법인세·소득세

해외 현지법인 등록이 말소되면 주식 손실은 언제 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

해외 현지법인의 기업등록이 말소됐다는 것만으로는 부족하고, 현지 법률에 따라 청산이 끝나고 배분할 잔여재산이 없다는 것이 확인되는 때에 그 주식가액을 손금에 넣습니다. 법인세법 제40조 제1항의 확정 원칙에 따라 국세청은 등록 말소 뒤 청산 기간이 끝난 시점을 기준으로 보았습니다. 지금은 현지 법률상 청산 종료일과 잔여재산이 없다는 자료부터 확보하십시오.

현지법인이 문을 닫았다는 사실만으로 바로 주식 장부가액 전액을 손금에 넣을 수 있는 것은 아닙니다. 현지 법률에 따른 청산 종료와 남은 재산이 없다는 확인이 함께 있어야 합니다.

이런 상담이 많습니다

C법인은 동남아시아에 식품 제조 현지법인을 100% 출자로 세웠지만 원료 수급 문제와 매출 감소로 결손이 쌓여 완전 자본잠식 상태가 됐고, 이후 영업을 멈췄습니다. 현지 당국은 장기간 영업이 없다는 이유로 2022년 기업등록을 말소했고, 현지 법률상 말소일부터 3년 동안 청산법인으로 남다가 2025년에 청산이 끝났습니다. C법인은 회계상 지분법손실로 주식을 모두 비용 처리했지만 세무상으로는 손금불산입하고 유보로 두었는데, 언제 손금에 넣을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자회사가 망하면 주식 손실은 언제 손금이 되나요?

법인이 보유한 주식은 장부가액을 임의로 감액해도 손금으로 인정되지 않고, 처분하거나 소멸해 손실이 확정된 사업연도에 손금이 됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 손익을 확정된 날이 속하는 사업연도에 넣도록 하고, 자산 평가로 인한 감액은 원칙적으로 인정하지 않습니다.

그래서 회계에서 지분법손실이나 손상차손으로 주식을 비용 처리했더라도 세무상으로는 손금불산입하고 유보로 남겨 둡니다. 이 유보는 주식을 실제로 처분하거나 발행법인이 청산되어 손실이 확정될 때 다시 손금으로 추인합니다.

발행법인이 부도나 파산하면 미리 감액할 수 있나요?

예외적으로 주식 발행법인이 부도가 나거나 회생계획인가 결정을 받거나 부실징후기업이 된 경우, 또는 파산한 경우에는 장부가액을 사업연도 말 시가로 감액해 손금에 넣을 수 있습니다. 이때 발행법인별 보유주식 시가 총액이 1천원 이하이면 1천원으로 평가합니다.

다만 부도·회생·부실징후 사유로 감액할 수 있는 주식은 상장주식, 벤처투자회사 등이 보유한 창업자 주식, 특수관계가 없는 비상장법인의 주식으로 한정됩니다. 100% 출자한 자회사 주식은 대개 특수관계 법인 주식이어서 이 사유로는 감액하기 어렵고, 파산 사유는 주식 종류와 관계없이 적용됩니다. 외국 법률에 따른 절차가 우리 법상 파산에 해당하는지는 따로 확인이 필요합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 해외현지법인이 영업을 계속하지 않아 현지 법률에 따라 기업등록이 말소된 뒤 자체 청산절차를 밟지 않은 경우, 현지 법률에 따라 청산이 종료되고 배분할 잔여재산이 없는 것으로 확인되는 때에 주식가액을 손금에 넣는다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0057, 2015. 6. 11.). 검토 과정에서는 이 상황을 우리 상법상 휴면회사가 해산간주 등기된 뒤 청산종결 간주 등기된 경우와 같은 구조로 보았습니다.

등록 말소 명령을 받은 날에 바로 손금으로 넣을 수는 없습니다. 말소 뒤에도 일정 기간 안에 말소 해제를 신청해 영업을 재개할 수 있고, 청산 기간 동안 재산을 처분하거나 분배할 수 있기 때문입니다. 회신은 질의한 현지 법률과 사실관계를 전제로 한 것이므로, 다른 나라 법률에서는 청산 종료 시점이 다르게 정해질 수 있습니다.

청산 종료와 잔여재산 없음은 어떻게 확인하나요?

청산 종료는 현지 등기·등록기관의 말소 증명, 청산 종료 공고, 현지 법률상 청산 기간의 경과를 보여 주는 자료로 확인합니다. 잔여재산이 없다는 점은 마지막 재무제표나 청산 보고서, 자본잠식 상태와 채무 초과를 보여 주는 자료로 설명합니다.

