법인세·소득세

근로자 휴가지원사업 회사 분담금, 적립할 때 원천징수하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 근로자 휴가지원사업에 참여한 회사가 낸 기업 분담금은 적립할 때가 아니라 근로자가 포인트를 실제로 쓸 때 그 사용액 중 회사 부담비율만큼을 근로소득으로 지급한 것으로 보아 원천징수합니다. 쓰지 않은 포인트에 해당하는 회사 분담금은 사업 종료 뒤 회사로 돌아오므로 적립 시점에는 근로자에게 지급됐다고 보기 어렵기 때문입니다. 지금은 근로자별 포인트 사용 내역을 받아 사용한 달의 급여에 회사 부담분을 넣었는지부터 확인해 보시기 바랍니다.

회사가 은행에 분담금을 입금한 달에 그 금액 전부를 직원 급여에 넣어 세금을 뗄 필요는 없습니다. 직원이 포인트를 쓰지 않으면 그 몫은 회사로 돌아오기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

직원 30명인 중소기업 B사는 2025년 근로자 휴가지원사업에 참여해 직원 1인당 회사 분담금 10만원을 은행 계좌에 적립했습니다. 직원 한 사람이 2025년 8월 여행 상품을 사면서 포인트 20만원을 썼고, 남은 포인트 일부는 사업 기간이 끝날 때까지 쓰지 않았습니다. 경리 담당자는 적립한 달에 1인당 10만원을 모두 급여에 넣어야 하는지, 아예 넣지 않아도 되는지 헷갈려 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

회사가 낸 휴가비 분담금도 근로소득인가요?

네, 회사가 직원 휴가 경비로 부담한 분담금은 근로를 제공하고 받는 급여와 비슷한 성질의 금품이므로 근로소득에 해당합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 명칭과 관계없이 근로 제공의 대가로 받는 급여를 근로소득으로 봅니다.

시행령도 종업원이 받는 각종 수당과 이와 비슷한 성질의 급여를 근로소득 범위에 넣고 있습니다. 비과세 항목으로 따로 정해진 것이 없으므로 회사 부담분은 과세되는 총급여에 들어갑니다.

반면 근로자가 자기 돈으로 낸 근로자 분담금과 정부 지원금은 회사가 지급한 근로소득이 아닙니다. 원천징수 대상은 회사가 부담한 몫으로 한정됩니다.

원천징수는 적립할 때 하나요, 사용할 때 하나요?

근로자가 포인트를 실제로 사용할 때 합니다. 회사가 분담금을 적립한 시점에는 그 돈 가운데 얼마가 근로자에게 돌아갈지 정해지지 않았으므로 지급된 것으로 보기 어렵습니다.

근로소득은 원천징수의무자가 매월분 급여를 지급할 때 간이세액표에 따라 원천징수합니다. 휴가지원 포인트는 사용할 때마다 적립 주체별 비율로 차감되므로, 사용한 날에 회사 부담비율 해당 금액이 근로자에게 지급된 것으로 봅니다.

따라서 직원이 사용한 달의 급여에 회사 부담분을 더해 원천징수하고, 다음 연도 2월 연말정산 때 한 해 사용분을 모두 반영하면 됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 회사가 근로자·정부와 함께 여행경비를 적립하고, 근로자가 사용기한까지 쓰지 않은 포인트의 근로자·기업 분담금은 환불받는 구조라면, 근로자가 포인트를 사용할 때 사용액 중 기업 부담비율 상당액을 근로소득으로 지급한 것으로 보아 원천징수한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0475, 2018. 7. 19.).

판단 이유는 세 가지였습니다. 퇴사자의 남은 포인트 사용 여부를 회사가 정할 수 있고, 포인트는 사용할 때 분담 비율대로 정산되며, 쓰지 않은 회사 분담금은 회사로 돌아온다는 점입니다. 이 회신은 미사용분이 회사로 환불되는 구조를 전제로 한 것이므로, 적립 즉시 근로자 몫으로 확정되는 방식이라면 판단이 달라질 수 있습니다.

직원별로 얼마를 급여에 넣어야 하나요?

B사 사례에서 1인당 적립액이 근로자 20만원, 회사 10만원, 정부 10만원이었다면 회사 부담비율은 25%입니다. 직원이 포인트 20만원을 쓴 달에는 그 25%인 5만원이 근로소득으로 지급된 것으로 봅니다.

