세금

외국 과세당국이 해외 자회사 이전가격을 조정했다면 한국 본사 세금은 줄일 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

외국에서 자회사 소득을 늘렸다고 한국 본사 소득이 저절로 줄지는 않습니다. 상호합의를 거쳐 종결 통보를 받은 날부터 3개월 안에 수정신고나 경정청구를 하는 대응조정 경로와, 법정신고기한부터 5년 안에 외국 과세소득 조정 입증 서류를 붙여 정상가격 경정청구를 하는 경로가 있습니다. 두 경로의 요건과 기한을 정리했습니다.

해외 자회사가 현지에서 이전가격 과세를 받으면 같은 소득에 두 나라가 세금을 매긴 상태가 됩니다. 이 이중과세는 한국에서 본사 소득을 줄여야 풀리는데, 그 감액은 외국 결정만으로 이루어지지 않고 납세자가 정해진 절차를 밟아야 합니다. 어느 경로를 택하든 외국 과세 자료를 빠짐없이 확보해 두는 일이 출발점입니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 화장품을 만드는 국내 법인이고, 베트남에 판매 자회사 D사를 두고 있습니다. 2026. 6. 베트남 과세당국은 D사가 C사에 지급한 상표 사용료와 경영자문료가 과다하다며 D사의 2021~2023 사업연도 소득을 늘려 원화로 약 9억원의 법인세를 추가로 부과했고, D사는 2026. 7. 이를 납부했습니다. C사는 그 사용료와 자문료를 국내에서 이미 익금으로 신고해 법인세를 냈습니다. C사 재무팀장 E씨는 같은 돈에 두 번 낸 세금 중 한국분을 돌려받을 수 있는지, 일반 경정청구로 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

외국에서 자회사 소득을 올렸으면 본사 소득도 저절로 줄어드나요?

그렇지 않습니다. 법은 체약상대국이 거주자와 국외특수관계인의 거래가격을 정상가격으로 조정하고 그에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에 과세당국이 그 합의에 따라 거주자의 과세표준과 세액을 조정할 수 있다고 정합니다. 조정을 받으려는 거주자는 수정신고나 경정청구를 해야 합니다. 외국 결정서만 들고 세무서에 가서는 감액이 되지 않고, 합의를 거치거나 다음에 볼 정상가격 경정청구 요건을 갖춰야 합니다.

상호합의 없이 경정청구로 바로 줄일 수 있나요?

길은 있습니다. 거주자는 국외특수관계인과의 거래가격이 정상가격보다 높거나 낮으면 정상가격으로 조정한 과세표준과 세액으로 경정청구를 할 수 있고, 기한은 일반 경정청구와 같은 법정신고기한부터 5년입니다. 이때 거래가격 조정신고서, 정상가격 산출방법 입증 서류와 함께 국외특수관계인 과세소득 조정 입증 서류를 내야 합니다. 외국 과세당국의 조정에 따른 납부확인서, 조정 명세와 조정된 재무제표, 현지에 낸 수정신고서 등이 여기에 해당합니다. 세무서장은 서류가 미비하면 30일 안의 기간을 정해 보완을 요구할 수 있고, 청구를 받은 날부터 6개월 안에 경정하거나 이유 없다는 뜻을 알려야 합니다.

다만 이 경로에서는 한국 세무서가 정상가격을 스스로 판단합니다. 외국 당국의 계산을 그대로 받아들인다는 보장은 없으므로, 거부되면 경정거부처분에 대한 불복으로 이어집니다. C사의 2021 사업연도분은 법정신고기한 2022. 3. 31.부터 5년인 2027. 3. 31.까지 청구할 수 있습니다.

상호합의로 대응조정을 받으려면 무엇을 언제 하나요?

체약상대국으로부터 조세조약에 맞지 않는 과세처분을 받았거나 두 나라 사이 조세조정이 필요하면 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청합니다. 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나면 개시 요청이 거부됩니다. 상대국 과세에 대한 대응조정이 필요한 경우는 국내외 법원의 확정판결이 있어도 개시 거부 사유에서 빠지므로, D사가 현지에서 소송을 진행하더라도 신청 자체가 막히지는 않습니다. 신청서에는 과세내역, 적용 조약 조항, 상대국 부과제척기간 도과 여부를 포함한 납세자 의견서, 납부확인서, 현지 권리구제절차 서류 사본 등을 붙입니다.

합의가 끝나면 한국 세금은 어떻게 돌려받나요?

