세금

해외 주재원 인건비를 국내 본사가 내면 손금으로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 해외 현지법인에 파견된 직원이 본사의 지휘·감독을 받으며 본사 업무를 했다면 본사가 낸 인건비는 손금이 됩니다. 완전자회사 파견자는 근로소득세 원천징수 등 요건을 갖추면 시행령상 손비에도 포함됩니다. 현지법인 업무만 했다면 부인될 수 있습니다.

네, 해외 현지법인에 파견된 직원이 본사의 지휘·감독을 받으며 본사 업무를 했다면 본사가 낸 인건비는 손금이 됩니다. 완전자회사 파견자는 근로소득세 원천징수 등 요건을 갖추면 시행령상 손비에도 포함됩니다. 현지법인 업무만 했다면 부인될 수 있습니다.

파견 직원 인건비가 본사 손금이 되는 기준은 무엇인가요?

파견 직원이 실제로 본사 업무에 종사했는지가 기준입니다. 법인세법 시행령은 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 손비를 손비로 봅니다. 현지법인에 근무지가 있어도 본사 사업을 위해 일했다면 본사 비용입니다.

조세심판원 2024. 5. 13. 조심 2023중3452 결정이 판단 요소를 보여 줍니다. 장비 제조 법인이 중국·베트남 완전자회사에 직원을 보내 고객사 장비 설치와 사후관리를 맡긴 사안입니다. 직원들은 본사에 주기적으로 보고하고 지시를 받았습니다. 본사가 인사평가를 했고 조직도상 본사 해외 관련 부서 소속이었습니다. 심판원은 본사 업무로 보아 경정청구 거부를 취소했습니다.

반대로 현지법인 대표로서 현지 영업만 했다면 판단이 달라질 수 있습니다. 보고 체계, 인사평가, 업무일지가 없으면 본사 업무라는 점을 보여 주기 어렵습니다. 파견 발령문에 본사 업무 범위를 적어 두면 출발점이 됩니다.

시행령이 정한 해외 파견 인건비 특례는 어떤 요건인가요?

내국법인이 지분 100분의 100을 직접·간접 출자한 해외현지법인에 파견한 임직원의 인건비가 대상입니다. 소득세법에 따라 근로소득세를 원천징수한 인건비여야 합니다. 본사가 낸 인건비가 본사와 현지법인이 낸 인건비 합계의 50% 미만이어야 합니다.

세 요건을 갖추면 본사 업무 종사 여부를 따로 다투지 않아도 손비에 포함됩니다. 현지법인이 급여 대부분을 내고 본사는 국내 수당이나 보험료 일부만 내는 구조가 전형입니다. 본사 부담이 50% 이상이면 이 특례가 아니라 앞의 업무 종사 기준으로 판단합니다. 예를 들어 연간 인건비 1억원 중 현지법인이 6,000만원, 본사가 4,000만원을 냈다면 본사 부담은 40%입니다. 본사가 5,000만원을 냈다면 50%여서 특례 대상이 아닙니다.

이 특례는 2024. 2. 29. 시행령 개정 전에는 중소기업과 중견기업에만 적용되었습니다. 개정 시행령은 그 제한을 없애고 근로소득세 원천징수를 요건으로 더했습니다. 시행일이 속하는 사업연도부터 적용되므로 12월 결산 법인은 2024 사업연도부터입니다. 그 전 사업연도를 다툴 때는 개정 전 문언을 적용해야 합니다.

세무서가 현지법인에 용역을 무상으로 제공했다고 보면 어떻게 되나요?

최근 세무조사에서는 손금 부인 대신 이전가격으로 과세하는 경우가 있습니다. 본사가 현지법인에 인력 용역을 제공했다고 보아 인건비에 이윤을 더한 금액을 용역대가로 익금에 넣는 방식입니다.

조세심판원 2025. 1. 14. 조심 2024서3382 결정은 이런 과세를 취소했습니다. 의류 제조 법인이 임가공 현지법인을 세우고 생산품 대부분을 공급받는 구조였습니다. 과세관청은 인건비에 5.86%를 더한 금액을 익금에 넣었습니다. 심판원은 현지법인 관리·감독과 보고가 본사에 필요한 업무였다고 보았습니다. 파견 직원도 본사 통제를 받으며 본사 업무를 했다고 판단했습니다.

