세금

일본 모회사 배당에 15% 세율로 원천징수 차액이 고지되면 어떻게 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

배당 대상 사업연도 말 직전 6개월 동안 의결권 주식 25% 이상을 가졌다면 5% 세율로 다툴 수 있습니다. 대법원은 이 기간을 배당결의일이 속한 사업연도가 아닌 배당 대상 사업연도로 보고 세무서장의 상고를 기각했습니다. 배당을 받은 뒤 주식을 팔았다는 사정만으로는 5% 세율을 잃지 않는다고 볼 수 있습니다.

배당 대상 사업연도 말 직전 6개월 동안 의결권 주식 25% 이상을 가졌다면 5% 세율로 다툴 수 있습니다. 대법원은 이 기간을 배당결의일이 속한 사업연도가 아닌 배당 대상 사업연도로 보고 세무서장의 상고를 기각했습니다. 배당을 받은 뒤 주식을 팔았다는 사정만으로는 5% 세율을 잃지 않는다고 볼 수 있습니다.

세무서가 배당결의한 해를 기준으로 고지했다면 대법원 판결로 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 대법원은 한·일 조세조약의 「이윤배분이 발생한 회계기간」을 배당의 대상이 되는 회계기간으로 보았습니다. 조약은 그 회계기간 종료 직전 6월 동안 의결권 주식을 적어도 25퍼센트 소유한 일본 법인을 정합니다. 이 법인이 받는 배당에는 배당총액의 5퍼센트를 넘겨 과세하지 못합니다.

대법원 2021. 7. 21. 선고 2018두54408 판결 사안을 보겠습니다. 일본 법인은 2006년경부터 원고 회사의 의결권 주식 30%를 가졌습니다. 원고는 2014. 3. 20. 결의에 따라 2014. 3. 24. 2013 사업연도 배당금을 주며 5%로 원천징수했습니다. 일본 법인은 2014. 12. 22. 주식을 모두 팔았습니다. 세무서장은 결의일이 속한 2014 사업연도 하반기에 25%를 갖지 않았다며 15%와의 차액을 고지했습니다. 원심은 처분이 위법하다고 판단했고, 대법원은 이를 정당하다고 보아 세무서장의 상고를 기각했습니다. 납세자가 이긴 사건입니다.

대법원은 이익배당이 직전 회계기간의 재무상태에 대한 것이라는 점을 들었습니다. 6개월 요건은 배당 직전 지분을 잠시 늘리는 남용을 막기 위한 것이어서, 배당 뒤까지 보유를 강제할 이유가 없다고 했습니다. 지급 시점에 원천징수세율이 정해져야 한다는 점도 근거였습니다. 이 판결이 판단한 것은 보유 기간의 기준뿐입니다. 보유 기간 계산 예시는 「일본 모회사 배당 5% 세율, 결의한 해 기준으로 6개월 보유를 보나요?」에서 설명했습니다.

지분 25%와 6개월은 어떤 자료로 증명하나요?

배당 대상 사업연도 종료 직전 6개월 동안 의결권 주식 25% 이상을 계속 가졌다는 자료가 필요합니다. 12월 결산 법인이 2025 사업연도 이익을 배당했다면 2025. 7. 1.부터 2025. 12. 31.까지가 그 기간입니다. 그 기간의 주주명부, 주식 양수도 계약서, 발행주식 중 의결권 주식 수를 갖춰 두어야 합니다.

배당을 받는 쪽은 25%를 소유한 법인이어야 하고 개인 주주는 15% 한도가 적용됩니다. 소유에는 중간 법인을 거친 간접 소유도 들어갈 수 있습니다. 대법원 2013. 5. 24. 선고 2012두24573 판결은 이 점에 관한 원심 판단을 수긍했습니다. 조약이 직접 소유를 명시하지 않았으니 직접 소유로 좁힐 수 없다는 판단입니다. 중간 법인은 형식적 귀속자이고 일본 법인이 실질귀속자로 인정된 사안이었습니다. 간접 소유 구조는 「일본 법인이 중간 회사를 거쳐 한국 법인을 가져도 배당 5% 세율을 받나요?」에서 다뤘습니다. 2018두54408은 정기주주총회의 결산배당 사안입니다. 중간배당이라면 어느 사업연도 이익을 나누는지 결의 내용부터 정리해야 합니다.

일본 모회사가 수익적 소유자라는 점도 다툼이 되나요?

다툼이 될 수 있습니다. 5% 세율은 배당의 수익적 소유자가 일본 거주자인 법인일 때 적용되기 때문입니다. 대법원은 수익적 소유자를 받은 배당을 타인에게 다시 넘길 법적·계약상 의무 없이 사용·수익권을 갖는 자로 봅니다. 사업활동의 내용과 현황, 소득의 실제 사용과 운용 내역을 종합해 판단합니다.

대법원 2019. 12. 24. 선고 2016두30132 판결은 한·독 조세조약 사건입니다. 독일 운용회사가 펀드 투자자금으로 국내 법인 주식 전부를 사서 배당을 받았습니다. 세무서는 펀드를 수익적 소유자로 보아 15%를 적용했습니다. 대법원은 운용회사가 배당을 이전할 의무 없이 사용·수익권을 가졌다고 보아 세무서장의 상고를 기각했습니다. 일본 모회사도 이사회 의사록, 배당금 사용 내역, 일본에서의 납세 자료로 실체를 보여야 합니다. 중간 법인 구조가 부인된 경우는 「해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?」에서 설명했습니다.

