세금

일본 거주 대주주가 한국 비상장주식을 팔면 한국에서 과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

일본 거주자가 한국 비상장주식을 팔아도 한국은 두 요건을 모두 채울 때만 과세합니다. 특수관계인과 합쳐 25% 이상을 가졌고, 그 해에 합계 5% 이상을 팔아야 합니다. 하나라도 못 미치면 한국 세금은 없습니다. 다만 매수인의 원천징수를 피하려면 비과세·면제신청서를 내야 합니다.

일본 거주자가 한국 비상장주식을 팔아도 한국은 두 요건을 모두 채울 때만 과세합니다. 특수관계인과 합쳐 25% 이상을 가졌고, 그 해에 합계 5% 이상을 팔아야 합니다. 하나라도 못 미치면 한국 세금은 없습니다. 다만 매수인의 원천징수를 피하려면 비과세·면제신청서를 내야 합니다.

한국 세법만 보면 비상장주식 양도는 과세되나요?

네, 한국 세법만 보면 지분율과 관계없이 과세 대상입니다. 비거주자가 내국법인 주식을 팔아 얻은 소득은 국내원천 유가증권양도소득입니다. 상장주식을 증권시장에서 팔면서 5년간 계속 25% 미만을 가진 경우만 빠집니다. 비상장주식에는 이 예외가 없습니다.

한국에 사업장이 없는 일본 거주자라면 이 소득은 분리과세됩니다. 매수인이 대금을 줄 때 원천징수하는 방식입니다. 세액은 양도가액의 10%입니다. 취득가액과 양도비용이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액으로 합니다.

예를 들어 10억원에 사서 12억원에 팔았다면 양도가액 10%는 1억 2,000만원입니다. 양도차익 2억원의 20%는 4,000만원입니다. 취득가액을 입증하면 4,000만원이 원천징수 세액이 됩니다. 취득 당시 계약서와 송금 기록을 남겨 두어야 하는 이유입니다. 이 계산은 조약상 한국 과세가 가능한 경우에만 의미가 있습니다.

한·일 조세조약의 25%와 5%는 어떻게 따지나요?

조약은 두 기준을 모두 채울 때만 한국 과세를 허용합니다. 첫째, 양도한 과세연도 중 어느 때라도 특수관계인 지분과 합쳐 25% 이상을 가졌어야 합니다. 둘째, 그 과세연도에 본인과 특수관계인이 판 주식이 합계 5% 이상이어야 합니다. 둘 중 하나라도 못 미치면 양도소득은 일본에서만 과세됩니다.

판단 단위는 한 번의 거래가 아니라 과세연도입니다. 30%를 가진 주주가 3월에 3%, 9월에 3%를 팔았다면 합계 6%가 됩니다. 이때 두 번째 거래로 5% 기준을 넘게 됩니다. 가족이 같은 해에 판 지분도 합산 대상이 될 수 있습니다.

특수관계인의 범위는 조약에 따로 정의가 없습니다. 조약에 정의 없는 용어는 한국 세법의 의미를 따릅니다. 그래서 배우자, 자녀, 지배하는 법인의 지분까지 따져 봐야 합니다. 일본에 사는 가족과 한국에 사는 가족의 지분도 함께 셀 수 있습니다.

나눠 팔다가 기준을 넘으면 어떻게 신고하나요?

양도일이 속하는 사업연도 종료일부터 3개월 안에 직접 신고·납부해야 합니다. 첫 거래 때는 비과세로 처리됐어도 기준을 넘는 순간 그 해 양도 전체가 과세 범위에 들어옵니다. 원천징수되지 않은 소득에 대한 세액 상당액을 납세지 관할 세무서장에게 냅니다.

여기서 사업연도는 주식을 발행한 한국 법인의 사업연도입니다. 12월 결산 법인이라면 다음 해 3월 말일이 기한입니다. 신고하지 않으면 세무서장이 원천징수 미납과 같은 방식으로 징수합니다.

