법인세·소득세

상장사가 비상장사를 합병하며 순자산보다 더 준 대가, 합병매수차손으로 손금되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 비적격합병에서 자본시장법 기준으로 적정하게 산정한 합병대가가 피합병법인 순자산시가를 넘으면 그 차액은 사업상 가치에 대한 대가로 보아 5년간 나눠 손금에 넣을 수 있다는 것이 국세청 회신입니다. 합병대가에는 합병법인이 대신 낸 피합병법인 법인세와 합병비율을 정한 뒤 합병등기일까지 오른 주가 상승분도 들어갑니다. 지금은 합병대가 산정 근거 자료와 합병등기일 종가, 피합병법인 순자산시가 평가서부터 맞춰 보십시오.

영업권을 따로 떼어 평가하지 않았다고 해서 손금을 포기할 필요는 없습니다. 수익가치 평가를 거쳐 정한 합병대가가 순자산시가보다 크다는 사실 자체가 사업상 가치를 보고 대가를 치렀다는 근거가 됩니다.

이런 상담이 많습니다

코스닥 상장사 A법인은 2024년 비상장사 B법인 지분 50%를 사들인 뒤 2025년 B법인을 흡수합병했습니다. 합병 전 2년 안에 산 지분이 있어 비적격합병이 되었고, 합병비율은 자본시장법 시행령에 따라 A법인은 시가, B법인은 수익가치와 자산가치를 반영해 정했습니다. 이사회 결의 뒤 합병등기일까지 A법인 주가가 크게 오르고 B법인의 의제사업연도 법인세도 A법인이 대신 내자, 재무팀은 순자산시가를 넘는 금액 전부를 손금으로 볼 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

합병매수차손은 어떤 경우에 손금이 되나요?

비적격합병에서 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재 순자산시가를 넘고, 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계·영업상 비밀 등에 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 손금이 됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 그 차액을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나눠 손금에 넣도록 정합니다.

손금은 한 번에 넣지 않습니다. 합병등기일이 속하는 사업연도부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 월수를 60개월로 나눈 비율만큼 사업연도마다 손금에 넣습니다.

영업권을 따로 평가하지 않아도 사업상 가치가 인정되나요?

자본시장법에 따라 수익가치를 반영해 합병가액을 정했고 그 결과가 순자산시가보다 크다면, 별도 영업권 평가가 없어도 사업상 가치를 보고 대가를 지급한 경우에 해당한다는 것이 회신의 판단입니다. 수익가치가 순자산시가를 넘는다는 것은 미래 현금흐름으로 본 회사 가치가 장부상 자산보다 크다는 뜻이기 때문입니다.

다만 합병비율 산정이 법령 기준에서 벗어났거나 특수관계인 사이에서 대가를 부풀린 정황이 있으면 사정이 다릅니다. 이때는 합병매수차손 손금 대신 부당행위계산 부인이 문제 될 수 있으므로 산정 근거 자료를 함께 남겨 두어야 합니다.

합병대가에는 무엇이 들어가나요?

비적격합병의 양도가액에는 합병교부주식과 금전 등 재산가액뿐 아니라 합병법인이 대신 낸 피합병법인의 법인세와 그에 붙는 국세·법인지방소득세도 들어갑니다. 합병포합주식에 신주를 주지 않았더라도 지분비율에 따라 준 것으로 보아 계산합니다.

합병교부주식의 가액은 합병등기일 주가로 계산합니다. 피합병법인의 순자산 장부가액과 승계 자산의 시가가 모두 합병등기일 기준이므로, 이사회 결의일 뒤 합병등기일까지 오른 주가 상승분도 합병대가에 들어가 합병매수차손을 이룹니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 상장법인이 비상장법인을 흡수합병하면서 자본시장법 시행령 제176조의5에 따라 적정하게 산정한 합병대가를 지급하고, 피합병법인이 순자산시가를 넘는 양도가액을 익금에 넣은 경우 합병매수차손은 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석법인-0789, 2018. 12. 26.). 합병대가에는 대납한 피합병법인 법인세 등과 합병비율 결정 시점부터 합병등기일까지의 교부주식 시가 상승분이 포함된다고 보았습니다.

