부가가치세

공익사업 사업인정 전에 협의로 판 건물도 부가가치세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 공익사업이라도 사업인정을 받기 전에 사업시행자와 협의해 건물을 매매하면 일반 매매로 보아 사업자가 받는 건물 대가에 부가가치세가 과세됩니다. 부가가치세법 시행령은 수용절차에서 받는 대가만 재화의 공급에서 빼기 때문입니다. 지금은 협의 계약일과 사업인정 고시일을 비교하고 건물 대가에 부가가치세가 별도인지 확인하십시오.

상가 임차인이 받는 영업손실 보상금과 시설이전비까지 세금계산서를 발급할 필요는 없습니다. 건물주의 건물 대가와 임차인의 손실보상금은 따로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 시장 옆 4층 상가 건물을 임대하는 일반과세자입니다. 2025년 시가 공영주차장을 짓기로 하면서 사업인정 절차를 밟기 전에 감정평가액을 기준으로 C씨와 토지·건물 보상 협의를 마쳤고, 1층 임차인들과는 영업손실과 시설이전비 보상 계약을 따로 맺었습니다. 건물 보상금은 약 6억원이었고, 시는 보상금을 지급한 뒤 건물을 철거할 계획이었습니다. C씨는 공익사업으로 넘기는 것이니 수용처럼 부가가치세가 없는 것인지, 임차인들은 받은 보상금에 세금계산서를 발급해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업인정 전에 협의로 건물을 팔면 부가가치세가 붙나요?

네, 공익사업이라도 사업인정을 받기 전에 사업시행자와 협의해 건물을 매매하면 수용이 아닌 일반 매매로 보아, 사업자가 받는 건물 대가에는 부가가치세가 과세됩니다. 토지 대가는 면세라서 부가가치세가 붙지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 대가를 받는 경우만 재화의 공급에서 뺍니다. 토지보상법상 사업시행자는 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 토지 등을 수용할 수 있으므로, 사업인정 전 협의 매매는 이 예외에 들어가지 않습니다.

토지와 건물을 함께 넘기면 건물 부분의 공급가액을 따로 정해야 합니다. 감정평가액으로 토지·건물 가액이 나뉘어 있으면 그 구분을 따르는 경우가 많지만, 실지거래가액 구분이 불분명하거나 안분계산 금액과 30퍼센트 이상 차이가 나면 시행령에 따라 안분합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사업시행자가 사업인정을 받기 전에 사업부지 지상 건물의 소유자와 협의해 건물을 매수하고 대가를 지급하면 그 대가에 부가가치세가 과세된다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석부가-0891, 2018. 1. 12.). 같은 회신에서 임차인에게 지급한 영업손실과 시설이전비는 과세대상이 아니라고 보았습니다.

국세청은 사업인정 전에 협의가 성립해 계약을 맺고 매매한 경우는 토지보상법상 수용절차에 따른 수용이 아니라 일반 매매절차에 따른 재화의 공급이라고 설명했습니다. 이 회신은 공모사업으로 선정된 주차장 건립 사업에서 사업인정 전에 협의 취득한 사실관계를 전제로 하므로, 협의 시점이 사업인정 뒤라면 다르게 볼 여지가 있습니다.

임차인이 받는 영업손실 보상금도 과세되나요?

아니요, 사업시행자가 건물 임차인에게 영업의 휴업·폐업에 따른 영업손실과 시설이전비를 지급하는 것은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 부가가치세 과세대상이 아닙니다. 임차인은 세금계산서를 발급하지 않습니다.

이 보상금은 휴업기간 영업이익, 고정비용, 시설 이전비용, 이전광고비 같은 손실을 메워 주는 돈입니다. 임차인이 사업시행자에게 무엇을 팔거나 일을 해 준 대가가 아니라는 점이 결론의 이유입니다. 다만 임차인이 남긴 시설물을 사업시행자에게 넘기고 따로 값을 받는다면 그 부분은 별도로 따집니다.

