양도소득세

임대주택 여러 채 중 한 채가 6개월 넘게 비면 거주주택 비과세가 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 등록 임대주택이 두 채 이상이고 나머지가 계속 임대 중이라면 일부가 6개월 넘게 비었다는 이유만으로 거주주택 비과세 추징 사유가 된다고 보기는 어렵습니다. 시행령은 추징 사유를 「임대의무호수를 임대하지 않은 기간」이 6개월을 넘은 경우로 정하고 있습니다. 지금은 빈 집을 임대 외 목적으로 쓴 적이 없는지와 나머지 집의 임대 상태부터 확인하십시오.

공실이 생겼다고 해서 곧바로 수정신고를 하거나 세무서에 먼저 알릴 필요는 없습니다. 임대주택이 몇 채인지, 나머지 집이 계속 임대 중인지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019년에 다세대주택 세 채를 사서 구청과 세무서에 장기일반민간임대주택으로 등록하고, 2024년 봄 2년 넘게 살던 아파트를 팔면서 거주주택 비과세 특례를 신고했습니다. 임대의무기간 8년이 끝나기 전이었습니다. 2025년 하반기에 세 채 중 한 채의 세입자가 나간 뒤 새 세입자를 7개월 동안 구하지 못했고, 나머지 두 채는 계속 세를 주고 있었습니다. A씨는 비과세받은 양도소득세 약 1억 2천만원을 추징당하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대주택 여러 채 중 한 채만 6개월 넘게 비면 추징되나요?

임대주택을 두 채 이상 등록해 임대하던 중 그 일부만 6개월 넘게 비었고 나머지가 계속 임대 중이라면, 조문 구조상 이미 받은 거주주택 비과세의 추징 사유로 보기 어렵습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 거주주택을 먼저 판 뒤 「임대의무호수를 임대하지 않은 기간」이 6개월을 지나면 추징하도록 정합니다.

조문은 추징 사유를 개별 주택의 공실로 적지 않고 「임대의무호수를 임대하지 않은 기간」으로 적고 있습니다. 세 채 중 두 채가 계속 임대 중이라면 임대의무호수를 임대하지 않은 상태로 단정하기 어렵다고 주장할 수 있습니다. 다만 여러 채 중 일부 공실을 어떻게 볼지 직접 정한 규정은 시행령에 없으므로 공실 사유와 기간을 자료로 설명할 수 있어야 합니다.

다만 이 결론은 공실이 임대 목적의 일시적 공백일 때에 한합니다. 빈 집에 본인이나 가족이 들어가 살거나 사무실로 쓰면 임대 이외의 목적으로 사용한 것이어서 판단이 달라집니다.

비어 있던 그 한 채는 무엇을 계속 지켜야 하나요?

공실이 생긴 그 주택도 여전히 장기임대주택이므로 등록을 유지하고 임대기간 요건을 채워야 합니다. 임대기간은 「조세특례제한법 시행령」 제97조를 준용해 계산하고, 사업자등록과 임대주택 등록을 하고 임대한 날부터 셉니다.

• 등록 유지 - 구청 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록을 그대로 둡니다.
• 새 임대차 - 새 세입자와 계약할 때 직전 임대료보다 100분의 5를 넘게 올리지 않습니다.
• 공실 기록 - 임대 광고, 중개 의뢰 내역을 남겨 두면 임대 목적의 공실이라는 설명이 됩니다.

임대주택이 한 채뿐이라면 결과가 달라지나요?

임대주택이 한 채뿐이라면 그 집이 6개월 넘게 비는 순간 임대의무호수를 임대하지 않은 것이 되어 추징 사유가 됩니다. 여러 채일 때와 결론이 달라지므로, 한 채만 등록한 분은 세입자 교체 시기를 특히 관리해야 합니다.

재건축·재개발 사업의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지, 리모델링 사업계획 승인일 등 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 임대하지 않은 기간에 넣지 않습니다. 수용처럼 부득이한 사유로 임대하지 못한 경우에는 계속 임대한 것으로 봅니다.

추징 사유가 생기면 얼마를 언제까지 내야 하나요?