제한세율 적용신청서를 받지 않고 5%로 뗐다면 문제가 되나요?

문제가 될 수 있습니다. 법인세법은 실질귀속자인 외국법인이 제한세율 적용신청서와 실질귀속자 증명 서류를 원천징수의무자에게 내도록 합니다. 신청서는 배당을 받기 전까지 내야 합니다. 받지 못했다면 원천징수의무자는 제한세율이 아닌 국내 세율 20%로 원천징수해야 합니다.

20%로 원천징수한 뒤에도 바로잡을 길이 있습니다. 실질귀속자나 원천징수의무자는 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 경정을 청구할 수 있습니다. 신청서는 제출일부터 3년 안에는 다시 내지 않아도 되지만, 내용이 바뀌면 다시 받아야 합니다. 원천징수의무자는 관련 서류를 납부기한 다음 날부터 5년간 보관해야 합니다. 이 서류들이 지분 요건과 수익적 소유자를 함께 증명하는 기본 자료가 됩니다.

일본 모회사 배당 원천징수 대응 순서

• 처분 내용 확인 - 납부고지서와 세무조사 결과 통지서에서 세무서가 어느 사업연도를 기준으로 지분 요건을 봤는지 확인합니다.
• 보유 기간 자료 - 배당 대상 사업연도 종료 직전 6개월의 주주명부, 주식 양수도 계약서, 의결권 주식 수를 모읍니다.
• 배당 결의 자료 - 주주총회 의사록과 재무제표로 어느 사업연도 이익을 배당했는지 정리합니다.
• 수익적 소유자 자료 - 제한세율 적용신청서, 실질귀속자 증명 서류, 일본 모회사의 이사회 자료와 배당금 사용 내역을 갖춥니다.
• 기한 내 불복 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 배당 대상 사업연도와 그 기간의 지분율, 수익적 소유자 여부에 따라 적용 세율이 달라집니다. 법무법인 윤성은 외국 모회사 배당 원천징수 처분의 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 한·일 조세조약상 배당 세율은 얼마인가요?
  요건을 갖춘 일본 법인 주주는 배당총액의 5%, 그 밖의 경우는 15%가 한도입니다. 법인세법상 외국법인 배당 원천징수세율은 20%이고, 조약 한도를 넘는 부분은 과세할 수 없습니다.
• 일본에 사는 개인 주주에게 준 배당은 몇 %로 떼나요?
  5% 세율은 25%를 소유한 법인 주주에게만 적용되므로 개인 주주는 15% 한도가 적용됩니다. 이때도 그 개인이 배당의 수익적 소유자인 일본 거주자여야 하고, 제한세율 적용신청서를 받아 두어야 합니다.
• 제한세율 경정청구는 누가 어디에 하나요?
  배당을 받은 실질귀속자나 원천징수한 회사가 할 수 있습니다. 청구는 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 합니다. 기한은 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년입니다.
• 고지된 원천징수 차액에 가산세도 붙나요?
  붙습니다. 원천징수의무자가 덜 납부한 세액에는 원천징수 등 납부지연가산세가 더해집니다. 미납세액의 3%와 납부고지일 전날까지의 이자 상당액을 더하며, 이 둘의 합계는 미납세액의 10%가 한도입니다.
• 일본 모회사가 직접 상호합의를 신청할 수도 있나요?
  할 수 있습니다. 한·일 조세조약은 조약에 맞지 않는 과세를 받은 자가 거주지국의 권한 있는 당국에 사안을 제기하도록 합니다. 조치를 처음 통보받은 날부터 3년 안에 제기해야 합니다.
• 배당 재원이 된 사업연도 중간에 지분을 샀다면 5%를 받을 수 있나요?
  그 사업연도 종료 직전 6개월 동안 25% 이상을 계속 소유했다면 따져 볼 수 있습니다. 12월 결산 법인이면 늦어도 7월 1일부터 25% 이상을 갖고 있어야 합니다. 6개월 요건은 배당 직전 지분을 잠시 늘리는 남용을 막는 취지입니다.
• 원천징수 관련 서류는 얼마 동안 보관해야 하나요?
  원천징수의무자는 제한세율 적용신청서 등 관련 자료를 원천징수세액 납부기한 다음 날부터 5년간 보관해야 합니다. 관할 세무서장이 제출을 요구하면 내야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 일본 모회사 배당 5% 세율, 결의한 해 기준으로 6개월 보유를 보나요?
• 일본 법인이 중간 회사를 거쳐 한국 법인을 가져도 배당 5% 세율을 받나요?
• 해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?
• 외국 모회사에 배당할 때 조세조약 제한세율은 감면 뒤 금액에 곱하나요?
• 배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 있는 줄 몰랐어도 원천징수 책임을 지나요?
• 원천징수로 낸 세금의 경정청구가 거부되면, 소송에서 누가 무엇을 증명하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기