직금 손금을 취소하나요?
  아니요, 해고로 근로관계가 실제로 끝나 퇴직금 지급의무가 확정됐다면 그 사업연도에 손금 처리한 퇴직금은 판결로 복직해도 영향을 받지 않는다는 것이 국세청 해석입니다. 이전 연도 법인세를 고칠 필요는 없습니다.
• 정년퇴직 연도에 퇴직금 총액을 손금으로 넣어도 되나요?
  국세청은 해고 때 준 퇴직금과 복직 후 정년퇴직 때 준 차액을 각각 지급의무가 확정된 사업연도에 나눠 손금산입한다고 보았습니다. 총액을 한 연도에 넣으면 이미 손금 처리한 금액이 중복될 수 있습니다.
• 해고기간 임금은 언제 비용 처리하나요?
  판결이나 화해로 회사가 해고기간 임금을 지급할 의무가 확정된 사업연도의 손금으로 처리합니다. 해고했던 사업연도로 거슬러 올라가지 않으므로 판결 확정일과 화해 성립일을 확인해 둡니다.
• 해고된 직원에게 퇴직금은 언제까지 줘야 하나요?
  사용자는 근로자가 퇴직한 날부터 14일 안에 퇴직금을 지급해야 합니다. 특별한 사정이 있으면 당사자 합의로 지급기일을 연장할 수 있으므로, 해고 분쟁 중이라도 지급 여부와 시기를 문서로 정해 둡니다.
• 근로자가 부당해고를 다툴 기간은 얼마인가요?
  부당해고 구제신청은 해고가 있었던 날부터 3개월 안에 노동위원회에 해야 합니다. 법원에 해고무효확인소송을 내는 것은 이와 별도의 절차라 노동위원회 구제신청 기간이 지났더라도 소송으로 다툴 수 있습니다.
• 복직 후 추가 퇴직금도 원천징수하나요?
  네, 정년퇴직 때 추가로 지급하는 퇴직금도 지급할 때 퇴직소득으로 원천징수하고 원천징수영수증과 지급명세서를 내야 합니다. 이미 지급한 퇴직금과 합쳐 계산하는지는 정산 방식에 따라 따로 확인합니다.
• 손금 연도를 잘못 잡았으면 어떻게 하나요?
  손금을 빠뜨리거나 늦은 연도에 넣어 법인세를 더 냈다면 그 연도 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 반대로 손금을 앞당겨 넣었다면 수정신고를 검토해 가산세 부담을 줄입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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