추징 사유가 생기면 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 차액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다. 내야 할 금액은 거주주택 양도 당시 특례를 적용하지 않았다면 냈을 세액에서 실제로 낸 세액을 뺀 금액입니다.

A씨처럼 임대주택이 세 채이고 나머지가 계속 임대 중이면 이 계산 자체가 필요 없습니다. 반대로 임대주택이 한 채뿐이었다면, 7개월째 공실이 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 약 1억 2천만원을 신고·납부해야 하는 구조입니다. 기한을 넘기면 무신고·납부지연 가산세가 붙습니다.

임대료 인상이나 등록 말소도 추징 사유가 되나요?

임대료 증가율이 100분의 5를 넘거나 임대기간을 채우기 전에 등록이 말소되어도 추징 사유가 됩니다. 공실보다 이쪽에서 문제가 되는 경우가 더 많습니다.

다만 2020. 8. 18. 법 개정 전 등록한 단기임대주택이나 아파트 장기일반민간임대주택이 임대의무기간 종료로 자동말소되거나, 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 자진말소된 경우에는 말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 이후 공실이 되더라도 추징하지 않습니다.

거주주택 비과세 사후관리 대응 순서

• 임대 현황표 작성 - 임대주택별 계약 기간, 공실 기간, 임대료 변동을 정리합니다. 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용신고서에 적은 주택과 맞춰 봅니다.
• 공실 사유 기록 - 중개 의뢰, 광고, 수리 내역을 남깁니다. 본인이 들어가 사는 등 임대 외 사용이 없었다는 사실을 보여 주는 자료가 됩니다.
• 추징 사유 해당 시 기한 내 신고 - 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세를 신고·납부합니다. 기한을 넘겼다면 기한 후 신고로 가산세를 줄입니다.
• 해명 요구 대응 - 세무서가 공실을 이유로 추징 안내를 보내면 다른 임대주택의 계약서와 임차인 주민등록 자료로 소명합니다. 세무조사 결과 통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.
• 고지 후 불복 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공실 사유나 임대 외 사용 여부가 다투어지면 계약서와 주민등록, 관리비 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 추징 사안의 소명과 과세전적부심사, 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공실 6개월은 어떻게 세나요?
  임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 기준으로 셉니다. 재건축·재개발의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지, 리모델링 승인일 등 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 빼고 계산합니다.
• 빈 임대주택에 잠깐 들어가 살아도 되나요?
  권하지 않습니다. 공실 기간에 본인이나 가족이 거주하면 임대 이외의 목적으로 사용한 것이 되어 그 주택의 임대기간 요건을 채우지 못한 것으로 볼 수 있습니다. 임대주택이 여러 채라도 그 주택 자체의 요건 문제는 따로 남습니다.
• 추징 사유가 생기면 가산세도 내나요?
  사유가 발생한 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부하면 가산세가 붙지 않습니다. 이 기한을 넘기면 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 붙으므로 기한 후 신고를 서두르는 편이 부담을 줄입니다.
• 추징세액은 어떻게 계산하나요?
  거주주택을 팔 때 임대주택을 장기임대주택으로 보지 않았다면 냈을 세액에서 실제로 낸 세액을 뺀 금액입니다. 비과세로 0원을 냈다면 특례 없이 계산한 양도소득세 전액을 신고·납부하게 됩니다.
• 공실이 수용 때문이라면 어떻게 되나요?
  공익사업에 따른 수용처럼 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유로 임대하지 못하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 봅니다. 수용재결서나 협의 보상 서류를 보관해 두십시오.
• 공실을 이유로 이미 추징됐다면 다툴 수 있나요?
  네, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있고, 스스로 신고·납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 다른 임대주택이 계속 임대 중이었다는 계약서와 임차인 주민등록 자료가 핵심 자료입니다.
• 자동말소된 임대주택이 비어도 추징되나요?
  2020. 8. 18. 전 등록한 단기임대주택이나 아파트 장기일반민간임대주택이 임대의무기간 종료로 자동말소되면 말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 그 뒤 공실이 되더라도 추징하지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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