법인세·소득세

공장을 빌려 쓰던 회사가 임대 회사를 합병해도 적격합병이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 임차법인이 임대법인을 흡수합병한 뒤 임대에 쓰던 공장 시설을 처분하지 않고 자기 제조업에 계속 쓰면 적격합병의 사업 계속성 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 국세청은 임대 매출이 사라져도 승계 자산을 합병법인 사업에 계속 사용하면 요건을 충족한다고 해석했습니다. 지금은 승계 자산 목록과 합병 후 2년간의 처분·이전 계획을 먼저 대조해 보십시오.

임대업을 하던 회사가 합병 후 임대료 매출이 사라졌다는 이유만으로 사업이 폐지되었다고 걱정할 필요는 없습니다. 승계한 자산을 처분하지 않고 합병법인의 사업에 계속 쓰면 사업 계속성 요건을 갖춘 것으로 보는 것이 국세청 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

콘크리트 제품을 만드는 A법인은 지방 공장 한 곳을 관계회사 B법인에게서 빌려 2019년부터 생산을 해 왔습니다. B법인은 그 공장 부지와 설비를 사들여 A법인에게 임대하는 일만 해 왔습니다. 두 회사는 2026년 중 A법인이 B법인을 흡수합병하는 방안을 검토하고 있습니다. 합병하면 B법인의 임대료 매출은 사라지지만 A법인은 그 공장에서 계속 제품을 생산할 예정입니다. 담당 임원은 이런 합병도 적격합병의 사업 계속성 요건을 갖춘 것인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대하던 회사를 합병하면 사업을 계속한 것으로 보나요?

네, 임차법인이 임대법인을 합병한 뒤 임대에 쓰던 공장 시설을 처분하지 않고 자기 제조업에 계속 사용한다면 적격합병의 사업 계속성 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속할 것을 요구합니다.

사업을 계속했는지는 매출 항목이 아니라 자산 기준으로 판정합니다. 합병법인이 그 사업연도 종료일 전에 승계한 유형자산, 무형자산, 투자자산 가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 요건을 갖추지 못한 것으로 봅니다. 공장 설비를 그대로 생산에 쓰고 있다면 임대업 매출이 없어져도 이 기준에는 걸리지 않습니다.

국세청은 임차법인의 합병을 어떻게 해석했나요?

국세청은 시멘트 제조업을 하는 법인이 그 제조시설을 임대하던 법인을 흡수합병하고, 이후 시설을 처분하지 않고 계속 사용하면서 제조업을 하는 경우 사업 계속성 요건을 충족한다고 회신했습니다(법규법인2012-445, 2012. 11. 30.).

회신은 피합병법인의 임대 수입이 없어지고 임대업을 하지 않게 되더라도, 승계한 자산을 처분하지 않고 합병법인의 사업을 위해 계속 쓰고 있다는 점을 이유로 들었습니다. 당시 판정 기준은 시행령 제80조의2 제6항에 있었고, 지금은 같은 내용이 제7항으로 옮겨졌습니다. 이 회신은 공장 시설 전체를 임대하던 사실관계를 전제로 하므로, 임대법인이 다른 임대 자산도 함께 갖고 있었다면 자산 비율을 따로 계산해야 합니다.

적격합병의 나머지 요건은 무엇인가요?

사업 계속성 외에도 사업 영위 기간, 지분 연속성, 고용 승계 요건을 모두 갖춰야 피합병법인의 양도손익이 없는 것으로 처리됩니다. 고용 승계 요건은 회신 이후인 2017. 12. 19. 개정으로 추가된 요건입니다.

• 사업 기간 - 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 사이의 합병이어야 합니다.
• 지분 연속성 - 합병대가 총합계액 중 합병법인 주식 가액이 100분의 80 이상이고, 주식이 정해진 방식으로 배정되며 지배주주가 그 사업연도 종료일까지 보유해야 합니다.
• 사업 계속성 - 승계한 사업을 그 사업연도 종료일까지 계속해야 합니다.
• 고용 승계 - 합병등기일 1개월 전 피합병법인 근로자 중 100분의 80 이상을 승계하고 그 사업연도 종료일까지 유지해야 합니다.

임대만 하던 법인은 근로자가 거의 없는 경우가 많습니다. 합병등기일 1개월 전 피합병법인의 근로계약 내국인 근로자가 5명 미만이면 고용 승계 요건을 갖추지 못해도 부득이한 사유로 보아 적격합병으로 처리할 수 있습니다.

합병 후 공장을 팔면 어떻게 되나요?

