양도소득세

임대주택을 두고 살던 집부터 팔면 비과세되고 임대주택은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 임대주택이 등록 요건을 지키고 살던 집에서 2년 이상 살았다면 살던 집은 1세대 1주택으로 보아 비과세를 받고, 나중에 파는 임대주택은 살던 집 양도일 뒤의 기간분만 비과세 대상이 됩니다. 소득세법 시행령 제155조 제20항과 제154조 제10항이 이 순서를 정하고 있습니다. 지금은 임대주택의 등록 신청일과 임대료 인상 이력부터 확인해야 합니다.

임대주택을 먼저 정리해야 살던 집이 비과세된다고 생각하실 필요는 없습니다. 임대주택이 등록 요건을 지키고 있으면 그대로 둔 채 살던 집부터 팔아도 특례를 받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2012년에 산 아파트에서 가족과 살고 있습니다. 2017년에 빌라 한 채를 더 사서 2019년 장기일반민간임대주택으로 등록해 세를 주고 있습니다. 2026년 11월 살던 아파트를 팔고 몇 년 뒤 빌라도 팔 계획인데, 아파트를 팔 때 비과세가 되는지, 나중에 빌라를 팔 때는 세금이 어떻게 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대주택을 두고 살던 집을 팔면 비과세 요건은 무엇인가요?

살던 집은 보유기간 중 2년 이상 살았어야 하고, 임대주택은 양도일 현재 세무서 사업자등록과 시군구 임대사업자등록을 유지하며 임대 중이어야 합니다. 두 요건을 갖추면 임대주택이 있어도 1세대가 국내에 1주택을 가진 것으로 보아 비과세 여부를 판단합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제20항이 이 구조를 정하고 있습니다.

• 살던 집(거주주택) - 보유기간 중 거주기간 2년 이상. 양도가액 12억원까지 비과세, 넘는 부분은 과세됩니다.
• 임대주택 유형 - 2020. 7. 10. 이전에 등록 신청해 5년 이상 임대하는 주택이거나, 그 뒤 등록했다면 아파트가 아닌 장기일반민간임대주택 등으로 10년 이상 임대하는 주택이어야 합니다.
• 양도일 현재 상태 - 세무서 사업자등록과 임대사업자등록을 유지하며 임대 중이어야 합니다.
• 임대료 상한 - 보증금이나 월세 증가율이 5%를 넘지 않아야 하고, 계약이나 증액 뒤 1년 안에는 다시 올리지 못합니다.
• 기준시가 - 임대개시일 당시 기준시가가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하여야 합니다.

국세청은 살던 집과 임대주택을 차례로 팔 때 어떻게 해석했나요?

국세청은 거주주택을 먼저 팔면 그 집은 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하고, 나중에 파는 임대주택은 거주주택 양도일 뒤의 기간분만 비과세 대상이 된다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석재산-0201, 2019. 9. 23.). 질의자는 두 가지 신고 방법을 물었습니다. 하나는 거주주택에 특례를 쓰고 임대주택은 뒤 기간만 비과세받는 방법이고, 다른 하나는 거주주택을 과세로 신고하고 임대주택에서 전체 기간 비과세를 받는 방법이었습니다. 국세청은 특례 요건을 갖춘 거주주택을 파는 경우에는 1세대 1주택 규정이 적용되는 것이라며 앞의 방법으로 신고해야 한다고 답했습니다. 국세청은 2026. 9. 15. 사전답변(사전-2026-법규재산-0899)에서도 이 2019년 해석을 그대로 참고하라고 답해 같은 기준을 유지했습니다.

이 회신은 거주주택과 임대주택이 각각 한 채씩이고 특례 요건을 모두 갖춘 사실관계를 전제로 한 것입니다. 임대주택이 여러 채이거나 거주주택이 요건을 갖추지 못했다면 계산이 달라질 수 있습니다.

나중에 파는 임대주택은 어떻게 과세되나요?

임대주택으로 등록한 적이 있는 집을 마지막 1주택으로 팔면, 앞서 판 거주주택의 양도일 뒤 기간분에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용합니다. 그 전 기간에 생긴 양도차익은 과세됩니다. 현행 시행령 제154조 제10항이 이 계산을 정하고 있고, 제155조 제20항 후단도 같은 취지로 직전거주주택의 양도일 후 기간분만 1주택으로 봅니다.

