세금

일본 거주자에게서 비상장주식을 사면 매수인이 세금을 떼야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 일본 거주자에게 한국 비상장주식 대금을 주는 매수인은 개인이든 법인이든 원천징수의무자입니다. 양도가액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액을 떼어 다음 달 10일까지 납부합니다. 매도인이 조약상 비과세 요건을 갖춰 신청서를 내면 떼지 않아도 됩니다.

네, 일본 거주자에게 한국 비상장주식 대금을 주는 매수인은 개인이든 법인이든 원천징수의무자입니다. 양도가액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액을 떼어 다음 달 10일까지 납부합니다. 매도인이 조약상 비과세 요건을 갖춰 신청서를 내면 떼지 않아도 됩니다.

개인 매수인도 원천징수를 해야 하나요?

네, 비거주자에게 국내원천 유가증권양도소득을 지급하는 자는 신분과 관계없이 원천징수의무자입니다. 개인 투자자나 회사 대표가 지분을 사들일 때도 마찬가지입니다. 증권회사가 중개하면 그 증권회사가 원천징수합니다.

예외는 국내원천 부동산등양도소득입니다. 이 소득을 지급하는 거주자와 비거주자는 원천징수의무에서 빠집니다. 회사 자산 중 토지·건물 비중이 50% 이상인 비상장법인 주식이 여기에 해당합니다. 이 경우 개인 매수인은 떼지 않고, 법인 매수인만 원천징수합니다.

그래서 거래 전에 대상 회사의 자산 구성을 먼저 확인해야 합니다. 비중 판단은 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 자산총액을 기준으로 합니다. 회사가 가진 다른 부동산 과다 법인 주식도 비율에 따라 부동산 가액에 더합니다. 최근 재무제표만 보고 판단하면 기준 시점이 어긋날 수 있습니다. 자산 구성 자료는 매도인보다 대상 회사에서 직접 받는 편이 정확합니다.

얼마를 떼야 하나요?

양도가액의 10%가 원칙입니다. 매도인의 취득가액과 양도비용이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액을 뗍니다. 매도인에게서 취득 계약서와 대금 지급 자료를 받아 두면 세액이 줄어들 수 있습니다.

예를 들어 5억원에 산 주식을 6억원에 산다면 양도가액 10%는 6,000만원입니다. 양도차익 1억원의 20%는 2,000만원입니다. 취득가액이 확인되면 2,000만원을 떼고 5억 8,000만원을 지급합니다.

매도인과 매수인이 특수관계에 있는 비거주자끼리라면 따로 봐야 합니다. 거래가격이 정상가격에 못 미치면 정상가격을 수입금액으로 계산합니다. 매수인이 거주자라면 이 특례 대신 다른 세법 규정이 문제 될 수 있습니다.

세액을 줄이려고 취득가액을 부풀린 자료를 받으면 매수인도 책임에서 자유롭지 않습니다. 자료는 원본 계약서와 은행 송금 기록처럼 객관적인 것으로 받아야 합니다.

매도인이 조약상 비과세라고 하면 그대로 줘도 되나요?

아니요, 비과세·면제신청서와 실질귀속자 증명서류를 받은 경우에만 떼지 않을 수 있습니다. 한·일 조세조약은 25% 이상 보유자가 그 해 5% 이상을 팔 때만 한국 과세를 허용합니다. 매도인의 말만 듣고 지급하면 그 판단 책임은 매수인에게 남습니다.

받은 서류는 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 세무서장이 검토해 요건이 맞지 않다고 보면 매수인에게서 세액을 징수합니다. 서류가 미비하면 보완을 요구할 수 있고, 끝내 받지 못하면 원천징수해야 합니다.

특히 매도인의 가족이 같은 해에 지분을 팔았는지 확인하기 어렵습니다. 매도인에게서 특수관계인 지분과 양도 내역에 관한 확인서를 받아 두는 방법이 쓰입니다. 일본 거주자증명서는 일본 세무서가 발급하는 서류로 받습니다. 발급일이 거래일과 너무 떨어져 있으면 다시 받아 두는 편이 안전합니다.