적격합병 뒤에도 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 안에 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업을 폐지한 것으로 보아 과세 혜택을 되돌립니다. 그 경우 자산조정계정 잔액과 승계받아 공제한 결손금이 익금에 들어갑니다. 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 두 법인 근로자 수 합계의 100분의 80 미만으로 떨어지는지는 2년이 아니라 3년 동안 봅니다.

공장 이전이나 설비 교체 계획이 있다면 사후관리 기간과 겹치지 않게 일정을 잡는 것이 안전합니다. 파산, 회생절차에서 법원 허가를 받은 처분, 적격분할 등에 따른 처분은 부득이한 사유로 보아 사후관리 위반에서 빠집니다.

적격합병이 부인되면 어떻게 다투나요?

세무조사에서 사업 계속성을 이유로 적격합병이 부인되면 피합병법인의 양도손익에 대한 법인세가 합병법인에 고지되므로, 세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지 후에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

다툼의 중심은 승계한 자산 목록과 자산별 사용 현황입니다. 합병 후 공장 가동 기록, 설비 사용 일지, 감가상각 내역이 자산을 사업에 계속 쓰고 있다는 증거가 됩니다. 이의신청은 선택 절차이고, 심판청구 결정에 불복하면 행정소송으로 이어집니다.

임대법인 합병 적격합병 대응 순서

• 승계 자산 목록 작성 - 피합병법인의 유형자산, 무형자산, 투자자산을 장부가액 기준으로 정리합니다. 임대 중이던 자산과 그 밖의 자산을 나눕니다.
• 요건별 점검 - 1년 사업 기간, 주식 교부 비율 100분의 80, 지배주주 보유, 근로자 승계 비율을 표로 확인합니다. 근로자가 5명 미만인지도 확인합니다.
• 합병과세특례 신청 - 피합병법인의 법인세 신고 때 합병법인과 함께 합병과세특례 신청서를 내고, 합병법인은 자산조정계정 명세서를 함께 냅니다.
• 사후관리 2년 관리 - 공장 이전, 설비 매각, 유휴화 계획을 사후관리 기간과 대조합니다. 자산 사용 기록을 남겨 둡니다.
• 조사 시 불복 준비 - 적격합병 부인 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 승계 자산의 구성과 사용 현황은 합병계약서와 자산 명세를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병 과세특례 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병 후 임대 매출이 없어지면 사업 폐지인가요?
  아니요. 사업 계속 여부는 승계한 유형자산·무형자산·투자자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않았는지로 판정합니다. 임대에 쓰던 공장을 합병법인이 직접 생산에 쓰면 사업을 계속한 것으로 봅니다.
• 임대법인 직원이 없으면 고용 승계 요건은요?
  합병등기일 1개월 전 피합병법인의 근로계약 내국인 근로자가 5명 미만이면 고용 승계 요건을 갖추지 못해도 부득이한 사유로 보아 적격합병으로 처리할 수 있습니다. 임원과 일용근로자 등은 근로자 수에서 빠집니다.
• 사업 계속성은 언제까지 지켜야 하나요?
  적격합병 요건으로는 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 지켜야 하고, 사후관리로는 그다음 사업연도 개시일부터 2년 동안 승계 자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 놀리지 않아야 합니다.
• 사후관리 기간에 공장을 팔면 무엇이 과세되나요?
  사업 폐지로 보아 자산조정계정 잔액의 총합계액과 승계받아 공제한 결손금 전액을 익금에 산입하고, 승계받아 공제한 감면·세액공제액도 추가로 냅니다. 처분 전에 사후관리 기간을 확인하십시오.
• 합병과세특례는 신청해야 적용되나요?
  네. 피합병법인은 법인세 과세표준 신고 때 합병법인과 함께 합병과세특례 신청서를 내야 하고, 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 함께 제출합니다. 신고 일정에 맞춰 서류를 준비해 두십시오.
• 적격합병이 부인되면 세금은 누가 내나요?
  피합병법인의 양도손익에 대한 법인세는 합병으로 소멸한 피합병법인의 납세의무를 승계한 합병법인에 고지됩니다. 고지 전에는 과세전적부심사를, 고지 후에는 90일 안에 심판청구를 검토할 수 있습니다.
• 공장 일부만 임대했다면 결론이 같나요?
  회신은 공장 시설 전체를 임대한 사실관계를 전제로 합니다. 임대법인이 다른 부동산이나 투자자산도 가지고 있었다면 승계 자산 전체를 기준으로 처분·미사용 비율이 2분의 1 이상인지 따로 계산해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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