양도소득세

임대주택 의무임대기간은 구청 등록일과 세무서 등록일 중 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

세법상 임대기간은 구청 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록을 모두 마치고 실제로 임대를 시작한 날부터 세므로, 세 날짜 가운데 가장 늦은 날이 기산일입니다. 소득세법 시행령 제167조의3 제3항이 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날을 임대개시일로 봅니다. 지금은 구청 등록일, 세무서 등록일, 임차인 입주일을 각각 확인하십시오.

구청이 알려 준 임대의무기간 종료일을 그대로 세법상 종료일로 믿으면 안 됩니다. 두 기간은 기산일이 달라 몇 달씩 어긋나는 경우가 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021. 3. 2. 수도권의 다세대주택을 구청에 장기일반민간임대주택으로 등록했고, 임차인은 2021. 3. 15. 입주했습니다. 그런데 세무서 사업자등록은 깜빡하고 있다가 2021. 6. 10.에야 마쳤습니다. 2026년 가을 살던 아파트를 거주주택 특례로 판 뒤, 임대주택의 10년이 언제 끝나는지 구청 기준과 세무서 기준이 다르다는 말을 듣고 걱정이 생겼습니다. 확인해 보니 세법상 임대개시일은 세무서 등록까지 마친 2021. 6. 10.이어서, 구청 의무기간보다 3개월가량 더 임대를 유지해야 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세법상 임대개시일은 언제인가요?

거주주택 비과세 특례에서 장기임대주택의 임대기간은 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자 등록을 모두 하고 임대주택으로 등록해 실제로 임대하는 날부터 셉니다. 셋 가운데 가장 늦게 갖춰진 날이 임대개시일입니다.

• 구청 등록이 가장 늦은 경우 - 구청 임대사업자 등록일
• 세무서 등록이 가장 늦은 경우 - 세무서 사업자등록일
• 임차인 입주가 가장 늦은 경우 - 임대차계약서상 실제 임대를 시작한 날

임대기간 계산에는 조세특례제한법 시행령 제97조의 계산 방법을 준용합니다. 그래서 상속으로 임대주택을 받은 상속인은 피상속인의 임대기간을 합산하는 등 같은 규칙이 적용됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」(2026. 10. 1. 시행)도 이 임대개시일 규정을 그대로 두고 있습니다.

구청 임대의무기간과 세법상 임대기간은 왜 다른가요?

민간임대주택법의 임대의무기간은 매입임대주택이면 임대사업자 등록일부터, 등록 뒤에 임대를 시작했으면 실제 임대개시일부터 셉니다. 세무서 사업자등록은 따지지 않으므로, 세무서 등록이 늦은 만큼 세법상 기간이 뒤로 밀립니다.

A씨처럼 구청 기준 의무기간은 2021. 3. 15.부터, 세법 기준 임대기간은 2021. 6. 10.부터 시작하면 10년이 끝나는 날도 3개월가량 차이가 납니다. 구청 기간이 끝났다고 등록을 말소하거나 임대를 그만두면 세법상 10년은 채우지 못한 상태가 됩니다.

거주주택을 먼저 팔고 특례를 받았다면 이 차이가 사후관리 문제로 이어집니다. 임대기간요건을 채우지 못하게 되면 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 비과세받았던 세액을 신고·납부해야 합니다.

등록만 하고 세를 주지 않은 기간은 들어가나요?

들어가지 않습니다. 세법은 등록하고 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보므로, 등록 뒤 임차인을 구하지 못해 비어 있던 기간은 임대개시 전 기간입니다. 첫 임차인의 입주일이 기산일이 됩니다.

반대로 세를 주고 있던 주택을 나중에 등록했다면 등록을 마친 날이 기산일이고, 그 전에 세를 준 기간은 넣지 않습니다. 이 경우 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 요건도 등록을 마친 날의 공시가격으로 판단합니다.

임대 도중 임차인이 바뀌면서 생긴 공실은 임대개시일과 다른 문제입니다. 거주주택 특례를 받은 뒤 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 임대기간요건을 채우지 못한 것으로 봅니다.

임대개시일 대응 순서

• 세 날짜 확인 - 구청 임대사업자 등록증, 세무서 사업자등록증명, 최초 임대차계약서와 임차인 전입일을 나란히 놓고 가장 늦은 날을 찾습니다.
• 종료일 계산 - 그 날부터 해당 유형의 임대기간(매입임대 장기일반 10년 등)이 끝나는 날을 달력에 적습니다. 구청 의무기간 종료일과 다르면 늦은 날을 기준으로 삼습니다.
• 말소·매도 시점 조정 - 세법상 종료일 전에 등록 말소나 임대 중단을 하지 않도록 일정을 정합니다.
• 특례적용신고서 제출 - 거주주택을 팔 때 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용신고서에 임대개시일을 서류와 같게 적습니다.
• 추징 통지 대응 - 임대기간 계산이 다르다는 이유로 과세예고통지를 받으면 과세전적부심사를, 납부고지서를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 등록 유형을 바꾸었거나 상속·증여로 임대주택을 넘겨받은 경우에는 날짜별 서류를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 장기임대주택 임대기간과 거주주택 특례 추징을 둘러싼 과세전적부심사, 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서 사업자등록을 안 하면 임대기간이 아예 안 세지나요?
  세법은 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자 등록을 모두 한 날부터 임대를 개시한 것으로 보므로, 세무서 등록 전 기간은 장기임대주택 임대기간에 들어가지 않습니다. 지금이라도 등록하면 그날부터 기간을 셉니다.
• 임대개시일이 늦어지면 가액 기준도 달라지나요?
  네, 임대주택 가액 기준은 임대개시일 당시 기준시가로 판단하므로 등록이 늦어 임대개시일이 뒤로 밀리면 그때의 공시가격으로 6억원(수도권 밖 3억원) 기준을 봅니다. 그 사이 가격이 올랐다면 기준을 넘을 수 있습니다.
• 상속받은 임대주택은 언제부터 세나요?
  임대기간 계산에 조세특례제한법 시행령 제97조를 준용하므로 상속인이 피상속인의 임대주택을 상속받아 임대하는 경우 피상속인의 임대기간을 합산합니다. 상속인도 사업자등록과 임대사업자 등록을 이어서 해 두어야 합니다.
• 구청 의무기간이 끝나면 바로 말소해도 되나요?
  세법상 임대기간이 아직 남아 있다면 말소 시점에 따라 장기임대주택 요건을 채우지 못할 수 있습니다. 세무서 등록이 늦었던 경우에는 세법 기준 종료일을 따로 계산해 그 뒤로 말소 일정을 잡는 편이 안전합니다.
• 등록 뒤 임차인이 늦게 들어왔다면요?
  등록 뒤에 임대를 시작했다면 임차인이 실제로 입주해 임대를 시작한 날이 세법상 임대개시일입니다. 민간임대주택법도 이 경우 임대차계약서상 실제 임대개시일부터 임대의무기간을 셉니다. 등록 뒤 빈 기간은 어느 기준으로도 들어가지 않습니다.
• 임대기간이 모자라 추징되면 언제까지 내나요?
  거주주택 특례를 받은 뒤 임대기간요건을 채우지 못하게 되면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 비과세받았던 세액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다. 늦으면 가산세가 붙습니다.
• 임대기간 계산이 틀렸다며 과세되면 다툴 수 있나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구하거나, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 세 날짜를 보여 주는 등록증과 계약서가 핵심 자료입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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