법인세·소득세

휴면회사로 해산 간주된 회사 주식, 등기가 폐쇄되면 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 휴면회사로 해산 간주된 발행회사가 청산종결 간주 등기로 법인등기부가 폐쇄되고 나눠 받을 잔여재산이 없다는 것이 확인되면 그때 주식 가액을 손금에 산입합니다. 국세청은 부도 사실을 따로 입증할 필요는 없지만 등기 폐쇄만으로 바로 손금이 되지는 않는다고 보았습니다. 폐쇄등기부와 남은 재산이 있는지부터 확인하십시오.

발행회사가 부도가 났다거나 폐업했다는 사실을 따로 입증할 필요는 없습니다. 청산종결 간주 등기로 등기부가 폐쇄됐고 나눠 받을 잔여재산이 없다는 점을 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

K사는 2015년 거래처였던 비상장회사 L사 주식을 8천만원에 인수했습니다. L사는 2017년 폐업 신고를 한 뒤 등기를 정리하지 않았고, 법원 공고 절차를 거쳐 2022년 12월 휴면회사로 해산 간주됐으며 2025년 12월 청산종결 간주로 등기부가 폐쇄됐습니다. K사는 8천만원을 언제 손금으로 넣을 수 있는지, 부도 사실을 따로 증명해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

휴면회사 주식은 언제 손금으로 넣을 수 있나요?

휴면회사로 해산 간주된 뒤 청산종결 간주 등기로 법인등기부가 폐쇄되고, 주주에게 나눠 줄 잔여재산이 없다는 것이 확인되는 때 그 주식 가액을 손금에 산입합니다. 해산 간주만 된 단계에서는 회사를 계속할 수 있으므로 아직 손금으로 넣을 수 없습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「상법」은 최후 등기 후 5년이 지난 회사에 법원행정처장이 영업을 폐지하지 않았다는 신고를 하라고 관보로 공고하고, 공고일부터 2개월 안에 신고하지 않으면 해산한 것으로 봅니다. 해산 간주된 회사는 3년 안에 회사를 계속할 수 있고, 그러지 않으면 3년이 지난 때 청산이 종결된 것으로 봅니다.

국세청은 청산종결 간주된 회사 주식을 어떻게 해석했나요?

국세청은 내국법인이 보유한 주식의 발행법인이 상법 제520조의2에 따라 해산 및 청산종결 등기된 경우, 법원의 청산종결 등기로 법인등기부가 폐쇄되고 배분 가능한 잔여재산이 없음이 확인되는 때 그 주식가액을 손금에 산입한다고 회신했습니다(법규법인2011-35, 2011. 3. 18.).

질의 법인은 발행법인의 부도 폐업 사실을 입증해야 손금에 넣을 수 있는지를 물었습니다. 국세청은 부도 여부와 관계없이 판단한다고 보면서도, 등기 폐쇄 사실만으로 즉시 손금에 넣을 수는 없고 분배할 잔여재산이 없는 경우에 한해 손금에 산입할 수 있다고 했습니다. 회신은 질의 사실관계를 전제로 하므로, 발행회사에 남은 재산이 확인되면 결론이 달라질 수 있습니다.

해산 간주 전에 주식을 감액할 방법은 없나요?

발행회사가 부도·회생계획인가·부실징후기업 지정·파산에 해당하면 청산종결 전이라도 사업연도 종료일 현재 시가로 장부가액을 감액해 손금에 넣을 수 있습니다. 다만 비상장회사 주식은 발행회사와 특수관계가 없어야 부도 등 사유로 감액할 수 있고, 특수관계가 있으면 파산한 경우만 해당합니다.

