세금

이전가격 과세에 상호합의를 신청했다면 심판청구도 따로 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

상호합의를 신청해도 심판청구 기간은 바로 멈추지 않습니다. 진행 기간을 90일에 넣지 않는 특례는 신청일이 아니라 체약상대국이 수락해 절차가 개시된 날부터 적용되므로, 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해 두고 두 절차를 함께 진행하는 것이 안전합니다. 합의가 되면 2개월 안에 수락과 불복 취하를 정합니다.

상호합의와 국내 불복은 하나를 고르면 다른 하나를 잃는 관계가 아닙니다. 법은 두 절차가 함께 진행되는 경우를 전제로 합의를 이행하는 요건까지 정해 두었습니다. 다만 상호합의는 두 나라 과세당국이 협의하는 절차여서 언제 개시될지, 합의에 이를지를 납세자가 정할 수 없습니다. 그래서 국내 불복 기한부터 지켜 두는 것이 순서입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨가 재무이사로 있는 B사는 일본 모회사에서 반도체 장비 부품을 들여와 국내에 판매합니다. 2026. 8. 3. 관할 세무서는 B사가 모회사에 지급한 경영지원 수수료와 부품 매입가격이 정상가격을 넘는다며 2022~2024 사업연도 법인세 약 21억원을 고지했습니다. 모회사는 일본 과세당국과 협의해 이중과세를 풀자는 의견을 보냈고, B사는 2026. 9. 14. 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청했습니다. A씨는 상호합의를 신청했으니 조세심판원 심판청구는 하지 않고 결과를 기다려도 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

상호합의를 신청하면 심판청구 기간이 멈추나요?

신청만으로는 멈추지 않습니다. 상호합의절차가 진행되는 기간을 심사청구·심판청구 기간과 행정소송 제소기간에 넣지 않는 특례는 "상호합의절차가 개시된 경우" 그 개시일부터 종료일까지에 적용됩니다. 우리나라가 개시를 요청한 사건의 개시일은 체약상대국 권한 있는 당국으로부터 수락 의사를 통보받은 날입니다. 국세청장은 신청을 받은 날부터 3개월 안에 상대국에 개시를 요청할지 정하고, 그 뒤 상대국의 수락까지 다시 시간이 걸립니다.

B사 사례에서 심판청구 기한은 고지를 받은 2026. 8. 3.부터 90일이 되는 2026. 11. 1.인데, 이날이 일요일이어서 다음 날인 11. 2.까지입니다. 반면 국세청장의 개시 요청 여부 결정 기한은 신청일부터 3개월인 12. 14.이므로, 개시를 기다리다가는 심판청구 기간이 먼저 끝날 수 있습니다.

심판청구를 해 두면 상호합의에 불리한가요?

그렇지 않습니다. 법은 상호합의 개시 신청서에 국내외에서 낸 이의신청·심사청구·심판청구나 소송 서류를 첨부하게 하고, 두 절차가 동시에 진행되는 경우 신청인이 관련 불복쟁송을 취하하면 합의를 이행한다고 정합니다. 불복 진행 자체는 개시 거부 사유가 아닙니다.

주의할 것은 법원의 확정판결입니다. 확정판결이 있으면 원칙적으로 개시가 거부되고, 진행 중에 확정되면 그날 절차가 끝납니다. 다만 우리 과세당국이 국외특수관계인과의 거래가격을 조정한 것에 맞춰 상대국이 대응조정을 해야 하는 경우처럼 대통령령이 정한 경우는 이 제한에서 빠집니다. B사처럼 국내 이전가격 과세에 대해 일본 모회사의 대응조정을 구하는 사건은 여기에 해당한다고 볼 수 있습니다.

국세청이 개시를 거부하면 어떻게 되나요?

국세청장은 확정판결이 있는 경우(예외 제외), 조세조약상 신청 자격이 없는 경우, 조세 회피 목적이 인정되는 경우, 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나 신청한 경우에는 개시를 요청하지 않고, 거부 사실을 신청인과 상대국에 통지합니다. 상호합의 없이도 과세당국이 직접 합리적으로 조정할 수 있는지도 함께 봅니다. 거부되면 국내 불복만 남으므로, 심판청구를 해 두지 않았다면 다툴 길이 사라질 수 있습니다.

상호합의 중에도 고지된 세금은 내야 하나요?

심판청구만으로는 징수가 멈추지 않습니다. 상호합의가 개시되면 납부기한등의 연장이나 압류·매각의 유예 특례를 신청할 수 있고, 고지 전에 개시됐다면 납부고지 자체를 종료일까지 미룰 수 있습니다. 이 특례는 상대국도 절차 진행 중 징수 유예를 허용하는 경우에만 적용되고, 연장된 기간에는 이자 상당액이 붙습니다. 신청일 현재 체납이 있거나 국제거래명세서 같은 자료 제출의무를 지키지 않았다면 허용되지 않습니다. 신청서에는 국세청장이 발행한 상호합의절차 개시 통보서 사본을 붙입니다.