적립한 달에 10만원 전부를 급여에 넣으면 실제 지급되지 않은 5만원까지 과세하게 됩니다. 반대로 사용한 5만원을 빠뜨리면 근로소득이 누락돼 회사에 원천징수 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다.

사업 연도마다 근로자·기업·정부의 분담 비율과 미사용분 처리 방식이 공고로 정해지므로, 계산할 때는 그 해 참여 안내문의 비율을 그대로 씁니다.

근로자 휴가지원사업 원천징수 대응 순서

• 참여 조건 확인 - 그 해 사업 안내문에서 분담 비율과 미사용 포인트 환불 방식을 확인합니다. 환불 구조가 아니라면 따로 판단합니다.
• 사용 내역 받기 - 근로자별 포인트 사용일과 사용액을 운영기관에서 받아 정리합니다.
• 월별 반영 - 사용한 달 급여에 회사 부담비율 해당액을 더해 원천징수하고 원천징수이행상황신고서에 반영합니다.
• 연말정산 대조 - 근로소득 원천징수영수증의 총급여에 한 해 사용분이 빠짐없이 들어갔는지 봅니다.
• 잘못 처리한 분 정리 - 적립액 전부를 과세했다면 경정청구를, 사용분을 빠뜨렸다면 수정 지급명세서 제출과 추가 납부를 검토합니다. 세무조사 결과통지를 받았으면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 퇴사자 미사용분 처리나 회사가 근로자 분담금까지 대신 낸 경우는 운영 약정과 급여대장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 근로소득 원천징수 처분을 둘러싼 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 근로자가 낸 분담금도 근로소득에 넣나요?
  넣지 않습니다. 근로자가 자기 급여에서 낸 근로자 분담금은 회사가 지급한 돈이 아니고, 정부 지원금도 회사가 주는 근로소득이 아닙니다. 회사가 원천징수할 대상은 회사가 부담한 기업 분담금 가운데 근로자가 실제로 사용한 몫입니다.
• 쓰지 않은 포인트는 어떻게 처리하나요?
  회신이 전제로 한 구조에서는 사용기한까지 쓰지 않은 포인트 중 회사 분담금 해당액이 회사로 환불됩니다. 근로자에게 지급되지 않은 돈이므로 근로소득으로 과세하지 않습니다. 환불 방식은 해당 연도 사업 안내문으로 확인해야 합니다.
• 적립한 달에 전액 원천징수했는데 문제가 되나요?
  실제로 쓰지 않은 회사 분담금까지 과세한 셈이므로 근로자의 세금이 많이 계산됐을 수 있습니다. 지급명세서를 기한 안에 냈다면 원천징수세액 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 회사나 근로자가 경정청구를 할 수 있습니다.
• 사용분을 연말정산에서 빠뜨렸다면 어떻게 하나요?
  회사가 지급명세서를 수정해 다시 내고 덜 뗀 세액을 추가로 납부하는 방법을 검토합니다. 고지 전에 내면 원천징수 납부지연가산세 가운데 이자 부분이 줄어듭니다. 근로자는 5월 종합소득세 신고로 정산할 수도 있습니다.
• 퇴사한 직원이 남은 포인트를 쓰면요?
  퇴사자의 남은 포인트를 계속 쓰게 할지는 회사가 정할 수 있습니다. 퇴사 뒤 사용을 허용해 회사 분담금이 쓰였다면 그 사용 시점에 퇴사자에게 근로소득이 지급된 것으로 볼 여지가 있어, 사용일과 금액을 따로 기록해 두어야 합니다.
• 회사 분담금은 비과세 복리후생비가 아닌가요?
  비과세 근로소득은 법령에 하나씩 정해진 것만 해당합니다. 휴가지원 분담금은 그 목록에 따로 들어 있지 않으므로 근로자가 사용한 회사 부담분은 과세되는 총급여에 포함됩니다. 식대처럼 비과세 한도가 있는 항목과 섞어 처리하지 않아야 합니다.
• 세무조사에서 누락이 지적되면 다툴 수 있나요?
  세무조사 결과통지를 받았다면 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 적립액이 아닌 실제 사용액만 근로소득이라는 점을 사용 내역과 환불 내역으로 보여 주면 과세 금액을 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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