세금

한국과 일본 집을 오가며 산 사람의 주식 양도소득, 한국에서 과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

과세될 수 있습니다. 양국에 집이 있어 이중거주자가 되면 양도 무렵 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라가 거주지국입니다. 대법원은 국내 법인 운영과 거액 투자 활동을 근거로 한국 거주자로 본 원심을 수긍했습니다. 일본 체류일수가 더 많다는 사정만으로 한국 과세를 피할 수는 없습니다.

과세될 수 있습니다. 양국에 집이 있어 이중거주자가 되면 양도 무렵 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라가 거주지국입니다. 대법원은 국내 법인 운영과 거액 투자 활동을 근거로 한국 거주자로 본 원심을 수긍했습니다. 일본 체류일수가 더 많다는 사정만으로 한국 과세를 피할 수는 없습니다.

양쪽에 집이 있으면 거주지국은 어떻게 정하나요?

먼저 한국 세법과 일본 세법에서 각각 거주자인지 봅니다. 한국에서는 국내에 주소가 있거나 183일 이상 거소를 두면 거주자입니다. 일본에서도 거주자라면 한·일 조세조약 제4조 제2항으로 넘어갑니다.

조약은 항구적 주거가 있는 나라를 먼저 봅니다. 양국 모두에 계속 쓸 수 있는 집이 있으면 이 기준으로는 정해지지 않습니다. 그다음 중대한 이해관계의 중심지, 즉 인적·경제적 관계가 더 밀접한 나라를 봅니다.

한국과 일본에 각각 집을 두고 번갈아 사는 경우가 바로 여기에 해당합니다. 이때 결론은 가족, 사업, 재산 관리가 어느 나라에 더 묶여 있는지로 갈립니다. 주민등록이나 국적은 이 단계의 결정 기준이 아닙니다.

대법원은 어떤 사실로 한국 거주자로 보았나요?

원심이 든 사정을 대법원이 그대로 수긍했습니다. 원고는 한국과 일본에 각각 고가 주택을 오래 보유하며 번갈아 살았습니다. 국내 체류일수는 2004년 235일, 2005년 183일, 2006년 181일이었습니다.

원심은 양국 모두에 항구적 주거가 있다고 보았습니다. 그다음 원고와 배우자가 국내에서 사회복지법인과 영리법인을 세워 대표이사로 활동한 점을 들었습니다. 원고가 주식 양도 전후로 국내에서 거액을 여러 차례 대여하거나 투자한 점도 들었습니다.

반면 일본에서는 한 회사의 대표이사로 월 400만원가량 급여를 받는 외에 다른 경제활동이 없었습니다. 원고는 국내 주식을 약 112억원에 사서 약 135억원에 팔았습니다. 원심은 이 투자 규모상 한국 경제 동향에 관심을 기울일 필요가 있었다고 보았습니다. 그래서 양도소득이 생길 무렵 이해관계의 중심지를 한국으로 판단했습니다.

일본 거주자로 인정되면 한국 주식 양도소득은 어떻게 되나요?

일본 거주자로 인정되면 한국 주식 양도소득은 원칙적으로 일본에서만 과세됩니다. 한·일 조세조약은 따로 정하지 않은 재산의 양도이득을 양도인의 거주지국에서만 과세하도록 합니다.

다만 예외가 있습니다. 특수관계인과 합산해 그 법인 주식의 25% 이상을 가진 대주주이면서 그해 5% 이상을 팔았다면 한국에서도 과세할 수 있습니다. 법인 재산이 주로 한국 부동산으로 이뤄진 경우도 한국에서 과세할 수 있습니다.

그래서 거주자 판정 하나로 세금 전체가 달라질 수 있습니다. 위 사건도 원고는 비거주자로 보고 신고하지 않았고, 과세관청은 약 10억 6천만원을 부과했습니다. 거래 규모가 큰 주식일수록 양도 전에 거주지국 판단을 정리해 두어야 합니다.