• 부도 발생 - 주권상장법인 주식, 벤처투자회사 등이 보유한 창업자 주식, 특수관계 없는 비상장법인 주식
• 회생계획인가·부실징후기업 - 위와 같은 범위의 주식
• 파산 - 특수관계 여부와 관계없이 보유 주식 전부

휴면 상태로 방치된 회사는 대부분 부도나 파산 절차 없이 사업만 멈춘 경우라 이 감액 사유에 해당하지 않는 경우가 많습니다. 그래서 실무에서는 청산종결 간주 등기를 기다려 손금 시기를 잡게 됩니다. 그 사이 회계상 손상차손을 잡았다면 세무상으로는 손금불산입해 두었다가 손금 시기에 다시 반영합니다. 감액은 결산에서 손비로 계상해야 인정되며, 발행법인별 보유주식 총액을 시가로 평가한 가액이 1천원 이하이면 1천원으로 합니다.

휴면회사 주식 손금 대응 순서

• 등기 확인 - 발행회사 법인등기부(폐쇄등기부 포함)를 떼어 해산 간주일과 청산종결 간주일을 확인합니다.
• 잔여재산 확인 - 발행회사 명의의 부동산·예금 등 남은 재산이 없는지 확인할 자료를 모읍니다. 폐업 사실증명, 최종 재무제표, 대표자 확인서 등이 쓰일 수 있습니다.
• 손금 반영 - 등기 폐쇄와 잔여재산 없음이 확인된 사업연도 신고 때 주식 장부가액을 손금으로 반영하고 자본금과 적립금조정명세서를 정리합니다.
• 경정청구 - 그 사업연도에 손금을 빠뜨렸다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 불복 - 세무서가 손금 시기를 달리 보아 부인하면 과세예고통지 30일 안에 과세전적부심사, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발행회사에 남은 재산이 있는지와 회사 계속 결의가 있었는지는 폐쇄등기부와 재산 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 비상장주식 손실과 관련한 법인세 경정청구와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해산 간주된 해에 바로 손금으로 넣을 수 있나요?
  아니요, 해산 간주된 회사는 그 뒤 3년 안에 주주총회 특별결의로 회사를 계속할 수 있어 주주 권리가 아직 남아 있습니다. 3년이 지나 청산종결 간주로 등기부가 폐쇄되고 잔여재산이 없다는 것이 확인된 때 손금을 검토합니다.
• 휴면회사 해산 간주는 어떻게 진행되나요?
  최후 등기 후 5년이 지난 회사에 법원행정처장이 영업을 폐지하지 않았다는 신고를 하라고 관보로 공고하고, 공고일부터 2개월 안에 신고하지 않으면 그 신고기간이 끝난 때 해산한 것으로 봅니다.
• 부도 사실을 증명해야 하나요?
  국세청은 청산종결 간주 등기된 회사 주식은 부도 폐업 여부와 관계없이 등기부 폐쇄와 잔여재산 없음이 확인되는 때 손금에 산입한다고 보았습니다. 부도 증명 대신 폐쇄등기부와 재산 자료를 준비합니다.
• 발행회사와 특수관계가 있으면 다른가요?
  부도·회생계획인가·부실징후기업 사유로 주식을 시가 감액하는 특례는 비상장회사라면 특수관계가 없는 경우에만 쓸 수 있습니다. 특수관계가 있으면 파산한 경우에만 감액할 수 있고, 그 밖에는 청산종결과 잔여재산 확인을 기다립니다.
• 회사에 재산이 조금 남아 있다면요?
  분배할 잔여재산이 있다면 등기부가 폐쇄됐다는 사정만으로 주식 가액을 손금에 넣을 수 없다는 것이 국세청 해석입니다. 잔여재산을 분배받는 절차를 거쳐 받은 금액과 장부가액의 차이를 손익으로 정리합니다.
• 등기 폐쇄를 늦게 알았어요.
  손금 사업연도를 놓쳤다면 그 사업연도 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 폐쇄등기부와 잔여재산이 없다는 자료를 경정청구서에 붙여 그 연도 손금 반영을 요청합니다.
• 장부에서 미리 감액해 두면 안 되나요?
  법령에서 정한 감액 사유 없이 주식 장부가액을 줄이면 세법상 평가로 보아 인정하지 않습니다. 회계상 손상차손을 잡았더라도 세무상으로는 손금불산입하고 청산종결 등 손금 시기에 다시 반영합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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