• 현지 법령 근거 - 등록 말소 효과와 청산 기간을 정한 조항의 번역본
• 당국 서류 - 등록 말소 명령서, 청산 종료나 법인 소멸을 확인하는 증명서
• 재무 자료 - 최종 재무제표, 자본잠식과 채무 현황
• 분배 내역 - 주주에게 분배된 재산이 없다는 확인 자료

자료가 외국어로 되어 있으면 번역본과 함께 보관해 두어야 세무조사나 경정청구 때 그대로 제출할 수 있습니다.

손금 시기를 놓쳤다면 어떻게 하나요?

청산이 끝난 사업연도에 유보를 추인하지 않고 지나갔다면 그 사업연도에 대해 경정청구로 손금 산입을 요구할 수 있습니다. 반대로 청산이 끝나기 전 연도에 미리 손금에 넣었다면 세무서가 그 연도를 부인하고 청산 종료 연도로 옮길 수 있으므로 수정신고를 검토합니다.

세무조사에서 손금 귀속연도가 부인돼 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 경정청구가 거부되면 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

해외현지법인 주식 손금 대응 순서

• 현지 절차 확인 - 등록 말소, 해산, 청산 기간이 현지 법률상 어떻게 이어지는지 현지 자문 자료로 확인합니다.
• 청산 종료일 특정 - 청산이 끝난 날과 그 날이 속하는 사업연도를 정합니다. 말소 해제 신청 가능 기간이 남아 있는지도 봅니다.
• 잔여재산 확인 - 최종 재무제표와 분배 내역으로 주주에게 돌아올 재산이 없다는 점을 정리합니다.
• 유보 추인 신고 - 청산 종료 연도 법인세 신고 때 그동안 손금불산입한 유보를 손금으로 추인하고 자본금과 적립금조정명세서에 반영합니다.
• 놓친 연도 정정 - 이미 지난 연도라면 5년 안에 경정청구서를 내고, 거부되면 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 현지 법률상 청산 종료 시점과 잔여재산 확인 방법은 나라마다 다르므로 현지 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 해외투자 손실의 법인세 경정청구와 과세전적부심사, 조세심판·소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지분법손실로 비용 처리한 금액은 세무상 어떻게 되나요?
  지분법손실은 자산 평가에 따른 감액이어서 세무상 손금으로 인정되지 않고 손금불산입한 뒤 유보로 관리합니다. 이 유보는 주식을 처분하거나 발행법인이 청산되어 잔여재산이 없다는 것이 확인되는 사업연도에 손금으로 추인합니다.
• 현지법인이 영업을 멈춘 해에 손금으로 넣을 수 있나요?
  영업 중단만으로는 손실이 확정되지 않아 손금으로 넣기 어렵습니다. 법인격이 남아 있고 재산을 정리할 가능성이 있기 때문이며, 현지 법률에 따른 청산 종료와 잔여재산이 없다는 확인이 있는 사업연도를 기준으로 판단합니다.
• 현지법인 주식을 1천원에 팔면 바로 손금이 되나요?
  특수관계 없는 제3자에게 실제로 양도했다면 양도한 사업연도에 처분손실이 확정됩니다. 다만 특수관계인에게 시가보다 낮게 넘겼다면 부당행위계산 부인 문제가 생길 수 있으므로 시가와 거래 상대방을 함께 따져야 합니다.
• 100% 자회사도 부도가 나면 감액할 수 있나요?
  부도·회생계획인가·부실징후기업 사유로 감액할 수 있는 비상장주식은 특수관계가 없는 법인 주식으로 한정되므로 100% 자회사 주식은 이 사유로 감액하기 어렵습니다. 발행법인이 파산한 경우에는 주식 종류와 관계없이 사업연도 말 시가로 감액할 수 있습니다.
• 청산 종료 연도를 놓쳤으면 어떻게 하나요?
  청산이 끝난 사업연도의 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안이라면 그 연도에 대해 경정청구로 유보 추인 손금 산입을 요구할 수 있습니다. 세무서가 거부하면 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 외국 서류만으로 청산 종료를 인정받을 수 있나요?
  현지 당국의 말소 명령서, 청산 종료 증명, 관련 법률 조항을 번역본과 함께 내면 청산 종료 사실을 증명하는 자료가 됩니다. 국세청 해석도 현지 법률에 따른 청산 종료 시점을 기준으로 삼았으므로 현지 법령의 해당 조항을 함께 내는 것이 좋습니다.

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