종결 통보를 받은 날부터 3개월 안에 소득금액 계산특례 신청서에 국세청장이 발급한 상호합의 종결 통보서를 붙여 관할 세무서장에게 수정신고나 경정청구를 합니다. 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정할 수 있고, 이유가 없으면 그 사실을 통지합니다. 상호합의가 최초 신고와 다르게 이루어진 경우는 국세기본법상 후발적 경정청구 사유이기도 해서, 그 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월이라는 기한이 맞물립니다. 통보서를 받은 날을 기준으로 일정을 잡는 것이 안전합니다.

줄어든 소득만큼 돈을 자회사에 돌려주지 않으면 어떻게 되나요?

대응조정으로 본사 소득이 줄었는데 그 금액을 국외특수관계인에게 돌려주지 않고 본사에 남겨 두면, 외국 정부가 그 유보 금액에 다시 세금을 매길 수 있습니다. 법인세법 시행령은 이렇게 감액조정된 금액 중 반환되지 않고 내국법인에 유보되는 금액에 대해 외국 정부가 과세한 세액을 외국납부세액공제 대상에서 뺍니다. C사라면 감액된 사용료 상당액을 D사에 돌려줄지, 돌려주지 않을 때 베트남에서 어떤 과세가 뒤따르는지를 합의 단계에서 함께 정리해야 합니다.

해외 자회사 이전가격 과세 후 본사 대응 순서

• 외국 과세 자료 확보 - 현지 결정서, 조정 명세, 납부확인서, 수정신고서를 번역본과 함께 모읍니다.
• 경로 선택 - 법정신고기한부터 5년이 남은 연도는 정상가격 경정청구를, 다툼이 큰 사안은 상호합의를 검토합니다.
• 3년 기한 관리 - 외국 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 상호합의 개시를 신청합니다.
• 3개월 안 신청 - 종결 통보를 받은 날부터 3개월 안에 소득금액 계산특례 신청서로 경정청구를 합니다.
• 자금 반환 결정 - 감액분을 자회사에 돌려줄지 정하고 현지 과세 영향을 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 외국 조정이 어느 사업연도의 어떤 거래를 대상으로 했는지와 한국 신고의 경정청구 기한이 얼마나 남았는지에 따라 택할 경로가 달라집니다. 법무법인 윤성은 해외 자회사 이전가격 과세에 따른 대응조정 경정청구와 상호합의 신청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국에서 자회사 세금이 늘면 한국 본사 세금은 자동으로 줄어드나요?
  아닙니다. 체약상대국의 조정에 대해 상호합의가 종결되면 그 합의에 따라 조정할 수 있고, 거주자는 수정신고나 경정청구를 해야 합니다. 상호합의 없이 줄이려면 정상가격 경정청구 요건을 따로 갖춰야 합니다.
• 상호합의를 거치지 않고 경정청구를 할 수 있나요?
  정상가격을 기준으로 조정한 과세표준과 세액으로 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 거래가격 조정신고서와 정상가격 산출방법 입증 서류, 국외특수관계인 과세소득 조정 입증 서류를 함께 내야 합니다.
• 외국 과세소득 조정을 입증하는 서류는 무엇인가요?
  현지 과세당국의 조정에 따른 납부확인서, 국외특수관계인의 과세소득 조정 명세와 조정된 회계장부·재무제표, 현지 과세당국에 낸 수정신고서, 그 밖에 이중과세를 증명할 수 있는 서류입니다.
• 정상가격 경정청구를 하면 언제 결과가 나오나요?
  세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 안에 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 알려야 합니다. 서류가 미비해 30일 안의 보완 요구를 받은 경우 보완에 걸린 기간은 이 6개월에 넣지 않습니다.
• 상호합의가 끝나면 언제까지 신청해야 하나요?
  종결 통보를 받은 날부터 3개월 안에 소득금액 계산특례 신청서에 상호합의 종결 통보서를 붙여 수정신고나 경정청구를 해야 합니다. 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정할 수 있습니다.
• 자회사가 현지에서 소송 중이어도 상호합의를 신청할 수 있나요?
  상대국 과세조정에 대한 대응조정이 필요한 경우는 국내외 법원의 확정판결이 있어도 개시 거부 사유에서 제외됩니다. 신청서에는 현지 권리구제절차의 신청서와 결정서 사본을 함께 붙여 냅니다.
• 감액된 금액을 자회사에 돌려주지 않으면 불이익이 있나요?
  감액조정된 금액 중 자회사에 돌려주지 않고 본사에 유보된 금액에 외국 정부가 과세하면, 그 세액은 외국납부세액공제 대상에서 빠집니다. 돌려줄지 여부와 현지 과세 영향을 합의 단계에서 함께 정리하는 것이 좋습니다.

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