일본 거주자로 거래한다면 원천징수 단계도 챙겨야 합니다. 비거주자에게 주식 대금을 주는 지급자는 지급금액의 10%를 원천징수합니다. 취득가액이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액으로 합니다. 조약상 면제를 받으려면 비과세·면제신청서를 지급자에게 내야 합니다.

거주지국은 어느 시점을 기준으로 판단하나요?

양도소득이 생긴 무렵의 사정을 기준으로 판단합니다. 대법원이 수긍한 원심도 주식 양도 무렵의 이해관계 중심지를 따졌습니다. 몇 해 전 생활 형태가 일본 중심이었다는 사정만으로는 부족합니다.

예를 들어 양도 직전 1~2년 사이 국내 법인 대표가 되었다면 그 사정이 크게 작용합니다. 반대로 국내 활동을 정리하고 일본으로 생활을 옮긴 뒤 팔았다면 다르게 볼 여지가 있습니다. 이때는 정리 시점과 증빙이 결론을 좌우합니다.

국내 체류일수가 183일 안팎이라는 점은 참고 사정일 뿐입니다. 체류일수보다 국내에서 무엇을 했는지가 더 중요하게 다뤄졌습니다. 이 기준은 「한국과 외국 모두 거주자라면 어느 나라 거주자로 보고 과세하나요?」에서도 설명했습니다.

이중거주자 주식 양도 대응 순서

• 양도 전 점검 - 양도 예정일 기준으로 양국 주거, 가족, 사업, 재산 관리 현황을 정리합니다.
• 국내 활동 기록 - 국내 법인 대표 지위, 개인 대여·투자 내역이 있다면 그 성격과 규모를 따로 설명할 자료를 만듭니다.
• 조약 예외 확인 - 지분율 25%와 연간 양도비율 5%, 부동산 과다 법인 여부를 확인합니다.
• 신고 방식 결정 - 한국 거주자로 볼 위험이 크면 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고를 검토합니다.
• 불복 준비 - 부과되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 양도 무렵 국내 사업 활동과 재산 관리 방식에 따라 거주지국이 달라집니다. 법무법인 윤성은 이중거주자의 주식 양도소득 과세에 대한 세무조사 대응과 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 국내 체류일수가 183일보다 적은 해에도 한국 거주자가 되나요?
  될 수 있습니다. 위 사건에서도 국내 체류가 181일인 해의 양도소득이 문제 되었습니다. 국내 주소 판정은 가족과 자산 같은 생활관계로 하므로 체류일수만으로 정해지지 않습니다.
• 일본 국적이면 국적 기준으로 일본 거주자가 되지 않나요?
  국적은 네 번째 기준입니다. 항구적 주거와 이해관계의 중심지, 일상적 거소로 정해지지 않을 때 비로소 국적을 봅니다. 그 전에 결론이 나면 국적은 고려되지 않습니다.
• 상장주식을 장내에서 소액으로 판 것도 문제가 되나요?
  한국 거주자로 보더라도 상장주식 소액주주의 장내 양도는 원칙적으로 양도소득세 과세 대상이 아닙니다. 대주주이거나 장외 거래, 비상장주식이면 과세 대상이 됩니다.
• 일본에서도 이미 양도소득세를 냈다면 어떻게 되나요?
  한국 주식의 양도소득은 국외원천소득이 아니어서 한국에서 외국납부세액공제로 풀기 어렵습니다. 양국이 서로 자국 거주자로 본다면 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 상호합의 신청을 검토해야 합니다.
• 양도 뒤 몇 년이 지나도 과세될 수 있나요?
  신고하지 않았다면 부과제척기간은 원칙적으로 7년입니다. 위 사건도 양도 뒤 5년이 지나 처분이 나왔습니다. 그사이 자료가 흩어지기 쉬우니 거래 당시 기록을 보관해야 합니다.
• 국내 법인 대표를 맡고 있으면 무조건 한국 거주자인가요?
  무조건은 아닙니다. 대표 지위의 실질, 보수 수령, 국내 체류 목적을 함께 봅니다. 다만 위 사건처럼 적극적으로 경영과 투자를 했다면 한국 쪽 사정으로 크게 작용합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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