건물 보상금에 부가가치세를 받지 못했다면 어떻게 하나요?

사업인정 전 협의 매매로 건물 대가에 부가가치세가 과세되는데 계약서에 부가가치세 별도 약정이 없으면, 받은 금액 안에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 110분의 100을 공급가액으로 계산할 수 있습니다. 그만큼 매도인이 부담할 몫이 생깁니다.

그래서 협의 단계에서 건물 대가와 부가가치세를 나눠 적고 세금계산서 발급 시기를 정해 두어야 합니다. 이미 신고를 빠뜨렸다면 수정신고로 가산세 부담을 줄이는 방안을 먼저 검토하십시오.

사업인정 전 협의매수 부가가치세 대응 순서

• 사업인정 여부 확인 - 협의 계약일과 사업인정 고시일을 비교합니다. 고시 전 계약이면 일반 매매로 과세 여부를 판단합니다.
• 토지·건물 가액 구분 - 감정평가서로 토지와 건물 대가를 나눕니다. 건물 부분만 공급가액이 됩니다.
• 계약서 정리 - 건물 대가에 부가가치세 별도 여부를 적고 세금계산서 발급일을 정합니다. 임차인 보상금은 손실보상금으로 따로 적습니다.
• 신고·수정신고 - 누락했다면 「과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서」로 바로잡습니다. 과다 신고했다면 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 고지 대응 - 고지를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업인정 시점과 협의 경위, 보상 항목 구성에 따라 결론이 달라지므로 보상 협의서와 고시문을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익사업 보상과 관련한 부가가치세 부과처분 불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업인정 뒤에 협의로 팔면 어떻게 되나요?
  사업인정 뒤 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 대가를 받는 경우는 재화의 공급으로 보지 않습니다. 협의 시점이 사업인정 고시 뒤인지, 그 협의가 수용절차의 일부인지 고시문과 계약서로 확인하십시오.
• 토지 보상금에도 부가가치세가 붙나요?
  아닙니다. 토지의 공급은 부가가치세가 면제되므로 토지 보상금에는 부가가치세가 붙지 않습니다. 토지와 건물을 함께 넘길 때는 건물 부분의 공급가액만 따로 정해 과세하므로 감정평가서의 구분을 확인하십시오.
• 보상금에 부가세 별도 약정이 없으면요?
  받은 금액에 부가가치세가 포함됐는지 분명하지 않으면 그 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 봅니다. 결과적으로 매도인이 받은 보상금 안에서 부가가치세를 부담하게 됩니다.
• 임차인 시설이전비도 손실보상금인가요?
  네. 사업시행자가 재화나 용역의 대가관계 없이 임차인에게 영업손실과 시설이전비를 지급하면 부가가치세 과세대상이 아니라는 것이 국세청 회신입니다. 임차인은 이 보상금에 세금계산서를 발급하지 않습니다.
• 건물주가 개인 비사업자라면요?
  부가가치세는 사업자가 하는 재화의 공급에 과세하므로, 사업에 쓰지 않던 건물을 개인이 한 번 판 것이라면 과세대상이 아닐 수 있습니다. 건물을 임대하거나 사업에 써 왔는지 먼저 확인하십시오.
• 신고를 빠뜨렸다면 어떻게 하나요?
  건물 대가 부가가치세를 신고하지 않았다면 과세표준수정신고서를 내서 바로잡을 수 있습니다. 세무서의 경정 통지 전에 수정신고하면 과소신고 가산세 감면을 받을 수 있으므로 시기를 늦추지 않는 것이 좋습니다.
• 철거될 건물인데도 과세되나요?
  네. 사업인정 전 협의 매매라면 사업시행자가 넘겨받은 뒤 철거하더라도 일반 매매로 보아 건물 대가에 과세합니다. 철거 여부보다 거래가 수용절차에 따른 것인지가 기준이므로 계약일과 고시일을 비교하십시오.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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