취득세·보유세

임대사업자에게 포괄양도한 합산배제 임대주택, 종부세 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 합산배제를 받던 임대주택을 10년 임대의무기간 중에 다른 임대사업자에게 포괄양도하면 그동안 경감받은 종합부동산세와 이자상당가산액이 추징됩니다. 민간임대주택법상 지위 승계가 허용되어도 종합부동산세 시행령은 매매에 따른 임대기간 합산을 인정하지 않기 때문입니다. 지금은 임대 개시일과 양도일로 실제 임대기간과 추징 대상 연도부터 확인하십시오.

다른 임대사업자에게 적법하게 넘겼더라도 종합부동산세 추징은 따로 판단합니다. 임대주택을 넘기는 것이 민간임대주택법상 허용되는지와, 그동안 받은 종합부동산세 혜택이 유지되는지는 서로 다른 조문으로 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

J씨는 2020년 9월 다세대주택 4호를 사서 시청과 세무서에 장기일반민간임대주택으로 등록하고, 2021년부터 해마다 종합부동산세 합산배제를 받아 왔습니다. 2025년 6월 임대사업자 지위를 그대로 넘기는 조건이면 문제없다는 말을 듣고 다른 임대사업자에게 4호를 한꺼번에 팔았습니다. 두 달 뒤 세무서에서 2021년부터 2024년까지 경감받은 종합부동산세와 이자상당가산액을 한꺼번에 내라는 통지를 받았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대의무기간 중에 넘기면 경감세액이 추징되나요?

네, 합산배제를 받던 임대주택을 10년의 임대의무기간을 채우기 전에 다른 사람에게 넘기면, 그동안 합산배제로 경감받은 종합부동산세와 이자상당가산액이 추징됩니다. 양수인이 임대사업자 지위를 승계해도 종합부동산세법상 임대기간은 넘어가지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「종합부동산세법」은 합산배제된 임대주택이 추후 그 요건을 충족하지 않게 된 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하도록 정합니다. 2020년 이후 등록한 매입 장기일반민간임대주택의 합산배제 요건에는 10년 이상 계속 임대가 들어 있습니다.

임대기간을 합산해 주는 경우는 시행령에 정해져 있습니다. 상속으로 피상속인의 임대주택을 취득해 계속 임대하는 경우, 법인의 합병·분할·조직변경, 재건축 등으로 멸실 후 새 주택을 취득한 경우 등이고, 매매로 다른 임대사업자에게 넘긴 경우는 들어 있지 않습니다.

임대사업자에게 포괄양도한 것도 해당하나요?

네, 「민간임대주택에 관한 특별법」은 임대의무기간 중에도 신고 후 다른 임대사업자에게 임대주택을 넘길 수 있게 하고 양수인이 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하도록 정하지만, 이는 임대사업 관계를 정리하는 규정입니다. 종합부동산세에서 양도인의 임대기간은 양도일로 끝납니다.

그래서 민간임대주택법상 과태료 문제가 없는 양도라도 종합부동산세 추징은 따로 생깁니다. 양수인은 자기 명의로 새로 요건을 갖추어야 합산배제를 받을 수 있습니다.

추징되지 않는 경우는 없나요?

추징 예외는 시행령에 정해진 경우로 한정됩니다. 최소 임대의무기간이 지난 뒤 임대료 증가율 요건만 어긴 경우, 아파트 장기일반 매입임대나 단기민간임대주택이 임대의무기간 중 자진말소되거나 기간 만료로 자동말소된 경우, 재건축 등으로 멸실된 뒤 새 주택이 요건을 갖춘 경우가 대표적입니다.

• 수용·천재지변 - 협의매수나 수용, 천재지변으로 임대하지 못하게 된 주택은 정해진 기간까지 계속 임대한 것으로 봅니다.
• 공실 - 기존 임차인이 나간 날부터 다음 임차인이 들어온 날까지 2년 이내면 계속 임대한 것으로 봅니다.
• 사례의 다세대주택 - 아파트가 아닌 장기일반 매입임대여서 자진말소 예외 대상이 아닙니다.