회신은 피합병법인에 이월결손금이 없고 그 양도차익이 피합병법인 단계에서 과세된 사실관계를 전제로 합니다. 피합병법인 쪽 양도차익이 결손금으로 상쇄되는 구조라면 판단이 달라질 수 있습니다.

합병매수차손 손금 대응 순서

• 비적격 여부 확인 - 합병등기일 전 2년 안에 취득한 포합주식과 합병대가 구성으로 적격합병 요건을 먼저 점검합니다.
• 순자산시가 평가 - 합병등기일 기준으로 피합병법인 자산·부채의 시가를 평가하고 평가서를 확보합니다.
• 합병대가 확정 - 합병등기일 종가로 교부주식 가액을 계산하고 대납 법인세를 더해 양도가액을 정합니다.
• 신고와 유보 관리 - 법인세 과세표준 및 세액신고서에 5년 분할 손금산입을 반영하고 자본금과 적립금조정명세서에서 잔액을 관리합니다.
• 다툼 대비 - 손금이 부인되면 고지 뒤 90일 안에 심판청구를 검토하고, 손금을 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 당사자 사이에 특수관계가 있거나 피합병법인에 결손금이 있으면 평가 자료와 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병 관련 법인세 부과처분과 경정거부처분에 대한 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 적격합병에서도 합병매수차손을 손금에 넣나요?
  적격합병은 피합병법인 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보므로 합병 시점에 합병매수차손을 손금에 넣지 않습니다. 다만 사후관리 요건을 어겨 과세특례가 중단되면 그때부터 남은 기간 동안 차액을 손금 또는 익금으로 처리합니다.
• 순자산시가보다 적게 주면 어떻게 되나요?
  양도가액이 순자산시가보다 적으면 그 차액은 합병매수차익으로 보아 합병등기일부터 5년간 균등하게 나눠 익금에 산입합니다. 합병매수차손과 달리 사업상 가치 요건 없이 익금에 넣습니다.
• 대납한 피합병법인 법인세도 합병대가인가요?
  네, 비적격합병에서 합병법인이 내는 피합병법인의 법인세와 그에 붙는 국세, 법인지방소득세는 양도가액에 포함됩니다. 따라서 그만큼 합병매수차손도 커지므로 납부서와 계산 근거를 함께 보관해 두어야 합니다.
• 합병포합주식이 있으면 비적격합병이 되나요?
  합병법인이 지배주주등인 상태에서 합병등기일 전 2년 안에 취득한 포합주식이 있으면 그 주식에 교부한 합병교부주식 가액을 금전 교부로 보아 주식교부비율 100분의 80을 계산합니다. 이 때문에 비적격합병이 되는 경우가 많습니다.
• 5년 분할 손금은 어떻게 계산하나요?
  합병매수차손에 해당 사업연도 월수를 곱하고 60개월로 나눈 금액을 각 사업연도에 손금에 넣습니다. 1개월 미만은 1개월로 보고, 합병등기일이 속한 월을 1개월로 셌다면 5년이 되는 날이 속한 월은 빼고 계산합니다.
• 손금을 빠뜨리고 신고했다면 바로잡을 수 있나요?
  합병매수차손 요건을 갖췄는데 손금에 넣지 않았다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 합병가액 산정 자료와 순자산시가 평가서를 근거로 붙이고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 합병으로 넘겨받은 자산을 팔아 생긴 손실 이월액도 80% 한도에 걸리나요?
• 공장을 빌려 쓰던 회사가 임대 회사를 합병해도 적격합병이 되나요?
• 적격합병 뒤 지배주주가 받은 합병법인 주식을 자녀에게 증여해도 처분인가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기