합의가 되면 국내 불복은 어떻게 정리하나요?

두 나라가 문서로 합의하면 종료일 다음 날부터 15일 안에 합의 내용이 통보됩니다. 신청인은 통보를 받은 날부터 2개월 안에 수락 여부와 관련 불복쟁송 취하 여부를 서면으로 내야 하고, 동의하지 않거나 취하하지 않거나 아무것도 내지 않으면 상호합의 신청을 철회한 것으로 봅니다. 수락하고 취하하면 과세당국이 합의 결과대로 경정 등 필요한 조치를 합니다. 합의 내용과 심판청구에서 기대할 결과를 비교해 어느 쪽을 택할지 이 2개월 안에 정해야 합니다.

이전가격 과세 상호합의·심판청구 병행 대응 순서

• 기한 확정 - 납부고지서를 받은 날부터 90일을 세고, 마지막 날이 휴일이면 다음 날로 잡습니다.
• 심판청구 제기 - 상호합의 신청 사실을 밝히고 정상가격 산출의 쟁점을 빠짐없이 적습니다.
• 상호합의 신청 서류 - 결산서·세무신고서, 불복 신청서, 납세자 의견서, 납부확인서, 상대국 신청서 사본을 갖춥니다.
• 징수 대응 - 개시 통보서를 받으면 납부기한등의 연장 특례를 신청하고, 그 전에는 납부 계획을 따로 세웁니다.
• 합의 결과 판단 - 통보를 받은 날부터 2개월 안에 수락과 불복 취하 범위를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상호합의가 언제 개시되는지와 합의 내용이 국내 불복에서 기대할 결과보다 나은지에 따라 택할 절차가 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 과세처분의 심판청구와 상호합의 병행 전략 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 상호합의를 신청하면 심판청구 기간이 바로 멈추나요?
  아닙니다. 상호합의 기간을 청구기간에 넣지 않는 특례는 절차가 개시된 날부터 적용됩니다. 우리나라가 요청한 사건은 상대국이 수락했다고 통보받은 날이 개시일이어서, 신청과 개시 사이에는 심판청구 기간이 그대로 흐릅니다.
• 심판청구와 상호합의를 같이 진행해도 되나요?
  됩니다. 상호합의 신청서에 불복 신청서를 첨부하게 되어 있고, 두 절차가 함께 진행되면 신청인이 관련 불복쟁송을 취하하는 것을 합의 이행 요건으로 정합니다. 불복 진행만으로 개시가 거부되지는 않습니다.
• 국세청은 신청 후 언제까지 개시 여부를 정하나요?
  신청을 받은 날부터 3개월 안에 체약상대국에 개시를 요청할지 정합니다. 그 뒤 상대국이 수락해야 비로소 개시되므로 시간이 더 걸릴 수 있습니다. 그 사이 심판청구 기한이 지나지 않게 따로 챙겨야 합니다.
• 소송에서 판결이 확정되면 상호합의는 끝나나요?
  원칙적으로 확정판결이 있으면 개시가 거부되고, 진행 중에 확정되면 그날 절차가 종료됩니다. 다만 우리 과세당국의 이전가격 조정에 맞춰 상대국이 대응조정을 해야 하는 경우 등은 대통령령에서 예외로 정해 두었습니다.
• 상호합의 중에는 세금을 안 내도 되나요?
  개시된 뒤 특례를 신청해 허용되면 종료일까지 납부기한이 연장되거나 압류·매각이 유예됩니다. 상대국도 유예를 허용해야 하고 이자 상당액이 붙으며, 체납이 있거나 국제거래 자료를 내지 않았다면 허용되지 않습니다.
• 합의 결과를 받으면 언제까지 답해야 하나요?
  통보를 받은 날부터 2개월 안에 수락 여부와 관련 불복쟁송 취하 여부를 서면으로 내야 합니다. 동의하지 않거나 취하하지 않거나 아무것도 내지 않으면 상호합의 신청을 철회한 것으로 봅니다.
• 상호합의 신청 기한은 언제까지인가요?
  과세 사실을 안 날부터 3년입니다. 이 기간이 지나 신청하면 국세청장은 개시를 요청하지 않고 거부 사실을 통지합니다. 세무조사 결과통지 등으로 과세 사실을 먼저 알았다면 그날부터 셀 수 있으므로, 가장 이른 날을 기준으로 3년을 따져 두는 것이 안전합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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