예를 들어 A씨가 2026년 11월 아파트를 팔고 빌라를 2031년에 판다면, 빌라 보유기간 가운데 2026년 11월 이후 기간에 해당하는 양도차익만 비과세 대상이 됩니다. 이때도 빌라 자체가 보유 2년 등 1세대 1주택 요건을 갖추어야 합니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

거주주택 쪽 요건(거주 2년)과 임대료 5% 요건은 그대로입니다. 2026. 9. 30. 개정 시행령은 장기임대주택 가운데 아파트를 임대하는 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택에 양도기한 요건을 붙였고, 그 기한은 원칙적으로 2027. 12. 31.이며 임대의무기간이 2027. 1. 1. 이후 끝나는 주택은 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날 등 중 가장 늦은 날입니다. 거주주택 특례에서 이 양도기한을 어떻게 적용하는지 다룬 해석은 2026. 10. 7. 현재 국세법령정보시스템에서 찾지 못했으므로, 임대주택이 아파트라면 임대사업자등록증과 조문을 놓고 따로 확인해야 합니다. 사례집이 나온 2022년 당시에는 장기임대주택을 보유한 경우 거주주택 특례를 생애 한 차례만 받을 수 있었으나, 이 제한은 2025. 2. 28. 개정으로 삭제됐고 부칙 제14조에 따라 2025. 2. 28. 이후 양도하는 경우부터 적용됩니다.

임대주택 보유 거주주택 비과세 대응 순서

• 주택 현황 정리 - 세대원 전원의 주택을 취득일·등록일·임대개시일과 함께 적습니다. 임대주택이 2020. 7. 10. 이전에 등록 신청됐는지가 먼저 걸립니다.
• 임대 요건 점검 - 임대개시일 당시 기준시가, 계약별 보증금과 월세 증가율을 임대차계약서로 확인합니다. 한 번이라도 5%를 넘겼다면 특례가 막힐 수 있습니다.
• 거주기간 증명 - 주민등록표 초본과 관리비 납부 내역으로 살던 집에서 2년 이상 산 사실을 준비합니다.
• 양도 순서와 시점 결정 - 살던 집을 먼저 팔면 임대주택은 뒤 기간분만 비과세된다는 점을 계산에 넣고, 예정신고 때 특례 신고서와 첨부 서류를 냅니다.
• 부인 시 불복 - 비과세가 부인돼 고지서를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토하고, 신고로 더 냈다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 여러 채이거나 자동말소·자진말소된 경우, 임대주택이 아파트인 경우에는 임대사업자등록증과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대주택 등록 전에 산 기간도 거주기간에 들어가나요?
  네, 살던 집의 거주기간은 그 집의 보유기간 중 실제로 산 기간을 셉니다. 임대주택을 언제 등록했는지와 상관없이 살던 집에서 2년 이상 살았으면 됩니다. 다만 살던 집 자체를 예전에 임대주택으로 등록했던 적이 있고 그 보유 중에 다른 거주주택을 판 적이 있다면, 임대사업자등록을 한 날 이후의 거주기간만 셉니다.
• 임대료를 한 번 5% 넘게 올렸으면 어떻게 되나요?
  양도일 현재 장기임대주택 요건에는 임대보증금이나 월세의 증가율이 5%를 넘지 않을 것이 들어 있습니다. 한 번이라도 넘겨 올렸다면 그 임대주택은 장기임대주택으로 보기 어려워 살던 집 비과세가 막힐 수 있습니다. 보증금과 월세를 서로 바꾸면서 올렸다면 민간임대주택법의 전환 규정으로 증가율을 다시 계산해 보아야 합니다.
• 임대기간을 다 채우기 전에 살던 집을 팔아도 되나요?
  네, 임대기간 요건을 채우기 전에 살던 집을 팔아도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 다만 그 뒤 임대기간을 채우지 못하게 되면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 특례를 받지 않았을 때의 세액과의 차액을 신고하고 내야 합니다.
• 살던 집 값이 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  특례가 적용돼도 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이면 넘는 부분에 해당하는 양도차익은 과세됩니다. 양도차익에 (양도가액 - 12억원)을 양도가액으로 나눈 비율을 곱해 과세 대상 차익을 계산합니다. 장기보유특별공제도 같은 비율로 계산하므로 보유·거주기간을 함께 확인해야 합니다.
• 거주주택을 과세로 신고하고 임대주택에서 비과세받을 수 있나요?
  국세청은 특례 요건을 갖춘 거주주택을 팔면 1세대 1주택 규정이 적용되는 것으로 보아, 거주주택을 비과세로 신고하고 임대주택은 뒤 기간분만 비과세받는 방법으로 신고하라고 회신했습니다. 납세자가 어느 집에 비과세를 쓸지 고르는 방식은 받아들여지지 않았으므로 양도 순서를 정하기 전에 세액을 비교해 보아야 합니다.
• 특례 신고 때 어떤 서류를 내나요?
  거주주택을 판 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 특례 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서 사본과 임차인의 주민등록표 등본(또는 전입세대 열람내역)을 붙여 관할 세무서에 냅니다. 임대사업자 등록증과 등기사항증명서는 세무서가 행정정보 공동이용으로 확인하고, 확인에 동의하지 않으면 직접 내야 합니다.
• 비과세가 부인되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 비과세를 부인하고 세금을 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 비과세 요건을 갖췄는데도 과세로 신고해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 두 기한 모두 넘기면 다툴 길이 좁아집니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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