매수인이 일본 거주자이거나 외국법인이라면 원천징수가 이뤄지지 않을 수 있습니다. 이 경우에도 파는 쪽이 대금을 받은 달의 다음다음 달 10일까지 신고·납부해야 합니다.

신고를 빠뜨려도 부과제척기간이 남아 있는 한 나중에 과세될 수 있습니다. 세액이 크면 양도 직후 바로 계산해 두는 편이 안전합니다.

비과세를 받으려면 매수인에게 무엇을 내야 하나요?

대금을 받기 전에 비과세·면제신청서와 실질귀속자 증명서류를 매수인에게 내야 합니다. 일본 거주자임을 보여 주는 거주자증명서가 대표적인 증명서류입니다. 매수인은 받은 서류를 관할 세무서장에게 제출합니다.

서류를 내지 않으면 매수인은 조약을 적용하지 않고 원천징수해야 합니다. 서류에 빠진 부분이 있으면 매수인이 보완을 요구할 수 있습니다. 실질귀속자를 확인할 수 없을 때도 원천징수가 원칙입니다.

세무서장이 검토해 요건을 갖추지 못했다고 보면 매수인에게서 세액을 징수합니다. 그래서 매수인은 지분율 자료까지 요구하는 경우가 많습니다. 주주명부와 가족 지분 내역을 미리 정리해 두면 협상이 수월합니다.

이미 원천징수됐다면 다음 달 11일부터 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 청구는 본인이나 매수인이 매수인 관할 세무서장에게 합니다.

일본 거주 주주의 비상장주식 양도 대응 순서

• 지분율 계산 - 그 과세연도 중 가장 높은 보유비율을 특수관계인 지분과 합쳐 계산합니다.
• 양도 계획 점검 - 같은 해 본인과 가족이 팔 지분이 5%에 이르는지 확인합니다.
• 부동산 비중 확인 - 회사 자산 중 부동산이 50% 이상이면 별도 조항을 따로 검토합니다.
• 신청서 제출 - 비과세 요건이면 대금 지급 전에 매수인에게 비과세·면제신청서와 증명서류를 냅니다.
• 사후 신고 - 나눠 팔아 기준을 넘었으면 사업연도 종료일부터 3개월 안에 신고·납부합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 특수관계인 지분 합산 범위와 같은 해의 양도 일정에 따라 한국 과세 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비거주자 주주의 지분 양도 구조 검토와 조세조약 적용 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 한국에서 세금을 내면 일본 세금은 줄어드나요?
  네, 조약에 따라 한국에서 낸 세금은 일본 세금에서 세액공제를 받을 수 있습니다. 공제 한도는 그 소득에 대한 일본 세액입니다. 구체적인 공제 방법은 일본 세법을 따릅니다.
• 회사 자산 대부분이 부동산이면 25% 기준이 그대로 적용되나요?
  아니요, 회사 재산이 주로 한국 부동산이면 지분율과 관계없이 한국이 과세할 수 있습니다. 한국 세법은 부동산 비중 50% 이상 비상장법인 주식을 부동산과 같이 분류과세합니다.
• 일본 국적이 아닌 재일교포도 같은 기준인가요?
  네, 조약 적용은 국적이 아니라 거주지로 정합니다. 한국 국적자라도 일본 거주자로 판정되면 같은 기준이 적용됩니다. 한국 거주자로 판정되면 국내 대주주 양도소득세 규정을 따릅니다.
• 비과세 요건인데 매수인이 20%를 떼었다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 원천징수된 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 실질귀속자인 본인이나 매수인이 매수인 관할 세무서장에게 청구합니다.
• 특수관계인이 일본 법인이면 그 지분도 합치나요?
  조약에 정의가 없어 한국 세법상 특수관계 범위를 따릅니다. 본인이 지배하는 법인이면 합산될 수 있습니다. 법인 지배 관계를 지분과 임원 구성으로 확인하십시오.
• 증권거래세도 내야 하나요?
  증권거래세는 조약 대상 세목이 아니어서 조약으로 면제되지 않습니다. 국내사업장이 없는 일본 거주자가 증권회사를 거치지 않고 팔면 양수인이 증권거래세 납세의무자가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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