조세심판원 2022. 2. 15. 조심 2021전3196 결정도 비슷합니다. 판매 현지법인 파견 직원이 현지법인 업무와 함께 본사 업무에도 종사했다고 보아 손금불산입 과세를 취소했습니다. 다만 두 결정 모두 본사와 현지법인의 거래 구조와 보고 자료가 갖춰진 사안이었습니다.

현지법인 업무만 했다면 어떻게 정리해야 하나요?

현지법인 업무만 했다면 본사가 인건비를 부담할 이유가 약합니다. 이때는 현지법인에 그 비용을 청구하는 구조가 원칙입니다. 청구하지 않으면 손금 부인이나 용역대가 익금산입 중 어느 쪽으로든 과세될 수 있습니다.

청구할 때는 국외특수관계인과의 용역거래이므로 정상가격을 맞춰야 합니다. 일정 요건의 지원 용역은 원가에 5%를 더한 금액을 정상가격으로 봅니다. 업무 성격이 섞여 있으면 업무 비율로 나눠 본사 부담분과 청구분을 정하는 방식을 검토할 수 있습니다. 현지법인이 같은 인건비를 현지 비용으로도 처리했다면 두 나라에서 이중으로 공제된 것이 문제 될 수 있습니다. 현지 장부도 함께 맞춰 보고, 본사 부담분이 현지에서 비용 처리되지 않았다는 자료를 남겨 두십시오.

해외 파견 인건비 대응 순서

• 업무 내용 정리 - 파견 직원별 담당 업무를 본사 업무와 현지법인 업무로 나눕니다.
• 보고 체계 확보 - 본사 보고서, 지시 기록, 인사평가, 조직도를 연도별로 보관합니다.
• 특례 요건 확인 - 완전자회사 여부, 근로소득세 원천징수, 본사 부담 50% 미만을 확인합니다.
• 청구 구조 설계 - 현지법인 업무분은 정상가격으로 비용을 청구하는 약정을 둡니다.
• 불복·경정청구 - 부인되었거나 스스로 손금불산입했다면 5년 안에 경정청구나 심판청구를 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 파견 직원의 실제 업무와 본사 보고 체계, 비용 분담 구조에 따라 손금 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 해외 파견 인건비의 손금 검토와 이전가격 과세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 파견 직원의 국내 4대 보험료를 본사가 내도 손금인가요?
  본사 업무에 종사한 직원이면 보험료도 인건비와 함께 손금이 됩니다. 시행령 특례를 쓸 때는 보험료를 포함한 본사 부담액이 전체 인건비의 50% 미만인지 계산해야 합니다.
• 현지법인 법인장으로 간 임원 급여도 같은 기준인가요?
  임원도 같은 기준으로 판단합니다. 다만 현지법인 대표로서 현지 경영을 맡았다면 본사 업무라는 점을 보여 줄 보고·지시 자료가 더 엄격하게 요구될 수 있습니다.
• 현지법인이 일부 급여를 내면 본사 원천징수는 어떻게 하나요?
  본사가 지급하는 부분은 국내 근로소득으로 원천징수합니다. 시행령 특례는 근로소득세가 원천징수된 인건비를 요건으로 하므로 원천징수 내역을 함께 보관해야 합니다.
• 이전가격 과세의 마크업은 몇 %가 기준인가요?
  일정 요건을 갖춘 저부가가치 지원 용역은 원가에 5%를 더한 금액을 정상가격으로 봅니다. 그 밖의 용역은 비교 대상 거래를 찾아 정상가격을 따로 산출합니다.
• 과거에 스스로 손금불산입했는데 돌려받을 수 있나요?
  네, 법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구로 손금산입을 구할 수 있습니다. 심판례 중에는 경정청구 거부를 취소한 사례도 있으므로 업무 자료를 갖춰 청구하십시오.
• 현지법인 지분을 전부 갖고 있지 않으면 특례를 쓸 수 없나요?
  네, 시행령 특례는 지분 100분의 100을 직접·간접 출자한 현지법인만 대상입니다. 지분이 그보다 적으면 본사 업무 종사 여부라는 일반 기준으로 판단합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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