추징세액에 붙는 이자상당가산액은 합산배제로 신고한 각 과세연도의 납부기한 다음 날부터 추징세액 고지일까지 1일 10만분의 22로 계산합니다. 여러 해 경감받았다면 오래된 연도일수록 가산액이 커집니다.

추징 통지를 받으면 무엇을 확인하나요?

추징 통지를 받으면 먼저 임대 개시일과 양도일로 실제 임대기간을 확인하고, 추징 대상 연도와 경감세액 계산이 맞는지 봅니다. 수용이나 공실 2년 이내처럼 계속 임대로 보는 사유가 있었다면 그 자료를 모읍니다.

과세예고통지 단계라면 30일 안에 과세전적부심사로 계산 오류나 예외 사유를 주장할 수 있습니다. 납부고지서를 받은 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토하고, 예외 사유가 없다면 다툼보다 계산 확인과 분할 납부 가능성을 살피는 편이 현실적입니다.

합산배제 임대주택 양도 전 대응 순서

• 의무기간 계산 - 임대 개시일과 등록일로 10년 임대의무기간이 끝나는 날을 확인합니다.
• 경감세액 집계 - 지금 팔면 추징될 연도별 경감세액과 이자상당가산액을 계산합니다.
• 예외 사유 확인 - 자진말소·자동말소 대상 유형인지, 수용 등 계속 임대로 보는 사유가 있는지 확인합니다.
• 양도 시점 결정 - 추징액과 매각 이익을 비교해 의무기간이 지난 뒤로 미룰지 정합니다.
• 통지 후 대응 - 과세예고통지를 받으면 30일 안 과세전적부심사, 납부고지서를 받으면 90일 안 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 등록 시기와 주택 유형(아파트·다세대, 단기·장기)에 따라 의무기간과 말소 예외가 다르므로 등록증과 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 등록 임대주택의 종합부동산세 합산배제·추징을 둘러싼 과세전적부심사와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 양수인이 임대기간을 이어받을 수는 없나요?
  종합부동산세 시행령은 상속, 법인의 합병·분할·조직변경, 재건축 멸실 후 새 주택 취득 등에만 임대기간 합산을 인정하고 매매는 정하지 않습니다. 양수인은 자기 명의로 임대를 시작한 날부터 새로 요건을 갖춰야 합니다.
• 임대의무기간은 언제부터 세나요?
  매입임대주택의 합산배제 임대기간은 임대사업자로서 해당 주택의 임대를 개시한 날부터 계산합니다. 등록일과 실제 임대 개시일이 다르면 임대차계약서와 임차인 전입 기록으로 실제 임대 개시일을 확인해 의무기간 종료일을 계산합니다.
• 임차인이 나가 비어 있던 기간은 어떻게 보나요?
  기존 임차인이 나간 날부터 다음 임차인이 들어온 날까지가 2년 이내라면 계속 임대한 것으로 봅니다. 2년을 넘겨 비워 두었다면 그때 요건을 어긴 것으로 볼 수 있으므로 입퇴거일을 정확히 확인합니다.
• 자진말소하면 추징되지 않나요?
  아파트를 임대하는 종전 장기일반 매입임대주택이나 단기민간임대주택을 임차인 동의를 받아 자진말소한 경우에는 추징하지 않는 예외가 있습니다. 다세대주택처럼 그 밖의 장기일반민간임대주택은 이 예외에 해당하지 않습니다.
• 이자상당가산액은 어떻게 계산하나요?
  합산배제로 신고한 각 과세연도의 납부기한 다음 날부터 추징세액 고지일까지의 기간에 1일 10만분의 22를 곱해 계산합니다. 경감받은 연도가 오래될수록 가산액이 커지므로 연도별로 나누어 계산합니다.
• 10년을 다 채운 뒤 팔면 어떻게 되나요?
  합산배제 요건인 10년 이상 계속 임대를 채운 뒤에 양도하면 그동안 경감받은 종합부동산세는 추징 대상이 아닙니다. 양도 시점을 정할 때는 임대 개시일로 의무기간 종료일을 먼저 계산하고, 잔금일을 그 뒤로 잡습니다.
• 추징 통지를 다툴 수 있나요?
  과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 실제 임대기간 계산이나 수용·공실 같은 계속 임대 간주 사유가 다툼의 중심이 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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