원천징수를 빠뜨리면 매수인은 어떻게 되나요?

세무서장은 떼었어야 할 세액에 가산세를 더해 매수인에게서 징수합니다. 가산세는 미납세액의 3%와 기간에 따른 이자 상당액을 합한 금액입니다. 이 두 금액의 합계는 미납세액의 10%가 한도입니다. 납부고지 뒤에도 내지 않으면 지정납부기한 다음 날부터 가산세가 더 붙습니다. 늦게 발견할수록 매수인이 부담할 금액이 커집니다.

매도인이 이미 그 소득을 신고·납부했다면 매수인에게는 가산세만 부과됩니다. 이 구조는 「원천징수를 빠뜨렸는데 이자를 받은 법인이 세금을 냈다면 가산세가 멈추나요?」에서 다룬 원리와 같습니다.

매수인이 세금을 대신 낸 뒤에는 매도인에게 구상할 수 있습니다. 대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결은 원천징수 없이 세액을 납부한 원천징수의무자의 구상권을 인정했습니다. 다만 매도인이 일본에 있어 실제 회수는 어렵습니다. 결국 계약 단계에서 세금 부담을 정해 두는 것이 가장 확실한 대비입니다.

일본 거주자 주식 매수 시 원천징수 대응 순서

• 자산 구성 확인 - 대상 회사의 부동산 비중이 50% 이상인지 먼저 봅니다.
• 매도인 거주지 확인 - 일본 거주자증명서로 조약 적용 대상인지 확인합니다.
• 비과세 서류 수령 - 비과세 요건이면 지급 전에 신청서와 확인서를 받습니다.
• 세액 계산과 납부 - 취득가액 자료를 받아 세액을 정하고 다음 달 10일까지 납부합니다.
• 영수증 발급 - 매도인에게 원천징수영수증을 발급합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대상 회사의 부동산 비중과 매도인 측 지분 구조에 따라 원천징수 여부와 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 비거주자 지분 인수 거래의 원천징수 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원천징수한 세금은 누구 이름으로 내나요?
  매도인의 소득세를 매수인이 원천징수의무자로서 납부합니다. 매수인 납세지 관할 세무서에 내고, 매도인에게는 원천징수영수증을 발급해 줍니다. 매도인은 이 영수증으로 일본에서 세액공제를 받습니다.
• 매도인이 한국에 사업장을 두고 있으면 달라지나요?
  주식이 그 국내사업장과 실질적으로 관련되면 이 원천징수 특례 대상에서 빠집니다. 이때는 국내사업장 소득으로 신고하는 방식이 됩니다. 관련성은 주식 취득 경위와 사업 내용으로 판단합니다.
• 대금을 여러 번 나눠 주면 원천징수도 나눠 하나요?
  네, 원천징수는 대금을 지급할 때마다 그 금액에 대해 합니다. 계약금과 잔금을 나눠 주면 각 지급 시점마다 세액을 계산해 다음 달 10일까지 납부합니다.
• 매도인이 일본 법인이면 소득세법이 적용되나요?
  아니요, 매도인이 외국법인이면 법인세법의 외국법인 원천징수 규정이 적용됩니다. 세율과 계산 방식은 비슷하지만 근거 조문이 다르므로 따로 확인하십시오.
• 비과세 신청서를 받았는데 나중에 요건이 틀렸다면요?
  세무서장은 요건이 맞지 않으면 매수인에게서 세액을 징수합니다. 매수인은 매도인과의 계약상 보상 조항이나 구상권으로 손실을 회복해야 합니다. 그래서 신청서와 함께 확인서를 받아 둡니다.
• 매도인이 원천징수 세액을 돌려받을 수 있나요?
  네, 조약상 비과세였다면 원천징수된 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 청구는 매도인이나 매수인이 매수인 관할 세무서장에게 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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